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ICML2022 | EQUIBIND:用于药物结合结构预测的几何深度学习方法

本文介绍一篇来自于麻省理工学院的Hannes Stärk、Octavian Ganea等人发表在ICML上的分子结构预测工作——《EquiBind: Geometric Deep Learning for Drug Binding Structure Prediction》。预测类药物分子如何和特定靶蛋白结合是药物发现中的一个核心问题。已有方法依赖于评分、排序和微调等步骤对大量候选分子进行采样,计算非常昂贵。针对该问题,作者提出一种SE(3)等变的几何深度学习模型——EQUIBIND。该模型能直接快速地预测出受体结合位置以及配体的结合姿势和朝向。此外,作者将该模型同已有的微调技巧结合取得额外突破。最后,作者提出一种新型且快速的微调模型,它对于给定的输入原子点云基于冯·米塞斯角距离全局最小值的近似形式来调整配体可旋转键的扭转角,避免以前昂贵的差分进化能源最小化策略。

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