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R语言】因子临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R因子(factor) 今天我们来结合具体例子给大家讲解一下因子临床分组应用。 我们还是以TCGA数据CHOL(胆管癌)这套数据为例。...stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾...*","stage III/IV",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到如下因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾A,...参考资料: ☞【R语言】R因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表

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因子尝试(一):因子加权方法选股应用

之前A股动量与反转实证过程,提到了因子择时和风格轮动重要性,本篇算是对因子择时一个小小尝试,没有什么创新性,只是把现在比较传统方法都拿来试了一遍,目前没有能力创造方法,只做方法搬运工。...为了实现这篇文章,前前后后折腾了快三个礼拜,多次把wind用没流量,最后写了两个框架用本地数据库自己算因子做回测,没有因子库是真的苦逼。...大部分方法都认为因子具有短期动量,当前表现好因子之后依然会表现良好,本篇尝试方法也都是基于这一假设。...等权重 IC均值加权 ICIR加权 最大化IR加权 半衰IC加权 其中,第4种方法需要估计因子协方差阵,采用了两种不同方法估计协方差阵,对结果进行对比。...参考文献 安信证券-多因子系列报告之一:基于因子IC因子模型 金融工程-半衰IC加权因子选股应用

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如何使用Python装饰器创建具有实例化时间变量新函数方法

1、问题背景Python,我们可以使用装饰器来修改函数或方法行为,但当装饰器需要使用一个实例化时创建对象时,事情就会变得复杂。...例如,我们想要创建一个装饰器,可以创建一个新函数/方法来使用对象obj。如果被装饰对象是一个函数,那么obj必须在函数创建时被实例化。...如果被装饰对象是一个方法,则将obj绑定到self。如果被装饰对象是一个函数,则实例化obj。返回一个新函数/方法,该函数/方法使用obj。...dec装饰器用于类A方法f以及函数myfunc、myfunc2和myfunc3上。...请注意,这种解决方案只适用于对象obj实例化时创建情况。如果obj需要在其他时间创建,那么您需要修改此解决方案以适应您具体情况。

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RHEL CentOS 8创建网桥3种方法

网桥是将两个或多个网段互连并在它们之间提供通信数据链路层设备。它创建单个网络接口,以从多个网络或网段建立单个聚合网络。它根据主机MAC地址(存储MAC地址表)转发流量。...它行为或多或少类似于虚拟网络交换机。 网络桥接有几种用例,一个实际应用是虚拟化环境创建虚拟网络交换机,该交换机用于将虚拟机(VM)连接到与主机相同网络。...本指南介绍了可以RHEL / CentOS 8设置网桥多种方法,并使用它在Oracle VirtualBox和KVM下以桥接模式设置虚拟网络,以及将虚拟机连接到与主机相同网络。...现在,应该将桥接端口添加到桥接连接列表,然后点击保存。 ? 连接编辑器主界面,您应该能够看到新桥接连接和桥接接口,如以下屏幕截图所示。 ?...KVM中使用网桥 要使用以上KVM下创建网桥,请在虚拟机通过命令行界面使用virt-install命令同时使用--network = bridge = br0选项。

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Python创建相关系数矩阵6种方法

Python,有很多个方法可以计算相关系数矩阵,今天我们来对这些方法进行一个总结 Pandas PandasDataFrame对象可以使用corr方法直接创建相关矩阵。...由于数据科学领域大多数人都在使用Pandas来获取数据,因此这通常是检查数据相关性最快、最简单方法之一。...,最后我们会有介绍 Numpy Numpy也包含了相关系数矩阵计算函数,我们可以直接调用,但是因为返回是ndarray,所以看起来没有pandas那么清晰。...值 如果你正在寻找一个简单矩阵(带有p值),这是许多其他工具(SPSS, Stata, R, SAS等)默认做,那如何在Python获得呢?...= sns.load_dataset('mpg') result = corr_full(df, rows=['corr', 'p-value']) result 总结 我们介绍了Python创建相关系数矩阵各种方法

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Linux分区或逻辑卷创建文件系统方法

前言 学习在你系统创建一个文件系统,并且长期或者非长期地挂载它。 计算技术,文件系统控制如何存储和检索数据,并且帮助组织存储媒介文件。... Linux ,当你创建一个硬盘分区或者逻辑卷之后,接下来通常是通过格式化这个分区或逻辑卷来创建文件系统。...这个操作方法假设你已经知道如何创建分区或逻辑卷,并且你希望将它格式化为包含有文件系统,并且挂载它。...创建文件系统 假设你为你系统添加了一块新硬盘并且它上面创建了一个叫 /dev/sda1 分区。...上面的挂载命令使用设备名称是 /dev/sda1 。用 blkid 命令 UUID 编码替换它。注意, /mnt 下一个被新创建目录挂载了 /dev/sda1 。

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MADlib——基于SQL数据挖掘解决方案(18)——回归之稳健方差

它们可用于计算具有潜在噪声异常值数据集中数据差异。此处实现Huber-White与R模块“sandwich”“HC0”三明治操作完全相同。...还会创建一个名为_summary汇总表,它与linregr_train函数创建汇总表相同。有关详细信息,请参阅线性回归文档。...还会创建一个名为_summary汇总表,它与logregr_train函数创建汇总表相同。有关详细信息,请参阅逻辑回归文档。...还会创建一个名为_summary汇总表,它与mlogregr_train函数创建汇总表相同。有关详细信息,请参阅多类逻辑回归文档。...计算具有潜在噪声异常值数据集中数据差异时是很有用。此处实现Huber-White等同于R模块“sandwich”“HC0”三明治操作。

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(数据科学学习手札58)R处理有缺失值数据高级方法

一、简介   实际工作,遇到数据带有缺失值是非常常见现象,简单粗暴做法如直接删除包含缺失值记录、删除缺失值比例过大变量、用0填充缺失值等,但这些做法会很大程度上影响原始数据分布或者浪费来之不易数据信息...,因此怎样妥当地处理缺失值是一个持续活跃领域,贡献出众多巧妙方法不浪费信息和不破坏原始数据分布上试图寻得一个平衡点,R中用于处理缺失值包有很多,本文将对最为广泛被使用mice和VIM包中常用功能进行介绍...  缺失值是否符合完全随机缺失是在对数据进行插补前要着重考虑事情,VIMmarginplot包可以同时分析两个变量交互缺失关系,依然以airquality数据为例: marginplot(data...,否则就不能冒然进行插补;   与marginplot功能相似,marginmatrixmarginplot只能展现两个变量基础上推广到多个变量两两之间,效果类似相关性矩阵图: marginmatrix...值都远远小于0.05,至少0.05显著性水平下每个参数都具有统计学意义;   4、对5个合成出数据框在缺失值位置进行融合,这里需要用到新函数complete,其主要有下面三个参数: data: 前面

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最新计算机视觉研究,研究人员介绍了“JoJoGAN”:一种具有一次性面部样式化 AI 方法

样式映射器将预设样式应用于它接收到照片。最近一项研究,来自伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校研究人员将JoJoGAN介绍为一种从单个样式样本中学习样式映射器简单方法。...例如,该技术允许没有经验用户提供样式样本,然后将该样式应用于他们选择图像。该团队人脸照片背景下讨论了它方法,因为风格化的人脸对没有经验用户非常有吸引力;然而,这个概念可以应用于任何图像。...StyleGAN 使用这个配对数据集和独特直接像素级损失进行了微调。基础很简单:可以不到一分钟时间内从一张参考照片中创建映射器(以及因此大量风格化肖像)。...根据定性检查,JoJoGAN 具有这些品质,并且显着优于当前方法。 JoJoGAN 擅长捕捉形成风格小元素,同时保持输入面部身份。当有大量一致风格参考时,JoJoGAN 结果通常会更好。...一项研究,该团队将 JoJoGAN 与非 DST 方法进行了比较,另一项研究,将其与 DST 进行了比较。

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MADlib——基于SQL数据挖掘解决方案(19)——回归之聚类方差

还会创建一个名为_summary汇总表,它与linregr_train函数创建汇总表相同。有关详细信息,请参阅线性回归文档。...还会创建一个名为_summary汇总表,它与logregr_train函数创建汇总表相同。有关详细信息,请参阅逻辑回归文档。...还会创建一个名为_summary汇总表,它与mlogregr_train函数创建汇总表相同。有关详细信息,请参阅多类逻辑回归文档。...groupingvarNULL值表示计算没有分组。 技术背景 假设数据可以分成 ? 个簇。...最后,矩阵多项式主节点上一个单独函数完成。 计算多类逻辑回归聚类方差时,它使用默认参考类别为零,回归系数包含在输出表。输出回归系数与多类逻辑回归函数顺序相同。

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数学建模暑期集训6:用SPSS对数据进行多元线性回归分析

2.散点图大致判断 多元线性回归分析之前,有必要先对数据是否具有线性做个直观判断。(否则,一眼看出来不是线性就没必要线性回归了)。散点图是比较方便办法。...3.回归参数设置 分析->回归->线性 进入设置 勾选需要参数: 4.查看统计量 模型汇总表R方代表线性拟合程度,越接近1越好; 德宾-沃森指数表示因变量之间独立性...,越接近2越好; F越大,说明回归方程越显著; Sig即显著性,sig<0.05,则认为显著; VIF(方差膨胀因子两个因变量共线性存在,即一个量几乎可由另一个量来近似表示...,相当于两个变量只起到了一个变量效果。...选择向前,可以看到因变量和单独一个变量以及两个变量不同结果。有助于变量剔除。

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ChIP-seq数据分析课程学习笔记之peaks可视化

computeMatrix具有两个模式:scale-region和reference-point。前者用来信号一个区域内分布,后者查看信号相对于某一个点分布情况。...无论是那个模式,都有有两个参数是必须,-S是提供bigwig文件,-R是提供基因注释信息。还有更多个性化可视化选项。...DNA 序列上,这些 DNA 序列通常具有高度相似的核苷酸序列模式,即每个转录因子都有一个目标 DNA 序列 Motif,公开发表转录因子数据库中一般记录了转录因子对应 Motif 信息。...两种分析结果 HOMER结果 knownResults.html 为公共数据库已有的 Motif 计算结果汇总表 !...homerResults.html 为未知 Motif 计算结果汇总表,homerResults 文件夹存放是该项结果分析数据和图片。 !

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【数据分析 R语言实战】学习笔记 第十一章 对应分析

11.2对应分析 很多情况下,我们所关心不仅仅是行或列变量本身,而是行变量和列变量相互关系,这就是因子分析等方法无法解释了。...对应分析是一种视觉化数据分析方法,其基木思想是将一个联列表行和列各元素比例结构以点形式较低维空间中表示出来,优点在于能够将几组看不出任何联系数据,通过视觉上可以接受定位图展现出来,使用起来直观...11.2.2 R语言实现 R程序包MASS提供了两个函数,corresp()用于做简单一对应分析,mca()用于计算多重对应分析,通常使用前者,其调用格式为corresp(x,nf=1,……)...对应分析是一种可视化多元统计方法,它主要是通过图形分析来得出结论,R我们使用函数biplot()可以提取因子分析散点图,以直观地展示样本和变量各个水平之间关系。 ?...对应分析广泛地应用于市场研究,常常结合问卷调查方法,在产品定位、市场细分方面是一项非常重要统计技术。企业营销,经常需要明确产品定位:什么样消费者使用本企业生产产品?

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数据分析之描述性分析

3.探索性分析主要是通过一些分析方法从大量数据中发现未知且有价值信息过程,它不受研究假设和分析模型限制,尽可能地寻找变量之间关联性。常见分析方法有聚类分析、因子分析、对应分析等方法。 ?...; (3)直方图分组数据具有连续性,所以直方图各矩形通常是连续排列,而条形图表示分类数据,则是分开排列; 描述分析 描述分析与频率分析不同之处在于: (1)描述分析提供统计量仅适用于连续变量,频率分析既可用于分析连续变量...交叉表分析是用于分析两个两个以上分类变量之间关联关系,以交叉表格形式进行分类变量间关系对比分析。...它原理是从数据不同角度综合进行分组细分,以进一步了解数据构成、分布特征,它是描述分析常用方法之一。类似于EXcel数据透视表。...交叉表示意图 (3)嵌套表 它是指多个变量放置同一个表格维度,也就是说,分析维度是由两个及以上变量各种类别组合而成。嵌套表主要应用在需要展现较多统计指标时,能够使结果更为美观和紧凑。 ?

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ggpmisc--给你曲线添加回归方程

哪些注释最有用取决于是将 x 和 y 都映射到连续变量,还是将 y 映射到连续变量,以及将 x 映射到因子某些情况下,可能需要添加方差分析表或汇总表作为绘图注释。...背景介绍 ggplots中支持基于计算和模型拟合注释可以作为新统计信息来实现,这些统计信息对绘图数据进行计算,并将结果传递给现有几何图形。...然而这种方法相当繁琐且容易出错,因此小编给大家介绍一个可以为各种模型拟合函数绘制预测值、残差、偏差和权重R包ggpmisc,可以轻松地实现与拟合模型相关注释和绘图!...aes(x, y, color = group)) + geom_point() + stat_correlation() stat_correlation()生成多个标签,可以在对aes()调用自由地将它们组合起来...,ggpmisc可以方便给我们图片添加公式、残差等等多种注释,ggpmisc包也不断更新,我们也期待以后会有更强大功能!

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PanCanSurvPlot: 一款解决泛肿瘤KM生存分析Shiny网页工具

网站同时提供了根据中位数和最佳截断值两种分组方式,所有log-rank检验和单因素Cox回归生存分析结果将会通过一张清晰直观汇总表格呈现。...从生存分析功能来看,PanCanSurvPlot更具有其独特无可替代优势:①提供基于最佳截断值分组作图;②提供基于两种分组方式log-rank检验和Cox回归分析详细统计结果(HR, 95%CI..., P value),呈现于一张清晰直观汇总表;③满足出版要求高质量清晰KM图和个性化颜色自定义功能。...点击Analyze按钮后即可在几秒内获得该目的基因在所有癌种生存分析结果汇总表。...②汇总表格提供目的基因在所有癌种内生存分析结果,提供2种生存分析算法(Kaplan-Meier log-rank检验和单因素Cox回归),2种分组方式(基于中位数分组,基于最佳截断值分组)。

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SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据|附代码数据

以下各节,我们将看到前三个示例: 1.%WITHIN%– 1级固定因子(非随机斜率)2.具有潜在斜率变量%WITHIN%– 1级随机因子3....R结果 SPSS结果 Mplus结果 这次,我们WITHIN语句中包括了两个潜在斜率变量,以将Extrav和Sex指定为随机因子。...2级因子两个随机1级因子(无交互)  这是我们看到第一个具有2级(班级)变量模型:教师多年经验(Texp),也是以均值为中心。...具有相互作用一个2级因子两个随机1级因子  这是我们班级变量Texp与学生级变量Sex和Extrav之间进行跨级交互唯一模型。...Stata结果 Stata无法自动识别变量之间交互项,因此我们必须为两个跨级别的交互手动创建变量(请参见上面的代码gen语句)。

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SAS,Stata,HLM,R,SPSS和Mplus分层线性模型HLM分析学生受欢迎程度数据|附代码数据

以下各节,我们将看到前三个示例: 1.%WITHIN%– 1级固定因子(非随机斜率)2.具有潜在斜率变量%WITHIN%– 1级随机因子3....R结果 SPSS结果 Mplus结果 这次,我们WITHIN语句中包括了两个潜在斜率变量,以将Extrav和Sex指定为随机因子。...2级因子两个随机1级因子(无交互)  这是我们看到第一个具有2级(班级)变量模型:教师多年经验(Texp),也是以均值为中心。...具有相互作用一个2级因子两个随机1级因子  这是我们班级变量Texp与学生级变量Sex和Extrav之间进行跨级交互唯一模型。...Stata结果 Stata无法自动识别变量之间交互项,因此我们必须为两个跨级别的交互手动创建变量(请参见上面的代码gen语句)。

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