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学界 | 普适注意力:用于机器翻译的2D卷积神经网络,显著优于编码器-解码器架构

深度神经网络对自然语言处理技术造成了深远的影响,尤其是机器翻译(Blunsom, 2013; Sutskever et al., 2014; Cho et al., 2014; Jean et al., 2015; LeCun et al., 2015)。可以将机器翻译视为序列到序列的预测问题,在这类问题中,源序列和目标序列的长度不同且可变。目前的最佳方法基于编码器-解码器架构(Blunsom, 2013; Sutskever et al., 2014; Cho et al., 2014; Bahdanau et al., 2015)。编码器「读取」长度可变的源序列,并将其映射到向量表征中去。解码器以该向量为输入,将其「写入」目标序列,并在每一步用生成的最新的单词更新其状态。基本的编码器-解码器模型一般都配有注意力模型(Bahdanau et al., 2015),这样就可以在解码过程中重复访问源序列。在给定解码器当前状态的情况下,可以计算出源序列中的元素的概率分布,然后使用计算得到的概率分布将这些元素的特征选择或聚合在解码器使用的单个「上下文」向量中。与依赖源序列的全局表征不同,注意力机制(attention mechanism)允许解码器「回顾」源序列,并专注于突出位置。除了归纳偏置外,注意力机制还绕过了现在大部分架构都有的梯度消失问题。

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一个完整的机器学习项目在Python中的演练(二)

编译 | 磐石 出品 | 磐创AI技术团队 【磐创AI导读】:本文主要介绍了本系列的第三项特征工程与特征选择。欢迎大家点击上方蓝字关注我们的公众号:磐创AI。(本系列第一篇:点击查看) 大家往往会选择一本数据科学相关书籍或者完成一门在线课程来学习和掌握机器学习。但是,实际情况往往是,学完之后反而并不清楚这些技术怎样才能被用在实际的项目流程中。就像你的脑海中已经有了一块块”拼图“(机器学习技术),你却不知道如何讲他们拼起来应用在实际的项目中。如果你也遇见过同样的问题,那么这篇文章应该是你想要的。本系列文章将介

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Bioinformatics丨GraphDTA用图神经网络预测药物靶点的结合亲和力

今天给大家介绍迪肯大学Thin Nguyen教授等人发表在Bioinformatics上的一篇文章 “GraphDTA: predicting drug–target binding affinity with graph neural networks” 。药物再利用可以避免昂贵和漫长的药物开发过程,估计新药物-靶标对相互作用强度的计算模型可加快药物的再利用,然而,以往的模型均是将药物表示为字符串,但这不是分子表示的合理方式,所以作者提出了一种新的GraphDTA模型,将药物表示为图,并使用图神经网络预测药物与靶点的亲和力。结果表明,图神经网络不仅比非深度学习模型更能预测药物靶点的亲和性,而且比其他深度学习方法更有效。

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