首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

NW全局比对算法原理及python实现 (考虑gap长度)

序列比对的时候,有全局比对和局部比对两种方法,其中,Needleman-Wunsch比对算法是其中的一个很经典的全局比对算法。...first_score 第一列第一行表示一开始比对到gap上,因为计入gap的分数。 接着计算每行列的分数,比如第三行第三列,可以得到三个分数,同一行列的为一个gap: ?...接下来每个位置都要进行这样的计算,直到填满这个表格。 ? form 同时可以得到最佳路径: ?...path 以下用python实现: 比较两个碱基是否一致 # 比较两个碱基分数, gaps的分数考虑cal_score def diff(first, second): if first ==...一般来说,结果应该更倾向于仅出现一段长gap而不是多个短gap。所以将第一次出现的gap定位-2分,第二次及之后连续出现的gap定为一个更小的分数。 即变量extend。

3.4K40

数据仓库开发 SQL 使用技巧总结

回表: 对二级查询中查询到的每个主键,都需要回到聚集索引中查询数据行。 比如开发人员最喜爱得 select * ......删除内部表的时候,hive 将会把属于表的元数据和数据全部删掉;而删除外部表的时候,hive 仅仅删除外部表的元数据,数据是不会删除的,也就是说,外部表的数据其实不是 hive 自己管理的。...我们做到了,一个单个 sql 中计算列的综合,以及一列占总数得比例,以及当前列,这就是窗口函数得一个突破。...300.0|0.5 | | 4|400.0|0.75| | 5|500.0|1.0 | +--+-----+----+ 聚合函数 sum, avg, count, max, min 聚合函数作为窗口函数,可以一行的数据里直观的看到...比如最近遇到的如下需求: 将某累计表数据回溯至 2020 年 从当前时间回溯到 2020 年,超过 500 个任务实例,当前的服务器配置下,每次执行的实例数超过某个经验值就可能出现各种问题,提交任务阻塞

3.1K30
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

42.QT-QSqlQuery类操作SQLite数据库(创建、查询、删除、修改)详解

QT自带SQLITE数据库,不需要再安装 QTDSQt4.7起已经被移除 1.QtSql 要使用QtSql 模块的话,需要在.pro文件中添加这么一句: QT += sql 2.QSqlDatabase...、class " PRIMARY KEY AUTOINCREMENT,":表示该列为整数递增,如果为空时则自动填入1,然后在下面的一行都会自动+1, PRIMARY KEY则表示该列作为列表的主键,通过它可以轻易地获取某一行数据...,class) " "VALUES (:name, :score, :class)"); //为一列标题添加绑定值...,删除后则只能使用CREATE TABLE来重新创建表 TRUNCATE: SQLite中没有该语句,MySQL中有该语句,用来清楚表内数据,但是表结构不会删除....示例2-删除id=3的一行 query.exec("DELETE FROM students WHERE id = 3"); 删除前: ? 删除后: ?

12.6K51

关于SparkSQL的开窗函数,你应该知道这些!

即在一行的最后一列添加聚合函数的结果。...开窗用于为行定义一个窗口(这里的窗口是指运算将要操作的行的集合),它对一组值进行操作,不需要使用 GROUP BY 子句对数据进行分组,能够一行中同时返回基础行的列和聚合列。...: 排序开窗函数中使用 PARTITION BY 子句需要放置ORDER BY 子句之前。...这个函数求出来的排名结果可以并列(并列第一/并列第二),并列排名之后的排名将是并列的排名加上并列数 简单说每个人只有一种排名,然后出现两个并列第一名的情况,这时候排在两个第一名后面的人将是第三名,也就是没有了第二名...这个函数并列排名之后的排名是并列排名加1 简单说每个人只有一种排名,然后出现两个并列第一名的情况,这时候排在两个第一名后面的人将是第二名,也就是两个第一名,一个第二名 实例3 spark.sql("select

96431

关于SparkSQL的开窗函数,你应该知道这些!

即在一行的最后一列添加聚合函数的结果。...开窗用于为行定义一个窗口(这里的窗口是指运算将要操作的行的集合),它对一组值进行操作,不需要使用 GROUP BY 子句对数据进行分组,能够一行中同时返回基础行的列和聚合列。...: 排序开窗函数中使用 PARTITION BY 子句需要放置ORDER BY 子句之前。...这个函数求出来的排名结果可以并列(并列第一/并列第二),并列排名之后的排名将是并列的排名加上并列数 简单说每个人只有一种排名,然后出现两个并列第一名的情况,这时候排在两个第一名后面的人将是第三名,也就是没有了第二名...这个函数并列排名之后的排名是并列排名加1 简单说每个人只有一种排名,然后出现两个并列第一名的情况,这时候排在两个第一名后面的人将是第二名,也就是两个第一名,一个第二名 实例3 spark.sql("select

2.8K51

LeetCode周赛303,又见手速场……

题解 很简单,我们只需要记录一下每个字母出现的次数,当遇到某个字母重复出现时即是答案。...但我们还有其他办法可以搞定,我们可以设计一种hash算法,可以将一行和列hash成一个整数值。如果某一行和某一列hash之后的值相等,说明它们对应的元素完全一样。...= y[i] 的第一个位置 i 处,x[i] 字母表中出现的位置 y[i] 之前。...读完之后简单分析,会发现本题分为三个部分,分别是初始化、修改和查询。是一个非常经典的增改查的数据结构设计。 本题的难点在于每个菜的评分是会改变的,改变了之后会影响菜的排名。...首先对所有的数进行去重,去重之后算出每个数中二进制1的数量。假设某一个数二进制1的数量是x,可以和它组成优质数对的数它的二进制中1的个数就需要大于等于k-x。

34320

JDK17 与 JDK11 特性差异浅谈

Scope.Benchmark :所有测试线程共享一个实例,用于测试有状态实例多线程共享下的性能。 Scope.Group :每个线程组共享一个实例。...1.3 生成类数据共享特性优化 背景:同一个物理机上启动多个 JVM 时,如果每个虚拟机都单独装载自己需要的所有类,启动成本和内存占用是比较高的。...所以引入了类数据共享机制 ( Class Data Sharing ,简称 CDS ) 的概念,通过把一些核心类每个 JVM 间共享,每个 JVM 只需要装载自己的应用类即可。...JDK13 则支持应用运行之后进行动态归档。.../实例方法/静态方法 允许出现其他构造方法,但必须调用 record 构造方法 Record 不允许 extends 继承其他类 1.16 密封类 JDK15 中,Java 提出了密封类( Sealed

36110

有了这些函数,统计分析事半功倍

但随着MySQL8.0中新增了窗口函数之后,针对这类统计就再也不是事了,本文就以常用的排序实例介绍MySQL的窗口函数并将常用的几个窗口函数进行小结。...---+ 36 rows in set (0.01 sec) 03 窗口函数小结 MySQL中还有许多其他的窗口函数,本文列举一些,大家可以自行测试 类别函数说明排序ROW_NUMBER为表中的一行分配一个序号...,可以指定分组(也可以不指定)及排序字段DENSE_RANK根据排序字段为每个分组中的一行分配一个序号。...排名值相同时,序号相同,序号中没有间隙(1,1,2,3这种)RANK根据排序字段为每个分组中的一行分配一个序号。...计算某个值一组有序的数据中累计的分布前后LEAD返回分组中当前行之后的第N行的值。

59130

12.Android-SQLiteOpenHelper使用

可能会被写操作独占,从而导致其它读写操作阻塞或出错 2.SQLiteOpenHelper介绍 为了本地创建SQLite数据库,我们需要创建一个SQLiteOpenHelper的子类,这里取名的为MyOpenHelper...String name, CursorFactory factory, int version); //第一个参数:上下文 //第二个参数:数据库文件的名字,如果传入null 则表示创建临时数据库,应用退出之后...abstract void onCreate (SQLiteDatabase db) 参数db : 数据库对象,这里通过db.execSQL(String)来创建表. onCreate用来创建数据库表结构的,该函数第一次创建数据库时调用...newVersion : 显示升级之后的新数据库版本。 当数据库需要升级时调用。使用此方法删除表、添加表或执行升级到新模式版本所需的任何其他操作。...()方法就能获取一行结果的内容 示例如下-读出student表里的内容:   SQLiteDatabase database = new MyOpenHelper(this).getWritableDatabase

1K10

SQL笔记(2)——MySQL的表操作与索引

如果不指定数据类型,MySQL无法解析该语句,就会出现错误: mysql> alter table score modify column remarks not null default '无备注'...删除列 这里我们将新建的备注字段删除掉: mysql> alter table score drop column new_remarks; Query OK, 0 rows affected (0.04...表结构的key代表什么 PRI:表示该列是主键,主键是一种特殊的索引,用于唯一标识表中的一行数据。每个表最多只能有一个主键,主键限制表中的数据不能重复,并且不能为NULL。...唯一键也可以用于唯一标识表中的一行数据,但是它允许NULL值。一个表可以有多个唯一键。 FULLTEXT: 表示该列是全文索引。全文索引用于优化全文搜索,例如对文章标题和正文进行关键字搜索。...空间索引:MySQL5.7之后的版本支持了空间索引,而且支持OpenGIS几何数据模型。MySQL空间索引这方面遵循OpenGIS几何数据模型规则。

1.6K20

长文预警,一篇文章扫盲Python、NumPy 和 Pandas,建议收藏慢慢看

Student 类,而实例是根据类创建出来的一个个具体的“对象”,每个对象都拥有相同的方法,但各自的数据可能不同。... Python 中,使用 class 关键字来定义类 class Student(object): pass 定义好类之后,就可以实例化该类了 zhangsan = Student() zhangsan.age...axis=0,表示沿着第 0 轴进行操作,即对一列进行操作;axis=1,表示沿着第1轴进行操作,即对一行进行操作。...axis = 0,是对一列进行操作,即把数组看成 [3, 8, 2],[7, 4, 4],[5, 3, 9],从中选出最大或最小 axis = 1,是对一行进行操作,即把数组看成 [3, 7, 5]...直方图化 所谓的直方图化,就是函数 value_counts,该函数可以查看数据中,列中有多少不同值,且各个不同值出现的次数 print(df, '\n') df3 = df.fillna(60) df3

2K20

LeetCode笔记:Weekly Contest 215 比赛记录

因此,只要满足下述两个条件,两个字符串(记作s1与s2)就是接近的: 两个字符串有着相同种类的字母,即一个字母出现在s1中,则必须出现在s2中,反之亦然; s1中每个字母的数量集合与s2中字母的数量集合是完全一致的...后来仔细考虑了一下这道题目,感觉和双向搜索算法有点类似,因为元素都是大于0的,因此,我们首先给出所有的元素都来自右侧时能够达到x,然后看需要多少元素,然后每次左侧加入一个元素,然后从右侧删除元素,使之重新达到...解题思路 这一题我们比赛中完全没有思路,比赛结束之后参考了awice大佬的解法,给出一种动态规划的思路如下: 每次装填一行,考察每一次合法装填之后的的分数变化,知道全部的行都被装填完毕。 2....算法优化 上述代码中最为累赘的部分在于对于一行都考察了所有可能的排布,但事实上由于introCounts和extroCounts的限制,其中只会有少部分才会是合法的,因此会产生大量的计算冗余。...但是,这里需要注意以下两点: 当剩下所有的所有人都拿到最高分都无法达到历史最高分时,可以直接终止dfs过程; 每个点都应该被尽可能地利用起来,即只有当当前点的前一个点和上一个点至少有一个不为空的情况下才允许当前点不填

29430

python编程从入门到实践 学习笔记

为此,你需要指定新元素的索引和值。 例如a.insert(0,'abc'),列表的索引0的位置插入该元素。...3我们使用函数remove()来删除列表中的特定值,这之所以可行,是因为要删除的值列表中只出现了一次。如果要删除列表中所有包含特定值的元素,该怎么办呢?...2根据类创建实例,a=Cat(),访问实例的属性,调用类中定义的方法。...as f: lines= f.readlines() for line in lines: print(line.rstrip()) 5使用文件的内容 readlines()从文件中读取一行...2写入多行 要让每个字符串都单独占一行需要在write()语句中包含换行符。 3附加到文件 如果你要给文件添加内容,而不是覆盖原有的内容,可以附加模式('a')打开文件。

4.2K20

数据库 之 关系模式范式

如果出现重复的属性,就可能需要定义一个新的实体,新的实体由重复的属性构成,新实体与原实体之间为一对多关系。第一范式(1NF)中表的一行只包含一个实例的信息。简而言之,第一范式就是无重复的列。   ...第二范式(2NF)要求数据库表中的每个实例或行必须可以被唯一地区分。为实现区分通常需要为表加上一个列,以存储各个实例的唯一标识。...为实现区分通常需要为表加上一个列,以存储各个实例的唯一标识。简而言之,第二范式就是属性完全依赖于主键。   这里说的主关键字可能不只有一个,有些情况下是存在联合主键的,就是主键有多个属性。...又如某个人改成不管配件了去负责安全,则在删除配件的同时该职工也会被删除。...没有体现出每个仓库里一种部件由专人负责。有可能出现 一部件由两个人或两个以上的人来同时管理。因此,分解之后的关系模式降低了部分完整性约束。

1.4K20

mysql各种锁,一篇文章讲明白

表作为实例,其中 id 为主键,no(学号)为二级唯一索引,name(姓名)和 age(年龄)为二级非唯一索引,score(学分)无索引。...之后 session C 会被 blocked,是因为 session A 的 MDL 读锁还没有释放,而 session C 需要 MDL 写锁,因此只能被阻塞。...时,会对table2进行加锁,这个加锁分以下几种情况: 1.后面不带查询条件,不带排序方式 insert into table1 select * from table2: 此时MySQL是逐行加锁,一行都锁...into table1 select * from table2 where modified_date>='2017-10-01 00:00:00' 使用非主键筛选条件时,MySQL逐行加锁,一行都锁...程序以批量方式处理数据的时候,如果事先对数据排序,保证每个线程按固定的顺序来处理记录,也可以大大降低出现死锁的可能; 2.为表添加合理的索引,如果不走索引将会为表的一行记录加锁,死锁的概率就会大大增大

91651

Python学习笔记

即索引0,1,2,正好是3个元素   如果第一个索引是0,还可以省略-------》L[:3]   前10个数,两个取一个----------》L[:10:2]   所有数,5个取一个-------...实例:根据类创建出来的一个个对象,每个对象拥有不同的方法。     方法:类中的函数称为方法。...__score 11.3基础多态     继承可以把父类的所有功能都直接拿过来,这样就不必重零做起,子类只需要新增自己特有的方法,也可以把父类不适合的方法覆盖重写;     有了继承,才能有多态。...调用类实例方法的时候,尽量把变量视作父类类型,这样,所有子类类型都可以正常被接收; 11.4获取对象信息 1.type()     type可以判断一个变量、函数,类的类型。...4.close()         close()方法刷新缓冲区里任何还没写入的信息,并关闭该文件,这之后便不能再进行写入。

53420

CVPR2021目标检测 | Weighted boxes fusion(附github源码及论文下载)

目前,基于神经网络的模型被用于对特定类目标的实例进行定位和分类。 1、动机&摘要 当不需要实时推理时,模型的整合就有助于获得更好的结果。...回顾下NMS和Soft-NMS 经典NMS最初第一次应用到目标检测中是RCNN算法中,其实现严格按照搜索局部极大值,抑制非极大值元素的思想来实现的,具体的实现步骤如下: 设定目标框的置信度阈值,常用的阈值是...可以看出,相对于经典NMS算法,Soft-NMS仅仅修改了一行代码。...当选取了最大置信度的Bounding box之后,计算其余每个Bounding box与Bounding box的I ou值,经典NMS算法的做法是直接删除Iou大于阈值的Bounding box;而Soft-NMS...def soft_nms(bboxes, Nt=0.3, sigma2=0.5, score_thresh=0.3, method=2): # bboxes 之后添加对于的下标[0, 1,

1K20

关于“Python”的核心知识点整理大全41

现在,方法show_score()需要在屏幕右上角显示当前得分,并在屏幕顶部中央显示最高得分: scoreboard.py def show_score(self): """屏幕上显示当前得分和最高得分...第一次玩这款游戏时,当前得分就是最高得分,因此两个地方显示的都是当前得分。但再次 开始这个游戏时,最高得分出现在中央,而当前得分出现在右边,如图14-4所示。...我们还需要更新show_score(): scoreboard.py def show_score(self): """屏幕上显示飞船和得分""" self.screen.blit(self.score_image..., self.level_rect) 在这个方法中,添加了一行屏幕上显示等级图像的代码。...注意 一些经典游戏中,得分带标签,如Score、High Score和Level。我们没有显示这些标签, 因为开始玩这款游戏后,每个数字的含义将一目了然。

13810
领券