在dplyr问题中的变异调用中使用自定义case_when函数 - 腾讯云开发者社区

这一次的内容太多了，我讲了 2 小时都没讲完，后续再放视频吧。有一段还忘记录了。。。...dplyr:: cume_dist dense_rank min_rank ntile percent_rank row_number 其他 dplyr:: between case_when coalesce..., right_join, inner_join, full_join intersect setdiff union setequal 辅助查看两个数据集是否相同（不管行序）变异动词 (_at, _...write_* data.table 与 base 数据导入 fread 数据导出 fwrite data.table 语法 dt[i, j, by] 数据过滤与合并等操作与 R 基础语法一致，也可以使用...tidyverse 处理整数索引逻辑索引命名索引进一步的学习参考小抄、文档和《R 语言编程指南》后几期主题本期未讲述的内容？？？

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Python & R 控制流大比拼！建议收藏！

ifelse y = c(3,5,-1,0) ifelse(y>0,"pos","neg") ## [1] "pos" "pos" "neg" "neg" case_when 如果有多个条件，可以使用...dplyr包中的case_when。...Use a.any() or a.all() np.where Python中的`numpy`库提供了一个类似于R语言`ifelse`的函数`np.where`,支持数组运算，比在if语句外面套for...方法如果是多个条件，那就使用pandas里的case_when方法 import pandas as pd y = pd.Series([3,5,-1,0]) y.case_when([ (y...语言中，我们可以用dir函数获取目录下的所有文件名，然后用for循环批量读取。

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R&Python Data Science 系列：数据处理（2）

2 条件函数这里介绍3个条件函数，if_else()、case_when()、between()函数，Python包dfply和R包dplyr中都是这3个函数，在用法上有点细微差别，日常中使用最多...而且if_else()函数可以嵌套使用，不过当条件判断超过2个的时候，建议使用case_when()函数。...注意：python在jupyter中使用管道函数换行书写代码的时候需要用()把代码括起来。 2.2 case_when函数用于多条件赋值，评分卡Woe赋值的时候使用起来很方便。...注意：case_when函数在Python和R语言中使用的时候有点区别，请留意。...注意：R语言中可以使用XXX_join(a，b，by)，Python中不可以使用。

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数据处理第2节：将列转换为正确的形状

博客原文：https://suzan.rbind.io/2018/01/dplyr-tutorial-1/ 作者：Suzan Baert 这是一系列dplyr函数中的第二篇文章。...转换列：基础部分您可以使用mutate（）函数创建新列。 mutate中的选项几乎是无穷无尽的：你可以对普通向量做任何事情，可以在mutate（）函数内完成。...其次，它需要以函数形式的变异指令。如果需要，请使用代字号或funs（）之前（见上文）。...在这种情况下，您可以包装任何列的选择（使用select（）函数内可能的所有选项）并将其包装在vars（）中。其次，它需要以函数形式的变异指令。如果需要，请使用代字号或funs（）之前（见上文）。...如果要添加另一个数据框的信息，可以使用dplyr中的连接函数。

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

### library(dplyr) i = rnorm(10) case_when(i>0 ~ "+", i<0 ~ "-", T ~ "0") ★★★★★长脚本的管理方式...，继续写在apply的括号里 apply(iris[,1:4], 2, plot,col = iris[,5]) # 或者也可以自定义函数 jimmy <- function(g){ plot(g,...col = iris[,5]) } par(mfrow = c(2,2)) apply(iris[,1:4], 2, jimmy) 4.2 lapply(list, FUN, …)函数--参数与自定义函数相似...### ggplot2 分面相关设置（facet）详解 7.一些实操中的便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y的列名正确替换为x里面的...ID的方法 ## (1)分步解法 a = colnames(y) b = x$file_name k = match(a,b);k # match(a,b)的意思是a里的每个元素在b的第几个位置上。

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R语言批量生成CaseWhen的解决方案

大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。近期写R代码，经常用dplyr::case_when结合stringr::str_detect进行条件判断。...痛点：判断条件可能会改或增删，全写在case_when里，代码冗余且不利于复制和维护，stackoverflow找了一圈，没发现好的解决方案，干脆自己写了一个通用代码以自动生成批量case_when判断...) 使用示例：初始表tibble(fruit=stringr::fruit) 想实现字母a开头为’starts with a’，字母e结尾为’ends with e’ 等若干条件。...用改良后的allCaseWhen会简单很多，两步解决： 1....函数的核心依然是case_when，条件为真即停止，所以效率上没有损失。如果想改条件，在conditions里放肆增删改，改完再跑一遍allCaseWhen即可。

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这次pandas真的要与sql干上了，你有的我得都有，遥遥领先就对了

前言 sql 中的过滤、分组、聚合、排序、表连接，在 pandas 中全都有对应方法。 sql 高高手会说，case when 你没有了吧。...而且名字也是一绝，就叫 ”case_when“ 其实 pandas 的一众大佬们也开了会，讨论了一段时间大致的意思是，许多人都在问，pandas 中如何根据条件创建列。...在我的 pandas 专栏里面也详细讲解两种最常用的方式。比如 numpy 的 select 就可以做到：不过写法上是错开来的不过，我们可以自定义函数，打造自己喜欢的调用方式。...我们放在最后再看能否与新版本官方的 case_when pk一下。看看官方提供的玩法。...值得注意的是，索引要对齐，所以行1代码要与 data 的 index 对上。这真的好用吗？现在我们通过自定义函数，改造 np.select 吧。

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R tips：使用TCGAbiolinks包下载TCGA数据

TCGAbiolinks包是实时调用GDC的API，所以可以获取最新的数据。数据下载三部曲数据下载三部曲GDCquery、GDCdownload、GDCprepare。...这个过程中，GDCprepare还会将生存数据自动合并到summarizedExperiment对象的colData中。...= TRUE, save.filename = "data_COAD.rda", remove.files.prepared = FALSE ) 生存分析 TCGAbiolinks也有自定义的分析函数...Normalization需要控制的三个不均衡因素是文库大小、基因长度及文库组成：文库大小：比如样本A是样本B的测序量的两倍，那么在同等表达水平下，样本A的基因的Counts值就是B的两倍；基因长度...生存分析时根据基因的中位数将其分为High和Low，使用log-rank检验显著性，也可以使用cox回归。

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70-R茶话会15-你的编程菜鸟路上缺失的一课

不谋而合的是，很多我之前都介绍过了。这就是优秀者们的马太效应吗！ 1-switch和case_when 在做数据分析时，常常遇到的一个场景是，1,2,3 需要转换成其对应的"a","b","c"。...这时候或许可以借助循环和switch 实现替换，教程在，[[17-R编程03-控制语句与函数]]： > sapply(tmp, function(x){ + switch(EXPR = x, +...，dplyr 提供了向量化的操作[[37-R茶话会07-高效的处理数据框的列]]： > dplyr::case_when( + tmp %in% "a" ~ 1, + tmp %in% "b"...：[[05-R工具指南04-俺的技巧与Rstudio的快捷键]] 3-通过设置系统变量保护脚本中的密码不外露如果你的脚本中需要你的某些签名或密码，最好不要把他们放在脚本里，因为你的脚本可能会分享给其他人...可以使用系统变量： Sys.setenv( DSN = "database_name", UID = "User ID", PASS = "Password" ) 接着在脚本中使用这些键即可

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roughnet绘制带有纹理填充的网络图

igraph) install.packages(c("signnet","graphlayouts")) library(signnet) library(graphlayouts) library(dplyr...) 绘制纹理填充网络图 g 的图形对象 V(g)$shape 中的节点形状设置为圆形...height = 600) 自定义填充形状 data("avatar") # 载入 "avatar" 数据集 main 使用 stress 布局计算节点的坐标 # 将计算得到的 x 坐标赋值给节点属性 V(main)$x V(main)$x <- xy[, 1] # 将计算得到的..."s", "n") # 设置节点的位置属性 # 创建一个宽度为 600，高度为 600 的 roughnet 图形，使用 Herculanum 字体 roughnet(main, width = 600

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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

save(pd,exp,gpl,file = "steploutput,Rdata")，这句代码将几个第一个脚本有用的变量保存到Rdata文件中，下次使用这些变量时直接加载load这个Rdata文件即可...undefined表格文件需要赋值，读取参数不同导致读取结果不同，不能在后续代码中同等处理。Rdata可以保存多个变量，下次使用只需要一次load可以的到多个数据。...代码2实现结果和代码1相同2.6 练习library(dplyr)x = c(-1,-1,4,5,2,0)case_when(x>0 ~ "A", x==0 ~ "0",...表达矩阵：一行是一个基因在所有样品里的表达，一列是一个样本里所有基因的表达。在表达矩阵中，寻找在不同组有表达差异的基因。...基因表达芯片转录组单细胞突变、甲基化、拷贝数变异。。。7.4 怎么筛选基因？

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大更新，pandas终于有case_when方法了！

数分小伙伴们都知道，SQL中的case when语句非常好用，尤其在加工变量的时候，可以按照指定的条件的进行赋值，并且结合其他嵌套用法还可以实现非常强大的功能。...二、case_when用法东哥了解了一下case_when用法，总结了以下几点要点。对象：case_when属于series对象的方法，dataframe对象无法使用。...condition（判断条件）：可以是一维布尔类型的数组或者是可调用的对象（比如函数）。如果是可调用对象，那么应用在series上计算然后返回一个布尔类型的数组或者series。...这就是case_when非常灵活的原因，判断条件和替换值既可以是固定的值，也可以是自定义的函数，根据自己的需求随意设置。...案例3 case_when只实现区域内的变量加工，其输出结果也可以与其他函数方法结合，产生更多强大的功能。

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生信马拉松 Day7

(x1) #转matrix x3 = head(x2,50) #只要前50行 pheatmap::pheatmap(x3) #画热图 #使用管道符%>%的代码 iris %>% select(-5...require(g,character.only = T)) install.packages(g,ask = F,update = F) } 一个类似的函数case_when() library...(dplyr) i = 0 ifelse(i>0,"+",ifelse(i<0,"-","0")) case_when(i>0 ~ "+", i<0 ~ "-",...4.9500000 3.3833333 1.4500000 0.2333333 apply(test, 1, sum) ### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作...2种方法 2.如何把数据框某列的“ ”转换为NA iris$Species[iris$Species=='']=NA 3.如何删除多余的信息 #这里示例数据中，a$tumor_stage.diagnoses

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群体遗传三剑客第一篇：分组和不分组的PCA分析，添加解释百分比

这里尝试从名为 plink.raw 的文件中读取数据，并将其存储在变量 m012 中。 2....3列到第6列的数据，将结果存储在 g012 中。...计算特征值和特征向量 re = eigen(Gmat) eigen 函数用于计算矩阵的特征值和特征向量，结果存储在 re 中。 6....使用 mutate 和 case_when 函数根据 Gen 列的值为每个个体分配颜色。 scatterplot3d 函数绘制三维散点图，指定颜色、点的形状、角度等参数。...legend 函数在图的右上角添加图例，显示不同 Gen 组对应的颜色。

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100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理GSE25097（018）

数据信息检索可以看到GSE25097是基因表达芯片数据，因此可以使用GEOquery包下载使用GEOquery包下载数据remotes::install_github('ScienceAdvances/...，在R内下载失败，可通过图片中的方法下载文件，GEOquery::getGEO直接读取本地的文件。...可以筛选一下分组表型信息，只保留自己需要的样本，作为后续分析的样本（根据自己的研究目的筛选符合要求的样本）pdata % dplyr::mutate(...GPL10687_family.soft.gz", Feature = "GeneSymbol", skip = 1104)fwrite(probe2symbol,'GPL10295.csv.gz')把表达矩阵中的探针名转换为基因名...；transid是我写的一个R函数，有需要可以联系我，加入交流群fdata <- transid(probe2symbol, probe_exprs)保存数据common_samples <- base

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100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

, clusterProfiler, org.Hs.eg.db, org.Mm.eg.db)注：using是我写的函数，作用是一次性加载多个R包，不用写双引号，并且不在屏幕上打印包的加载信息，可以参考之前的推文...using的定义；函数名字using是在模仿Julia语言中的包加载函数geo_accession 的样本，在这里只保留disease:ch1中healthy和NASH的样本，作为后续分析的样本（根据自己的研究目的筛选符合要求的样本）pdata case_when(`diagnosis:ch1` == "HC" ~ "Control"...}_pdata.csv"))处理表达谱数据原始数据为Count值，需要标准化为TPM，并且基因名是Ensembl ID转换为Symbol基因名，可以使用到我自己写的几个函数genekit、bioquest

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听说WGCNA官网崩了？那还能做基因共表达分析吗？

主要的变异来源是发育阶段、组织和重复样本。我通常会制作一个汇总表来指导我的下游分析：发育阶段可以作为数值变量或定性变量进行分析。现在我们了解了实验设计，接下来我们将确定实验中变异的主要驱动因素。...换句话说，在发育阶段和组织之间，哪个因素对实验中的变异贡献更大？这个问题的答案对于我们如何最有效地可视化数据至关重要。获得实验全局视图的一个好方法是进行主成分分析（PCA）。...因此，在变异贡献方面，解剖方法 > 阶段 > 组织。我们将使用这些信息来指导下游的可视化。为了最好地区分生物学变异和技术变异，我们应该对手收集和LM样本进行单独的基因共表达分析。...在实际分析中需要包含更多的基因，但是相关性分析中的基因越多，速度就会越慢。...Leiden方法产生的聚类中，成员之间高度相互连接。在基因共表达的术语中，它寻找彼此高度相关的基因组。我们需要两样东西。来自边表的非冗余基因ID。功能注释，我已经下载了。

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使用 R 语言从 PDF 文档中提取表格

由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格，所以先插这个课，「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。...本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO（世界卫生组织）的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。.../ 这个非常简单，我的思路是直接获取网页中的所有标签的 href 属性，然后过滤出链接中含 .pdf 的，最后再用一个循环下载所有的 PDF 文件即可。...从 PDF 里面提取表格数据我选择最新的一个 PDF 做演示：20200523-covid-19-sitrep-124.pdf，下面使用 tabulizer 包进行数据提取，不过这个包依赖于 rJava...包，因此在使用这个包之前你需要在电脑上安装 Java 和在 R 里面安装 rJava 包。

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gt包绘制表格详细介绍！

分组操作隐藏、移动某些列列分组操作合并列 & 添加标签使用格式化功能对齐方式及风格主体的字体美化标题和副标题添加脚注 library(gt) library(dplyr) glimpse...(mpg_c,mpg_h,hp,hp_rpm,trq,trq_rpm) ) tab image-20220514144700364 合并列 & 添加标签和dplyr包中的...cols_align()函数更改对齐方式；使用tab_style()函数更改主题风格、颜色背景等 tab <- tab %>% cols_align( # 某些列使用居中对齐 align...可以使用text_transform()函数继续美化cell_body部分的字体。...) # 第2-3个字符表示type,共分成4中type type <- dplyr::case_when( substr(x,

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R语言基础5（绘图基础）

#https://mp.weixin.qq.com/s/p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ 拼图图片图片可以在STHA网站找到现成的代码。...可用于向量取子集； str_replace(x,"o","a")#将x中的o替换为a，只替换出现的第一个o； str_replace(x,"o|s","a")#将x中的o或者s替换为a，只替换出现的第一个...o； str_replace_all(x,"o","a")#将x中的o替换为a，替换所有的o； str_remove(x," ")##将x中的第一个空格删除； str_remove_all(x," ")...#对列表向量中的每个元素实施相同的操作 lappy(1:4,rnorm) 两个数据框的连接 #inner_join：取交集 #full_join：全连接 #left_join：左连接 #right_join...## (1)分步解法 a = colnames(y) b = x$file_name k = match(a,b);k #match(a,b)的意思是a里的每个元素在b的第几个位置上。

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数据处理第2节：将列转换为正确的形状

Day07 生信马拉松-数据整理中的R

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群体遗传三剑客第一篇：分组和不分组的PCA分析，添加解释百分比

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理GSE25097（018）

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

听说WGCNA官网崩了？那还能做基因共表达分析吗？

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