这里的Snakemake文档：
当前，这种模式要求将Snakemake工作流存储在git存储库中。Snakemake使用git查询必要的源文件( Snakefile、脚本、config、…)对于工作流执行，并将它们编码到kubernetes作业中。
这让我很困惑。
浏览 5提问于2021-03-27得票数 0
让我们考虑两个snakefile，一个主文件和一个子工作流：subworkflow sub:MissingRuleException:
No rule to produce subresult如果我在子工作流规则的输出中指
浏览 1提问于2019-04-27得票数 2
我正在使用snakemake来编写我的工作流程。为了重用代码，最简单的方法是使用语句include: "path/to/other/Snakefile" 这在大多数情况下都可以正常工作，但在通过report()函数创建报告时会失败。问题是它找不到为标题指定的.rst文件。 因此，report()似乎具有其他Snakefile所在的工作目录，而不是主Snakefile所
浏览 26提问于2019-10-04得票数 2
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每当运行我的snakefile.smk时，我都会出现这个错误Minico
浏览 6提问于2022-08-29得票数 -1
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我想知道如何在我的Snakefile中管理路径。假设我有这样的配置：current_dir/snakefiles我以这样的方式执行我的工作流：我
浏览 2提问于2017-01-16得票数 1
我正在制作一个用于数据分析的Snakefile。我的原始数据的扩展名是.RCC。例如，我有的第一个输入文件是: CF30207_01.RCC。我在数据上运行的脚本是QC.py。/Snakefile: line 1: SAMPLES: command not found./Snakefile: line 6: CF302
浏览 1提问于2020-02-04得票数 0
我正在使用R和网格库在一个主要是R的项目中运行一些python代码。我的目标是以某种方式将一个snakemake工作流包装在一个R脚本中，以便Snakefile使用与R代码的其余部分相同的环境。如果它是一个常规脚本，而不是一个Snakefile，那么可以使用reticulate来实现，但是我还没有成功地将Snakefile转换为python脚本。我知道snakemake '
浏览 20提问于2019-08-23得票数 1
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我的最终目标是在可以作为snakemake模块访问的GitHub存储库上托管一个snakemake工作流。我在托管它之前正在本地测试，但我遇到了一个问题。我无法访问snakemake模块目录中的脚本。它在当前的snakemake目录中本地查找脚本，如果我的最终目标是远程托管模块，那么我显然不能将其移动到本地。在访问远程目录中的Conda环境时，我
浏览 12提问于2021-03-26得票数 1
我有一个Snakemake工作流，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中调用，类似于以下内容： ### Snakefile input:[0]def run_test(): with open(out_file, "w") as f:
f.write(&quo
浏览 28提问于2020-06-12得票数 1
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该工作流由以下部分组成：
当我试图运行我的工作流时，我没有任何错误，但是我的<
浏览 0提问于2020-03-12得票数 1
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我正在努力在我们大学的HPC上实现一个snakemake管道。，它无法识别我的config.yaml文件中的参数(例如)：在我的理解中，Snakefile应该能够接受config.yaml中声明的任何参数，使用：
INPUTDIR = config["inputDIR&qu
浏览 13提问于2021-10-30得票数 1
我有一个Snakefile，我想使用来自另一个Snakefile的规则作为一个模块。问题是，第一条规则没有修改输入，Snakemake抛出一个MissingInputExceptionfrom snakemake.utils import min_version snakefile: "modules/velocity/<e
浏览 7提问于2022-05-19得票数 1
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我试图理解一个复杂的Snakemake工作流，包含多个配置和配置文件层。在Snakefile中，引用未导入的变量config，前几行如下所示： config["builds"]我可以调试Snakefile吗?如何调试一个普通的Python脚本，使Snakemake在断点停止，允许我检
浏览 5提问于2021-06-29得票数 0
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在Snakemake文档中，includes directive可以将另一个工作流的所有规则合并到主工作流中，并且显然可以在snakemake --dag -n | dot -Tsvg > dag.svg另一方面，如果您开发依赖于其输出的规则，则可以在主工作流之前执行Sub-workflows。 我的问题是:这两者到底有什么不同？现在，我正在处理一个工作流，
浏览 22提问于2019-09-07得票数 2
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我希望能够在我的Snakefile中编写仅在初始调用Snakefile时才会执行的代码，并且如果snakemake将Snakefile作为子实例重新运行，它将不会被执行，因为我指定了使用多个核的-j选项我说的不是工作流代码，而是snakefile中的python代码，它执行与准备声明工作流规则相关的</
浏览 0提问于2018-10-03得票数 0
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我有一个带有子工作流的工作流。子工作流的DAG需要很长时间才能生成。有没有办法告诉Snakemake子工作流是最新的，并避免对其DAG进行冗长的评估？
浏览 0提问于2020-05-16得票数 2
有没有办法让snakemake在输入丢失的情况下表现得像make一样？snakemake当前的行为是bug还是一个特性？$ lsb: aa:touch a
rule b: outp
浏览 14提问于2020-08-14得票数 2
我有一个snakemake工作流，其中包含一个运行另一个“内部”snakemake工作流的规则。是否有办法防止snakemake删除失败规则的</em
浏览 6提问于2020-12-22得票数 0
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我有一个运行python脚本的Snakefile，它输出一个目录中的许多文件。我编写了以下Snakefile脚本来执行此操作SEEDS = [1, 2, 3]
input:
expand$ snakemake --cluster "sbatch --job-name=snakemake" --
浏览 8提问于2021-02-22得票数 0
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