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沙龙
2
回答
在
Snakemake
中
处理
等效
文件
扩展名
python
、
shell
、
snakemake
本质上,我想知道
在
snakemake
中
处理
等效
文件
扩展名
的推荐方式是什么。例如,假设我有一个计算fasta
文件
中
条目数量的规则。
浏览 29
提问于2019-05-30
得票数 2
1
回答
从规则
中
设置全局
snakemake
变量
snakemake
在
snakemake
中
,我可以
在
声明规则之前定义全局变量。当我有一个需要通过某个工具下载的
文件
列表时,这是很棒的--然后我可以确保这些
文件
的名称是我后续步骤的通配符。
中
通过
在
规则
中
链接输入和输出来
处理
我下载的
文件
。通常,我不知道这些
文件
的确切名称,只知道它们的
扩展名
--
在
本例
中
是.test。test现在,<
浏览 10
提问于2022-03-29
得票数 1
3
回答
Snakemake
可选输出,带有扩展()
python
、
bioinformatics
、
snakemake
我是第一次接触
Snakemake
,我想知道
在
使用expand()时是否可以将可选的输出
文件
放入
snakemake
规则
中
。我正在使用bowtie2-build为我的参考基因组创建索引,但根据基因组大小的不同,bowtie2会创建具有不同
扩展名
的索引
文件
:.bt2用于小基因组,.bt21用于大基因组。"reference_genome"] "bowtie2-build {input} reference
浏览 52
提问于2021-10-05
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如何在
snakemake
输出规则
中
获取通配符的基名?
wildcard
、
snakemake
在下面的示例
中
,将在与输入
文件
相同的位置创建输出
文件
。有没有办法
在
输出部分获得通配符值的基名,这样我就可以使用输入
文件
的基名来命名输出
文件
,但把它写到不同的位置?
浏览 5
提问于2017-03-08
得票数 6
回答已采纳
2
回答
成功
处理
第一个输入后,
Snakemake
规则停止并显示'MissingOutputException‘
python
、
snakemake
我写了我的第一个使用python脚本
处理
文件
的
snakemake
规则: input:
snakemake
.log 我尝试
在
输入和输出
中
交换
文件
顺序;总是只
处理
第一个
文件
。
在
我的python脚本
中
,我将输入和输出称为
snake
浏览 112
提问于2020-02-10
得票数 0
回答已采纳
2
回答
snakemake
在下位流工作流管理系统
中
的集成
snakemake
、
nextflow
我正在尝试使用用
snakemake
制作的数据分析管道(源代码不可用)。但是由于技术原因(根据我们的hpc政策,我们不允许
在
hpc上安装任何东西),我不能使用
snakemake
来运行它(我们没有
在
HPC上安装它),但是我必须在nextflow
中
运行它(这是我们唯一的工作流管理系统实际上,我必须在
snakemake
中
运行nextflow。开发人员提到,该工具可在bioconda上使用。mamba install -c conda-forge -c bioconda drop
浏览 8
提问于2022-02-28
得票数 -1
1
回答
我可以为
snakemake
定义一个默认的配置
文件
吗?
snakemake
从中,我知道我可以定义一个概要
文件
并通过我可以将其中一个配置
文件
设为默认配置
文件
(
在
输入命令
snakemake
时使用)吗?
在
.bashrc
中
定义别名是一种变通方法。然而,我想知道是否有一个“官方”的
snakemake
解决方案。Sideremark:我创建
snakemake
默认配置
文件
的最初动机是定义默认核心数,这样我就不必总是键入
浏览 1
提问于2021-05-14
得票数 1
1
回答
Snakemake
工作流在AWS批
处理
中
的应用
snakemake
、
aws-batch
我想问
Snakemake
社区是否有人在AWS批
处理
中
成功地实现了
Snakemake
工作流。最近发布于2018年10月的一份出版物第4页似乎表明,
Snakemake
不适用于AWS,因为它不能
处理
资源管理。这是一个出版物: Tibanna:用于
在
云- 上可伸缩地执行可移植管道的软件 是的,同一篇文章确实表明
Snakemake
在
Google平台(GCP)上运行得很好。但是,
Snakemake
文档声明:“
Snakem
浏览 2
提问于2019-06-03
得票数 9
1
回答
如何在包装器中使用
snakemake
.script?
snakemake
我一直
在
尝试创建可移植的
snakemake
,它在"wrapper.py“脚本
中
执行预先创建的脚本。但是,到目前为止,我发现从shell调用
snakemake
.shell来从命令行运行函数的所有示例。因此,我认为脚本的
等效
之处是使用来自
snakemake
.script的
snakemake
.script来执行脚本。但是,当我
在
规则中使用它时,它会引发如下错误: File &
浏览 2
提问于2020-10-15
得票数 0
回答已采纳
1
回答
Snakefile和通配符/正则表达式用于输出
文件
命名
snakemake
在
一个旨在映射长读取的
snakemake
生物信息学工作流程
中
,输入的fastq数据可能具有一系列可能的
文件
扩展名
,这取决于用户偏好和
文件
压缩格式(例如,我希望同时观察sequence.fastq或sequence.fq.gz可以使用通配符来选择输入
文件
-我
在
输出
文件
的命名方面遇到了挑战。
在
一个单一的工作流程
中
,我期望我们可以看到未压缩的、bzip2压缩的和bzip2压缩的样本。是否有建议的方法来剥离
浏览 1
提问于2018-11-20
得票数 0
1
回答
在
Snakemake
中
按规则设置集群核心
snakemake
我需要下载数百个大型
文件
,并通过我的
snakemake
管道运行每个
文件
。与我的下游管道相比,
文件
下载速度更快。我想将并行下载的数量限制为5,但允许下行
处理
使用100个内核。
在
snakemake
中
,是否有办法限制某一规则所使用的核心数量?我想象5个核心不断地抓取数据,而我的其他核心正在
处理
我已经下载的数据。如果我像往常一样使用100个内核运行
snakemake
,它将尝试一次下载所有
文件
,并重载服务器。
浏览 0
提问于2018-03-06
得票数 1
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2
回答
使用
Snakemake
时如何在笔记本中加载
文件
?
python
、
jupyter-notebook
、
relative-path
、
snakemake
在
一个有几个步骤的数据
处理
项目中,使用
Snakemake
,子目录中有一个Python木星笔记本,它
处理
一些数据:with open工作目录被设置为笔记本的目录,输入
文件
可以用一个相对路径找到。'input.csv'Command '
浏览 7
提问于2022-06-23
得票数 1
1
回答
错误:没有找到Snakefile,尝试了snakefile,Snakefile,工作流/snakefile,工作流/snakefile
snakemake
使用ls命令显示
文件
存在于目录
中
。Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh config.yml miniconda3 nano.save.1
snakemake
Miniconda3-4.7.12.1
浏览 6
提问于2022-08-29
得票数 -1
2
回答
默认情况下,如何使
snakemake
-使用--conda?
conda
、
snakemake
我的Snakefile包含"conda“指令,我总是用--use-conda标志调用
snakemake
。 默认情况下是否有启用此标志的方法?也就是说,
在
默认情况下,我可以让
snakemake
使用conda而不将--use-conda显式地添加到每次调用
中
吗?
浏览 4
提问于2019-12-02
得票数 0
回答已采纳
4
回答
带有Rmarkdown和custom.css
文件
的
Snakemake
报告
r-markdown
、
report
、
workflow
、
bioinformatics
、
snakemake
Test include from
snakemake
`r
snakemake
@input`.错误: pandoc文档转换失败,错误99 简单的解决方案是将custom.css移到呈现report.rmd的位置,但我们没有这个位置。此外,我们不能在标头上使用
snakemake
指令,因为只有
在
它之后才可用
浏览 10
提问于2021-08-03
得票数 1
回答已采纳
1
回答
我在哪里可以找到用于生成
snakemake
报告的
文件
workflow.rst的示例?
reporting
、
snakemake
我正在尝试使用
snakemake
的报告功能,这里介绍了这个功能:https://
snakemake
.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/reporting.html但是,我发现很难找到workflow.rst
文件
应该是什么样子的有意义的示例。
浏览 15
提问于2019-10-19
得票数 3
回答已采纳
1
回答
如何利用
snakemake
加快任务执行速度
python
、
python-multiprocessing
、
snakemake
Machine: 48 cores, 96 threads, RAM 256GBPython: 3.9 我有一个用于某些数据
处理
和分析的python脚本和一个包含大约sample_list.txt包含该数据集中所有40000个
文件
的
文件
前缀。每个前缀表示一个示例id。
在
python
中
,它是作为一个list导入的。/path/to/outdir定义输出目录。该软件将首先根据前缀
在
输出目录
中
创建一个新
浏览 3
提问于2022-08-04
得票数 1
回答已采纳
1
回答
尝试通过
snakemake
配置
文件
设置命令行值时出错
python
、
snakemake
我正在尝试让
snakemake
(运行在Ubuntu20.04上的5.20.0版本)的--profile参数正常工作。我设置了一个配置
文件
目录,其中包含一个config.yaml
文件
。如果我把这个放到config.yaml
中
然后运行
snakemake
--profile xxx target,一切都很顺利。所以它看起来像是
在
--set-threads参数中放了一个=,然后
snakemake
将其解释为我想要创建的目标。如果我将其放入配置
文件
浏览 0
提问于2020-08-01
得票数 1
1
回答
使用脚本参数
在
Snakemake
中指定Python版本
python
、
snakemake
我有一个配置
文件
,可以被
Snakemake
读取,还有一个配置
文件
,如果代码
在
Snakemake
之外运行,它将被解析。我
在
我的
Snakemake
文件
中
的规则中有以下结构: input: output: runfile.py 然后,
在
runfile.py
中</
浏览 3
提问于2019-04-30
得票数 3
回答已采纳
1
回答
与集群,如何使命令行缩短
snakemake
、
lsf
我希望将发送到
snakemake
命令的所有/大部分参数放在
Snakemake
文件
中
,并缩短命令行。而不是跑:
snakemake
cluster: bsub job-name : "{rule}"
浏览 4
提问于2020-05-13
得票数 0
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