3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值 二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...') 这里需要注意的是，下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
在华为手机可以安装，却在oppo手机无法安装，这是怎么回事呢？ 原来在打包问题上 之前仅仅只勾选了第二个，现在把两个都勾上，然后打包安装到oppo手机，完美解决！
安装R语言的包的方法： 1....自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl...install.packages("stepNorm", contriburl="http://www.biostat.ucsf.edu/jean/software", lib="mydir") 这种方法可能找不到需要的...文件 Linux上安装R包（离线安装）: 下载package.tar.gz文件 在Shell终端（注意不是R）输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意：需要sudo...查看全部安装的R包： .packages(all.available=T) 查看某个安装的R包： library("XML") help(package="XML")
安装某些软件包时可能会出现一些问题。一个窍门是打开终端 然后使用sudo命令安装一些软件包， （输入密码后）。...apt-get install r-cran-plyr r-cran-xml r-cran-reshape r-cran-reshape2 r-cran-rmysqlsudo apt-get install...r-cran-rjavasudo apt-get install r-cran-glmnetsudo apt-get build-dep r-cran-bootsudo apt-get build-dep...r-cran-classsudo apt-get build-dep r-cran-clustersudo apt-get build-dep r-cran-codetoolssudo apt-get...apt-get build-dep 然后，在RStudio中，输入 install.packages("RCurl")install.packages("xml")install.packages("
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。...install.packages() install.packages()是从镜像安装包，在括号中输入包的名称字符串就可以完成包的安装。...通过github安装 一些开发者没有将包上传至镜像，而是在github上开发并分发，此时就需要从github安装相应包。这里提供两种方法。...语句中的 AnomalyDetection为包名，twitter为仓库名。很明显，安装包时还需要知道仓库名，为我们带来了不便。...library(githubinstall) githubinstall('AnomalyDetection') 此函数只需包名，不需要仓库名，运行后，会根据在github搜索的结果，询问是否为你想安装的包
查看Ubuntu系统以及R版本 cat /etc/issue 通常来说，很多R包的安装对R版本是有要求的，比如BiocManager需要 R (≥ 3.5.0)，但是并不需要最新版R语言。...Ubuntu倒是很稳定的更新，我的其实已经是Ubuntu18了 ，其它版本需要修改Ubuntu源文件，使用VIM编辑器修改文件：/etc/apt/sources.list 假如系统R版本不够，就需要升级...会删除软件包而保留软件的配置文件r # apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件 #然后更新Ubuntu源文件 ## 这里，不同Ubuntu系统有点不一样： cat /etc/issue...r-base-core r-base-dev 使用sudo安装一些必备包 这里只是举例，我比较常用的包，安装非常耗时，一般来说小半天就过去了。...安装我们的主角-3大R包 从代码的角度来看，很简单： options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...如果是在Windows平台下，那么应该首先检查R包安装路径是否有问题（使用.libPaths()函数查看），尽量不要安装到".RLibrary"之类的无版本依赖的文件夹中。...而如果是linux平台下或者包安装路径并没有“.RLibrary”之类的文件夹， 那么注意R包的安装或者载入过程中是否出现如下warnning或error： Error in completeSublasses...如果大家搜索过这个错误会发现遇到这个问题的人还挺多的，而且看起来他们的解决方案相对是没有切合问题本质或者是比较偶发的解决方案：如重新安装一个R包，修改R包的载入顺序等等。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。
欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分。...当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。
R包安装方法有： 1. 自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra 若要指定安装目录 (e.g....手动安装（离线安装） Windows:下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” ---- 在Rstudio...中也会经常遇到R包安装错误的提示。...总结就一句话：你的R包安装错误！！！！！ 那！这种情况如何解呢？？？.../3.6/ R包列表页 ctri+F 查找你需要下载的包 5、R-studio手动安装本地包 相信接下来你也知道怎么做啦 【拓展阅读】 1.通过Github仓库名和包名安装 不是所有的R包都提交上传到
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...默认情况下最多允许加载100个动态链接库，当你需要加载的动态链接库超过了100时，就会出现上面的报错信息。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。
install_version()： require(devtools) install_version(“ggplot2”, version = “2.0.0”, repos = “https://cran.r-project.org.../src/contrib/Archive/ggplot2/”) 除此之外，还可以直接从源代码安装： packageurl r-project.org/src/contrib...install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source") ======================================== 我们目前在简书连更了...现在打算不定期更新记录一些笔记，公众号也会将简书的内容整理一下发布~
当年学习Perl语言时，看小骆驼，上面有个CPAN的东西，说是上面有很多包，但我的技术仅仅入门，包是一次也没有用上。...但是R语言不一样，没有R包寸步难行，虽然用R的base包可以把程序写得像bash一样冗长无味，但我还是习惯用tidyverse系列，习惯了，毕竟R包是另一种语言，tidyverse结构的一致性，让我张口就来...，不用查说明文档了…… R语言包，就是别人编写好的程序、函数放到一起，你直接用就可以，不用重新编写，大部分的R包在CRAN中，用install.packages进行安装，还有一些在bioconductor...下面介绍几种R包的管理，包括如何查看已经安装的R包，如何查看已经加载的R包，如何安装R包，如何删除R包，如何查看R版本，如何查看R包的版本，所谓的一答解千文，就是说的本篇呀！ 1....安装和卸载R包 安装R包，如果是在CRAN中，直接用install.packages()， install.packages("ggplot2") 加载一下，看看是否成功： > library(ggplot2
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...这是一种好的策略，哪怕几乎所有的元素都要替换，如果不这样做会让我们通过添加元素优化主题变得困难。ggthemes[4]包中有很多好的主题作为参考。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
安排新来的实习生整理最简单的GEO数据库的表达量芯片数据处理代码，有一个拼图的需求，不知道为什么实习生找到了一个customLayout包，但是无法安装和使用它，所以求助了我。...我看了看，直接安装customLayout确实会报错： 报错 简单的搜索一下customLayout的官网 ： customLayout的官网 可以看到每个包都可以通过这样的URL查询： https...://cran.r-project.org/package=customLayout 会根据包的情况自动跳转，这个包就进入了：https://cran.r-project.org/web/packages...，需要先单独安装它依赖的包即可 ： 单独安装 是不是很简单啊！...需要基本生信背景知识 当然需要读者具备计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门
---title: "R包的三种安装方法"output: html_documentdate: "2023-03-11"---R包可以理解为是多个函数的打包存放，R语言中特定的分析功能需要用相应的R包实现...，那么R包应该怎么安装呢？...1.下载前我们可以先设置镜像网站加快R包的下载速度，再安装R包清华镜像http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...2.检查R包是否安装成功R包安装成功的唯一标准library（）没有error！library(tidyr) require(tidyr)3.避免R包重复安装的方法if(!...require(stringr))install.packages("stringr")# 在包未加载成功的情况下则执行if后面的函数，即安装R包# 包加载成功的情况下，则不执行安装该包的命令
在学习python的时候，被推荐了使用PyCharm这款IDE，但是在import包的时候却发生了问题- -无法引入，但是明明通过了pip 进行模块的加载，百度之后，了解到，在这款IDE中，要导入包，需要手动进行引入...如下图所示 首先在file中找到settings 顺带一下，如果有的同学是第一次接触这款IDE，可能对与皮肤颜色不太了解，其实也是在settings中进行设置的，而且该公司旗下的其他产品如IDEA基本都是在此处进行界面的配置...，（别人我不懂，我反正用了觉得比白底的舒服很多，感觉应该对眼睛有一定的保护） 接下来继续说导包 接下来在项目中使用import操作就不会报错拉 要注意的是，每个项目，都需要重新导入一次包，（毕竟...python的包那么多，不可能你配置一次，之后新建的项目都会自动帮你下载，那样就太可怕了，项目得多大啊？...PS：后面这段话不适合初学者看：但是这里不知道有没有类似于npm的本地总仓库功能，感觉这个导入还是类似于Maven那样的，根据需要自行配置，已经很方便了，不需要再去网上到处下载jar包，如果有知道的大佬希望不吝赐教我这个小白
这个时候你需要单独的安装它缺失的依赖包即可，比如如果你的报错告诉你你缺 GO.db，它是一个R包，你只需要装它，仿写你运行的脚本里面BiocManager开头的代码，把引号里面的词换成GO.db就行。...，里面会存放这些r包对应的文件夹，需要输入这个代码， .libPaths()，看看r的包的安装路径 ## 比如我的mac电脑的r的包的安装路径是： [1] "/Library/Frameworks/R.framework...R 包的安装位置函数.libPaths 在R中，.libPaths() 函数用于获取或设置 R 包的安装路径。...这些技巧可以帮助你更灵活地管理和配置 R 包的安装路径，特别是在需要在多个项目或环境中使用不同的包集时。...对于.libPaths()函数，它主要用于管理R包的安装路径，对于一般的用户而言，通常不需要直接调用它。.
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...BiocInstaller 安装 我们以在 R-3.4（Bioconductor==3.6）中安装最新版本的 clusterProfiler 为例。...这是来自于 Y 叔 2018-09-25 在公众号发表的《不用 biocLite 安装 Bioconductor 包》介绍的方法。这里截取部分内容介绍一下。...安装体积比较大的 R 包 安装 CRAN 或者 Bioconductor 中一些体积比较大的 R 包，如果网络不太好，经常可能会出现包下载不完（Timeout of 60 seconds was reached
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