在ggplot2 ggrepel geom_label_repel中对齐可变宽度字体字符串 - 腾讯云开发者社区

方法一：利用空字符串“” 原理：空字符串“”=nothing 关于空字符串，我曾写过一篇文章来讲他：R数据框里的空格子不是NA是什么这种方法的参照是帮助文档里的一段代码： (先准备好包) if(!...require(ggplot2)) install.packages("ggplot2") if(!require(ggrepel)) install.packages("ggrepel") if(!...require(dplyr))install.packages("dplyr") library(ggplot2) library(ggrepel) library(dplyr) 代码来源下面代码来源于...可以看到，一部分点有标签，一部分没有，思路就是把不要标签的部分变成空字符串“”。学以致用火山图的本质就是点图，那么在火山图上标记部分基因，就是在点图上标记部分点。...端详代码找思路 1.从原来数据中挑选了一部分，生成新数据 2.用新数据作图，向原数据做的点图上叠加两个图层，一个空心点图，一个geom_label_repel。

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跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图，坐标位置，颜色，大小还不是你说了算

但是本次主要分享使用ggplot2进行可视化，能比较方便的进行后期的微调，也学习回顾了ggplot2的基本参数。文末有代码和数据的获取方式。...13714 features, 2000 variable features) # 3 dimensional reductions calculated: pca, umap, tsne seurat 包中`...好像差不多嘛，无非就是 A：主题部分（去掉背景，去掉网格线，去掉横纵坐标）； B：legend部分（调整legend ，去掉背景灰色，调整字体） C：注释部分（坐标轴标到左下角，图中标示标签）三部分...添加注释使用ggrepel包的repel函数可以使注释的标签不重叠。...library(ggrepel)p4 +geom_label_repel(aes(label=cell_type), fontface="bold",data = cell_type_med,

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R-ggrepel和Python-adjustText 帮你解决

引言在进行数据可视化作品绘制时，我们需要在相应位置添加文本标签进行标注或者解释说明使用，少量数据点进行标注时相对简单，也比较明确，当需要标注的数据较多、或集中在一个区域时，标注文本就会产生相互叠加，...R-ggrepel简介 R-ggrepel（https://ggrepel.slowkow.com/）是R绘图包中专门解决文本重叠的第三方包，完美兼容ggplot2 ，使得绘制大数据标注重叠问题得以解决...geom_label_repel() geom_label_repel(fill = "white", xlim = c(-Inf, Inf), ylim = c(-Inf, Inf)) ?...（1）使用 ggplot2 + ggrepel 进行绘制 p % ggplot(aes(score, scored_by)) + geom_point...，也希望小伙伴们在文末的问题讨论中给出答案或参考资料啊 ? ? ） 05.

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ggplot2_散点图

) # 设置主题格式，这部分可以选择在绘制中进行 # 也可以在theme_set中进行全局设置 theme_set( theme_bw() + theme(legend.position =...添加点的文本函数：geom_text() and geom_label():添加文本和标签 geom_text_repel() and geom_label_repel()：文本注释，在ggrepel...包中 # install.packages("ggrepel") library(ggrepel) # 添加点 # 将汽车的名字赋值给labs，也就是每个个案的标识 .labs geom_label_repel添加文本 #这个函数给出的文本带有方框 p + geom_point(aes(color = cyl)) + geom_label_repel(aes(label...结束语我比较喜欢ggplot2的一点是可以将绘图程序写进函数，可以批量绘图，批量下载，至于设置这些东西，能记就记，记不住，用的时候百度。 love&peace

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路径分析图「建议收藏」

所需程序包 ggplot2、plspm、vegan、ggrepel 3....4.4 总效应柱状图复制4.1结果中各变量对生态位宽度（SEA）的总路径系数，在Sigmaplot绘制柱状图，柱状图纵坐标设置为-1到1，刻度间隔为0.5，如下图： 4.5 组合图制作直接将Sigmaplot...中的总效应柱状图依次复制到4.1路径图的AI画板中，各柱状图设置为上边缘对齐；柱状图中横坐标修改为对应模块名称，并将柱状图颜色修改为与路径图4.2中相对应的颜色；柱状图的x和y轴坐标刻度数字字体大小设置为...9 pt，x和y轴坐标轴标题设置为10 pt；微调柱状图边界和大小使柱状图与4.3中路径图宽度相同，且右对齐；检查x和y轴刻度数字是否在刻度线中心，x和y轴坐标轴的标题等是否与图形中心对齐...最终效果图如下：将组合图在180*135 mm（包括了2mm的出血或天地边）画板中调至合适大小，图中路径系数最终字体大小为6.5 pt，block变量框中字体大小为7 pt，柱状图坐标轴刻度及R2字体大小为

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scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化

meta.data) #这里就得到了基因集评分结果，但是注意列名为 WNT_features1 colnames(sce2@meta.data)[16] <- 'WNT_Score' 得到的score 类似在每个细胞中算出来的我们感兴趣的基因的表达均值...三 AUCell 计算 AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是否在每个细胞的表达基因中富集。...<- "KEGG_WNT_SIGNALING_PATHWAY" AUCell_auc <- as.numeric(getAUC(cells_AUC)[geneSet, ]) #添加至metadata中...包geom_label_repel 添加注释 ggplot(umap, aes(UMAP_1, UMAP_2)) + geom_point(aes(colour = AUCell)) +...ggrepel::geom_label_repel(aes(label = Anno),fontface="bold",data = cell_type_med,

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单细胞差异基因火山图绘制

这是由于单细胞有别于bulk的特性，会出现两组细胞之间的p值过于显著出现或接近0的情况，那么在取-log10之后的值会很大。...2、为什么火山图中间出现了空白这是因为在进行FindMarkers时默认设置了一定的阈值，可以通过修改参数的阈值来修改自己的火山图（比如下边的示例代码中的min.pct和logfc.threshold参数...rownames(markers) %in% k, rownames(markers), NA))#自定义阈值log2FC = 0.585padj = 0.05colnames(markers)library(ggplot2...)library(ggrepel) # 这个R包用于添加基因名称ggplot(data = markers, aes(x = avg_log2FC, y = -log10(p_val_adj))) +...library(ggrepel)markers % mutate(Difference = pct.1 - pct.2) %>% rownames_to_column("

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ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来

一载入R函数包及数据集 library(ggplot2) data <- read.csv("火山图.csv",header=TRUE,row.names = 1) head(data) #查看数据类型...和文献中的差距较大，以下几个方面可改进： A：上下调基因的区分； B：横轴，纵轴的阈值线； C：重点基因的标示。...4）解决基因名重叠问题基本和paper一致，但是因为差异表达基因太多，存在重叠情况，现使用R语言的ggrepel包解决标签太多导致的重叠问题。...呐，到这里除了数据不一样，基本实现了文献中的火山图，是不是以为到这就结束了？NO!NO!NO! 实现上述静态的就可以发paper去了！...那可不可以在“paper”级静态火山图的基础上，实现交互式呢？当然可以！！！ ?

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67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）

参考： Examples • ggrepel (slowkow.com)[1] 前言上一讲我们提到了66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）[2] 可是，有的时候，并不是所有的...：老规矩先加载包： my_packages<- c("maftools", "data.table", "RColorBrewer", "paletteer", "ggplot2...labs(title = "position_nudge_repel()") gridExtra::grid.arrange(p1, p2, ncol = 2) 参数这里我都是节选的官方说明文档中的介绍...10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）: 66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）.md [3]66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）...: 66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）.md [4]Examples • ggrepel (slowkow.com): https://ggrepel.slowkow.com

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为什么我的火山图不好看？

简单的推导过程得出公式：好看的火山图=标注基因，如何把他们标注在图上呢？...好的，目的明确，下面开始主线内容： library(ggplot2) library(ggthemes)#载入R包 df <- read.table('all.txt',sep = '\t',header...labs(y="-log10(FDR)") + #设置y轴标题 geom_point(size = 3, shape = 1, data = for_label) + #画标注点的外圈 ggrepel...::geom_label_repel(aes(label = gene),data = for_label,color="black") #画标注点的文本最后就是结果展示了，好看你就拿走吧，学习的同时别忘了分享此文章出去哦...代码中需要用到的输入数据：差异的结果（我瞎编的数据啦）

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ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗？

原始数据中重要的“元素”都有了，我们自己的数据也是只需要这四列就可以了。...当然了既然是ggplot2绘制的Manhattan图（点图），那么关于点，线，坐标，主题的设置当然都可以设置了，看这里 ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化...-“精雕细琢” 3 玩转Manhattan图 1) 利用数据集自带的snpsOfInterest标示显著的位点，展示重要的基因信息 library(ggrepel) #准备数据 data <- Snp_pos...geom_point(data=subset(data, is_highlight=="yes"), color="orange", size=2) + # 添加高亮label，且防止重叠 geom_label_repel...以上就是ggplot2绘制一些常见的Manhattan图，好处当然就是兼容ggplot2的参数，也就可以根据需要自行设置。

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scRNA分析|一（尽）文（力）解决你的单细胞火山图问题

2）除bulk常见的火山图外，文献中是否还有什么其他的展示形式？ 3）可以同时展示单细胞各个cluster /celltype的差异情况吗？...logfc.threshold ：默认为0.25 thresh.test：设定基因在两个cluster/celltype中基因差异表达量。...使用ggplot2 点图绘制方式 library(ggrepel) cluster1.markers % mutate(Difference = pct.1..., log2FC.cutoff = 0.25, size = 3.5, #设置点的大小 fontface = 'italic', #设置字体形式...◆ ◆ ◆ ◆ ◆ 精心整理（含图PLUS版）|R语言生信分析，可视化（R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总）

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ggplot2~一幅漂亮的散点图和新学到的配色方案

今天在找R shiny的教程的时候发现了一幅比较漂亮的散点图，配色很好看，代码记录在这里。先贴出结果图，就是这样式的！ ?...) library(ggrepel) #install.packages("tidyquant") library(tidyquant) 画图 ggplot(data_apps,aes(x=business_capability...,y=easy_of_learning, color=cost,size=trend))+ geom_point()+ geom_label_repel...()、theme_tq()、scale_fill_tq()、scale_color_tq()都是来自这个包中的函数。...代码是 library(tidyquant) library(dplyr) library(ggplot2) AAPL <- tq_get("AAPL", from = "2013-01-01", to

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R高级|利用cowplot包拼接图片（1）基本操作

有时候，我们想把画的几幅图拼接在一起，在R中，cowplot包提供了将图片拼在一起的方法。...cowplot最佳的适应对象是ggplot2包画的图，但是也可以画其他命令画的图，今天我们先将ggplot2画的图拼在一起。...plot_grid(A,B,C,D,ncol = 1,align = 'v') 5、设置图片的相对高度与相对宽度 rel_heights和rel_widths，rel的意思是relative，设置的是列或行的相对高度和相对宽度...相对高度：第1行的高度是第2行的2倍 plot_grid(A,B,C,D,rel_heights = c(2,1)) 相对宽度：第1列的宽度是第2列的2倍 plot_grid(A,B,C,D,rel_widths...plot_grid(A,B,C,D, labels = c('A','B','C','D')) 设置标签的颜色（label_colour）、位置（label_x、label_y）、字体

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没想到修个火山图这么麻烦

中我如何让y轴与x轴相交0？...Error in `geom_label_repel()`: !...感觉分组是作者另外加的注释找到的教程：《ggplot中的注释图层annotate》 ggplot中的注释图层 annotate_zoujiahui_2018的博客-CSDN博客《R语言ggplot2...ggplot2中旋转图中的注释文本（附实例）》 https://juejin.cn/post/7117025583959113764 而且这个P一看就是斜体，所以还要知道怎么样设置字体设置字体...比如CCR7这个基因，在差异分析中呈现不明显的下调，但在作者的图像中呈现明显的上调..

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12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化

幸运的是，在过去10年里，R社区一直在努力为ggplot2构建扩展包，到如今已有超过40个扩展包可供使用，今天为要介绍的是大家比较钟爱的12个ggplot2扩展包，想要查看所有ggplot2扩展包的介绍及使用例子...8 ggrepel 作者：Kamil Slowikowski 网址：https://cran.r-project.org/web/packages/ggrepel 简介：当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠...，ggrepel包可以解决这个问题，具体见ggrepel使用。...R统计和作图在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言...箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图 R语言 - 散点图绘制 R语言 - 韦恩图 R语言 - 柱状图 R语言 - 图形设置中英字体

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R语言统计与绘图：给组合图形添加ABCD小标签

前面我们学习了ggplot2中组合图形的绘制，在科研论文中，组合图形每张子图通常需要加上ABCD等标签，如下图所示。 ? 这种ABCD标签既可以在PS或者AI中添加，也可以在R中直接添加。...(ggplot2) # 加载包 2....# 用法：font.label = list(size = 14, face = "bold", color ="red"). align # 子图的对齐方式，有"h"(水平对齐)、"v"(垂直对齐...)、"none"(默认)、"hv"(双向对齐)。...widths # 相对列宽度的数值向量；如widths = c(2, 1)表示第1列宽度是第2列宽度的两倍 heights # 同上 legend # 指定图例位置的字符；允许值为"top", "bottom

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ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

坐标轴文字 Axis text Family：字体家族，默认为Sans，和我们常用的Arial类似；还常用Courier系列等宽字体，如显示核酸、蛋白序列对齐时要求使用；Helvetica是Science...Type、宽度Size和颜色Colour 标题与标签 Title and label ?...可以修改子标题(Subtitle)和图注(Caption)中的内容。...同时还可以修改文字的属性，如字体家族、样式、大小、颜色和水平位置编辑结果导出绘图代码以上面板中可修改上百个参数，并提供几百个属性值的选择。这些要是靠自己记住，那可真是太难了。...想要添加中文信息的话可以在代码输出之后手动添加，重新运行。

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Python中tkinter模块的常用参数总结

（在Tkinter中窗口部件类没有分级；所有的窗口部件类在树中都是兄弟。）...，顶对齐'n',底对齐's',左'w',右'e' side: 　　　　组件在主窗口的位置，可以为'top','bottom','left','right'（使用时tkinter.TOP,tkinter.E...；width 　　　　标签宽度；height 　　　　标签高度；bitmap 　　　标签中的位图；font 　　　字体；image 　　　　...字体；justify 　　组件中多行文本的对齐方式；text 　　指定组件的文本；value 　　指定组件被选中中关联变量的值；variable 　...label.config(font='Arial -%d bold' % scale.get())依次为字体，大小（大小可为字号大小），加粗tkinter.StringVar 能自动刷新的字符串变量

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HGE系列之十管中窥豹(游戏字体)

HGE系列之十管中窥豹(游戏字体) 对于一款游戏引擎来说，支持显示字体自然是必备的功能，HGE内建的字体功能虽然仅支持一般的位图字体，但是也算是简洁明了，这次的HGE源码之旅就让我们来看一看他的各中实现...char *pArg=(char *) &format+sizeof(format); // 使用_vsnprintf将格式化字符串打印至buffer中 _vsnprintf(buffer, sizeof...char *pArg=(char *) &format+sizeof(format); // 使用_vsnprintf将格式化字符串打印至buffer中 _vsnprintf(buffer, sizeof...); // 重新置回原字符 pbuf[i]=chr; // 如果当前字符串的长度大于所给宽度参数（w） if(ww > w) { // 如果pbuf指向字符串首 if(pbuf=...; // 如果当前字符存在 if(letters[i]) // 递增行宽，注意递增公式，为字体宽度+前位移+后位移+字体间距 linew += letters[i]->GetWidth

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多种方法在火山图上标记感兴趣基因（差异基因，或者通路）

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单细胞差异基因火山图绘制

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