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变异测试

变异测试在1970年被一个学生DickLipton提出,首次发现和公之于众。变异测试最初是为了定位揭示测试单元的弱点。...2. 6个概念 在变异测试中需要关注以下六点 1)变异算子 1987年,针对Fortran 77语言定义了22个变异算子,而在下面我们介绍的Mutpy中定义了以下27个变异体。...exception handlerdeletion(删除异常处理) EXS - exception swallowing(吞咽异常) IHD - hiding variable deletion(删除隐藏变量...method decoratorinsertion(插入静态方法装饰器) SDL - statement deletion(删除语句) SVD - self variable deletion(删除自变量...] z =4x/y*2 B是A的一阶变异,C是B的一阶变异,D是A的高阶变异 4)可删除变异体 如果测试用例测试源代码和测试编译代码不一致,则这个测试用例可以删除 5)可存活变异体 如果测试用例测试源代码和测试编译代码不一致

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变异测试

什么是变异测试? 变异测试,英文Mutation Testing,是使用变异器 (切换数学运算符,更改返回类型,删除调用等)将代码修改为不同的变异(基于变异器创建新代码),并检查单元测试是否失败。...所以,变异测试的有效性可以衡量杀死了多少个突变。 变异测试是覆盖率的一个很好的补充。相比覆盖率,它能够使单元测试更加健壮。...执行变异测试 在执行变异测试前需要先执行单元测试,不然变异测试有可能找不到单元测试类。 找到对应模块下的pitest插件: ?...运行完成后,会自动生成变异测试报告,报告位置一般在对应模块的target/pit-reports目录下: 报告会详细列出每个包、每个类的覆盖率,变异通过率等。 ?...从上面很明显可以看到我的单元测试其实并没有写得完整,我们看看里面哪些变异详细报告: ? ? ? 如果我的单元测试加上边界测试: ? 再次执行,变异测试全覆盖了! ?

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GATK变异检测

merge.markdup_metrics.txt -O merge.sorted.markdup.bam samtools index merge.sorted.markdup.bam Duplication 对变异检测的影响...samtools flagstat merge.sorted.markdup.BQSR.bam #建立索引 time samtools index merge.sorted.markdup.BQSR.bam 五、变异检测...hg38/Homo_sapiens_assembly38.fasta -V merge.HC.g.vcf.gz -O merge.HC.vcf.gz 六、结果过滤 6.1 VQSR 准备的已知变异集作为训练集...3、1000G 千人基因组计划(1000 genomes project)质控后的变异数据,质控后,它包含的绝大部分都是真实的变异,但由于没办法做全面的实验验证,并不能排除含有少部分假阳性的结果。...dbSNP 收集的数据,实际都是研究者们发表了相关文章提交上来的变异,这些变异很多是没做过严格验证的。

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breakdancer检测结构变异

breakdancer 是一款结构变异检测软件, 专门针对双端测序数据进行开发,github地址如下 https://github.com/genome/breakdancer 分析原理图如下 ?...从原理图可以看出,breakdancer 会根据双端reads的比对情况,检测以下5种类型的结构变异 insertions deletions inversions inter-chromosomal...鉴定结构变异 用法如下 breakdancer_max -t -q 10 -d sv.reads config.txt > sv.out 结构变异的检测计算量较大,所以需要的时间也很久。...each map file Estimated allele frequency Software version The run parameters 1到6列描述的是断裂点的位置信息;第7列描述结构变异的类型...,DEL代表缺失,INS代表插入,INV代表倒位,ITX代表同一染色体上的易位,CTX代表不同染色体之间的易位;第8列代表结构变异的长度,对于染色体间的易位,这个数值没有含义;第9列代表该结构变异可信度的打分值

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