接下来 使用conda安装aspera，新建download子环境，然后在该环境下面安装指定软件 ，就可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ，代码如下： conda create -n download...install pyscenic 每个软件都可以独立给一个环境，虽然是这样会导致很多冗余的软件，不过，确实很方便。...查看自己的镜像 代码 conda config --get channels 可以看到自己的镜像配置，相当于修改~/.condarc里面内容，目前不同地区镜像效果大家最好是实时查询一下。...把安装好的环境导出成为yaml文件 前面的RNA-seq数据处理环境，我顺利安装了十几个软件而且没有冲突，就可以 conda env export - 成为一个yaml文件，如下所示： conda env...export --file rna_env.yml --name rna 这个 rna_env.yml 文件就可以传递给任何人在然后电脑或者服务器里面重新安装一个同样的RNA-seq数据处理环境。
最近在做编译原理课设，准备用Java写个GUI整合一下，因为自己的LL1文法使用python写的，所以需要Java来实现运行python代码，网上给出了主要三种方法，但是使用Jython的方法有局限性且不太方便...+文件名的命令，调用python程序相同 建议先使用cmd方式确认代码能够正常运行，因为如果代码在pycharm下编写执行， 可能在cmd方式下会出现缺少包的情况 */ proc = Runtime.getRuntime...().exec(“python D:\\LL1.py”);// 执行py文件 proc.waitFor(); } catch (IOException e) { e.printStackTrace(...); } catch (InterruptedException e) { e.printStackTrace(); } 上面给出的是一个简单的执行python文件的方法， exec(“python....py”, String.valueOf(a), String.valueOf(b) }; Process proc = Runtime.getRuntime().exec(args);// 执行py文件
这不就是一个标准的python环境目录吗?...导入导出环境 如果想要导出当前环境的包信息可以用 conda env export > environment.yaml 将包信息存入yaml文件中....当需要重新创建一个相同的虚拟环境时可以用 conda env create -f environment.yaml 其实命令很简单对不对, 我把一些常用的在下面给出来, 相信自己多打两次就能记住 activate...更新requests包 conda env export > environment.yaml // 导出当前环境的包信息 conda env create -f environment.yaml /.../ 用配置文件创建新的虚拟环境 ?
相机可移动硬盘恢复格式化了的文件后部分文件打不开处理方法?...我们在日常使用过程中，总会遇到可移动硬盘格式化了问题，可移动硬盘有价，文件无价，今天在这分享下可移动硬盘可能会遇到的问题，可移动硬盘格式化了该如何恢复 。可移动硬盘格式化了可以恢复文件吗？...步骤2：工具找出文件后，会放到与要恢复盘同名的目录中。 步骤3：现在在工具里，可以直接看到电脑中打不开的目录里面的文件名都是正常的了。...将要恢复的文件勾选，然后点右上角的保存，《另存为》按钮，将勾选的文件拷贝出来。 步骤4：最后一步只需等待工具将文件拷贝完成就可以了 (为了以防万一，最好检查下恢复出来的文件是否正常)。...注意事项1：可移动硬盘格式化了需要注意，格式化后这个盘暂时不要存入新的文件，否则数据被覆盖了就不能恢复。 注意事项2：可移动硬盘格式化了恢复出来的文件需要暂时保存到其它盘里。
本文示例yaml文件已上传至我的Github仓库https://github.com/CNFeffery/DataScienceStudyNotes 1 简介 我们在使用Python进行数据分析时...图1 2 虚拟环境的搭建与使用 2.1 使用conda创建虚拟环境 以Windows操作系统为例，因为全程主要使用命令行，所以其他系统方法类似，有少许语句有差异的地方遇到问题时可以自行查找解决。...有条件上外网的读者朋友可以在官网（ https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html ）下载与你的操作系统对应的安装包，也可以在清华大学镜像站-获取下载链接-...图7 2.3 虚拟环境的备份和恢复 conda提供了将虚拟环境导出为yaml文件的功能，使得我们可以保留好不容易创建好的虚拟环境中的配置信息，格式如conda env export > 导出路径\文件名...以上就是本文的全部内容，对应的yaml文件已上传至文章开头的Github仓库中，你可以直接基于它创建对应本文python_spatial的虚拟环境。
图1 2 虚拟环境的搭建与使用 2.1 使用conda创建虚拟环境 以Windows操作系统为例，因为全程主要使用命令行，所以其他系统方法类似，有少许语句有差异的地方遇到问题时可以自行查找解决。...有条件上外网的读者朋友可以在conda官网[2]下载与你的操作系统对应的安装包，也可以在清华大学镜像站-获取下载链接-应用软件-Conda[3]中下载对应的最新的安装包： 图2 本文选择的是从官网下载的最新版本...下载完成之后直接打开安装，一路可以按照默认的选项继续，到图3显示的步骤时为了方便之后的使用建议都勾选上： 图3 完成安装后我们进入控制台输入conda --version检查是否成功安装： C:\Users...conda提供了将虚拟环境导出为yaml文件的功能，使得我们可以保留好不容易创建好的虚拟环境中的配置信息，格式如conda env export > 导出路径\文件名.yml。...以上就是本文的全部内容。 对应的yaml文件已上传至文章开头的Github仓库中，你可以直接基于它创建对应本文python_spatial的虚拟环境。
，中间过程不需要root权限，可以非常方便的在云服务器上运行； 作者声称oVarFlow整个流程既可以一键运行，也可以自定义运行，方便使用者修改其中的脚本参数。...bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ## 下载安装conda ## 设置清华镜像作为频道源，也可以使用其它镜像o conda config --add channels.../ conda info ## 查询频道是否设置好 建立conda小环境，这里直接使用yaml文件来创建哦，参考：安装conda的yaml文件赠送小米显示器 ## 新建工作目录并下载安装软件 mkdir...个文件夹 snakemake -np 这3个文件夹分别下载存储fastq测序文件，参考基因组文件和GVCF文件 ## 软件只对GFF文件进行过测试，保证可以运行，因此注释文件下载GFF3版本 nohup...，但为了保持与1.2版本的兼容性，此行依然保留）。
XP下载站 C盘当中的assembly文件夹可以删除吗 在我们电脑的C盘当中有很多的系统文件夹，这些系统文件夹大部分都是不可以删除的，其中assembly文件夹不少朋友觉得是可以删除的，那么assembly...文件夹到底可不可以删除呢?...1IQ4M26-0.png assembly文件夹主要的作用就是用来存放.net文件的，该文件夹是.Net Framework”程序自动创建的文件夹，在assembly文件夹当中包含了一个或者多个托管模块...所以assembly文件夹还是不要删除比较好，如果删除很可能会导致系统中很多程序无法运行，我们日常使用的一些程序都是依赖assembly文件夹的，所以为了让系统可以正常稳定地运行，assembly文件夹就不要随意删除比较好...转：XP下载站 C盘当中的assembly文件夹可以删除吗（xphome.org）
随后安装运行环境，官方推荐使用conda虚拟环境，安装好conda后，运行命令激活虚拟环境即可： conda env create -f environment.yaml conda activate...control 但笔者查看了官方的environment.yaml配置文件： name: control channels: - pytorch - defaults dependencies...Conda环境可以占用大量磁盘空间。每个环境都需要独立的软件包副本和依赖项。如果需要创建多个环境，这可能会导致磁盘空间不足的问题。 软件包可用性和兼容性也可能是一个问题。...Conda环境可能不包含某些软件包或库，或者可能不支持特定操作系统或硬件架构。 在某些情况下，Conda环境的创建和管理可能会变得复杂和耗时。...，比如gradio_hed2image.py，它可以保留输入图像中的许多细节，适合图像的重新着色和样式化的场景： 还记得AnimeGANv2模型吗：神工鬼斧惟肖惟妙，M1 mac系统深度学习框架
详情见上文回顾 今天这个是反向操作：把1个文件里的多个sheet，拆分为不同的excel文件。如下图所示。...举例：有一位老师，现在有全校1年级12个班级所有同学都在一起的一个成绩单Excel文件，现在老师想把它们拆分为12个文件，每个文件用sheet的名字命名，例如：一年级1班.xlsx、一年级2班.xlsx...“这里大可放心，哪怕每个表的格式、内容不同，也完全可以无损拆分。这里用班级成绩合并举例，只是为了大家更好的理解。 2、1行代码实现 下面我们用一行代码，实现上面这个功能。.../class.xlsx') #参数作用： # file_path = 将要拆分的Excel文件的位置，只能拆分xlsx后缀的Excel文件。...直接运行以上代码，就可以得到多个拆分后的excel文件啦~ 快去试试吧~ “如果有我没说清楚的，或者在使用过程中有问题，欢迎大家在评论区和我交流~
安装 Anaconda 在清华大学 TUNA 镜像源（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/）选择对应的操作系统与所需的Python...你可以在你的环境中终端中使用如下命令将你当前的环境保存到文件中。 conda env export > environment.yaml 导出的环境文件，在其他电脑中如何使用呢？...使用如下命令加载刚刚导出的环境 conda env create -f environment.yaml 3 设置国内镜像 如果需要安装很多packages，你会发现conda下载的速度经常很慢，因为...将红框中的代码复制保存到 ~/.condarc 文件。这个文件记录着我们对conda的配置。...保存之后可以用如下命令检查一下 conda config --show 可以看到已经成功加入了几个不同channels的镜像地址。 ?
，同时对环境可以统一管理的发行版本。...你希望安装器添加Anaconda安装路径在.bash_profile文件中吗？ 建议输入“yes”。...验证安装结果打开终端，看到命令行最前面是否有(base)，这是Anaconda的默认安装环境: 图片或者输入命令 conda list 看一下环境里面的包: 图片安装后，可以使用conda update...conda的优势：包之间严格的依赖检查；是一个超越Python的环境管理器。 推荐使用conda来安装包，如果安装失败，再尝试用pip进行安装。...生成yaml文件: conda env export > xxx.yaml 复制到新的系统下后：执行 conda env create -f xxx.yaml pip安装包的非本地同步导出pip
temp 有时我们只需要最终结果文件，或者对某些中间文件并不关心，可以使用temp 删除指定的中间文件 rule test: input: "test.py" output...，生成yaml文件，将所需的样本名或者其他信息全部写入，在运行时只要导入文件即可 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa...f 重新运行第一条rule或指定的rule -F 重新运行所有的rule，不管是否已经有输出结果 ❞ ❝sankemake -np ❞ 很有用，通过假运行，可以检查自己的文件是否正确 可视化 ❝snakemake...，导出为yaml格式 ❝ conda env export -n 项目名 -f environment.yaml ❞ 重新创建环境 通过导出的文件，快速复现一个环境 ❝ conda env create...-f environment.yaml ❞ 局部环境 当不同工具依赖不同环境的时候，snakemake提供 ❝--use-conda ❞ 解析rule中的conda规则 configfile: "
，可以生成 spec list # 生成 spec list 文件 conda list --explicit > spec-list.txt #重现环境： conda create --name...python-course --file spec-list.txt Environment.yml 使用 -export 选项生成一个 environment.yml 文件，以在不同的平台和操作系统之间复现项目环境...spec list 文件和 environment.yml 文件之间的区别在于： environment.yml 文件不针对特定操作系统，并且使用YAML格式。...注意：如果当前路径已经有了 environment.yml 文件，conda 会重写这个文件 Conda Pack 上述两种重现的方法都基于记录当前环境包信息，到新机器重建的思路。...而Conda Pack用的是将当前环境的文件直接打包，带到新机器拆包使用的思路。 conda-pack 指定平台和操作系统，目标计算机必须具有与源计算机相同的平台和操作系统。
1、引言 在树莓派3B中下载miniconda后（3.16的版本2018年的相当老旧；）才发现他并不能下载3.7以上的版本，3.6可以，、、使用该命令对conda升级后也不能实现； conda update...-n root -c defaults conda 查阅资料才发现 Linux操作系统为32位的 要下载armv7结尾的.sh文件，但是Miniconda对armv7的支持版本已经很古老了，在创建虚拟环境...Python3.7以上貌似都会出现问题，勉强支持到Python3.4版本左右，而且官方的作者对armv7结尾的.sh文件已经停更很久了，不建议安装使用，推荐树莓派安装64位的Linux。...如果您的树莓派系统和配置与此类似，那么您应该避免安装4.10及以上版本的Miniconda，以确保兼容性。...配置完成后，更新配置： source ~/.bashrc 检查现在什么版本 conda -V 查看已安装依赖 conda list 5、换源 下载东西能快一点，清华源 conda config --add
使用宏基因组的方法快速鉴定新冠病毒SARS-CoV2一、如果不考虑成本，可以使用宏基因组测序的方法来快速鉴定新冠病毒SARS-CoV2，这种方法无需扩增、分析简单、准确度高。...sliverworkspace运行）及报告文件，conda环境文件下载，导入操作运行环境docker image based on ubuntu21.04 Conda Mamba（默认使用清华源） ssh...并尝试初次运行时初始化安装所需软件下载所需文件（作为代价首次运行时间会较长，切需网络通畅），即实现自动初始化的分析流程。...备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行# 拉取docker镜像docker pull doujiangbaozi...点击右侧Browse按钮，上传输出文件SRR10971381.kraken2.report.tsv?8. 点击左侧按钮可以看到图形化分析结果，比对上的16.2%；没比对上的83.8%?9.
1、企业级实战问题 Elasticsearch 配置文件里面的 path.data: 可以配置多个数据目录的路径的吗？...原因之二：多数据路径的实现复杂，并且没有得到良好的测试和维护，实际上与跨多个驱动器扩展数据路径文件系统和为每个数据路径运行一个节点相比，没有带来任何好处。 5、多路径问题的替代方案 有没有替代方案？...使用什么样的替代方案这才是咱们关注的点！ 在面对多数据路径（MDP）被弃用的问题时，以下是一些替代方案和相关的实施原理以及注意事项，这些可以帮助我们转移到新的配置，同时保持数据的完整性和可用性。..._name": null } } 通过上述策略，可以有效地从使用多数据路径的配置过渡到更稳定和可维护的单数据路径配置，同时最小化迁移过程中的风险和中断。...5.3 替换方案三：使用硬件或软件虚拟化层实现单一文件系统 原理： 利用如RAID的硬件虚拟化层或Linux上的逻辑卷管理器（LVM）、Windows上的存储空间等软件虚拟化层，可以创建一个横跨多个磁盘的文件系统
目前，UVCDAT已经可以支持全平台了，其中Windows主要还是依赖于内嵌的Linux操作系统（有别于虚拟机和双系统，通常称之为WSL，Windows Subsystem for Linux，推荐为Ubuntu...安装 安装主要是基于conda命令，导入配置文件即可，一键式安装，轻松省事。...但是有两个需要注意的地方： 网络环境要比较好，可能存在下载依赖库过慢的情况，可以尝试Shadownsocks开全局模式，或者没有F（科学）Q（上网）的条件，不妨多试几次； 配置文件的路径需要修改为你的anconda3...下载链接中的cdat-v81-nox_py3.6.Darwin.yaml文件，使以下命令即可： 一键安装： conda env create -n cdat81 -f cdat-v81-nox_py3.6...以下是我的安装过程，部分输出内容： ✘ ⚙ ~/Downloads conda env create -n cdat81 -f cdat-v81-nox_py3.6.Darwin.yaml
目前，UVCDAT已经可以支持全平台了，其中Windows主要还是依赖于内嵌的Linux操作系统（有别于虚拟机和双系统，通常称之为WSL，Windows Subsystem for Linux，推荐为Ubuntu...安装 安装主要是基于conda命令，导入配置文件即可，一键式安装，轻松省事。...但是有两个需要注意的地方： 网络环境要比较好，可能存在下载依赖库过慢的情况，可以尝试Shadownsocks开全局模式，或者没有F（科学）Q（上网）的条件，不妨多试几次； 配置文件的路径需要修改为你的anconda3...下载链接中的cdat-v81-nox_py3.6.Darwin.yaml文件，使以下命令即可： 一键安装： conda env create -n cdat81 -f cdat-v81-nox_py3.6...以下是我的安装过程，部分输出内容： 1 ✘ ⚙ ~/Downloads conda env create -n cdat81 -f cdat-v81-nox_py3.6.Darwin.yaml
下载会自动重试）#openssh服务并更新配置文件，使root账户可以登录、更新root账户密码为设置值RUN ln -snf /usr/share/zoneinfo/$TZ /etc/...为清华源配置文件，国内提速可以注销该行#COPY --chown=root:root ....#或者使用已经构建好的镜像，直接拉取到本地docker pull doujiangbaozi/sliverworkspace:latestcondarc文件（可选，这里使用的是清华的源）...ssh 登录该容器ssh账户，即可在环境下开始生信分析这里参考snakemake的写法，每个分析步骤创建一个yaml文件，里面是用到的软件及版本。首次运行检测该步骤环境存在，不存在先安装软件初始化。...deactivatefastqc.yaml文件如下，文件位于/opt/config目录下name: TumorOnly.fastqcchannels: - conda-forge - bioconda
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