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如何快速重命名Gff3文件基因ID名称

使用EVM或者maker进行基因注释后,通常下一个需求就是对注释gffID进行重命名,一般我们会按照物种名称,按照基因在染色体位置进行命名。这个该如何实现呢?...gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列gff3个版本中信息都是相同,只是名称不同: 第9列attributes内容存在很大版本特异性。...type:类型,此处名词是相对自由,建议使用符合SO惯例名称(sequenceontology),如gene,repeat_region,exon,CDS等。...另外,基因结构注释gff文件,基因包含mRNA,mRNA包含exon, CDS, UTR等信息,同时注释文件除基因行外,其他行在第9列会通过Parent指明该行从属上一级ID,也就是一个基因...具体例子 小小戏法 这里采用是简书一位小伙伴写脚本,他调用了pythongffutils包。gffutils能以极其简便方式分层方式处理GFF文件

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如何导出python安装所有模块名称和版本号到文件

Python 模块 概念 python模块是什么?简而言之,python,一个文件(以“.py”为后缀名文件)就叫做一个模块,每一个模块python里都被看做是一个独立文件。...模块可以被项目中其他模块、一些脚本甚至是交互式解析器所使用,它可以被其他程序引用,从而使用该模块里函数等功能,使用Python标准库也是采用这种方法。...分类 Python模块分为以下几种: 系统内置模块,例如:sys、time、json模块等等; 自定义模块,自定义模块是自己写模块,对某段逻辑或某些函数进行封装后供其他函数调用。...注意:自定义模块命名一定不能和系统内置模块重名了,否则将不能再导入系统内置模块了。...另一台服务器上想部署相同包,只需运行: $ pip install -r requirements.txt 总结 到此这篇关于导出python安装所有模块名称和版本号到文件文章就介绍到这了,更多相关

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常用linux多场景查找文件方法及对比

一、find命令 find命令可以指定目录下查找文件,其语法如下: find 选项和匹配模式是可选。其中,选项用于控制查找行为,匹配模式用于匹配文件名。...- 可以执行各种操作,如复制、删除、重命名等。- 可以搜索任何类型文件目录。- 搜索范围和搜索条件非常灵活,可以搜索特定大小、特定类型、特定权限等。- 支持正则表达式搜索。...- 只能搜索二进制文件、源文件和帮助文档等特定类型文件,无法搜索其他类型文件。- 搜索特定目录,无法整个文件系统搜索文件。 which - 可以快速查找可执行文件、脚本等文件。...- 可以多个搜索目录查找文件。- 支持正则表达式搜索。 - 只能搜索可执行文件、脚本等特定类型文件,无法搜索其他类型文件。- 搜索特定目录,无法整个文件系统搜索文件。...- 只能查找特定目录,无法整个文件系统搜索文件

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关于“Python核心知识点整理大全53

编写用户可请求网页时,我们将使用这种语法。确认代码能获取所需数据时,shell很有 帮助。如果代码shell行为符合预期,那么它们项目文件也能正确地工作。...如果代码引 发了错误或获取数据不符合预期,那么简单shell环境中排除故障要比在生成网页文件 排除故障容易得多。...URL模式描述了URL是如何设计,让Django知道如何将浏览器请求与网站 URL匹配,以确定返回哪个网页。 每个URL都被映射到特定视图——视图函数获取并处理网页所需数据。...请求URL与前述正则表达式匹配时, Django将调用views.index(这个视图函数将在下一节编写)。第三个实参将这个URL模式名称 指定为index,让我们能够代码其他地方引用它。...文件夹templates,再 新建一个文件夹,并将其命名为learning_logs。

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Git中文命令大全

untracked-files = all,这种情况下将显示忽略目录单个文件 no # 否, 不显示任何被忽略文件...输出不显示贡献小于此百分比目录 --summary # 输出扩展头信息精简摘要,如创建,重命名模式更改...-o, --only # 通过获取命令行中指定路径更新工作树内容来进行提交,忽略已为其他路径执行任何内容 -u[],...# 从远程获取所有标签(即,将远程标签获取 refs/tags/*到具有相同名称本地标签),除此之外任何其他内容都将被提取 --recurse-submodules[=yes|on-demand...# 文件上方显示文件名,不是每个显示开头 -p, --show-function # 显示包含匹配函数名称上一行,除非匹配行是函数名称本身

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git怎样忽略.idea文件目录

那么,如何告诉Git忽略并不跟踪特定文件呢?使用.gitignore文件本文中,您将了解什么是.gitignore文件如何创建一个文件,以及如何使用它来忽略文件文件夹。....gitignore内部,您可以通过提到特定文件文件名称模式,告诉Git忽略单个文件文件夹。您还可以使用相同方法告诉Git忽略多个文件文件夹。...通常,.gitignore文件被放置存储库目录。根目录也称为父目录和当前工作目录。根文件夹包含组成项目的所有文件其他文件夹。也就是说,您可以将它放在存储库任何文件。...此模式忽略位于项目中任何位置具有该特定名称所有文件。...需要注意是,如果文件名称,或者目录名称不加斜杠/,那么该模式将匹配具有该名称任何文件目录: matches any files and directories with the name

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教你怎么用python操作文件

在这篇文章,你将学习如何获取文件属性 创建目录 文件模式匹配 遍历目录树 创建临时文件目录 删除文件目录 复制、移动和重命名文件目录 创建和解压ZIP和TAR档案 使用fileinput...为了获取文件系统特定目录所有文件文件夹列表,可以遗留版本Python中使用 os.listdir() 或 Python 3.x 中使用 os.scandir() 。...如果该项是目录,则打印其名称,并且生成输出与上一示例输出相同: sub_dir_c sub_dir_b sub_dir 复制代码 ---- 获取文件属性 Python可以很轻松获取文件大小和修改时间等文件属性...---- 文件模式匹配 使用上述方法之一获取目录文件列表后,你可能希望搜索和特定模式匹配文件。...更先进模式匹配 假设你想要查找符合特定掉件 .txt 文件。例如,你可能指向找到包含单次 data .txt文件,一组下划线之间数字,以及文件包含单词 backup 。

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python之基础篇(八)——模块与包

import语句:导入指定整个模块,包括生成一个以模块名命名名称空间 import module1 [, module2 [, ... moduleN]]         建议一个import语句导入一个模块...);       标准链接库目录;       任何.pth文件内容(如果存在.pth文件)     这四个组件组合起来即为sys.path所包含路径,python会选择搜索路径第一个符合导入文件文件...setup.py COMMAND --help:获取特定命令帮助         python setup.py COMMAND --help-formats:获取特定命令支持使用格式 5、安装打包好模块...未指定安装目录时,默认将安装到第三方模块安装目录(/python安装目录/lib/site-packages)       自定义安装路径:         --user=:安装至指定用户家目录特定目录下...-exec-prefix=:用于指定与python无关、由其他语言实现、跟平台相关特定文件安装路径           要对指定目录有写权限       深度定制:         --install-purelib

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Python学习手册(第4版).2

目录下打开一闪而过怎么办,截图不易啊 这<用不了 用简单术语来讲,每一个以扩展名py结尾Python源代码文件都是一个模块。...一个包变量名就是所谓属性:也就是说,属性就是绑定在特定对象上变量名(就像一个模块)。...但是如果真的想要Python同一次会话再次运行文件(不停止和重新启动会话),需要调用imp标准库模块可用reload函数 导入时运行一次,记录已经导入列表,不能重复导入,即使模块内容已经更新...这种基于模块方式使模块变成了Python程序架构一个核心概念。更大程序往往以多个模块文件形式出现,并且导入了其他模块文件工具。...相反,基本import语句每个进程运行文件一次,并且它会把文件生成到一个单独模块名称空间中,以便它赋值不会改变你作用域中变量。为模块名称空间分隔所付出代价是,修改之后需要重载。

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Python】:老鸟入门笔记(5)

import:以一个整体获取一个模块 from:从一个模块文件获取特定名称 imp.reload:不终止 Python 程序情况下重新载入模块文件代码方法 # main.py import...模块搜索路径 Python 自动模块搜索路径(sys.path)包括: 程序目录 PYTHONPATH目录(如果设置了的话) 标准库目录 任何 .pth 文件内容(如果存在的话) 第三方扩展应用...实现 小心递归形式 from 注:如果无法完全断开循环,就应使用 import 和属性点号运算(不是 from 和直接变量名)来推迟模块名称访问,或者要么函数内部(不是模块顶层),要么文件底部附近运行...注意:下划线不是“私有”声明:仍然可以通过其他形式导入来获取并修改这类名称。 1.3. 模块命名空间 模块就是命名空间,存在于一个模块内名称被称为模块对象属性。...包导入是把计算机上目录变成另一个 Python 命名空间,其属性则对应于目录中所包含目录和模块文件。 参考: 《Python学习手册 原书第五版 上册》 ----

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【linux命令讲解大全】011.使用find命令指定目录下查找文件及应用技巧和选项详情

但会把结果保存成指定列表文件; -fstype:寻找该文件系统类型下文件目录; -gid:查找符合指定之群组识别码文件目录; -group:查找符合指定之群组名称文件目录...,但忽略字符大小写差别; -inum:查找符合指定 inode 编号文件目录; -ipath:此参数效果和指定 -path 参数类似,但忽略字符大小写差别; -...格式为全部名称同一行; -printf:假设 find 指令回传值为 True,就将文件目录名称列出到标准输出。...-true:将 find 指令回传值皆设为 True; -type:寻找符合指定文件类型文件; -uid:查找符合指定用户识别码文件目录; -used:查找文件目录被更改之后指定时间曾被存取过文件目录...(为什么你要命名一个 bucketofjpg 不是 pictures 目录就超出了本文范围。)我们使用 -type 参数修改我们命令来查找文件

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Atom飞行手册翻译: 2.13 基本自定义

不打算发布整个主题,你可以在你~/.atom目录styles.less文件添加样式。...Atom忽略文件名 projectHome:假定项目被存放目录 themes:要加载主题名称数组,按照层叠顺序 editor autoIndent:开启或关闭基本自动缩进(默认为true...处软换行 tabLength:tab字符所占空格字符宽度(默认为2) fuzzyFinder ignoredNames:模糊查找忽略文件名 whitespace ensureSingleTrailingNewline...键数组,用来将当前编辑器目录匹配到列位置 语言特定配置 你也可以为不同文件类型设置几种不同配置。...我们已经“代码段格式”一节,为了编写代码段做过一遍了,现在我们简单地重复一下。 作于域名称显示设置视图中每个语言

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python3--os模块,模块和包(import... , from..import...)

/目录 os.stat('path/filename')  获取文件/目录信息 os.sep    输出操作系统特定路径分隔符,win下为"\\",Linux下为"/" os.linesep    输出当前平台使用行终止符...,这些语句目的是初始化模块,它们模块名第一次遇到导入import语句时才执行(import语句是可以程序任意位置使用,且针对同一个模块import多次,为了防止你重复导入,python优化手段是...每个模块都是一个独立名称空间,定义在这个模块函数,把这个模块名称空间当做全局名称空间,这样我们在编写自己模块时,就不用担心我们定义自己模块全局变量会在被导入时,与使用者全局变量冲突 测试一...global时,访问就是这个名称空间 2 新创建命名空间中执行模块包含代码 3 创建名字test_module来引用该命名空间 为模块名起别名:使用了别名,之前模块名就不能使用了 import...(点)名字方式 from语句相当于import,也会创建新名称空间,但是将test_module名字直接导入到当前名称空间中,在当前名称空间中,直接使用名字就可以了 from test_module

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Python sys os getpass 包导入

pip install 模块名称 pip3 install 模块名称 apt-get 第二种 下载源码 解压源码 进入目录 编译源码 python setup.py build 安装源码...rmdir dirname os.listdir('dirname') 列出指定目录所有文件和子目录,包括隐藏文件,并以列表方式打印 os.remove() 删除一个文件 os.rename...("oldname","newname") 重命名文件/目录 os.stat('path/filename') 获取文件/目录信息 os.sep 输出操作系统特定路径分隔符,win下为"\",Linux...将多个路径组合后返回,第一个绝对路径之前参数将被忽略 os.path.getatime(path) 返回path所指向文件或者目录最后存取时间 os.path.getmtime(path) 返回...path所指向文件或者目录最后修改时间 os.getpid() 获取进程pid os.getppid() 获取父进程pid subprocess 导入方式:import subproess

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django 1.8 官方文档翻译: 1-2-3 编写你第一个Django应用,第3部分

投票功能 – 为一项给定民意调查处理投票选项。 Django ,网页及其他内容是由视图来展现每个视图就是一个简单 Python 函数(或方法, 对于基于类视图情况下)。...本教程,我们并不打算使用 Django 这一特性。 url() 参数: name 命名 URL ,让你在 Django 其他地方明确地引用它,特别是模板。...我们想要让 Django 指向正确模板,最简单方法是通过 命名空间 来确保是 他们模板。也就是说,将模板放在 另一个 目录下并命名为应用本身名称。...不过,既然你 polls.urls 模块 url() 函数定义了 命名参数,那么就可以 url 配置中使用 {% url %} 模板标记来移除特定 URL 路径依赖: <a href...URL 名称命名空间 本教程项目只有一个应用:polls 。实际 Django 项目中,可能有 5、10、20 或者 更多应用。Django 是如何区分它们 URL 名称呢?

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Tapestry 教程(四)探索项目结构 原

模块类将会针对这些执行模式被加载,并能以各种方式修改应用程序配置。本教程稍后会回过头来再来讲这个执行模式和模块类。 Tapestrypage至少包含一个普通Java类和一个组件模板文件。...Index每个字母都一样名称命名component模板文件,也就是Index.tml。...这个简短模板展示了Tapestry相当多特性。 Quickstart原型部分意图是展示一堆不同功能特定、方法以及Tapestry被用到通用模式。...Tapestry则更近一步:匹配expansion属性到page属性时,它会忽略大小写。...其详细程度表明应用程序已经被配置成development模式不是production模式production模式,异常报告只会简单显示顶层异常消息。

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如何使用.gitignore忽略Git文件目录

通常,项目上使用Git工作时,你会希望排除将特定文件目录推送到远程仓库库情况。.gitignore文件可以指定Git应该忽略未跟踪文件。...本教程,我们将说明如何使用.gitignore忽略Git文件目录。包括常见匹配模式*星号,斜杠/,#井号注释,?...但是,你可以仓库不同子目录创建多个.gitignore文件。.gitignore文件模式相对于文件所在目录匹配。 目录文件定义模式优先于高于根目录模式。...本地.gitignore文件其他开发人员共享,并且应包含对存储库所有其他用户有用模式。 个人忽略规则 应在.git/info/exclude文件配置特定于本地仓库且不应分发到其他仓库模式。...该文件可以命名为任意名称,并存储在任何位置。保存此文件最常见位置是主目录。你必须手动创建文件并配置Git使用它。

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helm charts 模板编程

通常,将它们保存在自己文件中会更干净。 templates/目录,任何以下划线 ( _) 开头文件都不会输出 Kubernetes 清单文件。...: "django""django""django" 我们可以看到上面的输出 python 对应值变成了3个相同字符串,这显然是不符合我们预期,我们预期是形成一个字符串,现在是3个字符串了,...命名模板 前面我们学习了一些 Helm 模板一些常用使用方法,但是我们都是操作一个模板文件实际应用,很多都是相对比较复杂,往往会超过一个模板,如果有多个应用模板,我们应该如何进行处理呢?...使用命名模板时候有一个需要特别注意是:模板名称是全局,如果我们声明了两个相同名称模板,最后加载一个模板会覆盖掉另外模板,由于子 chart 模板也是和顶层模板一起编译,所以命名时候一定要注意...任何 chart 任何定义块都可用于其他 chart,所以我们在给命名模板定义名称时候添加了 chart 名称这样前缀,避免冲突。

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