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我想使用数据帧创建一个特定的成对比较矩阵。为此，我有：Indv<-c(1,2) fiproniltiametoxam<-c(9,9)DF
之后，我创建了一个成对比较</
浏览 2提问于2017-01-22得票数 0
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我有一些数据，还有这些数据点的成对距离矩阵。我想使用凝聚聚类来对它们进行聚类。我读到在sklearn中，我们可以将“预计算”作为亲和力，我希望它是距离矩阵。但我找不到任何使用预先计算的亲和度和自定义距离矩阵的示例。任何帮助都将不胜感激。
浏览 0提问于2017-06-30得票数 10
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数据集的最小距离
、、、
from scipy.spatial.distance import cdistcdist(X,X).min(axis=1)array([0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.
浏览 4提问于2020-10-25得票数 0
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我有一个python NxN numpy成对数组(矩阵)的双值。例如，(i，j)的每个数组元素是i和j项之间的度量。对角线，其中i==j，是1，因为它是一个对自身的测量。这也意味着2D NxN numpy数组可以用矩阵三角形式表示( numpy数组的一半与对角线上的另一半相同)。我知道numpy有分区方法，我已经看到了很多平面数组的例子，但是我很难找到对成对比较矩阵简单明了的东西。在本例中，k由seventyPerc
浏览 8提问于2021-05-27得票数 2
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我正在使用模块hcluster从距离矩阵计算树状图。我的距离矩阵是生成的数组的数组，如下所示：import numpy as np
distMatrix =，并使用vecLink = hcluster.linkage(distVec)计算链接矩阵。所有这些都工作得很好，但是如果我使用距离矩阵而不是压缩向量matLink = hcluster.linkage(distMatrix)来计算链接矩阵，我会得到一个不
浏览 4提问于2011-04-19得票数 3
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我有一个函数，包含一些循环和一个双for循环。它所做的是首先建立一个矩阵来存储结果(手头的任务是比较基因组)，然后用滑动窗口计算序列之间的差异。距离是结果的预先制作的矩阵，它具有与序列成对比较的数量和由windowp1和windowp2确定的滑动窗口框架的数量。这些序列之间的差异仅用hamming距离计算。循环1在窗口上滴答作响，第二个循环在窗口中对要做的序列进行所有比较，然后第一个循环滴答地选择下一个窗口。最后一条
浏览 0提问于2013-03-04得票数 3
我的c++实现和python实现占用了几乎相同的执行时间。c++不应该比原始python实现工作得更好。
浏览 0提问于2019-07-16得票数 2
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我们希望量化站点之间的总体时间协方差(浓度是否同时上升和下降)，并对不同的统计方法感兴趣。使用成对缩放协方差的均值，但肯定有一种更优雅的方法。
我们很乐意使用R、Pyton或Matlab。谢谢!
浏览 0提问于2018-05-03得票数 0
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为此，我使用了预训练的词向量，因此有一个包含句子一的词向量的数组(s1)和一个包含句子二的词向量的数组(s2)。为了对它们是否相似进行分类，我通过将s1中的所有向量与s2中的向量进行成对比较来创建一个矩阵。然后将该矩阵输入到CNN分类器中，并对数据进行训练。这一切都非常简单明了。为了得到s1和s2中每个向量的隐藏状态，需要使用双向LSTM，然后用成对余弦相似度来比较这些隐藏状态，就
浏览 1提问于2018-10-11得票数 0
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因此，我在R中有一个相当复杂的问题(至少对我来说是这样)。d <- distance(x, method="desired_method")
我有两个相关矩阵a和b，每个近10k行，对应于两个矩阵的行数相同，我的目标是迭代地比较矩阵a的第一行与矩阵b的第一行，第二个a行与第二个b行，依
浏览 9提问于2019-08-01得票数 0
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例如，A是4*4 (矩阵上面和左边的数字是度量距离的元素的指数，我们只使用下三角形)： _____________1 |a10消除对角线上的零点，我们有以下矩阵(类似于Matlab和R)： _________ 2 |a20 a21 03 |a30 a31 a32
接下来，我们可以高效地以具有np = n*(n-1)&
浏览 2提问于2013-08-25得票数 0
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我正在尝试使用SIMD指令(_mm256_add_pd、store、load等)在C中优化二维矩阵加法。然而，我并没有看到一个很大的加速。使用一些计时代码，我看到加速比在0.8倍-1.5倍的范围内的原始解决方案)。我想知道这是不是很典型？我认为这可能是一个潜在的内存瓶颈，因为在这种情况下，计算量似乎非常小。在循环数较高的情况下，并行/SIMD版本做得很好，但在循环数较低的情况下，简单的解决方案往往会做得更好。
浏览 6提问于2020-11-22得票数 0
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这是R的新手，在我的理解之外！我正在尝试编写将以下步骤组合在一起的代码：b)对找到的最小值求和步骤a和b对于一次两列来说足够简单。, 0.00)但是对于步骤c，我很难编写一个代码来对由7行和32列组成的数据帧中的每个成对</
浏览 0提问于2016-12-17得票数 2
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我正在研究比较细菌代谢模型。每个模型都有一组代谢物及其在200个时间点的浓度。我正在对这些模型进行比较，以便根据它们的相似性对它们进行聚类。我遵循的一种方法是使用欧几里德距离对两个模型中的每个代谢物对进行成对比较。下面是我的数据的样子。这是一个。我计算了模型A中的Met1和模型B中的Met1的成对欧几里德距离。同样，计算了两个模型(模型A中的Met4和模型B中<
浏览 4提问于2015-08-01得票数 0
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R在对称矩阵上的应用
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首先，我有两个矩阵，mat1和mat2 a b c2 1 1 14 NA 1 NA
mat2为了实现这一点，我想，对于mat2中的一些坐标mat2，计算mat1的两列的成对完备性。例如：mat2["a","b"]或mat2["b","a"] (应该相同)将成为原始值*( mat1 of a的完整行和mat1 of a
浏览 3提问于2014-01-13得票数 1
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我有250,000个列表，平均每个包含100个字符串，存储在10个字典中。我需要计算所有列表的成对相似性(这里的相似性度量与此无关；但简单地说，它涉及到两个列表的交集，并以某种常量对结果进行规范化)。
我为成对比较而提出的代码非常简单。我只是使用itertools.product来比较每个列表和其他列表。问题是以一种高效的方式在25万份清单上进行这些计算。对于任何处理过类似问题的人:根据以下标准，通常的选项( the，PyTables)中</e
浏览 3提问于2013-01-10得票数 10
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我有一个由SNP差异的成对距离矩阵融化而成的表。在第一列中，我有两对隔离数，它们是由矩阵列中的隔离数和矩阵行中的隔离数组合而成的，如下所示：101_117 0 0117_101 0 0120_128 0 0
我想对这些数据进行后验分析，为此，我想消除<
浏览 16提问于2019-03-26得票数 1
我正在比较TensorFlow 2和NumPy中矩阵矩阵产品的单线程性能。分别对单精度(float32)和双精度(float64)进行了比较。我发现，NumPy性能几乎等同于用于单精度和双精度(DGEMM和SGEMM)的Intel MKL C++实现(用作矩阵乘法的基准)。但在TensorFlow中，只有单精度(float32)性能与MKL等效，而双</e
浏览 9提问于2022-01-16得票数 1
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我需要计算许多变量的所有成对差(我的数据集中有100个变量)。如果abs差值大于1，则应显示为1，否则结果应为0。然后，我想汇总每个成对比较的1和0值，并将它们排列到一个矩阵中。rio_csv), FUN =
Vectorize(function(i, j)(sum(ifelse(abs(rio_csv[[i]]-rio_csv[[j]]))>1,1,0)))) 不过，该操作在两列中运行良好
浏览 25提问于2021-11-03得票数 0
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