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在R中解压gz文件,并进行逐位操作

在R中解压.gz文件,并进行逐位操作,可以使用以下步骤:

  1. 使用gzfile()函数以二进制模式打开.gz文件,并将其赋值给一个变量。例如:
代码语言:txt
复制
gz <- gzfile("file.gz", "rb")

这将打开名为"file.gz"的.gz文件,并使用二进制模式进行读取。

  1. 使用readBin()函数逐位读取.gz文件内容。例如:
代码语言:txt
复制
data <- readBin(gz, "raw", n = 1, size = 1)

这将从.gz文件中读取一个字节的内容,并将其保存在变量data中。

  1. 进行其他逐位操作,根据需要进行处理。例如,可以使用循环语句逐次读取.gz文件中的字节,并对其进行处理。
  2. 最后,使用close()函数关闭.gz文件。例如:
代码语言:txt
复制
close(gz)

这将关闭打开的.gz文件。

需要注意的是,以上步骤只是一个简单示例,具体的逐位操作和处理方式根据具体需求而定。

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转录组分析 | 使用Hisat2进行序列比对

下载完后上传到Linux服务器,解压后就可以直接用了。 我上传到了: /data/mouse_genome/ ,就是mm10_genome.tar.gz这个文件。 ?...解压文件解压过程中会在当前文件夹下创建mm10文件解压后的文件就在mm10文件。 tar -zxvf /data/mouse_genome/mm10_genome_tar.gz ?...模拟的数据,有25%左右的read是长锚定read,这种read大多数情况下可以被唯一的定位到人的基因组上。...4.2%为短锚定read,因为这些序列特别短,因此只能通过hisat比对其它read时发现的剪切点或者用户自己提供的剪切点来辅助比对。...最后还有3%的是跨多个外显子的read,比对策略hisat的online method中有介绍,文章没有详解。

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,不更改原始文件 gzip 1.txt //压缩1.txt为1.txt.gz(覆盖原文件) gzip -d 1.txt.gz //解压1.txt.gz(覆盖原文件) gzip -c 1.txt > 1...-c: 建立压缩档案 -x:解压 -t:查看内容 -r:向压缩归档文件末尾追加文件 -u:更新原压缩包文件 —–以下为可选—— -z:有gzip属性的 -j:有bz2属性的 -Z:有compress...命令切换到上级目录、根目录、home目录、usr目录 利用pwd命令显示当前目录 利用ls命令显示目录下的内容、显示隐藏内容、显示上级目录内容、显示根目录内容 利用mkdir创建一个目录dir_one、递归创建目录、目录下创建一个文档写上内容...删除 首先用echo屏幕上显示helloworld,其次用echo通过变量的形式显示helloworld home目录下创建一个文件夹test1,tar命令将其压缩为test1.tar.gz,然后将...test1删除,然后利用tar命令将test1.tar.gz解压 利用tar/make命令对vim源码包进行加压、配置、编译、安装。

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Linux

/test (-r代表循环文件夹内容) 移动文件(夹):mv test study :移动test文件到study文件操作必须在两个目录的公共父目录才可操作 重命名文件:...(比如我们的主硬盘,挂载点就被设定为/根目录,而我们所有保存的文件都会存储硬盘,如果你有U盘,最好将U盘的文件格式改为ExFat,可以直接在Windows中进行格式化) 找u盘设备名称:①根据内存容量找到...使用tar命令来完成文件压缩和解压操作Linux中比较常用的是gzip格式,后缀名一般为.gz,tar命令的参数-c表示对文件进行压缩,创建新的压缩文件,-x表示进行解压操作,-z表示以gzip格式进行操作...,-v可以处理过程输出一些日志信息,-f表示对普通文件进行操作 压缩解压指令: 压缩文件:tar -zcvf test.tar.gz *.txt :压缩当前文件夹内以txt结尾的文件,压缩包名为 test.tar.gz...压缩文件夹:tar -zcvf test.tar.gz test/ :压缩test文件夹,压缩包名为test.tar.gz 解压到当前文件夹:tar -zxvf test.tar.gz ---- Vim

56120

Linux常用操作命令大全,建议收藏!!!

保存退出:wq 具体操作步骤: 1. 保存文件:按"ESC" -> 输入":" -> 输入"wq",回车 // 保存退出编辑 2....系统压缩文件的扩展名 .tar // Linux打包文件的扩展名 .gz // Linux压缩文件的扩展名 .tar.gz...// Linux打包压缩文件的扩展名 6.2 打包文件 tar -zcvf 打包压缩后的文件名 要打包的文件名 参数说明: z:调用gzip压缩命令进行压缩 c:打包文件 v:显示运行过程.../log目录更改时间7日以前的普通文件删除之前询问它们 find / -type f -size 0 -exec ls -l {} \ // 为了查找系统中所有文件长度为0的普通文件,并列出它们的完整路径...) grep -A 3 -i "example" demo_text // 输出成功匹配的行,以及该行之后的三行 grep -r "ramesh" * // 一个文件递归查询包含指定字符串的文件

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3.txt 第1和第3相同的情况下列出满足的所有文件 ls 1[12345]3 括号也是一种通配符 第1和第3相同的情况下列出满足当前的第2范围在1-5的所有文件 写法和ls 1[1-5...这个包进行解压解压路径为当前所在的路径 tar -zcvf xxx.tar.gz *.py 把当前路径下需要打包的文件(.py文件)打包到指定的包(xxx.tar)压缩 -z表示要进行一个压缩,...所以打包的文件后缀应加上.gz tar -zxvf xxx.tar.gz 将xxx.tar.gz压缩包进行一个解压缩 -z是针对.gz结尾的压缩文件进行操作 tar -jcvf yyy.tar.bz2...*.py 将*.py文件打包压缩到yyy.tar.bz2文件 -j是针对.bz2结尾的压缩模式的命令 tar -jxvf yyy.tar.bz2 将yyy.tar.bz2压缩包进行一个解压缩 -j...是针对.bz2结尾的压缩模式的命令 zip zzz.zip *.py 把*.py文件打包压缩到zzz.zip文件 unzip zzz.zip 把 zzz.zip文件进行解压缩 总结一点 .gz结尾的文件

992100
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