在不带环境变量的情况下运行qsub时，在shell上打印用法
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在不使用任何环境变量的情况下使用qsub提交时，有没有办法在终端上打印脚本的用法？ 例如，我有一个脚本"script.sh“，它应该接受4个变量"var1，var2，var3和var4”。所以脚本应该以qsub -v var1=a,var2=b... script.sh的形式提交。我想打印什么var1，var2..如果用户尝试在</em
浏览 10提问于2019-05-20得票数 0
如果我使用：putty -load session_name在机器中打开一个外壳程序，然后执行一个命令将一个作业添加到linux系统(qsub -cwd -b hostname)上的网格队列中，一切都会正常工作但是，如果我将命令添加到文本文件中，然后执行putty -load session_name -m file.txt，则会得到qsub: command not found
如果我后退并将文本文件简化为仅为命令我是linux系统的新手，这似乎是一个简单的修复方法，
浏览 0提问于2013-10-29得票数 0
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我想向qsub命令的PATH环境变量添加一个字符串。编辑.sh文件不是一个选项，因为这是在管道中生成和运行的(我可以编辑qsub命令选项)。我正在运行以下qsub命令：
qsub -pe插槽16 -S /bin/bash -cwd -N“管道”-j y -o /home/user/log/out.log /home/user/
浏览 6提问于2015-12-19得票数 1
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如何将网格上执行的shell脚本参数化(从qsub开始)？我有一个shell脚本，其中我使用getopts读取参数。当我开始(qsub script.sh -r firstparam -s secondparam .)这个具有qsub I的工作脚本接收错误消息，
qsub:非法-r值正如qsub所认为的那样，参数是针对自身的。
浏览 2提问于2010-08-17得票数 49
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我定义了要传递给shell脚本的envvars。 envvars:
"PASS" 如果我忘记在shell中指定它们，使用snakemake -n的预演将提醒我设置它。执行在我的本地机器上运行良好，但是我没有设法将envvar传递到我的集群环境中。尽管我设置了环境变量，但我在集群执行后遇到了下面的snakemake错误。snakemake --jobs 2 --latency-wait 30
浏览 23提问于2020-07-29得票数 0
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我正在尝试在crontab中执行qsub脚本。在crontab txt文件中，我尝试：我得到的错误是"/bin/sh: qsub: command not found“。如果能帮上忙我会很感激的。
浏览 3提问于2013-03-05得票数 3
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我正在尝试通过qsub运行作业。run.sh: java -jar project-test-0.1.0-SNAPSHOT.jar 因为它会打印一些结果，所以我想通过qsub来实现：但当我这么做的时候：outpu
浏览 6提问于2015-08-27得票数 2
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考虑一下这个awk脚本来打印每一行的第2列：awk '{print $2}' a.txt。$2不是shell变量，但是当我试图将此代码提交给qsub时，$2被解释为$2。也就是说。qsub awk '{print $2}' a.txtawk '{print }' a.txt
首先，我并不试图在awk脚本中使用shell变量；因此，不适用。我
浏览 3提问于2021-03-03得票数 1
我正在尝试使用SSH远程运行我的Java代码。我需要用qsub来完成这个任务，所以我创建了一个简短的bash脚本，它编译我的Java文件，然后运行主脚本。事情是这样的:我的代码(在没有qsub的情况下运行)提示用户输入文件名和用户名。当使用qsub运行时，它不会这样做，但是任务完成。
我(仍在使用qsub)如何
浏览 0提问于2015-11-06得票数 1
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3回答
我的qsub驻留在SGE。因此，当通过cronjob运行sh脚本时，我收到错误: qsub: command not found。当前设置的路径为: PATH=/usr/bin:/bin
浏览 0提问于2017-01-30得票数 0
我有一个想要在sun grid engine上运行的Python脚本，这个脚本接受一个可能包含大括号的字符串命令行参数。例如，脚本可以是script.py import sys
print(sys.argv[1]) 如果我运行python script.py aaa{，输出是aaa{，如果我运行python script.py这些都是所需的行为。 但是，如果我运行qsub -b y -cwd python script.py aaa{
浏览 58提问于2019-03-03得票数 0
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在我用Python进行计算的情况下，根据结果，我有一个目标文件列表，这些文件是要传递给第二个程序的候选文件。现在，我正在运行程序#2通过'subprocess.call("...", shell=True)，但我想<em
浏览 8提问于2014-02-06得票数 3
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我有一个处理多个环境变量的PBS脚本。PBS是bash的包装器，它将bash脚本发送到作业调度队列。处理后的变量形成一个运行的命令。如何以编程方式确定我的脚本是由qsub (解释PBS脚本的命令)调用的，还是由bash调用的？
如果脚本是在bash下运行的，我想把这个调用看作是一个模拟运行，并且只打印出生成<e
浏览 4提问于2014-06-02得票数 2
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我想将bash脚本提交给我校的Sungrid计算集群，以便在循环中运行可执行文件。当我登录到服务器时，我在bash：/bin/bash$ cat shell_sub#$ -N bSS_s13#$ -j y
echo $<em
浏览 4提问于2017-03-06得票数 3
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我是非常熟悉shell脚本编写，我正在尝试编写一个shell管道，它提交多个qsub作业，但在这些qsubs之间运行几个命令，这些命令取决于最近完成的任务。我一直在研究多种方法，试图阻止shell脚本在提交qsub作业后继续运行，但没有一种方法成功。我尝试了以下暂停/保存脚本的方法：
1)只使用wait，它应该在所有后台程序完成之前停止脚本。当数组作业仍在运行时，这将直接
浏览 3提问于2016-03-23得票数 2
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我在GitHub上找到了GitHub，我想在自己的工作中使用它。我的问题是:第2行到第5行是什么意思？这些只是评论，还是有什么用呢？
#!
浏览 0提问于2018-05-05得票数 13
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我正在使用系统调用来执行一些任务但它会抱怨缺少环境变量。这些环境变量是在我的bash shell中设置的(我在其中运行Perl代码)。system调用是否会创建一个全新的shell (不带环境变量设置)？我该如何避免这种情况呢？
浏览 3提问于2010-11-19得票数 11
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如何同时提交多份R工作？
、、、
我有一个R脚本，它运行多个文件，比如file=1到50。我通常提交重复的工作，例如5次，每次10个文件，通过改变R-脚本中的数字。那么，我怎样才能一次提交5份工作而不提交5次呢？此外，我希望更新每个作业的<>default.out和错误文件。#!
浏览 0提问于2021-05-22得票数 1
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我已经在我的mac构建代理上安装了sass。附加批准:这是我的机器的输出Sass 3.3.8 (Maptastic Maple)Usage: sass [options并将其写入bash_profile：当我试图在詹金斯执行我的工作时
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浏览 2提问于2014-06-09得票数 0
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