我希望将两个命令行合并为一个命令行，以避免中间文件。/my.vcf.gz", output: shell如果您能解释一下如何在snakemake中组合多个shell行，我将不胜感激。
浏览 63提问于2020-02-19得票数 0
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我对snakemake还是个新手，所以我仍然很难将shell命令和python代码结合起来。 我的解决方案是生成脚本文件，然后在此脚本中执行shell命令。调用snakemake.shell和os.system来执行命令行有什么机械上的区别吗？"prefetch %s -o %s" "scripts/prefetch.py" prefetch.py是： from json import loa
浏览 29提问于2020-11-05得票数 0
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我有一个简单的Snakefile，我有一个使用YAML配置文件中定义的Conda环境的规则。但是，在运行此Snakefile时，Snakemake不激活Conda环境，并返回此错误： jobid: 0SnakeMake版本: 5.2.4rule my_rule:
浏览 0提问于2018-09-11得票数 0
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我正在PBS集群(PBSpro)上部署一个snakemake工作流。我遇到了一个问题，即由于shell命令缺少参数/操作数，群集节点上运行的shell命令失败了。'touch {output}'snakemake allsnakemake all --jobs 1 --cluster "qsub -l
浏览 0提问于2018-03-22得票数 0
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如下所示)： input: script:在我的test.py文件中，我正在执行以下操作：print(snakemake.input[0])
但我无法访问snakemake.input[0]。此外，在Python
浏览 5提问于2020-06-03得票数 0
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我需要在集群中运行snakemake规则，因此对于某些规则，我需要一些工具和库来加载，而这些工具与其他规则是独立/独占的。在这种情况下，如何在我的snakemake规则中指定这些。例如，对于rule score，我目前需要module load r/3.5.1和export R_lib =/user/tools/software，在运行snakemake之前，我在命令行中分别运行这些行但是，如果有一种方法可以在规则<em
浏览 0提问于2019-05-27得票数 1
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我对snakemake相当陌生，我继承了一种巨大的蠕虫流，它由一系列的17条规则组成，这些规则是连续运行的。每个规则都从以前的规则中获取输出，并使用它们运行python脚本。= lambda wc: wc.get(grid) path_C = "path/to/C/{grid}/file_C" "script_A.py"grid = snakemake</
浏览 4提问于2022-10-31得票数 2
---------------------------------------------------------') output: shell"echo %s ; "rule b: 'b.out'
shellLook above for error m
浏览 2提问于2017-03-22得票数 2
然而，类似的功能snakemake -n打印类似的东西
Building DAG of jobs...
浏览 2提问于2017-11-21得票数 4
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我正在使用一些带有snakemake的python脚本来自动化工作流。这些脚本接受命令行参数，虽然我可以用snakemake.input[0]、snakemake.output[0]等替换它们，但我不愿意这样做，因为我也希望能够在snakemake之外使用它们。解决这个问题的一个自然方法--我一直在做的--是把它们作为一个shell而不是一个script运行。但是，当我这样做时，依赖关系图就被破坏了；我更新了我的脚本，DAG不认为任何事情都需要重新运行。是否有方法将<e
浏览 3提问于2020-04-22得票数 2
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如果我有一个snakemake工作流，并且我已经完成了所有规则，我想输出shell命令行。有没有办法做到这一点？提前谢谢。
浏览 0提问于2019-03-13得票数 1
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是否可以将自定义命令行参数传递给snakemake脚本？我已经尝试过了，但是使用argparse执行Snakefile会导致错误snakemake: error: unrecognized arguments: -zz。下面是一个示例脚本。fn = args.fn input: shell
浏览 20提问于2017-08-31得票数 2
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如果我用snakemake运行它，它会给我错误： IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'BOB/call_images/chrX_194_1967hdf5/analysis.hdf5", output: shell
浏览 86提问于2021-04-21得票数 0
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我一直在尝试创建可移植的snakemake，它在"wrapper.py“脚本中执行预先创建的脚本。但是，到目前为止，我发现从shell调用snakemake.shell来从命令行运行函数的所有示例。因此，我认为脚本的等效之处是使用来自snakemake.script的snakemake.script来执行脚本。但是，当我在规则中使用它时，它会引发如下错误：
Traceback (most recent ca
浏览 2提问于2020-10-15得票数 0
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我想在我的托管环境中将snakemake与fish shell和conda环境一起使用(基本上我没有root权限，默认shell也不能更改)。我在.bashrc中使用这个hack将fish设置为‘默认’shell if [ "$REALBASH" !我设法让conda使用this与fish一起工作，但它的缺点是在fish中激活conda环境的命令与bash不同。在bash中，命令是source activate .
浏览 40提问于2020-07-23得票数 2
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我有一个在Snakemake中生成文件的简单规则。即使将--latency-wait指定为命令行选项，运行snakemake也会立即导致找不到生成的文件的错误。然而，这似乎是一个与延迟相关的问题，因为这个Snakefile在本地机器上运行没有问题。下面的输出是在存在已知延迟问题的系统上显示的。Snakefile的内容： output: shell:
浏览 87提问于2018-08-08得票数 0
{ext}" shell: "cp {input} {output}"
#dummy for cheap complicated operation #dummy for very expe
浏览 12提问于2021-07-13得票数 1
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我定义了要传递给shell脚本的envvars。 envvars:
"PASS" 如果我忘记在shell中指定它们，使用snakemake -n的预演将提醒我设置它。执行在我的本地机器上运行良好，但是我没有设法将envvar传递到我的集群环境中。尽管我设置了环境变量，但我在集群执行后遇到了下面的snakemake错误。由于snakemake错误，作业永远不会启动。/Snakefile", line 11, in <m
浏览 23提问于2020-07-29得票数 0
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pdf"
input: output: shell:我想概括一下这个绘图规则，这样它就可以在一个码头容器中运行，比如 input:"plots/{datas
浏览 1提问于2018-10-10得票数 6
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我在设置这些规则时遇到了麻烦，这样snakemake才能知道对哪些文件使用哪些规则。在RNASeq规则中，我有以下内容：这将确保RNASeq库使用该规则。但是，我仍然收到关于其他分析的模糊规则的错误，所以我认为我需要约束其他规则中的通配符。我试过了：匹配任何没有RNASeq的内容，但是如果我在</
浏览 5提问于2017-10-21得票数 1
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