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沙龙
1
回答
在
python
中
实现
Smith-Waterman
局部
比对
算法
、
、
、
我已经创建了一个序列
比对
工具来比较两条DNA链(X和Y),以找到X和Y中子字符串的最佳
比对
。
算法
总结如下()。我已经能够生成一个列表列表,用零填充它们来表示我的矩阵。我创建了一个评分
算法
,为每种碱基之间的
比对
返回一个数字分数(例如,匹配时加4)。然后我创建了一个对齐
算法
,它应该在我的“矩阵”的每个坐标上都有一个分数。我知道还有其他方法可以
实现
这个方法(例如使用numpy ),那么您能告诉我为什么这个特定的代码(如下所示)不能工作吗?有没有办法修改它,让它正常工作?
浏览 52
提问于2021-02-26
得票数 0
回答已采纳
2
回答
具有最小子序列长度约束的序列
比对
、
如何
实现
具有最小子序列长度约束的序列
比对
。例如,假设这些输入的最小子序列长度为3。使用
Smith-Waterman
给出如下输出。---ATACGGACCATCATA---ACC提前谢谢。
浏览 7
提问于2013-01-13
得票数 3
回答已采纳
4
回答
如何计算文本字符串的多序列
比对
、
、
、
、
我正在考虑用
Python
来做这件事,但如果更实用的话,我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大,我没有很强的性能要求,我可以容忍近似(即。我只需要找到一个足够好的对齐方式)。我可以找到大量的工具和信息,用于生物信息学
中
的常见情况,具有特定的复杂文件格式和许多我不需要的功能,但出人意料地很难找到用于简单字符串情况的软件、库或示例代码。我可能会重新
实现
解决这个问题的众多
算法
中
的任何一个,或者将我的字符串编码为DNA,但肯定有更好的方法。你知道有什么解决方案吗? 谢谢!
浏览 1
提问于2011-04-28
得票数 22
回答已采纳
3
回答
原生
Python
(非生物
Python
)
中
的DNA序列
比对
、
、
、
我有一个有趣的遗传学问题,我想用原生
Python
(标准库之外的东西)来解决这个问题。这是为了使解决方案在任何计算机上都非常容易使用,而不需要用户安装额外的模块。 这就是了。我从454次新一代测序
中
获得了100,000个DNA序列(多达20亿个)。我想修剪末端,以便去除两端可能存在的引物,无论是正常序列还是有义序列。正常的感觉总是
在
左边,反之亦然。因此,我的目标是找到引物,剪切序列,只留下没有引物的部分。为此,我想使用一个经典的
比对
算法
(即:
Smith-Waterman
),该
算
浏览 4
提问于2010-03-11
得票数 1
回答已采纳
1
回答
是否有用于
python
的简单序列对齐模块或包?
、
、
我非常想处理
python
对象(str左右),而不是fasta文件。我计划编写一个
实现
Smith-Waterman
算法
的
python
扩展,但我想知道: 1.是否有满足我需要的现有模块? 2.对于
Smith-Waterman
对齐
实现
的常见优化,有建议阅读吗?
浏览 3
提问于2014-01-15
得票数 2
1
回答
从
python
脚本
中
爆炸两个序列
、
、
我有一个蛋白质对的列表,我想将"BLAST Two Sequence“的速度和准确性与
Smith-Waterman
程序进行
比对
。我知道
在
NCBI网站上有一个"Blast Two Sequence“选项,但我想从
python
脚本运行它。也许Biopython有这个能力?如果我不能使用Blast两个序列,我将比较不同版本的
Smith-Waterman
,但这不会那么令人兴奋:)或者,如果有人对生物信息学
中
涉及比较蛋白质对的大四项目有其他想法,请不要犹豫让我知道!
浏览 1
提问于2012-04-15
得票数 1
2
回答
如何使用
Smith-Waterman
找到所有最优的
局部
对齐?
、
如果我没有弄错,那么
在
局部
对齐矩阵
中
可能有不止一个最大值。因此,为了得到所有的最优
局部
对齐,而不是只有一个,我必须找到矩阵中所有这些最大值的位置,并逐个追踪它们,对吧?
浏览 2
提问于2015-01-22
得票数 0
1
回答
实现
Waterman-Eggert
算法
、
、
我正在尝试
实现
Waterman-Eggert
算法
来寻找次优的
局部
序列
比对
,但我正在努力理解如何“解密”不同的
比对
组。我让基本的
Smith-Waterman
算法
工作得很好。为了找到次优
比对
,例如' HEAGHEAGHEAG' 您必须首先删除最佳
比对
(即沿着主对角线)并重新计算fMatrix;这称为“解聚集”,其中
比对
的“簇”被定义为其
浏览 5
提问于2013-05-17
得票数 7
1
回答
为什么R库'ssw‘不能找到通过pip3安装的
python
模块,尽管pip3模块的安装是满意的?
、
、
、
、
我想在R
中
安装一个库来执行基于
Smith-Waterman
算法
的本地序列
比对
,但是通过一个更快的
实现
。R库是ssw,可以在这里找到:https://github.com/nanxstats/ssw-r 描述: ssw-r为SSW提供了一个R接口,这是使用SIMD
实现
Smith
算法
的快速
实现
。ssw-r当前构建在
Python
包ssw-py上。第一次
在
R
中
安装s
浏览 5
提问于2020-10-07
得票数 2
1
回答
pairwise2对齐
在
BioPython
中
的
算法
是什么?
、
、
包BioPython允许通过不同的函数(align.globalxx、align.localxx、.)计算成对的
局部
或全局对齐。 它是否
在
使用“标准
算法
”,如果是,它的名称是什么?
浏览 3
提问于2021-09-03
得票数 1
回答已采纳
2
回答
使Blast搜索花费更长的时间
、
、
、
我指的是这个链接:,
在
单机上尝试blast搜索。我从NCBI网站上下载了blast应用程序和refseq_rna blast数据库。blast搜索只需要几秒钟就能得到结果。我想问一下,有没有什么方法可以让blast搜索花更多的时间
在
blast数据库
中
搜索匹配的序列?
浏览 4
提问于2012-10-27
得票数 0
1
回答
基于damerau levenshtein
算法
的剽窃检测
、
如何模拟damerau leveshtein距离
算法
以检测文档
中
的剽窃行为?谢谢!
浏览 7
提问于2009-10-13
得票数 1
1
回答
具有最长序列的最大邻接子序列和?
、
这是我
在
rosettacode上找到的一段代码,它对我的问题有确切的想法(但不幸的是,我知道的唯一的编程语言是Java),但它是用REXX编写的: /*─────────────────────────
浏览 2
提问于2011-03-01
得票数 0
2
回答
BLAST
比对
算法
的
Python
实现
?
、
、
有人知道BLAST对齐的纯
python
实现
吗?我正在努力研究这个
算法
...
浏览 4
提问于2010-08-14
得票数 7
1
回答
我正在尝试从我
在
python
中
获得的输出创建一个对称矩阵,而不使用numpy和其他库?
、
我正在使用矩阵进行多序列
比对
,这是我通过运行
比对
算法
获得的得分矩阵。, -4, 0, 13, 1, 2], [-3, 1, 1, 2, 0, 4],] 我正在尝试从我
在
python
中
获得的输出创建一个对称矩阵,而不使用NumPy和其他库。我尝试过使用NumPy
实现
,但我想不使用NumPy来
实现
。
浏览 1
提问于2021-05-24
得票数 0
2
回答
Java字符对齐
算法
、
我发现了基于动态规划的
算法
和基于动态规划的通用
局部
比对
方法
算法
,但它们似乎太复杂了,无法完成我想要做的事情。我只需要一个简单的
算法
在
Java
中
可能少于50行,这段代码将翻译成汇编语言后,所以我需要一个简单的
算法
。英语不是我的母语,所以我可能搜索
浏览 2
提问于2013-02-24
得票数 8
回答已采纳
1
回答
带评分的Lucene模糊短语搜索方法
、
、
我的要求是
在
模糊短语搜索中生成匹配分数。示例4)对每个匹配的文档进行后处理,定义每个匹配的三克标记在输入自由文本数据
中
的位置,并计算出可能的位置标记与整个文档之间的levenshtein评分。在这里,我的文档匹配将是"Sam Smith",我想查看每个三克索引及其
在
输入自由文本数据
中
的位置匹配,例如 1)
在
输入数据
中
,标记"sam“与第二位置的"Sam
浏览 1
提问于2013-09-06
得票数 0
回答已采纳
2
回答
如何保存swalign库输出(
局部
对齐-
Smith-Waterman
算法
)?
、
、
我使用下面的代码来获得两个字符串之间的
局部
对齐得分,使用
Smith-Waterman
算法
。但是,我得到了所需的输出,我发现很难将结果保存到一些变量
中
以进行进一步的分析。string1 = "ABCDEFGHIJKLMNOP"temp = Local_Alignment(string1, string2) 每当我试图将结果保存到某个变量
中
时尽管我尝试将结果存储
在
文本文件
中
,但这也不起作用。
浏览 19
提问于2022-10-19
得票数 -1
2
回答
DP笔录-Wunsch/
Smith-Waterman
在
Needleman-Wunsch和
Smith-Waterman
中
,
实现
回溯的最佳方法是什么?我们是否通常保留两个矩阵,一个带有每个条目的前身?也就是说,每个条目都是向上的,DIAG的,或者左边的。我了解
算法
和如何获得最大的分数,但不是追溯。谢谢!
浏览 1
提问于2014-03-04
得票数 2
回答已采纳
2
回答
如何与difflib.SequenceMatcher进行多个匹配?
、
、
我正在使用difflib来识别一个较长序列
中
的短字符串的所有匹配。
浏览 5
提问于2015-02-25
得票数 5
回答已采纳
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