学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...基本界面 03 外观设置和基本操作 Tools→Global options Appearance选项可以设置字体大小以及主题等 具体可以参照我的设置 04 R基本操作 1.显示文件列表 dir...<- 2+3 #将2+3的结果赋值给x y <- 5/6 #将5/6的结果赋值给y 赋值结束后即可在右上角environment栏中看到现在赋值过的变量 4.删除变量 x <- 2+3 #将2+3...，很容易出现文件找不到或者杂乱无章的情况，因此创建多个工作目录有利于解决多项目的问题。
但是，在调试自己的代码时，创建最少的示例也是一项极为重要的技能。通常，我们有很多可以正常运行的代码，还有很少量的会引起问题的代码。...如果我们可以通过删除有效的代码来缩小问题代码的范围，则可以更快地迭代解决方案。这是我一直使用的技术。 阅读错误追踪 每个错误都伴有一个追溯或调用堆栈，它实际上是追溯导致该错误的调用堆栈。...此功能可以在发生错误之后以交互方式运行以查看导致错误的调用顺序。我们无法在 Shiny 中使用此功能，因为我们无法在应用运行时以交互方式运行代码，而是 Shiny 会自动为我们打印调用堆栈。...，并在控制台中看到调用堆栈： Warning: Error in *: non-numeric argument to binary operator 173: g [~/.active-rstudio-document...接下来的几个功能是内部的，我们可以忽略它们。 最后，在最底部，我们将看到编写的代码函数。
自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra 若要指定安装目录 (e.g....手动安装（离线安装） Windows:下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” ---- 在Rstudio...以Rstudio中的安装错误为例，给大家做一个本地安装示例。 最近安装tidyverse包遇到过类似的问题： 包找不到啦！ 校验包的大小与下载的包大小不一样！...总结就一句话：你的R包安装错误！！！！！ 那！这种情况如何解呢？？？...Github上的R包路径") 2.更新R包列表（Rstudio） 这里仅说明Rstudio中的一键更新功能。
R语言基础1.准备工作安装R语言一般安装R语言会将R Rstudio Rtools一起下载Rstudio我的理解更像是服务器的Xshell端 可以更方便的看懂你的代码以及输出的数据运行情况等这里我之前就安装过...R语言就跳过第一步了但是有一个小点需要注意 最好电脑一开始的用户名就是英文要不然R的路径识别会有问题参考生信星球公众号所说图片图片图片具体的下载安装等可以看教程【R软件和R包安装】 https://www.bilibili.com...share_source=copy_web&vd_source=ba670d5a7ca081b044384f15866b88ef2.认识R和Rstudio使用一张图可以看到一打开Rstudio的界面都包括什么有哪些意义如果不幸不知道按了什么找不到你的控制台了可以按...ctrl＋shift＋2切换一下3.简单设置界面我比较习惯使用这个界面4.简单画图和几个简单函数指令4.1 plotplot(rnorm(50))plot函数可以接受一系列的参数，通过参数的组合修改基本上可以画出你想要的任何图形...列出历史命令history()4.8 清空控制台ctrl+l可以看到被我清空啦4.9下载了一些R包因为一开始推荐了R for Data Science的第一章所以去看了一下试着下载了书中所说的包可以看到也是和书上成功下载的一样最后有一点就是我的
非常令人难受的是，今天在配置Cocos2d-x的时候，配置完突然出现这个问题，我以为VS2010给我弄崩了，吓得我瞬间慌了 不过研究了好几篇文章才发现这个一点关系都没有。...下面说一下到底出了什么问题： 创建项目的时候选错了！！！！ 创建项目的时候选错了！！！！ 创建项目的时候选错了！！！！ 不要怀疑，真的很有可能是项目选错了！...不过让我去改简直无能为力啊，初窥门径的我完全无从下手。幸好后来发现是项目出了问题啊！ 这里给各位再次确认一遍项目的创建方法（vs2010版） 一、打开VS2010后点击“新建项目”。...二、选中图中红色框框“Visual C++“—>“Win32”—>“Win32 控制台应用程序”（我用了好久这个软件的！！这一次不小心选中了“Win32 项目”！！！...六、选中红色框框，然后输入文件名就可以成功创建C++文件 这样就不会有问题了！！！！ 不信你再去试试！
基础函数plot，我们实际上用的不多，后面会讲专门的绘图函数。 老师，我这个VennDiagram包一直安装不成功，请教一下是什么原因 用管理员身份打开rstudio。...用户名可以改成英文的吗？ 关掉Rstudio，然后在Rstudio图标右键，管理员打，户名是不能改的，不然会带来比较严重的后果。...我直接把mamba的命令换成了conda可以了，不知道这么做有没有什么问题。...我在原文件里面可以用zless命令查看，但是软链接到自己的文件夹就会出这个错，请问是为什么呀 提示信息说你这个文件是软链接过来的，而且软链接的文件路径太多层了，相对路径太长了，它识别不到。...上课练习服务器，一般有效期是两个月,实际上我们很久才清理一次账号，但是建议大家不要在练习服务器上保存重要数据 老师，我也报了两个班，怎么进另一个群呢 小助手有拉大家进群了 老师请问为啥这道题我把参数设置成有多个元素的数值型向量就报错了呢
左边的 请问一下，r code里面提到使用镜像是什么意思，不用镜像会有什么影响么 不使用下载速度会慢，甚至失败。如果你人在海外的话，在自己的电脑上安装，建议找一个离自己近的镜像地址。...C盘路径有中文，应该也是可以安装R和Rstudio，只是安装R包会有一些问题，但都可以解决的。你这个截图，显示的是工作目录在C盘，即便是有中文，也没有关系。而且和你说的安装在C盘还是两回事。...你现在C盘还有多少空间，一般有10G就够用了，如果你现在用着没什么问题，也可以，只是以后可能会遇到问题。现在改的话卸载重装就好 老师，请问一下现在有问题还是在腾讯文档里截图反馈吗？...我看二代测序的原理，测的好像都是dna扩增，dna测序，但是实际上是不是rna转为dna再测序的 是rna反转录为cdna再测序，因为rna不稳定不能进pcr仪加热 请问一下，这里DESeq2安装为什么出错呀...老师，我在R4的环境中安装R包之后library，发现有个error，该怎么处理呢 缺啥补啥就好，如果用conda安装的话，conda install r-rvcheck；可以通过搜索关键字找到安装的命令和在
，然后尽可能优先使用本地，因为我们主要是做基于r语言的统计格式化，实际上对大的计算资源要求并不高。...11【课程形式】回看的话，是不是得用电脑版的钉钉？ 都可以呢，建议电脑和手机都有 12【R】这个大家打得开嘛 Rdata是可以使用代码来load读入环境里，在Rstudio里打开。...我单击R_02.Rproj进入R studio的时候一直出现连接不到文件夹，这是为什么呢 学员自己的解决办法：破案了，不知道为什么我的R studio访问不了我的桌面文件（Desktop），我把含有R...试试把最后的{1:10}改为{1..10}。 34【Linux】在rm 中i 交互回答中，为啥我没出来呢？...因为rstudio是在r这个频道里，我们没有添加过，所以找不到。另外，因为我们用的大多数r包是在bioconda频道里的，即使需要安装r包，一般也不需要添加r这个频道的。
在QQ群中看到好多朋友对此很好奇。...实际上，该程序只是一个小小的玩笑，没什么实际用处。...那么，在FreeSWITCH中怎么玩呢？...该模块是默认编译和加载的，在FreeSWITCH控制台上重新加载一下该模块，便可以从日志中看出一些信息： freeswitch> reload mod_cluechoo 2014-01...接着在命令控制台上输入以下命令，便会看到一辆小火车开过： freeswitch> cluechoo 那么App怎么使用呢？
在接下来的几个星期里，我将一步步带你走近R和它的语法，并通过一系列算法引导你从小白逐步成为高手。我也会介绍一些特征工程概念，以不停改善最佳预测结果。...你应该注意到RStudio自动在控制台中输入了相关操作命令。 虽然你可以用命令行完成本教程，但我建议创建一个脚本来保存你的辛勤工作。这样，你可以轻松地重现结果或进行小的更改，而无需重新输入全部代码。...我们看到，在训练集中有342名乘客存活，549名乘客死亡。 生存比例怎么样呢？嗯，我们可以将一个函数的输出作为另一个函数的输入。...淡定，这个教程是为了让你尽量轻松的学会使用R和RStudio。我保证在这一系列的课程完成之后，你会名列前茅。此外，我们注意到我们有62％的预测是正确的。...本教程中的所有代码都可以在我的Github代码库中找到。
前言 作为一名前端， console 估计会时时刻刻陪伴我们，其实各个端都会有输出变量的值的方法，以便调试，这里我指的 console 单纯指的是前端中的 console。...是的，两个都是一样的， console 真的是一个吃里扒外的东西，那到底是为什么呢？ 原因 实际上我们输出非对象类型的值的时候，是完全没问题的，比如 ?...另外，从上面可以看出，在浏览器环境中,console.log() 实际上也是一种异步的方法 对此，《你不知道的javascript中卷》第二部分异步和性能1.1节异步控制台部分有提及： 并没有什么规范或一组需求指定...所以，（从页面/ UI 的角度来说）浏览器在后台异步处理控制台 I/O 能够提高性能，这时用户甚至可能根本意识不到其发生。...node 环境中的 console 上面我们分析是在浏览器环境中，那么在 node 环境中会出现上面的情况么？ ?
在 RStudio 的 code chunk 运行中，我是能正常看到预览的图片的，按理来说没有问题。...我又试着使用 png::readPNG() 直接在控制台读入一张 png 图片（这是一个重点），出现了跟报错无关的警告，但能够正常读入。这就奇怪了。。。...不过如果真是这样呢？还是试试吧。 紧接着问题来了，我发现在 knit 的过程中我是无法在控制台看到输出的！这该怎么办呢？？搜解决办法。...RStudio 使用的根目录保持一致了。...在写到这里的时候，我突然想到预览时 knitr 应该不是调用的 png 进行读取，所以没有报错。
1.R需要的操作全部在自己电脑上，不涉及到服务器。 2.服务器可以配置自己的Rstudio，供大家远程登陆，用浏览器打开后面加上：8787就可以登录，但是阿里云并没有自带，用自己电脑完全可以。...【重要文件请保持云备份的习惯：坚果云、iCloud云盘都是非常好的双向同步云】 第三步：下载R和Rstudio 我的B站准备工作视频，本来是给线上直播课准备的，公开在B站了，可以免费看的。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...、图片各种乱跑，找不到。...7.列出历史命令 history() 相当于鼠标单击右上角的history标签 当你双击某个命令，他就会跳到你的控制台大于号后面了，可以修改后运行。 8.清空控制台 快捷键ctrl+l
很容易上手，我是自己准备学c语言、Java，但是我对计算机语言都没有基础。我对代码非常感兴趣，第一节课学的都基础，非常容易吸收！总体感觉十分不错，并且有兴趣！今天的笔记如下：一、学好生信的秘诀！...【最初了解Rstudio步骤】最初学习的步骤：安装R包--读写文件--函数与数据有什么规则【安装R包出现的问题】按照上课需要，安装了一些R包，而R包是需要install（安装）后，在console（控制台中...【为什么学习R语言&Rstudio】R语言相对于初学者来说更加容易R语言是编程语言、软件、环境作用是：数据处理、统计、可视化优点是：开源、可扩展、简单有效Rstudio【是在R语言背后运行的程序】Rstudio...看到>才能写代码】、图形界面、开源免费三、课堂内容之：读懂Rstudio反馈的内容1.读懂界面左上角1.脚本编辑器【脚本：存放代码的编辑器】左下角2.控制台【跑代码、文字运行结果】右上角3.environment...【对象/变量列表】&history【历史命令】右下角4.文件、图片、帮助、包2.在控制台console与系统进行交流使用语言：代码----括号前面的字母、单词是函数；函数后面通常带括号，括号里放数值比如
文中我建议每个人在他们的账户中开启Google Signals功能。 但当许多读者登录他们的GA账户时，却找不到这个功能。 ?...这个可能是因为谷歌没有全部更新该功能，或者是部分账户更新后又删除它来解决其存在的问题。对此，我不确定为什么Google Signals会在短时间内删除。但这项新技术是实实在在的。...4、流量获取报告 我对流量获取报告的最初印象是，它是一个更美观的视图，您可以在您的设备报告中看到相同的展示数据。与其他跨设备报告一样，这个报告也缺乏用来进行实际分析的功能。 ?...1、现在我们需要知道关于Google Signals的什么呢 当你在使用跨设备报告的测试版时，需要注意以下事项: 1）这些报告的重点实际上是转化分析 从测试版的情况来看，我们的跨设备报告将主要用于追踪转化...正如你从我的网站分析中看到的，如果90%的用户使用同一种设备访问你的网站，跨设备报告不会给你提供有益的信息。
简而言之，在没有完全意识到的情况下，我们已经在做多语言数据科学了！ 在这一章中，我将进一步翻转它。我将向您展示如何在各种编程语言和环境中利用命令行。...对于我来说，当我分析一些数据时，我经常使用 RStudio IDE，当我实现一些东西时，我经常使用 Python。我利用一切有助于我完成工作的东西。...10.1 概述 在本章中，您将学习如何： 在 JupyterLab 和 RStudio IDE 中运行终端 在 Python 和 R 中与任意命令行工具交互 在 Apache Spark 中使用 Shell...我将从 Jupyter 控制台开始，因为它是以交互方式使用 Python 的最基本的控制台。这里有一个 Jupyter 控制台会话，演示了利用命令行的几种方法。...)] 图 10.2:打开控制台选项卡时的 RStudio IDE “终端”选项卡紧挨着“控制台”选项卡。
其他的先不用管 是的 老师，刚不小心把Rstudio控制台上的console、jobs中间的小窗therold（忘记怎么拼写了）给关了[捂脸]，请问怎么恢复呢？...只是为了美观 老师我在安装R包的时候现实在非零状态，我自己上网百度了解决方案，试了试还是不行 看看二进制版本 这是我们自己测序的数据，公司发来的结果，他注释到GO通路之后出现很多P值等于0的，这种应该怎么理解呢...作者组织的这个文件有点特殊，读取的时候，默认参数搞不定，需要去找找参数，也有更快解决问题的办法，就是annoprobe 做差异分析时，报错，这是我的exp列名，是不是要把空白列去掉呀，为啥会有空白列呢？...方法二一般只能在命令行使用，即你要使用服务器的Rstudio-server会有问题，对应的解决方法可以参考 https://mp.weixin.qq.com/s/0Xy5uniTz8QUjM57pNOj0g...我看lasso回归和多因素cox用的是同样的序列号 刚刚看了下结果好像也是一样的 是的 老师好，我又找不到对象了 ?
思维导图献上r语言下载r语言下载r和rstudio*两个都要下载，但我们只用到rstudio推荐B站跟着小洁老师的视频下载，一步步跟着就可以成功的学习r语言的一些些操作设置工作目录：https://mp.weixin.qq.com.../s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA显示文件列表：使用dir()命令可以查看工作目录中的文件。...rm(list = ls()) 可以清空所有变量查看历史命令：使用history()命令，相当于鼠标单击右边上方框框的history标签。...清空控制台：使用快捷键Ctrl + L上图来源于生信星球学习小组-花花老师首先试了画了两个图，在脚步编辑的框框输入代码后点run就可以感觉有点好玩，再画一个：还有一些操作中的困惑，太晚了我怕明天起不来上班...，先留在这里，如果后面还是不懂我就去问问花花老师嘿嘿我用rm删除了变量b和变量u,c(如下图1)，为了验证我真的删掉啦，我就输入b看看，果然控制台就显示b不存在，但为什么我输入u,c，它们还是存在呢？
知识诅咒想必大家都不陌生，如果读者还不清楚，我摘抄一段： 知识诅咒 1990年，伊丽莎白·牛顿在斯坦福大学通过研究一个简单的游戏获得了心理学博士学位。...在实验中，听众要付出很多努力才能辨认出歌曲，敲击者对此感到震惊：这么明显你都听不出来？你的愚蠢怎么会如此高人一等？...所以，在以上实验中，“敲击者”已拥有的知识（歌曲题目）让他们想象不到“听众”缺乏这种知识会是什么情形。“听众”自然也就很难猜对歌曲的名字。...正是因为如此，我在指导几个小伙伴入门R语言的时候简单粗暴的指出： 所有的软件都安装在c盘哦，然后系统用户名最好是不要用中文，写代码最怕中文字符串哦！...生信0基础第一步，下载R和Rstudio并且安装在自己的电脑上面。
网盘里的是4.3.1，现在最新版有4.3.3了 带4的就可以，4.3就绰绰有余了。 【软件安装】IGV安装后为啥在应用程序里找不到呢？是没有安装成功吗 安装成功了，是正常的。...【Linux操作】这3行代码有几个文件，比如：.bash history .cache/ .profile .lesshst，这些我在tree里找不到，那这几个文件不是来自当前目录中吧？...【Linux环境】请问Linux中在不同激活环境下，对文件进行操作，会有什么影响吗？...而且我在某个环境（比如rna）下，也可以用vim编辑该环境以外的文件，貌似也没有报错，我可以理解为：conda环境和文件编辑无关？所以有点疑惑“环境”到底是个什么概念呢？...，【2】是新下载的R在的位置，那么这样我再重新安装R包的时候，R的二进制的包会存到【1】还是【2】里，怎样可以删除原先这个【1】的路径呢？
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