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RITE2013——视网膜图像血管树提取

视网膜血管系统是指示眼科疾病的重要结构。然而,虽然存在许多用于分割视网膜血管的方法,但实际上专注于将视网膜血管分成动脉树和静脉树的方法要少得多。有一种方法,首先对血管进行分段和细化,然后使用局部邻居信息来识别分叉和交叉以构建树。还有一种分组算法,通过使用扩展卡尔曼滤波器最大化血管的连续性,迭代地将未分组的片段连接到分组的片段。还有一种结构映射方法,首先检测地标,然后使用基于路径的图方法来解决问题。还有使用建模为SAT问题的图来分离动脉树和静脉树。可以动态改变图结构来解决一些冲突,但是需要手动输入来初始化标签,并且如果某些冲突无法解决。这些现有方法通常依赖于局部和/或贪婪决策,并且相应地容易受到局部错误的影响,特别是在局部图像信息模糊和/或自动血管分割中不准确的情况下。一些常见错误包括:(a) 当一根血管失踪或断开连接时,会错误分类为分叉点;(b)由于血管只部件缺失而使血管断开;(c)识别由于虚假血管造成的虚假分叉和交叉。此外,复杂的地标很难用局部知识来识别。

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Bioinformatics | 注释scRNA-seq数据时自动识别新细胞

本文介绍由美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心生物统计学系的Ziyi Li和Kim-Anh Do共同通讯发表在 Bioinformatics 的研究成果:为了更好地注释scRNA-seq 数据,发现新的细胞类型,作者开发了一种简单而有效的方法,结合自动编码器和迭代特征选择,从scRNA-seq数据中自动识别新细胞。该方法用标记的训练数据训练一个自动编码器,并将自动编码器应用于测试数据以获得重建误差。通过反复选择表现出双模模式的特征,并使用所选特征对细胞进行重新分组,该方法可以准确地识别训练数据中不存在的新细胞。作者进一步将这种方法与支持向量机结合起来,为注释所有的细胞类型提供了一个完整的解决方案。使用五个真实的scRNA-seq数据集进行的广泛的数值实验,结果表明,该方法比现有的方法具有更好的性能。

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