在VSCode中保存文件会删除git存储库中所有跟踪的文件。

这是因为VSCode默认情况下会自动执行git的"git clean"命令，该命令用于清除未跟踪的文件和目录。当你在VSCode中保存文件时，如果该文件不在.gitignore中列出，且不是被跟踪的文件，那么它将被视为未跟踪的文件，VSCode会自动执行"git clean"命令将其删除。

为了避免这种情况发生，你可以采取以下几种方式：

1. 确保你的文件在.gitignore中列出：在项目的根目录下创建一个名为.gitignore的文件，并在其中列出你不希望被跟踪的文件或目录。这样，当你保存文件时，VSCode就不会将其视为未跟踪的文件。
2. 使用VSCode的Git扩展：安装VSCode的Git扩展，它提供了更多的git功能和选项。你可以在保存文件时选择不执行"git clean"命令，或者手动执行git命令来管理你的git存储库。
3. 使用命令行或其他git客户端：如果你不希望VSCode自动执行"git clean"命令，你可以使用命令行或其他git客户端来管理你的git存储库。这样，你就可以完全控制git的行为，包括保存文件时是否删除未跟踪的文件。

总之，要避免在VSCode中保存文件时删除git存储库中的跟踪文件，你需要确保文件在.gitignore中列出，并可以考虑使用VSCode的Git扩展或其他git客户端来管理你的git存储库。