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沙龙
1
回答
在
不带
环境变量
的
情况下
运行
qsub
时
,
在
shell
上
打印
用法
shell
、
qsub
在
不使用任何
环境变量
的
情况下
使用
qsub
提交
时
,有没有办法
在
终端上
打印
脚本
的
用法
? 例如,我有一个脚本"script.sh“,它应该接受4个变量"var1,var2,var3和var4”。所以脚本应该以
qsub
-v var1=a,var2=b... script.sh
的
形式提交。我想
打印
什么var1,var2..如果用户尝试
在</em
浏览 10
提问于2019-05-20
得票数 0
1
回答
使用putty -m选项会给出‘未找到命令’
linux
、
ssh
、
putty
如果我使用:putty -load session_name
在
机器中打开一个外壳程序,然后执行一个命令将一个作业添加到linux系统(
qsub
-cwd -b hostname)
上
的
网格队列中,一切都会正常工作但是,如果我将命令添加到文本文件中,然后执行putty -load session_name -m file.txt,则会得到
qsub
: command not found 如果我后退并将文本文件简化为仅为命令我是linux系统
的
新手,这似乎是一个简单
的
修复方法,
浏览 0
提问于2013-10-29
得票数 0
1
回答
将
环境变量
传递给
qsub
作业
linux
、
qsub
我想向
qsub
命令
的
PATH
环境变量
添加一个字符串。编辑.sh文件不是一个选项,因为这是
在
管道中生成和
运行
的
(我可以编辑
qsub
命令选项)。我正在
运行
以下
qsub
命令:
qsub
-pe插槽16 -S /bin/bash -cwd -N“管道”-j y -o /home/user/log/out.log /home/user/
浏览 6
提问于2015-12-19
得票数 1
回答已采纳
4
回答
参数用于使用
qsub
启动
的
shell
脚本。
linux
、
shell
、
grid-computing
、
qsub
如何将网格
上
执行
的
shell
脚本参数化(从
qsub
开始)?我有一个
shell
脚本,其中我使用getopts读取参数。当我开始(
qsub
script.sh -r firstparam -s secondparam .)这个具有
qsub
I
的
工作脚本接收错误消息,
qsub
:非法-r值正如
qsub
所认为
的
那样,参数是针对自身
的
。
浏览 2
提问于2010-08-17
得票数 49
回答已采纳
1
回答
snakemake envvar不会传递给集群执行(snakemake抛出错误)
python
、
snakemake
我定义了要传递给
shell
脚本
的
envvars。 envvars: "PASS" 如果我忘记在
shell
中指定它们,使用snakemake -n
的
预演将提醒我设置它。执行在我
的
本地机器
上
运行
良好,但是我没有设法将envvar传递到我
的
集群环境中。尽管我设置了
环境变量
,但我
在
集群执行后遇到了下面的snakemake错误。snakemake --jobs 2 --latency-wait 30
浏览 23
提问于2020-07-29
得票数 0
回答已采纳
2
回答
在
crontab中使用
qsub
?
bash
、
crontab
我正在尝试
在
crontab中执行
qsub
脚本。
在
crontab txt文件中,我尝试:我得到
的
错误是"/bin/sh:
qsub
: command not found“。如果能帮上忙我会很感激
的
。
浏览 3
提问于2013-03-05
得票数 3
回答已采纳
1
回答
向
qsub
提交作业会产生错误,警告:无法访问tty
qsub
我正在尝试通过
qsub
运行
作业。run.sh: java -jar project-test-0.1.0-SNAPSHOT.jar 因为它会
打印
一些结果,所以我想通过
qsub
来实现:但当我这么做
的
时候:outpu
浏览 6
提问于2015-08-27
得票数 2
2
回答
qsub
不识别awk字段变量
awk
、
qsub
考虑一下这个awk脚本来
打印
每一行
的
第2列:awk '{print $2}' a.txt。$2不是
shell
变量,但是当我试图将此代码提交给
qsub
时
,$2被解释为$2。也就是说。
qsub
awk '{print $2}' a.txtawk '{print }' a.txt 首先,我并不试图
在
awk脚本中使用
shell
变量;因此,不适用。我
浏览 3
提问于2021-03-03
得票数 1
1
回答
使用
qsub
运行
交互式java代码
linux
、
command-line
我正在尝试使用SSH远程
运行
我
的
Java代码。我需要用
qsub
来完成这个任务,所以我创建了一个简短
的
bash脚本,它编译我
的
Java文件,然后
运行
主脚本。事情是这样
的
:我
的
代码(
在
没有
qsub
的
情况下
运行
)提示用户输入文件名和用户名。当使用
qsub
运行
时,它不会这样做,但是任务完成。 我(仍在使用
qsub
)如何
浏览 0
提问于2015-11-06
得票数 1
回答已采纳
3
回答
如何在cronjob中设置SGE
的
路径
shell
、
cron
、
sungridengine
我
的
qsub
驻留在SGE。因此,当通过cronjob
运行
sh脚本
时
,我收到错误:
qsub
: command not found。当前设置
的
路径为: PATH=/usr/bin:/bin
浏览 0
提问于2017-01-30
得票数 0
2
回答
如何使用sun grid engine
qsub
传递包含大括号
的
命令行参数?
python
、
sungridengine
我有一个想要在sun grid engine
上
运行
的
Python脚本,这个脚本接受一个可能包含大括号
的
字符串命令行参数。例如,脚本可以是script.py import sys print(sys.argv[1]) 如果我
运行
python script.py aaa{,输出是aaa{,如果我
运行
python script.py这些都是所需
的
行为。 但是,如果我
运行
qsub
-b y -cwd python script.py aaa{
浏览 58
提问于2019-03-03
得票数 0
回答已采纳
2
回答
在
通过Python
的
qsub
提交
的
集群
上
运行
作业。说得通吗?
python
、
cluster-computing
、
qsub
在
我用Python进行计算
的
情况下
,根据结果,我有一个目标文件列表,这些文件是要传递给第二个程序
的
候选文件。现在,我正在
运行
程序#2通过'subprocess.call("...",
shell
=True),但我想<em
浏览 8
提问于2014-02-06
得票数 3
回答已采纳
2
回答
如何判断bash或
qsub
是否调用了PBS脚本?
bash
、
pbs
我有一个处理多个
环境变量
的
PBS脚本。PBS是bash
的
包装器,它将bash脚本发送到作业调度队列。处理后
的
变量形成一个
运行
的
命令。如何以编程方式确定我
的
脚本是由
qsub
(解释PBS脚本
的
命令)调用
的
,还是由bash调用
的
? 如果脚本是
在
bash下
运行
的
,我想把这个调用看作是一个模拟
运行
,并且只
打印
出生成<e
浏览 4
提问于2014-06-02
得票数 2
回答已采纳
2
回答
qsub
正在csh中执行我
的
bash脚本,尽管存在着shebang。
bash
、
csh
、
qsub
、
shebang
、
sungridengine
我想将bash脚本提交给我校
的
Sungrid计算集群,以便在循环中
运行
可执行文件。当我登录到服务器
时
,我
在
bash:/bin/bash$ cat
shell
_sub#$ -N bSS_s13#$ -j y echo $<em
浏览 4
提问于2017-03-06
得票数 3
回答已采纳
1
回答
保持
shell
脚本命令
的
剩余部分,直到PBS
qsub
数组作业完成为止。
shell
、
wait
、
chaining
、
qsub
我是非常熟悉
shell
脚本编写,我正在尝试编写一个
shell
管道,它提交多个
qsub
作业,但在这些qsubs之间
运行
几个命令,这些命令取决于最近完成
的
任务。我一直
在
研究多种方法,试图阻止
shell
脚本
在
提交
qsub
作业后继续
运行
,但没有一种方法成功。我尝试了以下暂停/保存脚本
的
方法: 1)只使用wait,它应该在所有后台程序完成之前停止脚本。当数组作业仍在
运行
时,这将直接
浏览 3
提问于2016-03-23
得票数 2
1
回答
bash脚本行以#$开头
的
含义是什么?
command-line
、
bash
、
scripts
我
在
GitHub
上
找到了GitHub,我想在自己
的
工作中使用它。我
的
问题是:第2行到第5行是什么意思?这些只是评论,还是有什么用呢? #!
浏览 0
提问于2018-05-05
得票数 13
回答已采纳
1
回答
用
qsub
在
循环中编译程序
bash
、
makefile
、
intel-fortran
、
qsub
当我从命令行
运行
程序时,它会编译,但是当我使用
qsub
时
,它不会编译。致以敬意,巴什文件 #!
浏览 1
提问于2013-10-07
得票数 0
回答已采纳
7
回答
Perl system()调用使用哪个
shell
?
perl
、
shell
、
system
我正在使用系统调用来执行一些任务但它会抱怨缺少
环境变量
。这些
环境变量
是
在
我
的
bash
shell
中设置
的
(我在其中
运行
Perl代码)。system调用是否会创建一个全新
的
shell
(
不带
环境变量
设置)?我该如何避免这种情况呢?
浏览 3
提问于2010-11-19
得票数 11
回答已采纳
1
回答
如何同时提交多份R工作?
shell-script
、
cluster
、
r
、
qsub
我有一个R脚本,它
运行
多个文件,比如file=1到50。我通常提交重复
的
工作,例如5次,每次10个文件,通过改变R-脚本中
的
数字。那么,我怎样才能一次提交5份工作而不提交5次呢?此外,我希望更新每个作业
的
<>default.out和错误文件。#!
浏览 0
提问于2021-05-22
得票数 1
1
回答
在
macOS和Jenkins上集成sass
ruby
、
jenkins
、
gem
、
sass
我已经
在
我
的
mac构建代理上安装了sass。附加批准:这是我
的
机器
的
输出Sass 3.3.8 (Maptastic Maple)Usage: sass [options并将其写入bash_profile:当我试图
在
詹金斯执行我
的
工作
时
14
浏览 2
提问于2014-06-09
得票数 0
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