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沙龙
1
回答
在
slurm
中
使用
选项
--
array
作为
参数
slurm
是否可以
使用
--
array
选项
作为
参数
?我的意思是,我有一个
使用
数组的R代码。数组的数量取决于我执行R代码的文件。我想将数组的数量
作为
参数
传递到sbatch my_code.R命令行,这样就永远不会修改我的
slurm
代码:例如,对于一个有550.000列的文件,我需要10个数组,一个有1.000.000列的文件需要我必须得到这样的东西:"sbatch --
array
1-nb_ of _ arrays _
浏览 85
提问于2019-05-03
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1
回答
将
参数
传递到
slurm
脚本
arrays
、
bash
、
matlab
、
slurm
、
sbatch
我
使用
slurm
脚本
在
集群上运行用于Matlab计算的数组。每个脚本都
使用
一个数组来循环matlab
参数
。#SBATCH --
array
=1-128matlab -nodesktop r "frame=[${
SLURM
_
ARRAY
_TASK_ID}]; filename=['Person24done
Slurm</em
浏览 0
提问于2019-06-18
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1
回答
在
批处理中
使用
数组和节点列表
matlab
、
slurm
由于Matlab将如何利用计算集群上的资源的局限性,我想创建几个作业,每个作业都
使用
给定节点上的所有核心。我可以结合其他
参数
使用
-数组
选项
来确保
在
一个单独的节点上得到每个作业。但是,出于某种原因,我们集群上的
slurm
计划将我的作业放在已经
在
使用
的节点上,即使我试图
使用
-c
选项
来最大化给定节点上的核心:#SBATCH -t 24:00-exclusive #
浏览 1
提问于2014-09-03
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2
回答
使用
shell脚本将字符串替换为变量的值
shell
、
sh
我想用变量的值替换文件
中
的字符串。I模板文件prm.prm
中
的字符串lvl,需要替换为
SLURM
_
ARRAY
的值。我试着用这会将字符串lvl替换为${
SLURM
_
ARRAY
},而不是其值。我怎样才能纠正这个问题呢?
浏览 5
提问于2021-11-26
得票数 0
3
回答
从sh文件调用时,Maven返回未知的生命周期错误。
bash
、
shell
、
maven
我正在从sh文件
中
运行以下命令。#!Command line that we want to run:varData='mvn -e clean compile exec:java -Dexec.mainClass=App.Main -Dexec.args="wikiLineSPlits/wiki-004/ wiki-0
浏览 0
提问于2020-10-17
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1
回答
在
文件输出中
使用
SBATCH作业名
作为
变量
slurm
、
sbatch
使用
SBATCH,您可以
使用
%j
使用
以下语法
在
自动生成的输出文件中
使用
作业id:#SBATCH-e
slurm
-%j.err-%N # name of the stderr, using job and first node values 我一直
在
寻找
浏览 0
提问于2018-05-08
得票数 6
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2
回答
启动一个大数字的SBATCH数组?
arrays
、
jobs
、
biginteger
、
slurm
、
sbatch
是否有可能以较大的数字(如#SBATCH ––
array
=1-5 )启动SBATCH作业数组(即#SBATCH ––
array
=12-25 )?
浏览 2
提问于2021-10-12
得票数 0
1
回答
在
Slurm
中
使用
作业数组并行化Rscript
r
、
shell
、
slurm
我想
使用
Slurm
中
的一个数组作业来运行一个Rscript.R,其中包含1-10个任务,由此来自该作业的任务id将被定向到Rscript,以编写一个名为"'task id'.out“的文件,其中包含'--no-restore ~/Rscript_test.R $
SLURM
_
ARRAY
_TASK_ID ~/Rscript_test.R如下所示: #!(sbatch bash_test.sh)后,R看起来并没有真正看到
SLURM
_
浏览 57
提问于2021-02-12
得票数 0
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1
回答
Slurm
任务id
作为
Matlab函数
参数
matlab
、
slurm
我想在
slurm
中
创建一个作业数组,这样它就被称为依赖于数组任务id的Matlab函数。我试过了#SBATCH -J TEST#SBATCH -o o我怎么发动汽车呢?
浏览 1
提问于2018-02-22
得票数 1
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1
回答
如何从多个目录
中
同时执行
SLURM
脚本?
bash
、
hpc
、
slurm
、
sbatch
我希望同时从多个目录
中
执行
SLURM
脚本。更具体地说,我有十个数组文件夹,它们通过
array
_1通过
array
_10编号,我想从其中执行脚本。
在
每个目录
中
,脚本创建了10个子目录,标记为${
SLURM
_
ARRAY
_TASK_ID}_ztag。但是,我必须从十个
array
_目录
中
的每个目录
中
手动执行
SLURM
脚本。通常,
使用
shell脚本,这将是一个简单的for循环
浏览 5
提问于2020-06-01
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2
回答
"#“(评论)是低俗的职位提交
slurm
这个问题与普林斯顿研究计算引入
SLURM
一文有关。例如,SBATCH
在
第一个#之后将被执行,而在第二个#之后的create
浏览 0
提问于2019-11-05
得票数 2
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1
回答
如何让
slurm
为每个节点分配一个任务?
slurm
我
在
S批处理脚本的开头尝试了一个#SBATCH
参数
的变体,但没有成功。到目前为止,我尝试过的是: -n,-ntasks= batch不启动任务,它请求资源分配并提交批处理脚本。此
选项
通知
Slurm
控制器,
在
分配
中
运行的作业步骤将启动最大数量的任务,并提供足够的资源。默认为每个节点一个任务,但请注意--cpus每个任务
选项
将更改此默
浏览 0
提问于2019-07-10
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1
回答
访问数组作业的任务id
slurm
我通常
使用
如下代码来提交数组作业, #!/bin/bash#!#SBATCH --time=$2 #SBATCH --
array
/myprogram.o ${
SLURM
_
ARRAY
_TASK_ID} <--
SLURM
_
ARRAY
_TASK_ID not visible..
浏览 15
提问于2020-08-21
得票数 1
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1
回答
Slurm
-如何
使用
不在同一文件夹
中
的作业创建作业数组
cluster-computing
、
slurm
Slurm
。但是,我遇到了问题,因为它们不在同一个文件夹
中
。我目前所知道的是如何将这些脚本
作为
三个单独的作业数组发送到
Slurm
--其中一个
在
/home/01,第二个
在
/home/02,第三个
在
/home/03。我想知道是否有一种简单的方法可以将所有9个作业
作为
数组的一部分一起发送,不需要将它们都放在同一个文件夹
中
--文件夹结构需要严格保留在这里。 这是我目前
使用<
浏览 5
提问于2022-05-02
得票数 0
1
回答
如何在sbatch命令行
中
传递
参数
?
parameter-passing
、
slurm
我想向sbatch命令行传递一个
参数
。 RHO_COR.sh #!raw/truelength2.prok2.uniref2.rares.tsv echo "Stop job : "`date` >> "$OUTPUT"
浏览 237
提问于2019-04-26
得票数 1
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1
回答
下降-替换
bash
、
slurm
我正在尝试创建一个函数,
作为
SLURM
的srun命令的插入替代。这个包装器函数的需要是,当在
SLURM
控制下启动时,我希望
使用
srun编写脚本,但仍然能够
在
没有
SLURM
的情况下运行脚本。理性是: 如果变量
中
没有值,这意味着我们不在
SLURM
之下,我们应该在没有srun的情况下运行命令。大括号展开忽略第一个
参数
( srun
参数
),并运行命令行的其余部
浏览 0
提问于2019-01-16
得票数 1
1
回答
如何强迫用户
在
slurm
中
的某个目录中提交作业
slurm
我试图设置
SLURM
,使
SLURM
接受
在
某个目录中提交的作业,否则拒绝该作业。要激活prolog脚本,我已经将
slurm
.conf设置为:/etc/
slurm
/prolog
中
的prolog脚本: #!
浏览 0
提问于2019-05-04
得票数 1
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2
回答
配置
SLURM
,使其需要用户指定--account
config
、
default
、
account
、
slurm
我正在尝试弄清楚如何配置
SLURM
,以便用户
在
使用
SLURM
命令(salloc、sbatch、srun)时需要指定--account。实际上,我想禁用默认帐户行为。
浏览 0
提问于2014-09-05
得票数 1
1
回答
在
带有
SLURM
的HPC系统上
使用
GNU并行运行多个python文件实例和两个输入文件
python
、
hpc
、
slurm
、
gnu-parallel
我试图
在
一个HPC-系统上并行运行一个python文件240次(因为每个单独的文件运行大约需要9分钟)。理想情况下,每个python文件都应该运行在单个核心上。每个节点有24个核心。当我运行以下发布代码时: -j $
SLURM
_NTASKS \\( -name "CN_ONLY*.pdb" -o -name "I_ONLY*.pdb" \) | sort -t Y -k
浏览 2
提问于2020-05-05
得票数 1
2
回答
如何从发现
中
得到第n个结果?
shell-script
、
find
、
parallelism
我可以
使用
作业调度程序(
Slurm
)访问分布式计算/服务器场,它为每个并行作业提供一个从1到n的整数ID (我知道n的值,在下面的示例n = 10
中
)。我
使用
find -maxdepth 1 -name '2019 - *'查找我想
作为
参数
传递给我的程序的文件名列表。所有匹配的文件只能
使用
一次。#!- *')" #
SLURM
_<e
浏览 0
提问于2020-07-23
得票数 1
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