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单细胞亚群标记基因可以迁移不同数据

首先处理GSE162610数据 可以看到多个分组样品里面,巨噬细胞小胶质细胞都蛮清晰界限: 巨噬细胞小胶质细胞都蛮清晰界限 不知道为什么我自己处理后巨噬细胞小胶质细胞界限并没有作者文章给出来图表那样足够清晰...降维聚类分群后,很容易根据文献里面的标记基因给出来各个亚群生物学名字,然后对不同亚群,可以找这个数据里面的特异性各个亚群高表达量基因作为其标记基因: 特异性各个亚群高表达量基因 接下来我就在思考...,这样实验设计非常多单细胞数据都可以看到,因为小鼠模型里面取脑部进行单细胞测序是很多疾病首选。...对GSE182803数据进行同样处理 可以看到: image-20220102164343172降维聚类分群 这个数据里面的 巨噬细胞小胶质细胞也是很清晰界限。...仍然是具有比较清晰分界线哦 : 仍然是具有比较清晰分界线 说明 巨噬细胞小胶质细胞各自相对标记基因在不同数据都是具有可区分能力

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aof数据恢复rdb数据不同服务器之间迁移

64mb #aof文件,至少超过64M时,重写 万一输入了flushall之后触发了重写机制,那么所有数据都会丢失,而正式环境redis数据是一直写入数据量是一直变大,随时都有触发重写条件可能...总结一下,具体执行flushall之后恢复步骤 shutdown nosave 打开对应aof文件 appendonly.aof ,找到flushall对应命令记录 *1 20839 $8 20840...appendonly no 我们先看一下当前redis数据,并将数据用save命令固化到rdb文件中,我rdb文件为/var/rdb/dump6379.rdb 杀掉当前redis进程,否则下一步复制....rdb),记住,一定要杀掉当前redis进程,还有关闭要迁移服务器aof功能(如果不关闭aof,默认用aof文件来恢复数据) (5)启动6380redis,我们会发现,6380多出了name数据...,这个数据,就是6379固化到rdb数据 以上就是不同redis之间进行rdb数据迁移,思路就是,复制rdb文件,然后让要迁移redis加载这个rdb文件就ok了

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自己数据上训练TensorFlow更快R-CNN对象检测模型

准备用于物体检测图像包括但不限于: 验证注释正确(例如,所有注释图像中都没有超出范围) 确保图像EXIF方向正确(即,图像在磁盘上存储方式与应用程序中查看方式不同,请参见更多信息) 调整图像大小并更新图像注释以匹配新尺寸图像...检查数据健康状况,例如其类平衡,图像大小长宽比,并确定这些数据可能如何影响要执行预处理扩充 可以改善模型性能各种颜色校正,例如灰度对比度调整 与表格数据类似,清理扩充图像数据比模型中体系结构更改更能改善最终模型性能...鉴于此检测RBC血小板时,可能不希望裁剪图像边缘,但是如果仅检测白细胞,则边缘显得不太重要。还想检查训练数据是否代表样本外图像。例如,能否期望白细胞通常集中新收集数据中?...它在数据级别进行了序列化,这意味着为训练,验证测试创建了一组记录。还需要创建一个label_map,它将标签名(RBC,WBC血小板)映射为字典格式数字。...使用Faster R-CNN模型配置文件训练时包括两种类型数据增强:随机裁剪以及随机水平和垂直翻转。 模型配置文件默认批处理大小为12,学习率为0.0004。根据训练结果进行调整。

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轻轻松松R里面拿捏这130万单细胞数据

on-disk storage方法来读取存储130万单细胞数据,然后Sketching这个方法可以从130万单细胞数据里面抽样但是还保留数据特性。...查看读取130万单细胞数据(h5文件) 案例130万单细胞数据是10x公司在其官网提供,链接是:https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression...write_matrix_dir: 将读取单细胞转录组数据写入指定目录。这一步目的可能是将数据存储磁盘上,以便后续分析。 open_matrix_dir: 从指定目录中读取单细胞转录组数据。...这个时候还需要借助Sketching这个方法可以从130万单细胞数据里面抽样但是还保留数据特性,首先读取前面保存好R语言里面的rds文件: # Read the Seurat object,...hold住啦, 大家啊可以试试看我们之前收集整理大脑区域不同单细胞亚群特异性基因,看看在这个数据里面是否有效。

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轻轻松松R里面拿捏这130万单细胞数据

on-disk storage方法来读取存储130万单细胞数据,然后Sketching这个方法可以从130万单细胞数据里面抽样但是还保留数据特性。...查看读取130万单细胞数据(h5文件) 案例130万单细胞数据是10x公司在其官网提供,链接是:https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression...write_matrix_dir: 将读取单细胞转录组数据写入指定目录。这一步目的可能是将数据存储磁盘上,以便后续分析。 open_matrix_dir: 从指定目录中读取单细胞转录组数据。...这个时候还需要借助Sketching这个方法可以从130万单细胞数据里面抽样但是还保留数据特性,首先读取前面保存好R语言里面的rds文件: # Read the Seurat object,...hold住啦, 大家啊可以试试看我们之前收集整理大脑区域不同单细胞亚群特异性基因,看看在这个数据里面是否有效。

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掌握 C# 变量代码中声明、初始化使用不同类型综合指南

C# 变量 变量是用于存储数据容器。... C# 中,有不同类型变量(用不同关键字定义),例如: int - 存储整数(没有小数点整数),如 123 或 -123 double - 存储浮点数,有小数点,如 19.99 或 -19.99...int 类型变量(x、y z),并为它们赋了不同值。...第二个示例中,我们声明了三个 int 类型变量,然后将它们都赋予了相同值 50。 C# 标识符 所有的 C# 变量都必须使用唯一名称来标识。 这些唯一名称被称为标识符。...: 名称可以包含字母、数字下划线字符(_) 名称必须以字母或下划线开头 名称应以小写字母开头,不能包含空格 名称区分大小写(myVar myvar 是不同变量) 保留字(如 C# 关键字,如 int

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.NET Framework .NET Core 默认情况下垃圾回收(GC)机制不同(局部变量部分)

本文介绍局部变量这部分细节,而这点在 .NET Framework .NET Core 默认情况下表现有差别。...然而所有这些平台编译后 IL 都差不多。虽然引用程序不一样,但代码都是一样。所以问题不在编译器,而在运行时。...分层编译被启用情况下,GC 行为有改变,局部变量不再及时回收。当然以后有更优化分层编译后,可能有新行为改变。...如果要关闭分层编译,可以项目文件中设置 TieredCompilation 为 false,也可以设置环境变量 COMPlus_TieredCompilation=0。这两个是等价。...所以支持框架上你可以开启或关闭。

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数据科学学习手札02)Python与R循环语句与条件语句上异同

循环是任何一种编程语言基本设置,是进行批量操作基础,而条件语句是进行分支运算基础,Python与R有着各自不同循环语句与条件语句语法,也存在着一些相同地方。...Python 1.for循环 '''通过for循环对列表进行遍历''' list1 = [i for i in range(10)] for i in range(10): print(list1...print(i) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 '''for循环列表解析中应用''' list = [str(i) for i in range(10)] print(list) ['0...', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9'] *for循环只能对可遍历对象进行操作 2.while循环 i = 10 while(i>=0):...list[i]%2 == 0,print('偶数'),print('奇数')) 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 偶数 奇数 R

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大学生常用python变量简单数据类型、可迭代对象、for循环3用法

文章目录 变量简单数据类型 下划线开头对象 删除内存中对象 列表与元组 debug 三酷猫钓鱼记录 实际POS机小条打印 使用循环找乌龟 可迭代对象 理解一 理解二 2️⃣什么是迭代器 ✔️...特别鸣谢:木芯工作室 、Ivan from Russia ---- 变量简单数据类型 下划线开头对象 单下划线_ 变量 Python中,变量可以包含数字、字母、下划线等,所以单独一个下划线...单下划线开头变量_var或函数_fun() 单下划线开头_var变量或函数_fun表示该变量或函数为内部使用变量,不建议在外部使用,但单下划线开头仅仅是一个提示,没有权限控制,实际上可以在外部访问...next逐一遍历。 迭代器两个最基本方法:iter() next()....返回: 该函数多个iterable上并行迭代,从每个可迭代对象上返回一个数据项组成元组。 也就是说, zip() 返回元组迭代器,其中第 i 个元组包含是每个参数迭代器第 i 个元素。

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偏最小二乘法(PLS)

一般如果需要在研究多个自变量与因变量关系话题中,绕不过去就是多元回归,包括以线性关系为主多元线性回归高次多项式为主响应面分析,众所周知,多元线性回归中一般可以用最小二乘法计算每个自变量系数...,也是变量变量集中提取第一主成分 , (这里线性组合, 是 线性组合),使得 , 相关程度达到最大,且可以分别代表各自变量最多信息(相关程度最大是希望提取出来...建立因变量 及自变量回归 即 这里 , 为回归残差矩阵, 为多对一归模型系数向量 由最小二乘算法公式 观察这个式子,两边同时转置后会更简洁,即 如果这里残差阵...,假设原始自变量 秩为r,则一定最多只能循环r次,即 相当于由r个线性无关向量线性表出而已,而这r个 如果线性无关,则是迭代最大次数r,而实际是 往往会存在相关性,所以说循环最多是r次,...,因为因变量有多个,是因变量组),表示为 ,然后对所有的n个样本进行循环测试,并计算第j个因变量误差平方,即 所以总变量预测误差平方为 此外,对于所有样本点(即不抛出第i个了),计算

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LASSO回归姊妹篇:R语言实现岭回归分析

我们任务是开发尽可能精确预测模型来确定肿瘤性质。数据包含699名患者组织样本,并存储包含11个变量数据框中。...1 ## [100,] 9 8.389e-01 0.03951 以第100行为例,可以看出非零归系数,即模型中包含特征数为9。岭回归中,这个数字是常数。...数据处理 这个数据包含在RElemStatLearn包中。加载所需包和数据。也可以找我们工作人员领取。...下图显示了岭回归中预测值实际值之间关系(图46)。同样,较大PSA测量值中有两个有趣异常值。...实际情况中,我们建议对异常值进行更深入研究,以找出它们是否真的与其他数据不同,或者我们错过了什么。与MSE基准比较可能会告诉我们一些不同东西。我们可以先计算残差,然后再计算残差平方平均值。

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Google Earth Engine(GEE)——全球沿海河流环境变量一个包含5399条沿海河流8个环境变量数据全球数据

全球沿海河流环境变量¶。 一个包含5399条沿海河流8个环境变量数据全球数据。在这些河流中,40%(n=2174)有地貌三角洲,其定义是突出于区域海岸线、分布河道网络,或两者兼有。...全球范围内,平均每300公里海岸线就有一个三角洲,但也有三角洲形成热点,例如在东南亚,每100公里海岸线就有一个三角洲。...我们分析表明,一条河流形成三角洲可能性随着排水量、沉积物排放量排水流域面积增加而增加。另一方面,三角洲可能性随着波高潮汐范围增加而减少。...三角洲可能性与受水盆地坡度有着非单调关系:坡度越大,三角洲可能性就越小,但对于坡度大于0.006情况,三角洲可能性就会增加。这反映了主动被动边缘上对三角洲形成不同控制。...color: '#191919', }),{},'Global coastal rivers and environmental variables' ); Citation¶ Caldwell, R.

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Python数据科学:Logistic回归

读取数据,并对数据进行抽样,训练测试比例为7:3。...: %i \n测试样本容量: %i' % (len(train), len(test))) 经过我一番实践,发现抽取比例不同,会导致最后结果也有所不同。...此外上述使用是随机抽样,会出现抽取训练测试当中违约比例不一样情况。 所以还可以考虑一下分层抽样,保证固定比例抽取样本。 接下来使用广义线性回归,且指定使用logit变换对数据进行处理。...得到各变量系数,其中「可循环贷款账户使用比例」「行驶里程」这两个变量系数相对来说较不显著,可以选择删除。 当然还可以结合线性回归时使用,基于AIC准则向前法,对变量进行筛选。...接下来使用线性回归中方差膨胀因子计算函数,完成对逻辑回归中变量多重共线性判断。

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深度学习教程 | 神经网络基础

介绍了针对监督学习几类典型神经网络:Standard NN,CNNRNN。 介绍了「结构化数据「非结构化数据」2种不同类型数据。...输入特征向量:x \in R^{n_x},其中 {n_x}是特征数量 用于训练标签:y \in 0,1 权重:w \in R^{n_x} 偏置: b \in R 输出:\hat{y} = \sigma...回归类问题中,我们会使用均方差损失(MSE): L(\hat{y},y) = \frac{1}{2}(\hat{y}-y)^2 [逻辑回归损失函数] 但是逻辑回归中,我们并不倾向于使用这样损失函数...对于有m个样本数据,Cost Function J(w,b)、a^{(i)} 权重参数w_1 计算如图所示。...上述计算过程有一个缺点:整个流程包含两个for循环。其中: 第一个for循环遍历m个样本 第二个for循环遍历所有特征 如果有大量特征,代码中显示使用for循环会使算法很低效。

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GAN中通过上下文复制粘贴,没有数据情况下生成新内容

魔改StyleGAN模型为图片中马添加头盔 介绍 GAN体系结构一直是通过AI生成内容标准,但是它可以实际训练数据集中提供新内容吗?还是只是模仿训练数据并以新方式混合功能?...本文中,我将讨论“重写深度生成模型”(https://arxiv.org/abs/2007.15646)一文,该文件可直接编辑GAN模型,以提供所需输出,即使它与现有数据不匹配也是如此。...GAN局限性 尽管GAN能够学习一般数据分布并生成数据各种图像。它仍然限于训练数据中存在内容。例如,让我们以训练有素GAN模型为例。...但是,如果我们想要眉毛浓密或第三只眼脸怎么办?GAN模型无法生成此模型,因为训练数据中没有带有浓密眉毛或第三只眼睛样本。...然后,层L之前前一层将表示密钥K,密钥K表示有意义上下文,例如嘴巴位置。此处,L层L-1层之间权重W用作存储KV之间关联线性关联存储器。 我们可以将K?V关联视为模型中规则。

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Google Earth Engine——WWFHydroSHEDS03DIR水文信息数据提供了一套不同尺度地理参考数据(矢量栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向流量积累。

HydroSHEDS是一个制图产品,以一致格式为区域全球范围应用提供水文信息。它提供了一套不同尺度地理参考数据(矢量栅格),包括河流网络、流域边界、排水方向流量积累。...HydroSHEDS是基于NASA航天飞机雷达地形任务(SRTM)2000年获得高程数据。 这个排水方向数据定义了从条件DEM中每个单元到其最陡峭下坡邻居流动方向。...该数据分辨率为3弧秒。3角秒数据是虚空填充DEM、水文条件DEM排水(流)方向。...请注意,北纬60度以上地区,HydroSHEDS数据质量要低得多,因为没有底层SRTM高程数据可用,因此要用更粗分辨率DEM(美国地质调查局提供HYDRO1k)。...HydroSHEDS是由世界自然基金会(WWF)保护科学项目与美国地质调查局、国际热带农业中心、大自然保护协会德国卡塞尔大学环境系统研究中心合作开发

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逻辑回归(对数几率回归,Logistic)分析研究生录取数据实例

请注意,R指定文件位置时需要正斜杠(/)而不是反斜杠(),该文件在你硬盘上。 ##查看数据前几行 head(mydata) 这个数据有一个二元因(结果,因果)变量,叫做录取。...data.frame(mean(gre), mean(gpa), factor(1:4)) ## 查看数据框 这些对象名称必须与上述逻辑回归中变量相同(例如,本例中,gre平均值必须被命名为...newdata1$rankP告诉R,我们要在数据数据框)newdata1中创建一个名为rankP变量,命令其余部分告诉R,rankP值应该是使用predict( )函数进行预测。...同样重要是要记住,当结果是罕见,即使整个数据很大,也很难估计出一个Logit模型。 伪R平方。存在许多不同R平方测量方法。...它们都试图提供类似于OLS回归中R平方所提供信息;然而,它们都不能完全按照OLS回归中R平方解释来解释。 诊断法。

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逻辑回归模型比较

介绍 简单逻辑回归中,我们只有一个预测变量,而在多元逻辑回归中,有多个预测变量。响应变量可以是二元,也可以是有序。...-3e3ef3ba6ca2 本文中,我将介绍不同模型之间比较以及如何解释R输出。...第二个文件中,教育水平被转换为以下有序形式。 数据集中教育水平 性别种族其他变量在此处是二元R实现 我使用用于比较不同模型GitHub Gist如下。...随后模型中,我使用教育、性别种族数据作为预测变量,以及收入水平作为响应变量,开展了有序逻辑回归分析。 模型3包括教育数据作为预测变量。 模型4包括教育性别数据作为预测变量。...模型5包括教育、性别种族数据作为预测变量。 由于这是有序回归,输出窗口是不同。有时候会将空模型与完整模型或嵌套模型进行比较。

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