在通过snakemake包装器使用picard或fgbio等工具时，我总是遇到内存不足的问题。目前，我求助于直接的shell调用，它允许我设置VM内存。我更喜欢将这些参数传递给封装的工具。有没有办法，也许通过resources指令，传递像mem_mb=10000这样的东西？我试过了，但还没让它起作用。
浏览 32提问于2019-01-17得票数 2
当尝试在我们的一个集群上运行一些使用wrappers的Snakemake工作流时，我遇到了作业失败的问题，错误如下： WorkflowError:
Failed to open source filehttps://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/raw/0.77.0/bio/cutadapt/se
浏览 29提问于2021-08-27得票数 0
我正在构建一个管道，它既可以访问snakemake的官方包装器存储库中的包装器，也可以访问托管在我自己的GitHub存储库中的自定义包装器。当使用不同的短语时，假设一个特定的前缀会方便得多(例如，"main/wrapper/dir"将指向我的GitHub
浏览 15提问于2021-11-12得票数 0
我需要设置基于java版本的-classpath，用于启动应用程序。在Install4j中有没有办法做到这一点。
浏览 0提问于2018-04-27得票数 1
我想让Snakemake为单个规则设置绑定内存限制。根据snakemake文档，mem_mb参数似乎可以工作，但作业使用的内存比我分配的要多。 python3 -c 'import numpy; x=numpy.ones(1_000_000_000)'
浏览 101提问于2020-02-26得票数 4
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编辑27-07-2018:包装器不考虑线程。此外，我在这里尝试的语法不起作用，据我所知，也不支持类似的语法。答案来自Snakemake、谷歌集团和下面meono的交叉帖子。我正在使用Snakemake，我对它很满意。然而，对于某些过程，我正在使用包装(即FastQC和Trimmomatic)。但是，我注意到这些包装器没有考虑到{线程}变量。我尝试过设置threads: 4，然后<e
浏览 0提问于2018-07-16得票数 1
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当我试图以bash变量的形式提供--rerun-触发器标志时，我遇到了问题。我的命令是snakemake_extra是一个bash变量，定义为我得
浏览 6提问于2022-08-29得票数 1
我对snakemake还是个新手，所以我仍然很难将shell命令和python代码结合起来。 我的解决方案是生成脚本文件，然后在此脚本中执行shell命令。调用snakemake.shell和os.system来执行命令行有什么机械上的区别吗？"prefetch %s -o %s" "scripts/prefetch.py" prefetch.py是： from json import load
from snakemakeim
浏览 29提问于2020-11-05得票数 0
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我正在尝试让snakemake直接读写S3。有没有人知道是否可以使用S3RemoteProvider并使用参数stay_on_remote=True？当我将这个参数设置为True时，它看起来不像是snakemake可以找到我的输入。我也试过使用XRootD RemoteProvider，但它似乎无法与S3对话。有没有其他方法可以做到这一点？提前感谢您的帮助！
浏览 3提问于2017-06-28得票数 1
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我正在使用Nuxt.js，并想测试我的页面，它使用asyncData与Jest。我有一个工厂函数来设置我的包装器，但它基本上返回一个shallowMount。期望的
单击按钮时，我希望函数根据查询参数的不同而有不同的行为。在运行测试时，我想通过在创建包装器时直接设置它来模拟这
浏览 8提问于2020-05-31得票数 1
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我有一个关于在Java 1.6中设置java hotspot服务器VM的问题java -versionjava版本"1.6.0_16“Java(TM) S
浏览 2提问于2010-10-13得票数 1
我们正在使用供应商许可的副本来启动他们的平台。它为每种操作系统风格和体系结构提供了包装器，推荐的配置文件是具有3G堆的64位VM。我们使用的是64位的wrapper-linux-x86-64，但我一直找不到强制wrapper.sh脚本使用Redhat二进制文件的包装器配置选项。我能够让包装器以
浏览 5提问于2010-07-05得票数 6
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我想知道我的HotSpot Java的无VM参数调用是使用-client、-server还是分层编译选项运行的。当我没有提供VM参数时，默认情况下选择哪一个？有没有办法输出关于哪个JIT编译器正在运行的诊断信息？
浏览 2提问于2013-02-12得票数 11
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Q1:有没有办法将其更改为：
EXITING: FATAL INPUTFATAL ERROR, exiting我应该考虑在星号后面添加一个排序模块吗？Q2:如何从包装器回购中获取模块并使其成为本地模块，允许我编辑它？"
浏览 1提问于2018-11-15得票数 0
我从文档中看到，Snakemake支持Google Cloud，但它是否可以配置为使用可抢占的实例？
谢谢。
浏览 3提问于2019-02-22得票数 0
我在.bashrc中使用这个hack将fish设置为‘默认’shell if [ "$REALBASH" !我设法让conda使用this与fish一起工作，但它的缺点是在fish中激活conda环境的命令与bash不同。在bash中，命令是source activate ...，在fish中是conda activate ...。 在使用source activate ...<
浏览 40提问于2020-07-23得票数 2
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在我的项目中，我经常遇到Java堆空间错误，即没有足够的空间来运行程序。有什么方法可以增加虚拟内存吗？
我没有使用命令行。我正在使用Net Beans。
浏览 2提问于2009-04-01得票数 2
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我正在编写一个包含大量jni代码的Java库。几乎每个测试用例都需要加载我的jni dll，而我有很多测试用例。为了从Eclipse的Junit启动器中运行测试用例，我必须创建一个run/debug配置，并编辑VM参数和环境变量。我希望有一种方法可以将整个项目的VM参数和环境变量设置为默认值，并让新的运行配置包含默认条目。据我所知，执行环境可能会这样做，但我似乎需要PDE来让它们工作(？)
浏览 1提问于2009-10-12得票数 14
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