在RMarkdown中，所有的图都打印在所有的pdf中，而不是在每个pdf中打印相应的图。

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output:
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    keep_tex: yes
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```{r, fig.cap="图形标题", fig.show='hold'}
# 插入图形的代码

其中，`fig.cap`用于设置图形的标题。

这样设置后，生成的pdf文件中将包含所有的图形，并且每个图形都有对应的标题。

对于RMarkdown中的其他问题，可以根据具体情况进行解答。