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xarray | 序列化及输入输出

但有两点要注意: 为了简化序列化操作, xarray dumping 对象之前会将数组所有值加载到内存。因此这种方式不适用于大数据集。...但是操作之前都会先将 DataArray 转换为 Dataset,从而保证数据准确性。 一个数据集可以加载或写入netCDF 文件特定组。...当要在一个文件写入多个组时,传入 mode = 'a' 给 to_netcdf ,从而确保每一次调用都不会删除文件。 除非执行一系列计算操作,否则 netCDF 文件值是不会加载到内存。...时间单位 'units' 和 ‘calendar’ 属性控制 xarray 如何 datetime64 和 timedelta64 数组序列化为数值数组。'...利用 concat 方法可以多个文件并为单个文件

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Python指定时间、经纬度读取NC数据

本文介绍基于Python语言netCDF4库,读取.nc格式数据文件,并提取指定维(时间、经度与纬度)下变量数据方法。   ...同时,我们之前文章Python批量读取NC数据时间维信息,就介绍过基于netCDF4库,对一个文件夹下大量.nc格式数据文件某一维信息加以提取方法。...库,并指定要读取.nc格式数据文件路径nc_path;随后,使用nc.Dataset()打开这一文件,并将返回Dataset对象存储nc_data变量;紧接着,通过print()打印nc_data...首先,dimensions,我们可以看到所有的维;我这里.nc格式数据是一个表示气象数据,所以文件维依次就是时间、纬度与经度;随后,variables,我们可以看到所有的数据变量(这里数据变量是包含了维...为了方便,我们就以这个.nc文件时间一个节点对应数据(也就是第一景数据)为例来介绍;因此,我们先将time_need设置为0,表示读取第一个时间节点数据。

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NASA数据集—— 1987-2012 年期间北极极地脆弱性实验(ABoVE)核心域中火灾数据集

数据集包含 328 个数据文件,每个 ABoVE 瓦片两个:164 个 GeoTIFF(*.tif)格式文件和 164 个 netCDF(*.nc)格式文件。...328 个数据文件,每个 ABoVE 瓦片两个:164 个 GeoTIFF(*.tif)格式文件和 164 个 netCDF(*.nc)格式文件。...针对时间序列年际变化计算了亮度、绿度和湿度缨帽指数(表 3),并在本数据集 netCDF 文件中提供了 1985-2013 年数据。...连续变化检测和分类(CCDC;Zhu 和 Woodcock,2014 年)谐波回归模型被拟合到无云和无雪时间序列数据。...断点是像素光谱特征时间突然变化,表明土地覆被发生了变化(图 2)。 1985 年至 2020 年三个像素陆地卫星时间序列

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netcdf4-python 模块详解

一个Group都包含一个 groups 属性字典,其中包含了包含所有组实例。同样,每一个组实例都包含了path属性,指明了group所处 ”路径“(类似unix文件系统中路径)。...netcdf 变量 netcdf 变量就像 numpy 模块 python 多维数组。然而,不像 numpy 数组,可以一个多个无限维添加netcdf 变量。...python module tutorial Dataset,Group,Variable 实例 __dict__ 属性所有的 netcdf 属性名/值对存储python字典。...对 netcdf 变量而言,布尔数组和整型序列索引行为与 numpy 数组是不同。这些索引一个维度是单独作用(类似 fortran 向量下标法)。...从多个netcdf数据集中获取数据 如果你想从多个文件获取一个变量数据,可以使用 MFDataset 类进行数据获取。

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数据分享 | 1981-2016年全球主要农作物单产数据集

数据具体介绍如下: 全球历史单产数据集(GDHYv1.2 + v1.3)提供了1981-2016年期间全球主要农作物0.5度网格单产估计值年度时间序列数据。...数据集中主要作物是玉米,水稻,小麦和大豆。玉米和稻米具有两个生长季节(主要/次要)每个季节数据。...数据文件NetCDF4格式,名称为XXXX / yield_YYYY.nc4,其中XXXX表示作物和作物季节(如maize_major, maize_second, rice_major, rice_second...数据预览如下 文件形式: ? 每个文件下具体文件信息: ? 数据可视化结果 效果图01: ? 效果图02: ?...注: 效果图为数据介绍效果图,但也可使用Python、R或者Arcgis 进行nc格式数据处理和可视化绘制。 数据获取

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wrf-python 详解之如何使用

如果 timeidx 是单个值,那么假设时间索引取自所有文件所有时间连接。 注意:执行 wrf.getvar 时并不会进行排序,也就是说执行函数之前应在序列时间文件进行排序。...当有多个文件并且每个文件具有多个时间时,如果最后一个文件时间数少于之前文件时间数,那么剩余数组将用缺省值填充。...如果指定值的话,那么从每个文件中提取变量时,指定值应用于每个文件具有多个时刻多个文件,这样做可能是没有意义,因为每个文件第 n 个索引可能表示不同时刻。...然而,字典中所有的WRF文件都应包含相同维度。结果是一个数组,最左侧维度是字典键。同样允许使用嵌套字典。...因此,当检测到多个时间或是文件时,依赖于地理边界方法返回对象数组而不是单个对象。 wrf.get_cartopy 获取地图对象并不包含地理边界信息。

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C++读取NC数据所得结果有异常解决方法

最近,由于需要读取ERA5气象数据,因此使用C++语言中netCDF库读取.nc格式文件。...此外,关于Visual Studio配置C++语言netCDF方法,大家可以参考Visual Studio配置C++netCDF库;关于Python语言读取.nc数据方法,大家可以参考Python...因此,如果我们待读取.nc格式文件含有这个scale和offset,那么使用C++语言中netCDF库读取.nc格式文件时,读到数据就是经过缩放处理后数据;对此,我们需要手动这个缩放后数据...这一个步骤,Python语言netCDF,应该是会自动帮我们处理(好像是这样,因为之前用Python语言读取.nc格式文件时候,都没有注意到过这个scale和offset);而在C++语言...对象getAtts()方法,获取了变量所有属性,并将它们存储一个map对象

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C++netCDF读取NC数据:踩坑经历

针对不同语言,netCDF库也有着对应不同版本,我们之前文章也介绍过Python、C++等代码开发环境,配置netCDF具体方法,大家直接参考文章Anaconda配置h5py与netCDF4...但当然,本文后续提到各类问题,都是基于C++语言netCDF库读取.nc格式文件时,出现问题(毕竟Python读取.nc格式文件还是很方便,感觉一般也不会有太大问题或坑)。...那么,假设我们希望获取某一个指定时间中,某一个经度与纬度处,对应变量数值(相当于就是其栅格文件像素值)——那么多数情况下,我们会选择.getVar(start, value)这种方法,对变量数据加以读取...关于这一点,C++版本netCDF官方网站,也有具体提及,如下图所示。   在这里多提一句。我们可以用下述代码,读取.nc格式栅格文件,并获取其中所有维度。...如下图所示,我打开了另一个.nc格式栅格文件并查看其维度,可以看到虽然此时时间维度myId值为0,但是其multimap位置依然不是第一位。

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最强大netCDF处理工具

ncecat—netCDF Ensemble Concatenator ncecat可以任意netCDF输入文件并为单个文件。...有两种合并方式:RAG(Record AGgregation),即记录合并,所有输入文件记录合并为连续记录到输出文件;GAG(Group AGgregation),即组合并,所有输入文件按照组形式输出到...ncremap—netCDF Reapper ncremap是NCO V4.5.4引入新工具,可以输入文件数据重新插值到map_fl、grd_dst或dst_fl选项给定网格,并输出。...每一个旧名称必须存在于输入文件,除非旧名称之前以 . 开头。重命名之前,不会检查旧名称是否存在。因此,如果旧名称没有以 . 开头,当旧名称不存在时,ncrename终止重命名。....除了NCO之外,还有一个用于处理netCDF文件命令行工具--CDO,也有对应Python封装版本,感兴趣可以查看。 此次仅对上述命令进行简要介绍,下次再详细介绍常用命令使用方法。

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全方位对比:Python、Julia、MATLAB、IDL 和 Java (2019 版)

\ R\ Scala\ 还有一个目录: 复制代码 Data\ 它包含一个 Python 脚本,脚本在读取大量文件时生成测试用例所需 NetCDF4 文件。...在后续每个项,前一个每个整数出现次数连接到整数前面。如,一个项 1223,接下来将会是 112213 ,或“一个 1,两个 2,一个 3”。...语言 所用时间 Python 1013.5649 Java 4.7434 Scala 64.1800 输入 / 输出 读取大量文件 我们有一套涵盖 20 年每日 NetCDF 文件(7305)。...给定年份文件位于一个标记为 YYYY 子目录(例如,Y1990、Y1991、Y1992 等)。我们希望编写一个脚本,打开每个文件,读取一个三维变量(经度 / 维度 / 级别)并对其进行操作。...语言 所用时间 Python 89.1922 表 RCF-2.0: Xeon 节点上利用多核处理器使用 Python 处理 NetCDF 文件所用时间

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解析nc格式文件,GRB格式文件依赖包edu.ucar.netcdfAllapi 学习

通常,结构数据物理上紧密地存储磁盘上,因此可以高效地同时检索结构所有数据。结构包含变量是成员变量,只能在其包含结构上下文中读取。...3.7 序列 序列是一维结构,其长度您实际读取数据之前是未知。要访问序列数据,您只能遍历序列,一次从一个结构实例获取数据。...4 坐标系对象模型 4.1 变量 **一个变量可以有零个或多个坐标系,其中包含一个多个坐标轴。...这确保了变量每个数据点对于 CoordinateSystem 每个 CoordinateAxis 都有一个对应坐标值。...我们有一个nc文件 意思就是根据代码,这个二进制文件里面的内容读取出来,我们看看使用代码读取到东西是什么。

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【xarray库(二)】数据读取和转换

——(唐)元稹《离思五首·其四》 ” xarray DataArray 和 Dataset 对象除了上节介绍过直接手动创建之外,更多情况下却是通过其他数据储存结构转换和存储硬盘数据存储文件读取而来...例如转换 pandas[1] 类型数据为 xarray 类型或者读取一些数据文件,如NetCDF[2]文件或zarr[3]文件。...pandas(pd)包 Series 函数能够创建一维数组,np.ones((10,))创建了一个一维 10 个全为 1 数列,其结果如下所示 np.ones((10,))创建结果 python...对于字符串而言,可以字符串各个字符提取出来,其结果如下所示 list("abcdefghij")运行结果 上述 list 函数创建了一个列表。这个列表赋予了 index 值。...arr = series.to_xarray() arr 运行结果 由于只有一个变量,所以转换结果是 xarray DataArray类型。

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Python批量读取NC数据时间维信息

首先,明确一下本文需求。现在有一个文件夹,其中具有大量.nc格式栅格文件,如下图所示。   其中,每一个.nc格式文件都具有多个时相(或者说是多个维度),而不仅仅只是一个时相。...其次,使用Dataset类打开.nc文件,并将打开文件对象赋值给dataset变量;随后,获取.nc文件时间本文.nc数据,也就是名为time变量,并将时间变量值读取到time_values...接下来,分别获取时间变量单位与时间类型。   随后,我们创建一个空列表dates,用于存储日期字符串。遍历时间变量每个值,使用netCDF4.num2date()函数时间值转换为日期对象。...函数最后,返回包含每个.nc文件及其对应日期列表。   函数外部,我们设置文件夹路径,随后即可调用list_nc_dates函数,文件夹路径传递给它,并将返回结果赋值给nc_dates变量。...当然,如果大家.nc格式文件维度很多,时相打印出来的话也不好完全显示,所以可以考虑时间信息导出为表格文件等;例如,可以一个date都放在DataFrame,随后导出为.csv文件

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盘点两种使用Python读取.nc文件方法

前天最强王者交流群,突然有人问起使用Python读取.nc文件方法,正好之前有写过文章,这里拿出来跟大家分享下。 大家好,我是Python进阶者。...前言 前几天有个叫【温池】粉丝Python钻石交流群里问了一道关于.nc文件读取问题,如下图所示。...可以用来一系列数组,所以经常被用来存储科学观测数据,最好还是长时间序列。...试想一下一个科学家每隔一分钟采集一次实验数据并存储了下来,如果不用这种格式存储,时间长了可能就需要创建一系列 csv 或者 txt 等,而采用 nc 一个文件就可以搞定,是不是很方便呢?...# -*- coding: utf-8 -*- import netCDF4 from netCDF4 import Dataset # 查看nc文件变量,结果是:['lon', 'lat',

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气象数据处理:NetCDF文件处理

所谓自描述就是自带属性信息,这和一般雷达基数据格式不同,一般雷达数据也是二进制,但不是自描述,而是需要额外数据格式文档来说明数据格式,而NetCDF文件包含了描述变量和维度元数据信息。...Python python中有多个库提供了处理NetCDF文件功能,比如专门处理nc数据netCDF4-python,scipy,osgeo,PyNIO(Linux)等。...关于netCDF4-python介绍,之前已经提到了 netcdf4-python 模块详解,还有这里这里使用 Cartopy 和 netCDF4 可视化 WRF 模式数据 下面以一个例子来讲述一下如何处理...= data.variables["SST"][1, :, :] scipy scipy 库io模块同样提供了 netcdf 文件处理方法,其所使用外部模块和 netCDF4-python 使用相同...此节仅记录了怎么读netcdf文件,关于如何写netcdf文件下次再说。 除了上述三种工具之外,CDO和NCO处理netcdf文件时有时会非常有用,关于这两部分介绍有空再说。

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高维数据可视化

Vis5D是一个3D可视化系统[注1],主要应用于气象模拟数据3D可视化,比如:常规3D网格时间序列模式输出数据。...它是第一个能够时变体数据集可视化为3D动画完全交互系统,而且还是第一个开源3D可视化系统。Vis5D已经升级为Vis5D+项目,开始了新一轮更新。...Vis5D5D表示是包含3D网格时间序列大气/海洋物理参数集,前3D表示经度,纬度和高度,第4维表示时间,第5维表示物理变量,如温度,风等。...图形用户界面使用户可以非常方便可视化每一个参数,当然,也可以对多个参数进行可视化。Vis5D关键创新点是它能够让用户很快看到模拟结果动画显示效果。...如果你数据格式是HDF5,你可以利用h5utils[注3]工具h5tov5dHDF5格式文件转换为v5d格式文件(注意:编译h5utils之前需要先编译vis5d),除此之外,grib2v5d

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wrf-python 详解之API

这部分包含时 wrf-python 模块API,如果wrf-python提供函数不能满足你需求,你也可以根据已有的API重新编写一个处理函数或是其它诊断函数。...函数效果相同 numpy 提取 返回 xarray.DataArray 实例包含 numpy.ndarray 数组 变量提取 从NetCDF文件NetCDF文件对象序列中提取变量 辅助绘图 返回文件或是变量地理边界...原始诊断方法 返回2D网格中一个线上x,y点 配置方法 如果安装并打开了 xarray 则返回 True 其他 如果输入变量名是时间坐标则返回 True 类 异常 当诊断过程中发生错误是触发异常 CoordPair...装饰器 算法装饰器 从封装函数输出进行单位转换装饰器 元数据装饰器 为封装函数输出设置元数据装饰器 装饰器工具 确定文件包含哪个变量可调用类 类 可迭代封装器类 一个生成器和自定义可迭代类封装类...__iter__() 时会返回一个迭代器到序列开头

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盘点两种使用Python读取.nc文件方法

前言 前几天有个叫【温池】粉丝Python钻石交流群里问了一道关于.nc文件读取问题,如下图所示。...可以用来一系列数组,所以经常被用来存储科学观测数据,最好还是长时间序列。...试想一下一个科学家每隔一分钟采集一次实验数据并存储了下来,如果不用这种格式存储,时间长了可能就需要创建一系列 csv 或者 txt 等,而采用 nc 一个文件就可以搞定,是不是很方便呢?...nc') # 查看nc文件有些啥东东 # print(nc_obj) # print('---------------------------------------') # 查看nc文件变量,...# -*- coding: utf-8 -*- import netCDF4 from netCDF4 import Dataset # 查看nc文件变量,结果是:['lon', 'lat',

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