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AAAI Spring Symposium 2019|CrystalGan:使用生成对抗网络发现晶体结构

今天给大家介绍巴黎东大和索邦大学的Asma Nouira等人在AAAI Spring Symposium 2019上分享的文章“CrystalGAN: Learning to Discover Crystallographic Structures with Generative Adversarial Networks”。作者在文章中提出使用生成对抗网络(generative adversarial networks,GAN)可以高效地生成新的数据,因此可以应用于生成新的晶体结构数据。但在材料科学领域,需要生成相对于样本复杂度更高阶的数据,一般的生成对抗网络难以满足这一要求。本文提出的CrystalGan可以生成更高复杂度的新的稳定的晶体结构。本文提出的这一种高效的方法在新型氢化物发现等实际问题中可能会有比较深入的应用。

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arXiv | 操作符自编码器:学习编码分子图上的物理操作

今天给大家介绍的是发表在arXiv上一项有关分子动力学内容的工作,文章标题为Operator Autoencoders: Learning Physical Operations on Encoded Molecular Graphs,作者分别是来自波特兰州立大学的Willis Hoke, 华盛顿大学的Daniel Shea以及美国兰利研究中心的Stephen Casey. 在这项工作中,作者开发了一个用于建立分子动力学模拟的时间序列体积数据图结构表示的流程。随后,作者训练了一个自编码器,以找到一个潜在空间的非线性映射。在该空间中,通过应用与自编码器串联训练的线性算子,可以预测未来的时间步长。同时,作者指出增加自编码器输出的维数可以提高物理时间步算子的精度。

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J Cheminform|使用具有自适应训练数据的GANs搜索新分子

今天给大家介绍的是美国橡树岭国家实验室的Andrew E. Blanchard等人于2021.2.23发表在Journal of Cheminformatics上的文章Using GANs with adaptive training data to search for new molecules。药物发现的过程涉及到对所有可能的化合物的空间进行搜索,生成对抗网络(GAN)为探索化学空间和优化已知化合物提供了一个有力工具。然而,训练GANs的标准方法可能导致模式崩溃,其中生成器主要产生与训练数据的一小部分密切相关的样本。相反,寻找新化合物需要超越原始数据的探索。在本文中,作者提出了一种训练GANS的方法,它促进增量探索,并利用遗传算法的概念限制模式崩溃的影响。在此方法中,来自生成器的有效样本被用来替换来自训练数据的样本。在替换过程中,作者考虑随机和引导选择以及重组。通过跟踪训练过程中产生的新化合物的数量,结果表明,对训练数据的更新大大优于传统的方法,增加了GANs在药物发现中的潜在应用。

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首个用于工业开发的自动代码生成系统,精巧高效还入选了顶会

机器之心专栏 机器之心编辑部 北京大学李戈教授团队与阿里巴巴大淘宝团队的研究者,共同完成了为淘系前端生成业务代码的模型,这是首个在工业开发环境中被采用的代码生成系统。 代码生成,即希望机器能像人一样将一些自然逻辑,用形式化的方式,或者说代码表达出来,这样的能力非常令人振奋,同样也充满了困难。目前尽管深度学习非常强大,但即使是百亿级的 Transformer,仍然在这个任务上做的不尽人意。而本文提出的模型,第一次真正在工业开发场景中,帮助用户快速生成高效的代码。 本工作已被计算机软件工程顶会 ESEC/FSE

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图论方法在大脑网络中的应用

网络神经科学是一个蓬勃发展且迅速扩展的领域。从分子到行为尺度的大脑网络的数据的规模和复杂性都在不断增加。这些数据的发展对建模和分析大脑网络数据的合适工具和方法具有强烈的需求,例如由图论提供的工具和方法。本文概述了一些最常用的,且在神经生物学上富有洞察力的图度量方法和技术。其中,网络社区或模块化的检测,以及对促进通信和信号传输的中心节点的识别尤为突出。在这个领域,一些新兴的趋势是生成模型、动态(时变)和多层网络的日益广泛使用,以及代数拓扑的应用。总的来说,图论方法对于理解大脑网络的结构、发展和进化至关重要。本文发表于Dialogues Clin Neurosci杂志。。

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