安装完成之后,你将会看到一个朴实无华的图标,没错,这就是 R 语言本尊了。 ? R 语言简单实例 主要工作已经完成,让我们动动小手,优雅的单击(或双击)R Studio 图标,来感受一下R 语言的魅力。 小结 到此为止,R 语言就已经顺利的收入囊中了,恭喜你,又掌握了一门语言(的 Hello world)了。 【此处应有掌声】 接下来,会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法,目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析,以便能在生活和工作之中有所应用。 加之在大学时就对数据分析感兴趣,也曾经学过 R 语言,现在算是重温和复习吧。
过去一个月实验比较忙,很久没有写点东西了,今天要给amina画图,因此学习了一下R语言的基础画图。
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一、R语言安装 首先进入官网:https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows,即可开始下载
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客 R中的线性混合模型介绍(翻译博客)(来自科学网邓飞博客)原来来自:http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml 几个包的介绍: 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包,是R语言安装时默认的包,它除了可以分析分层的线性混合模型,也可以处理非线性模型。 2、R语言案例 数据来源:一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法,这个数据oats是在MASS包中,是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验,其中品种为主区,肥料为裂区。 在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集,然后加载mgcv包,再将年份数据中心化以方便解释模型,最后用lmer函数进行建模。
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级,正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。 install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R, 我们不在此一一介绍,今天主要介绍updateR这个函数: updateR()主要要来升级R软件,升级过程中会遇到下面的一些选项: 会提示当前版本已经后面最新的升级版本: ? 我们设置好后关闭Rstudio,再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然,我们如果需要安装github的包的时候,Rtools软件老版本也不再适用,需要下载新版本的Rtools。 下载链接:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷,暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
R语言简介 四十多年前, R 语言的始祖诞生了 , John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ,用于快速地进行数据探索, 统计分析和可视化 。 R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁,正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界! R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的,ubuntu的是一样的。 统计之都 : 国内质量最高的统计网站,有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客,有大量 R 语言应用的案例。 R 语言实战 : 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ,较为简单 , 适合快速翻阅。
point加点;axis右边坐标轴,mtext右边坐标轴的名称,text给出本文。
这里介绍五种R语言的循环语法,分别是: for if repeat which while for samples<- c(rep(1:10)) samples ## [1] 1 2 3
2.2对单个向量进行操作(1)赋值( <- alt+—,在R里操作)赋值,=随意的写法,是OK的=可以代替赋值号 <- ,反过来不行赋值+输出一起实现图片可用名,不建议使用已经占用的格式,如c,limma duplicated(x)此为常用使用形式table(X)#重复值统计,看重复几次,没有重复,返回为1,可以统计出现的次数sort(x)排序,默认从小到大,sort(x,decreasing=T),排序则可改成从大到小R语言的默认思想英文 +函数名帮助文档paste0(rep("student",times=length(a)),seq(2,15,by=2))R语言函数思想:能用函数代替,就不要手动去数,除非代码只用一次2.3对两个向量的操作
一、R 语言简介 1.1 R 语言历史 R 语言是一款统计软件,R 语言也是一门编程语言,R 语言也是一个数据分析平台。 ➢ 一种相当完善、简洁和高效的程序设计语言。 ➢ R 语言是彻底面向对象的统计编程语言。 ➢ R 语言和其它编程语言、数据库之间有很好的接口。 ➢ R 语言是自由软件,可以放心大胆地使用,但其功能却不比任何其它同类软件差。 ➢ R 语言具有丰富的网上资源。 2.3 R 语言与 Excel 对比 1、R 语言开源免费,Excel 收费; 2、R 语言支持 Linux 版本,Excel 只支持 windows,macos,ios,Android 2.4 R 语言与 Python 对比 1、R 语言具有更强大的统计学功能; 2、R 语言的 Bioconductor 项目可以处理生物数据,例如基因表达数据,单细胞测序等;
工欲善其事必先利其器,学习R语言数据分析,第一步自然是R安转。 单细胞数据分析相关R包安装 一、R的使用 R是一种区分大小写的解释型语言。你可以在命令提示符(>)后每次输入并执行一条命令,或者一次性执行写在脚本文件中的一组命令 。 R语句由函数和赋值构成。 R使用<-,而不是传统的=作为赋值符号。 学习一门语言,一定要学会查看帮助文档。R提供了大量的帮助功能,学会如何使用这些帮助文档可以在相当程度上助力编程工作 。 R语言中的基本数据类型(模式)包括数值型、字符型、逻辑型(TRUE/FALSE)、复数型(虚数)和原生型(字节)。 R拥有许多用于存储数据的对象类型,包括标量、向量、矩阵、数组、数据框和列表。 类别(名义型)变量和有序类别(有序型)变量在R中称为因子(factor)。类似于编程语言中的枚举类型。
() #列出当前工作空间中的对象 rm(list=ls()) dir() #列出当前目录 dir.create(“c:/myproject”) options() #查看R软件默认选项的设置 "mylife") #保存工作空间到mylife文件中 load("mylife") #载入工作空间 #输入与输出 #重定向至文本文件和图像文件 source("inputFile.R" class mode names c(obj1,obj2) cbind(obj1,obj2) rbind(obj1,obj2) head tail ls() rm(obj1,obj2) #批处理 R CMD BATCH options infile outfile #linux "c:\program\r\r.exe" CMD BATCH --vanilla --slave "c:\myscript.R #R函数调用 sum.of.squares <- function(x,y) { x^2 + y^2 } sum.of.squares(3, 4)
R基础概念及数据类型重要提示1.Tab键可以补全函数、变量名、指定数据框的行名列名等,能够有效避免错误输入与提高效率2.只有赋值才会使变量发生变化,没有赋值R只是单纯展示出数据3.在R中,Error是唯一代表错误的 ,大部分Warning可以忽略,但并不是出现了Error才是错误,一定要反复检查代码是否完成了目的,小心暗流4.R中“=”与“<-”均可表示赋值,但是在函数的形式参数=实际参数中,仅可用"="<em>R</em>中数据类型分为字符 is.numeric(a)> a<-1> class(a)[1] "numeric"> a<-as.character(a) #仅当赋值了a才会改变> is.numeric(a)[1] FALSE向量向量将R中不同元素组合生成
这期介绍数组、字符串的翻转,元素间翻转,元素内翻转,采用rev、str_rev函数,并给出几个例子。
1找到并打开打开R语言官网 ? ? 2点击主页面上的download R ? 3在跳转的镜像界面,下拉选择中国的镜像,这里选择第一个清华大学地址。 ? 4根据自己的操作系统选择相应的版本,选择 Download R for Windows ? 5在base一行,点击 install R for the first time ? 6 点击Download R 3.3.3 for Windows,保存,然后双击安装程序像其他软件一样按照提示进行正常安装即可。 ? 9 打开R软件,看到这个页面即代表安装成功。 ? image.png
1安装包 问题: 如何安装R包? 方法: 使用install.packages()函数来安装包,括号中写上要安装的包的包名。
不过模型设定和结果输出等内容与前面系列讲过的关于回归分析和方差分析的内容差别不大,链接:R语言系列第四期:②R语言多组样本方差分析与KW检验、R语言系列第四期:④R语言简单相关与回归。 R中有一个按照赤池信息准则(Akaike Information Criterion)进行模型筛选的函数step()。 另外,我们在平常使用线性模型中也经遇到一些问题,比如共线性,交互效应等问题,我们会在这个系列的番外——R语言系列5番外为大家介绍。 好了,这部分的内容就先介绍到这里,我们下期再见。 参考资料: 1. 《R语言统计入门(第二版)》人民邮电出版社 Peter Dalgaard著 2. 《R语言初学者指南》人民邮电出版社 Brian Dennis著 3.Vicky的小笔记本《blooming for you》by Vicky
fev1+rv+frc+tlc) 上面的公式意味着变量pemax可由一个由变量age、sex及其他变量组成的模型来描述(pemax是指患者的最大呼气压力,数据集cystfibr中其他变量的解释可以参考R中的数据集解释 0.1886 0.4997 0.377 0.711 Residual standard error: 25.47 on 15 degrees of freedom Multiple R-squared : 0.6373, Adjusted R-squared: 0.4197 F-statistic: 2.929 on 9 and 15 DF, p-value: 0.03195 #Tips: 模型筛选 R中有一个按照赤池信息准则(Akaike Information Criterion)进行模型筛选的函数step()。 《R语言统计入门(第二版)》人民邮电出版社 Peter Dalgaard著 2.《R语言初学者指南》人民邮电出版社 Brian Dennis著
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