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沙龙
1
回答
在
SLURM
中
,
是否
可以
限制
用户
同时
使用
的
cpus
数量
?
、
我找到了MaxJobs选项,并将其与MaxCpus结合
使用
,该选项设置了
用户
可以
使用
的
cpus
数量
的
上限,但它也会刺激
用户
始终最大限度地
使用
每个作业
可以
使用
的
cpus
数量
。
是否
可以
设置某人
可以
使用
的
cpus
的</e
浏览 364
提问于2020-01-23
得票数 1
回答已采纳
1
回答
充分利用
SLURM
上
的
所有CPU
、
、
、
、
在
不同
的
节点上有不同
数量
的
CPU,我不知道哪些节点将分配给我。什么是适当
的
选项,以便作业
可以
在所有节点上创建与CPU一样多
的
任务? #!
浏览 29
提问于2019-08-13
得票数 3
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1
回答
SLURM
C++看到
的
可用内核比分配
的
多
、
、
、
、
我试图
在
SLURM
管理
的
HPC集群上运行一个进程多线程作业。我打算在我
的
线程中
使用
多核。当我将资源分配给HPC时,我
使用
以下命令:#SBATCH --ntasks=1这应该将8个CPU分配给同一台机器上
的
一个进程我怀疑,尽管
SLURM
只为任务分配了8个CPU,但机器总共有32个CPU。 但是,我
使用
的
一些包依
浏览 0
提问于2019-09-07
得票数 2
回答已采纳
1
回答
确定分配给作业
的
处理器
数量
、
、
我正在尝试修改一个python程序,该程序将
使用
一个工作程序池
在
Linux hpc计算环境
中
执行任务。我希望将池中
的
工作线程数设置为等于我为作业请求
的
线程数。multiprocessing.cup_count()和num_procs等命令返回64,这是一个节点上
的
线程数,但不是分配给我
的
作业
的
线程数。我目前
的
解决方案是
在
批处理文件
中
grep指定线程数
的
命令,然后检查输出: os.s
浏览 1
提问于2019-05-23
得票数 2
1
回答
获取可调优
的
节点数、代码数和可用RAM
、
、
我正在尝试来调优我
的
HPC集群(我
使用
Sparklyr),并尝试收集由指定
的
一些重要规范: 我知道如何
使用
sinfo -n -l,但我看到太多
的
核心,我很难获得这些信息。有更简单
的
方法来了解我
的
集群
的
总体规格吗?最后,我试图为--num-execut
浏览 2
提问于2017-06-26
得票数 0
回答已采纳
1
回答
将
slurm
数组任务
限制
在
单个节点中
我想向
slurm
提交一个数组作业,其中包含100个任务,每个任务只
使用
一个cpu。我
可以
访问一个具有10个节点和24个核心
的
集群,每个集群都激活了超线程。我
限制
了并发作业
的
数量
,--array=1-100%24试图将所有作业保留在一个节点中,并将集群
的
其余部分留给其他
用户
使用
,但这24个任务是在任意
数量
的
节点中执行
的
。我尝试过--nodes=1或--distrib
浏览 0
提问于2018-09-18
得票数 6
回答已采纳
2
回答
射线
在
slurm
上-初始化问题
、
、
、
我写这篇文章是因为自从我
使用
slurm
以来,我一直无法正确地
使用
ray。每当我
使用
这些命令时: 01000000ffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffffff没有这样
的
文件或目录 这个程序
在
我
的
电脑上运行得很好,这个问题随着
Slurm
<e
浏览 15
提问于2022-06-01
得票数 4
2
回答
如何
使用
slurm
将这个循环并行化?
我有大量不同
的
bam文件要处理,下面是我
的
sbatch文件:##SBATCH --ntasks=1#SBATCH --mem-per-cpu%j.err 我
的
意思是
使用
threads=2运行#!I=${bam} \ FASTQ=${outdir}/${
浏览 0
提问于2020-07-01
得票数 2
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1
回答
萨克特:我如何将{CPUTimeRAW和CPUTime}转换成实时
的
秒?
我
的
目标是根据
用户
分配CPU
的
时间(以秒为单位)向他们收费。测量它
的
最佳参数是什么?00:11:52 712 00:01:29 00:01:00我把时间
限制
为--------- ---------- ----------我把时间
限制</e
浏览 0
提问于2017-04-09
得票数 0
回答已采纳
1
回答
在
slurm
上并行重复一项任务100次
、
、
例如,假设我
可以
使用
20个核心,我只需要在每个核心上重复5次。#!--job-name=test #SBATCH --ntasks=1 module load anaconda3/20
浏览 7
提问于2022-03-04
得票数 1
3
回答
Slurm
不能运行多个sbatch任务
、
我已经
在
2节点集群上安装了
Slurm
。两个节点都是计算节点,其中一个也是控制器。我能够一次成功地运行多个作业
的
srun。我正在运行GPU作业,并已确认
可以
使用
srun
在
多个GPU上运行多个作业,最多可达系统
中
的
GPU
数量
。但是,当我尝试
使用
相同
的
测试文件运行sbatch时,它将只运行一个批处理作业,并且只
在
同时
也是控制器
的
计算节点上运行。其他失败
浏览 79
提问于2019-02-14
得票数 0
2
回答
如何
限制
SLURM
所知
的
资源?
假设我有一个具有一个节点和36个CPU核心
的
集群,但是我希望
SLURM
管理和分配这些核心中
的
20个。
是否
有一种配置
SLURM
的
方法,使其“world”仅由整个CPU
的
这个子集组成?注意,这与对特定作业设置
限制
不同。在上面的示例
中
,我需要这样一种情况:如果job1请求20个
cpus
,而job2请求5,
SLURM
在
分配job2之前等待job1完成(而不是立即启动job2,因为总共有36
浏览 13
提问于2022-02-09
得票数 1
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1
回答
如何保存
SLURM
作业配置?
、
、
假设我
使用
以下配置运行
slurm
作业: #SBATCH --ntasks=1 # Run a single task echo '\n ntasks: ' $
SLURM
_NTASKS echo '\n
cpus</e
浏览 2
提问于2018-02-18
得票数 1
回答已采纳
2
回答
Snakemake
在
使用
时给出InputFunctionException --profile
slurm
、
我正在创建一个管道,
使用
snakemake
在
纳米孔测序数据
中
调用甲基化。我已经
使用
--dryrun选项运行了snakenake,并且成功地构建了dag。
中
的
规则combine_tech_reps。(我在这里只展示了我
的
snakefile
的
第一部分) from snakemake.utils import validateimport os.path import} --mem={resources.mem} -
浏览 34
提问于2020-09-09
得票数 0
1
回答
MPI和
Slurm
概念
、
如何指定要在X个
cpus
数量
上运行mpi作业,
在
使用
slurm
时,我看到
的
所有参数都是用于
使用
节点
的
? 我
可以
跨多个分区运行mpi作业吗?
浏览 9
提问于2015-10-04
得票数 4
回答已采纳
1
回答
对于某些账号,普通
用户
和sacctmgr创建
的
用户
有什么区别?
、
在
我们
的
集群
中
,有一些
用户
(
在
/etc/passwd
中
列出)
可以
使用
Slurm
提交作业。但是,
使用
sacctmgr,我们还
可以
定义属于某些帐户
的
用户
。谢谢。
浏览 2
提问于2020-06-19
得票数 0
1
回答
是否
有可能,以及如何从
slurm
中
获得我
的
mpi作业运行
的
核心列表?
、
、
、
问题是:
是否
有可能,如果是的话,如何获得我
的
mpi工作
在
特定时刻运行
的
核心列表?很容易列出任务分配到
的
节点,但经过几个小时
的
互联网调查,我开始怀疑
slurm
以任何方式公开了核心列表(为什么不困难呢?)问题是,我想再次检查我正在处理
的
集群
是否
真的像我要求
的
那样
在
节点、核心(如果可能的话,还有套接字)上传播我
的
工作进程(如果你愿意的话,
可以
叫我偏执)。请注意,hwlo
浏览 0
提问于2017-06-16
得票数 0
回答已采纳
1
回答
是否
在
slurm
中
打印每个作业
使用
的
cpus
数量
?
我们已经将sge
的
slurm
用于我们
的
集群作业排队系统。
在
sge
中
,当您
使用
qstat函数时,它会打印每个作业
使用
的
cpus
/插槽
的
数量
--
在
slurm
中有没有简单
的
方法
可以
做到这一点?squeue只显示每个作业
使用
的
节点数。谢谢。
浏览 59
提问于2020-11-20
得票数 2
回答已采纳
1
回答
配置
Slurm
使其具有比核心更多
的
MPI任务
、
、
、
我正在Raspberry Pi 4
的
集群上设置
Slurm
,成功地
在
我
的
24 RPi集群上配置和
使用
Slurm
,并允许每个RPi执行4个MPI任务。一个典型
的
"
slurm
.conf“行用于RPi节点
的
例子是: NodeName=foo-001
CPUs
=4 Sockets=1 CoresPerSocket=4 ThreadsPerCore=1 State对于我目前
的
工作,我
使用</e
浏览 11
提问于2022-02-24
得票数 1
1
回答
使用
slurm
在
集群
的
单个节点上运行nextflow管道
的
最佳实践
、
我有一个nextflow管道,
在
基于
slurm
的
集群上执行。这非常简单地
使用
执行器:$
slurm
{}我
的
(工作)解决方案是滥用本地执行器并
使用
<em
浏览 8
提问于2022-01-07
得票数 1
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