使用guides()参数来设置或移除特定的美学映射(fill, color, size, shape等).
ggthemr为ggplot2提供了近20种主题,可以直接使用,也可以根据需要设置配色,或改变图表细节。
添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图,每个子图显示一个数据子集。要通过单个变量来划分您的绘图,请使用facet_wrap()。 facet_wrap()的第一个参数应该是一个公式,你用〜后跟一个变量名创建(这里“formula”是R中数据结构的名称,而不是“equation”的同义词)。 传递给facet_wrap()的变量应该是离散的。
概括的说元素函数主要有四种:element_text(文本)、element_lines(线条)、element_rect(矩形块)和element_blank(主题), 方式总体为 theme(主题元素=函数(参数))
甚至不画嘴,也不会生成无嘴怪人。效果真实,画面高清,连脸上的皱纹,都刻画得清清楚楚。
参考链接是 ggplot2 area plot : Quick start guide - R software and data visualization - Easy Guides - Wiki - STHDA
最近一直在研究ggplot剩余还没有涉略过的图表类型,试图挖掘出一些新的图表形式,就像是该包的作者所暗示的那样,ggplot2只是给你搭建了一个图层语法环境,至于具体能创造出何种图形,全凭自己的想象力。 慢慢的我发现还有一类geom_segment对象自己一直没有尝试过,于是满心欢喜的尝试了一下,果然还是有收获的,我发现通过这个segment图层,可以批量的创建放射状线条图,也就是路径图,这解决了我一直以来的难题,今天顺便分享给大家。 加载包: library(ggplot2) library(ggmap
小伙伴们有没有发现,一些展示图更换背景后会看起来比较有质感呢~今天介绍一个可以更换图片背景的R包——ggdark
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。
umap/tsne图作为单细胞转录组的王牌图形之一,当seurat 或者 singleR 直接绘制的umap/tsne 图需要调整的时候,可能比较难调整,当然AI或者PS都可以办到 。但是本次主要分享使用ggplot2进行可视化,能比较方便的进行后期的微调 ,也学习回顾了ggplot2的基本参数。
在BBC数据团队开发了一个R包,以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形,并且使新手更容易到R创建图形。 例如:
confusion matrix 经常被用来表示两个类别重合的程度,比如在分类任务中,我们可以用 confusion matrix 来展示预测的 label 与真实的 label 在多大程度上是一致的。
可以使用函数geom_line()、geom_step()或geom_path()。
有一些不食人间烟火的评论,说这样的包对大家的技术进步并没有如何作用,仅仅是傻瓜式修改代码。它们也不过是另外一种封装,并不能有助于用户对ggplot2语法的理解。
说明没问题,是得到了dataframe;这样:数据准备好了,作图的工具也准备好了,那么我们就开始作图:
但是学生的表现实在是太超出我意料了,能超脱于现有的工具,达到随心所欲的定制化,值得分享!
不过,我做不到,我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形,而且我个人觉得,把ggplot2学习到这个程度就足够了。一张统计图就是从数据到几何对象(点、线、条形等)的图形属性(颜色、形状、大小等)的一个映射。
话说“一图胜千言”,在各类数据分析报告中经常会看见各种各样的图形,例如折线图、条形图、箱线图、点图等。
源自|一览众山小-可持续城市与交通 微信ID:SustainableCity 文|James 译|LapYeung 编辑:Ivy 当我开讲R语言课程时,开场白通常是:纽约时报的视觉部门
但绝大部分小伙伴仍然是选择躺平,不愿意动手实战,提高自己。对这样的小白来说,各种拥有操作界面的软件可能是更适合,比如orgin和prism等等,其实R里面也有类似的骚操作,比如新手绘图一站式R包 ggpubr ,你就可以看成是一个商业化拥有操作界面的软件:
在进行正式的数据分析之前,通常要对数据进行处理。而读取数据仅仅是最简单的,之后还要进行数据的筛选、排序、转换等。数据框是最方便的数据存储、管理对象。R有很多内置的示例数据集包括向量、矩阵数据框等,可以使用data()进行查看,接下来我们以R内置数据mtcars(32辆汽车在11个指标上的数据)为例进行分析,如下所示:
不可否认的是里面的优秀资源确实不少,比如;https://rpubs.com/Mentors_Ubiqum/geom_col_1 一步步带你绘制各种各样条形图:
R中的ggplot2是一个非常强大灵活的数据可视化包,熟悉其绘图规则后便可以自由地生成各种可视化图像,但其默认的色彩和样式在很多时候难免有些过于朴素,本文将要介绍的ggthemr包专门针对原生ggplot2图像进行美化,掌握它之后你就可以创作出更具特色和美感的数据可视化作品。
随着科技的发展,我们生活中生产的数据日益增加,数据可视化变得至关重要!通过大数据的可视化,使我们更能读懂其中的奥秘!
其实我们做分享这近十年,很多资源都是反复分享了,只不过呢很多小伙伴都是关注咱们《生信技能树》时间不长,所以很有必要再次把以前推荐的资料重新发一次。比如:sthda网站的ggplot核心图表示例:
Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图 进行绘制。
但绝大部分小伙伴仍然是选择躺平,不愿意动手实战,提高自己。对这样的小白来说,各种拥有操作界面的软件可能是更适合,比如orgin和prism等等,其实R里面也有类似的骚操作,比如新手绘图一站式R包ggstatsplot,你就可以看成是一个商业化拥有操作界面的软件:
这两天有一个学员给我私信,咨询有没有一个工具可以快速完成指定SCI期刊(如Nature)配图的格式(字体、图形刻度、色系等)。
再比如前面笔记两次单细胞差异分析后的结果进行相关性散点图绘制提到的两次差异分析结果的对比,就使用了ggpubr包的ggscatter函数绘制了相关性散点图:
switch (blendMode) { case kCGBlendModeNormal: { strMsg = @"kCGBlendModeNormal: 正常;也是默认的模式。前景图会覆盖背景图"; break; } case kCGBlendModeMultiply: { strMsg = @"kCGBlendModeMultiply: 正片叠底;混合了前景
当我们在浏览Facebook、知乎、Twitter等网站时,大家一定发现了这些网站的共同点,就是在页面元素的设计上都以蓝色调为主。为什么在网页设计中,蓝色会这么受欢迎呢?
R有几种不同的系统用来产生图形,但ggplot2是最优雅而多变的那一种。ggplot2实现了图形语法,一种描述和构建图形的逻辑系统。通过ggplo2,我们能够快速学习,多处应用。
今天向大家介绍一个绘制序列标识图的方法,这样更直观的展示测序数据的情况,让我们的数据更容易分析,gglogo是基于ggplot2绘制的。
能制作这样图表的工具很多, 我比较喜欢ggplot2+AI, 当然,或许有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节,不过,我做不到。我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形,而且我个人觉得,把ggplot2学习到这个程度就足够了。
大家好,我是技能树的老朋友啦,三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员,也开启了自己的学习经验分享人生!
前面我们已经介绍了迄今为止最强大的upsetplot包的部分内容,今天继续介绍剩下的功能,这个包绝对是目前画upset plot的最强大的R包,没有之一!
上一篇中我们介绍了ggplot2的基本语法规则,为了生成各种复杂的叠加图层,需要了解ggplot2中一些基本的几何图形的构造规则,本文便就常见的基础几何图形进行说明;
color, size, linetype: 同上 fill: 填充 alpha: 透明度
大数据文摘作品 编译:HAPPEN、于乐源、小鱼 一位乐于分享学生精彩笔记的大学教授对于扫描版的文件非常不满意——颜色不清晰并且文件巨大。他因此用python自己写了一个小程序来解决这个问题。 这个程序可以用来整理手写笔记的扫描件哦,输出的图片不仅很清晰,而且文件大小只有100多KB! 先来看一个例子: 左:输入扫描件(300 DPI,7.2MB PNG/790KB JPG.)右:输出图片(300 DPI,121KB PNG)。 如果你急于上手操作,可以直接查看Github repo中的代码,或跳到本文结果
今天我们来学习一下刘永鑫老师2019年发表在Nature Biotechnology上的文章NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice中的代码。
生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段,而其结果展示的KM曲线也必须拥有姓名和颜值!
在本课中需要制作与每个样本中的平均表达量相关的多个图,还需要使用所有可用的metadata来适当地注释图表。
<template> <view> <highcharts :options="chartOptions"></highcharts> </view> </template> <script> // #ifdef H5 import {Chart} from 'highcharts-vue' export default { components: { highcharts: Chart }, dat
总共是26个基因,它们都是在case 和 control两个分组需要看表达量差异,而且case 和 control两个分组内部都是10个病人。
1.Deep Geometrized Cartoon Line Inbetweening(ICCV 2023)
继续“一图胜千言”系列,直方图(Histogram)又称柱状图,是由一系列高度不等的纵条纹表示数据分布情况,也可以展示数据的概率分布情况。
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