关于HttpCore与HttpClient：HttpCore是位于HTTP传输组件的底层包，可以用来简化HTTP客户端与服务器端的开发。...了解到HttpCore包与HttpClient包的差别，在程序中就应该大致知道一些包它们存在于哪个类库中。...设置代理服务器 // 设置代理服务器 public void testProxy() throws Exception { HttpHost proxy = new HttpHost...几种常用HTTP头的设置 // 几种常用HTTP头的设置 public void testBasicHeader() throws Exception { HttpParams...完整的代码 View Code 分类: Java-Framework 标签: java, post, get, 多线程, HttpClient4.2, HttpClient, Session,
一个好的分析流程在减轻使用者负担的同时，还能够让别人也能够重复你的分析过程，从而保证结论可靠性。 ? （bioinformatics pipeline） ? ?...这种理念是我们最直观的分析逻辑，也是最常用的流程框架。通常，生信刚入门的同学们会选择这种方式，简单而暴力；段位较高的同学，则会选择将分析内容进行包装，然后提供多个参数选择，增加流程灵活性。...Make是最常用的软件编译器，作为一个1977年诞生的工具，其存在的年代确实有点久远了，但是其依然在科学计算流程管理文件转化中焕发了新生。...、TOML等，然后用对应的格式解释器以及执行步骤就能完成流程的分析。...，那么就可以使用Implicit/Explicit类的流程，如：Snakemake、Nextflow等，而这一类的流程也比较适合刚入门生信的小伙伴们去尝试； 如果是需要进行高性能流程开发，致力于解决特定的生物学问题
通过 Snakemake，我们可以定义一系列任务以及这些任务之间的依赖关系，从而构建一个可重复、可维护和可扩展的工作流程。 结合conda/mamba，它们很容易被扩展到服务器、集群、网格和云环境。...简单来说，它有以下优点： 可读性强 易移植 模块化管理 透明 能生成流程图，看到每个过程 可扩展 可拓展的平台 2如何使用 在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...因此，想要正确使用Snakemake你需要一个写好了rule的Snakefile，其中rule包含input、output和action（有时也会包含一些参数eg. threads）。...当我们运行snakemake ds1_plot.pdf时，它会从规则的output中找到能与ds1_plot.pdf匹配的。当{dataset}为ds1时，二者成功匹配。...如果我们修改了数据，程序会识别文件的修改时间判定其为一个新文件，进而重新运行命令。 3Snakemake 参数 Snakemake的参数非常多，常用的有以下几个： -p：打印运行的shell命令。
1-指定软件使用的线程 如bwa 等软件，我们可以分配多线程以提高任务的执行速度的。...执行的时候，我们需要制定--cores 参数，设置snakemake 全部任务执行时，不超过的最大线程数。...2-配置文件 我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...但是，如果是给外部用户使用呢？或者是应对不同的场景需求，设置参数呢？...List of resources to used for base recalibration RECALIBRATION: RESOURCES: - - - 就可以非常优雅的设置软件或者是资源配置的参数了
事情是这样的，前些天我在朋友圈发了一张图片： ?...准备工作 正式开始前，你需要完成以下工作： 1、在linux环境下安装好了conda，并使用conda安装好了gatk4（4.1.6.0）、Snakemake（5.13.0）、trim-galore（0.6.5...这里需要注意：1、Snakemake会自动创建不存在的目录；2、如果shell命令没有定义输出文件，也可以不写output；3、这一步使用了{sample}这个参数，但实际上{sample}还没有定义，...通过添加--cores/--jobs/-j N参数可以指定并行数，如果不指定N，则使用当前最大可用的核心数。一切准备妥当，运行命令snakemake --cores 16，程序就跑起来了。...扩展 rule中还可以添加其他的参数，比如说threads、log，如果输出文件重要，可以添加protected参数设置为保护文件，相反，如果跑完程序就可以删除的文件，可以添加temp参数设置为临时文件
.pdf 850K甲基化芯片数据的分析.pdf 使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域.pdf 然后就可以看我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片（450K或者850K）数据处理 》 教学视频免费在...Infinium 450K探针交叉反应和模糊比对到人类基因组中的多个位置影响了485,000个探测器中的约140,000个探针（29％），将可用探针的数量减少到约345,000个。...，默认选择列，下载原始数据的基本信息：ENA Browser (ebi.ac.uk) # 因为在小环境snakemake下运行，选择第二个密钥 (snakemake) yulan 14:55:14...)yulan 23:45:33 ~/wgbs_test/mapping $ nohup bash mapping.sh >mapping.log & # 重要参数说明 bismark -N：设置seed...），ignore_r2指的是在提取甲基化 水平时不要提取pair2的前两个位置（类似的参数还有ignore ，ignore_3prime，ignore_3prime_r2。
freemarker是一个java的模板引擎，我通常用来做代码生成工具。...里面的源码有很多，所以我想有没有办法能把代码生成过程中的类名打印出来，这样我就能知道那些java文件是必须的。 找了找动态代理的AOP，还看了看CGlib，感觉都不太方便。...Configuration(); // 加载freemarker模板文件 cfg.setDirectoryForTemplateLoading(new File(dir)); // 设置对象包装器..."persion", "小吴"); // 获取指定模板文件 Template template = cfg.getTemplate("ex.ftl"); // 定义输入文件，默认生成在工程根目录...VM. **/ public static void premain(String agentArgs, Instrumentation _inst) {
工欲善其事必先利其器 1Snakemake Snakemake是一款流行的生物信息学工作流管理系统，由Johannes Köster及其团队开发。...Snakemake的主要优势包括： 易于使用和学习：Snakemake使用简单的、基于Python的语法来定义工作流，这使得它对于具有Python基础的科学家来说非常容易上手。...conda activate snakemake-tutorial snakemake --help pip安装报错 设置镜像后，成功安装 一个简单的 call snp 的示例 ##激活环境 conda...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...使用它时，请确保每行都有一个尾随空格，但最后一行除外， 以避免参数没有正确分开 $cat plot-quals.py import matplotlib matplotlib.use("Agg") import
snakemake 的工作流可以简单概括为：1）首先定义一些规则；2）设置需要的输出类型，snakemake 将会判断需要何种软件或流程以获得对应的输出类型。...写好了Snakefile 脚本，我们就可以在同一目录下执行： $ snakemake -np Building DAG of jobs......-n 参数为试运行，-p 则将输出信息打印到shell。 我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。...Snakefile 设置了output 对应的文件，否则我们在调用snakemake 的时候，需要显式地设置output 对应的文件： snakemake -np results/awesome/001...这个过程总结如下： 同样地，在命令行中我们也可以使用通配符： $ snakemake -np results/awesome/00{1..3}_R{1,2}.fq Building DAG of jobs
那么，有没有其他的办法超分配内存呢？ 小E边走边想，在路边买了一包葵花子，回到了知春路49号，刚打开包装，就被拉进了电话会议。...当VM2的应用向GuestOS申请较多内存时，QEMU感知到VM2的内存使用率吃紧，会控制VM1体内的内存气球向VM1的GuestOS申请内存，得到的是GVA(Guest Virtual Address...那么，当VM2内存使用量降低的时候，VM1体内的内存气球会向guestos释放内存，这个过程就叫做内存气球的收缩。...如果VM1本身的应用申请了较多内存导致VM1的内存水位到达阈值，Hypervisor也会让VM1体内的内存气球收缩，同时让其他内存利用率较低的VM通过内存气球，将内存借给VM2使用。...原来，无论是JAVA这样的在JVM中执行的语言，还是C这样直接编译为CPU指令执行的语言，向操作系统申请内存，都有可能由于内存不足而申请失败，操作系统返回空指针NULL (实际上为0地址，处理器访问这个地址会导致异常
snakemake 是基于Python扩展的，Python原来的语法照样可以在snakmake里使用。...在config.yaml中添加一些注释使用的参数 OrgDb: org.Mm.eg.db txdb: TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene 差异peak寻找 差异peak...MACS2 在 Call Peak 时，可以选择使用 narrow 或 broad 参数进行分析，这两个参 数寻找 Peak 的方法略有不同，找到的 Peak 的峰形也不同，narrow 峰形较窄，broad...我们默认使用 narrow 参数进行分析。...-5-conda-exe-problem 使用yaml配置安装conda环境时，自动安装的依赖包可能用不了，可以更换环境或者手动重新安装 一些snakemake 错误提示，具体问题具体分析了 也不排除上文代码
deployed to any execution environment.通过官网的介绍，可知snakemake是一个python包，所以可以在snakemake脚本中使用任何python语法。...wildcardsnakemake使用正则表达式匹配文件名，比如下边的代码fastpse脚本中，我们使用{s}{u}去代替两个字符串，而且我们也可以对这两个字符串的内容进行限制。...文件，虽然很长，其实就是一个判断你输入内容，然后交给fastp去执行的python脚本，所以我们需要按照作者的要求提供输入和输出文件名字，以及适当的额外参数。...后来才知道，reason不是推测的意思，而是名词原因的意思，这一步为什么会执行，因为输出文件不在指定的位置，换言之，如果我们跑完fastp_se后中断了snakemake流程，下次在接着跑流程，是不会跑...config/config.yaml文件中，在snakemake流程中，读入的config是一个嵌套字典，而且config是全局变量samples: config/samples.tsvgenome:
在进行 ngsjs 项目时，我做了一张示意图来表示一些高通量测序数据分析项目重现性的要点（图一）。...、降低维护难度； 通过使用各类编程语言自带的包管理器解决依赖问题，便于其他用户安装和调用。...使用和开发这类工具的主要原因： 程序每一步的输入输出参数一目了然； 有图形化流程设计器的支持； 自带日志和运行状态监控功能； .........在 snakemake 工具出现之后（使得数据分析流程支持 CWL），使用Makefile式 Rule 文件构建生物信息学分析流程的用户迅速增加。...用户目前也大多接受使用配置文件统一管理变量。 命令行参数也常常结合配置文件同时使用，这么做的主要原因： 可以有效减少动态更新和管理配置文件的次数； 通过命令行修改参数也更加透明和便于日志记录。
在进行ngsjs项目时，我做了一张示意图来表示一些高通量测序数据分析项目重现性的要点（图一）。...使用和开发这类工具的主要原因： 程序每一步的输入输出参数一目了然 有图形化流程设计器的支持 自带日志和运行状态监控功能 .........在snakemake工具出现之后（使得数据分析流程支持CWL），使用Makefile式Rule文件构建生物信息学分析流程的用户迅速增加。...，然后开发相应的解析器解析和执行流程。...命令行参数也常常结合配置文件同时使用，这么做的主要原因： 可以有效减少动态更新和管理配置文件的次数 通过命令行修改参数也更加透明和便于日志记录 | Jupyter notebook和R markdown
Java是一个面向对象的编程语言，基本类型并不具有对象的性质，为了让基本类型也具有对象的特征，就出现了包装类型（如我们在使用集合类型Collection时就一定要使用包装类型而非基本类型），它相当于将基本类型...double Double Number是所有数字包装类的父类 小萌： •自动装箱：可以将基础数据类型包装成对应的包装类•Integer i = 10000; // 编译器会改为new Integer...// 在JVM初始化期间，可以设置java.lang.Integer.IntegerCache.high属性并将其保存在私有系统属性sun.misc.VM类。...between -128 and 127•char in the range \u0000 to \u007F 在使用这些基本类型对应的包装类型时，如果该数值范围在缓冲池范围内，就可以直接使用缓冲池中的对象...•// 在VM初始化期间，可以设置java.lang.Integer.IntegerCache.high属性并将其保存在私有系统属性sun.misc.VM类。
ps：这里如果直接使用samtools 的-o 参数呢？...直接使用snakemake即可： snakemake -np mapped_reads/A.bam 同样，我们也可以在我们的规则中，使用通配符： rule bwa_map: input:...我们在snakemake 中使用的{sample}，实际上是创建的wildcards 对象的一个属性。因此在shell 中需要写为{wildcards.sample}。...ps：这里-T 参数实际也是指定的临时文件的前缀。...--dag | dot -Tpng > dag.png 发现依然得显式的设置输出文件，并且要设定启动的最大核心数： snakemake --cores 4 -p results/plots/quals.svg
，中间过程不需要root权限，可以非常方便的在云服务器上运行； 作者声称oVarFlow整个流程既可以一键运行，也可以自定义运行，方便使用者修改其中的脚本参数。...对一个标准的WES双端测序的fastq文件，整个流程运行时间大概是6小时左右。...建立conda小环境，这里直接使用yaml文件来创建哦，参考：安装conda的yaml文件赠送小米显示器 ## 新建工作目录并下载安装软件 mkdir -p $HOME/project_dir/conda_env...在正式运行找变异流程前需要先确认整个流程可顺利运行。 snakemake -np ## 伪运行一下代码 没有报错信息话就可以正式开始找变异流程。...Linux(2019更新版)》 但是大家使用时，可能遇到一些问题，主要是因为每个人背景知识不一样，而且每个人的服务器特性不一样。
再看其它的包装器： Boolean：(全部缓存) Byte：(全部缓存) Character(<= 127缓存) Short(-128 — 127缓存) Long(-128 — 127...使用Oracle/Sun JDK 6，在server模式下，使用-XX:AutoBoxCacheMax=NNN参数即可将Integer的自动缓存区间设置为[-128,NNN]。...注意区间的下界固定在-128不可配置。 在client模式下该参数无效。...这个参数是server模式专有的，在c2_globals.hpp中声明，默认值是128；不过这个默认值在默认条件下不起作用，要手动设置它的值或者是开启-XX:+AggressiveOpts参数才起作用。...在设置了-XX:+AggressiveOpts启动参数后，AutoBoxCacheMax的默认值会被修改为20000并且生效。
一种解决办法是，对于正常用户的访问，服务器响应 AngularJS 应用的内容；对于 搜索引擎的访问，则响应专门针对 SEO 的HTML页面。...可以用来 优化 Angular 应用的性能 的办法： 减少监控项（比如对不会变化的数据采用单向绑定） 主动设置索引（指定 track by ，简单类型默认用自身当索引，对象默认使用...function myCtrl(){ // 使用 vm 捕获 this 可避免内部的函数在使用 this 时导致上下文改变 var vm = this; vm.a = ‘aaa’; }...因为使用 controllerAs 的话 view 上所有字段都绑定在一个引用的属性上，比如 vm.xx，所以坑不再存在）。...二十二、. apply()和 digest()的区别 安全性：apply()可以接收一个参数作为function()，这个 function 会被包装到一个 try … catch 块中，所以一旦有异常发生
在基于物理的服务器（此处主要与容器平台进行区分，故此描述）上运行Java应用程序时，我们通常会使用Java虚拟机参数"-Xms、-Xmx"来指定Java堆内存的初始值和最大值。...如果要将我们的应用程序移植到容器平台，如何在容器环境中配置Java堆内存大小呢？有没有最佳做法？在本文中，我们将讨论可用于指定Java堆内存大小的JVM参数以及最优选择。...3、在现代Java版本中不建议使用此参数。从Java 8 update 131 to Java 8 update 190仅受支持。...在非容器（传统物理服务器世界）环境下支持的-Xmx操作如下： [administrator@JavaLangOutOfMemory ~ ]%java -Xmx512m -XshowSettings：vm...除此之外，如果我们没有分配的容器的内存大小，那么JVM甚至不会启动（这比在进行事务处理时遇到OutOfMemoryError更好）。
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