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【R语言】因子在临床分组中的应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper...stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表

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    HMM模型在量化交易中的应用（R语言版）

    函数形式：X(t+1) = f( X(t) ) HMM由来 物理信号是时变的，参数也是时变的，一些物理过程在一段时间内是可以用线性模型来描述的，将这些线性模型在时间上连接，形成了Markov链。...HMM在波动率市场中的应用 输入是：ATR（平均真实波幅）、log return 用的是depmixS4包 模型的输出并不让人满意。 HS300测试 去除数据比较少的9支，剩291支股票。...训练数据：上证指数的2007～2009 测试数据：沪深300成份股2010～2015 交易规则：longmode在样本内收益最大对应的隐状态 & shortmode在样本内收益最大对应的隐状（交集）...，然后在每天入选的股票中平均分配资金 （注：0票就相当于平均分配资金在投票>0的股票上） n=5 n=15 50个HMM模型里10-18个投票，结果都挺理想了！...（当然，需要更多的测试，比如在全股票市场或者在商品/期货/外汇/黄金上，或者更长的数据上测试） （ps：在291支股票上测试一次HMM大概需要8-10分钟，50次差不多要一个后半夜！！！）

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    《C 语言与 R 语言在人工智能数据分析中的交融之路》

    当我们探索如何将这两种语言在人工智能数据分析中交互和融合时，便开启了一段充满无限可能的创新之旅。在实际的人工智能数据分析项目中，为什么要考虑 C 语言与 R 语言的交互融合呢？...例如，在一个生物信息学的基因数据分析项目中，C 语言负责从基因测序设备读取原始的基因序列数据，并将其映射到共享内存区域，R 语言则可以直接对共享内存中的数据进行基因序列的比对、变异分析等统计操作，大大加快了数据分析的速度...在人工智能数据分析的模型训练和优化过程中，C 语言与 R 语言的交互也有着独特的应用场景。...C 语言与 R 语言在人工智能数据分析中的交互和融合为我们提供了一种强大而灵活的数据分析解决方案。...无论是在科研领域的大数据研究，还是在工业界的智能决策支持系统中，这种跨语言的协同工作模式都将为我们开启新的数据分析之门，助力我们在人工智能的浪潮中更好地挖掘数据的宝藏，推动相关领域的不断发展和进步。

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    windows 2008 R2 64位服务器中开启php curl扩展的方法

    这篇文章主要介绍了windows 2008 R2 64位服务器中开启php curl扩展的方法,需要的朋友可以参考下 今天小编接到一客户的提问：系统是windows2008R2版 php_curl这个扩展没有开启...，我当时在想怎么可能呢，小编配了好多次每个扩展就是开启的这个函数 进服务器看了下没有任何问题，extension=php_curl.dll这个明明是开启的，libeay32.dll、ssleay32.dll...、php_curl.dll 这几个文件在C:\WINDOWS\system32目录下也有，加载phpinfo时怎么就没有Curl项呢 重新注册在开始－运行－输入regsvr32 php_curl.dll...提示不兼容，突然想到小编早上也在配置一个PHP时出现由于系统是32位64位引起的问题，当时就在想会不会配置的方法有区别，看了下系统果然是64位的 找到系统文件下的syswow64这个文件（这个文件是windows...> 网站出现了，网站可以打开了，重新看了下phpinfo查了下里面的curl扩展也有了 这里就与大家共享下，嘿嘿~ 总结： php_curl扩展在64位下不能正常应用，则需将libeay32.dll、

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    R语言在RCT中调整基线时对错误指定的稳健性

    p=6400 众所周知，调整一个或多个基线协变量可以增加随机对照试验中的统计功效。...调整分析未被更广泛使用的一个原因可能是因为研究人员可能担心如果基线协变量的影响在结果的回归模型中没有正确建模，结果可能会有偏差。 建立 我们假设我们有关于受试者的双臂试验的数据。...我们让表示受试者是否被随机分配到新治疗组或标准治疗组的二元指标。在一些情况下，基线协变量可以是在随访时测量的相同变量（例如血压）的测量值。...错误指定的可靠性 我们现在提出这样一个问题：普通最小二乘估计是否是无偏的，即使假设的线性回归模型未必正确指定？答案是肯定的 。...但是，如果我们能够正确指定基线协变量的影响，我们也会看到更大的效率增益。

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    【R语言在最优化中的应用】igraph 包在图与网络分析中的应用

    source 和target 分别代表网络中要求最大流的起始点和终点，capacity 为边的权重。...该图中任意两顶点之间的最短路程(考虑方向)。 ? 解：这三个问题是图论中的典型问题。首先，应该在R中构造该图，然后分别调用相关命令即可。...由15 – 23 行(最短路矩阵) 可以知道该网络上每两个定点的最短路。如顶点0 到顶点7 的最短路为10(矩阵中第1 行第8 列对应的元素)。...需要说明的是，第6，11 行结果表示这是R软件打开的第35，36 个tk 图形设备，与本题的具体内容无关。...而LINGO 则需要针对每个问题输入不同模型、约束条件等，远远不如R效率高，至于绘图功能，LINGO 还需要很大的改进。 求红包

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    【R语言在最优化中的应用】用goalprog包求解 线性目标规划

    标规划问题及其数学模型 目标规划(goal programming) 是运筹学中的一个重要分支，它是为解决多目标决策问题而发展起来的一种数学方法。...目标规划可以按照确定的若干目标值及其实现的优先次序，在给定约束条件下寻找偏离目标值最小的解的数学方法。...可以证明，在模型2有解的情况下，可以将其化为只含有目标约束的目标规划问题，方法是给所有的绝对约束赋予足够高级别的优先因子，从这个角度来看，线性规划为目标规划的特殊情况，而目标规划则为线性规划的自然推广。...例 某工厂生产两种产品，受到原材料供应和设备工时的限制，在单位利润等有关数据已知的条件下，要求制定一个获利最大的生产计划，具体数据见表在决策时，按重要程度的先后顺序，要考虑如下意见： 1.原材料严重短缺...该模型符合模型 (3) 的形式，可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题，注意：R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别，不用再设置 P1，P2，P3。

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    R语言POT超阈值模型在洪水风险频率分析中的应用研究

    案例POT序列在47年的记录期内提供了高于74 m 3 / s 阈值的47个峰值。 我们的目标是将概率模型拟合到这些数据并估算洪水分位数。 我从获取了每次洪水的日期，并将其包含在文件中。...椭圆显示置信限度为95％ 指数分布将超出概率与流的大小相关。在这种情况下，在任何POT事件中 ，峰值流量超过某个值的概率 为： 这是针对超额概率的。...在水文学中，我们通常使用超出概率（洪水大于特定值的概率），因此所需方程式为一个减去所示方程式。 通过将每年超过阈值的洪峰平均数乘以POT概率，我们可以将POT概率转换为每年的预期超标次数。...图3：河流部分序列显示契合度和置信区间 ---- 参考文献 1.R语言基于ARMA-GARCH-VaR模型拟合和预测实证研究 2.R语言时变参数VAR随机模型 3.R语言时变参数VAR随机模型 4.R...语言基于ARMA-GARCH过程的VAR拟合和预测 5.GARCH（1,1），MA以及历史模拟法的VaR比较 6.R语言时变参数VAR随机模型 7.R语言实现向量自动回归VAR模型 8.R语言随机搜索变量选择

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    【R语言在最优化中的应用】lpSolve包解决 指派问题和指派问题

    lpSolve 包和运输问题 运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。 解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。...同运输问题一样，LINGO 在解决指派问题时，也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等，比较繁琐，相比之下，R两三句代码就可以快速解决问题，较之LINGO 软件，的确方便快捷了许多。

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    R语言在BRFSS数据中可视化分析探索糖尿病的影响因素

    了解任何相关性可能有助于根据患者的性别和体重告知患者患糖尿病的可能性。 研究问题3： 年龄，体重和糖尿病之间有关系吗？...由于数据的对数规范版本几乎是正常的单峰数据，因此可以将权重用于推断统计中的后续分析。 女性参加者比男性参加者更多，其幅度大大超过美国的总人口。这可能表明抽样方法在性别抽样方面并非完全随机。...（变量：性别，X_ageg5yr，weight2，diabete3） 当观察样本中的女性和男性参与者时，报告的糖尿病比率非常相似。...报告患有糖尿病的患者似乎在每个年龄段都较重。报告患有糖尿病的年轻患者似乎比老年患者具有更大的体重范围。虽然尚不清楚年龄与糖尿病和体重之间的关系，但应进一步探讨这种关系。...第4部分：结论 从数据的初步探索中可以明显看出，某些功能具有比其他功能更强的相关性。体重与性别有关。性别似乎与体重无关。但是，糖尿病似乎与年龄有关，而与体重密切相关。

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    🤯 VS Code | 在VS Code中搭建你的R语言运行环境吧！~（图文介绍超详细）

    R语言安装教程 | 图文介绍超详细 3下载并安装VS Code 1️⃣ 官方网址在这里： https://code.visualstudio.com/ 大家按照自己的操作系统来选择对应的版本就行啦，...---- 4.2 更改中文界面 有些小伙伴可能会喜欢使用中文界面，可以在扩展程序界面中输入chinese，随后会提示你重启切换至中文界面。...r.rterm.mac ---- 如果你不知道自己的Radian路径，可以在Terminal中输入下面这段获取： where radian ---- 3️⃣ 设置Bracketed Paste，输入...~ 7安装并配置httpgd 7.1 安装httpgd 接着我们装一下图形输出包，httpgd，在R中运行下面这段代码吧。...install.packages("httpgd") ---- 7.2 配置httpgd 接着我们在VS Code的设置中输入r.plot.useHttpgd，启用httpgd。

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    （数据科学学习手札58）在R中处理有缺失值数据的高级方法

    一、简介 　　在实际工作中，遇到数据中带有缺失值是非常常见的现象，简单粗暴的做法如直接删除包含缺失值的记录、删除缺失值比例过大的变量、用0填充缺失值等，但这些做法会很大程度上影响原始数据的分布或者浪费来之不易的数据信息...，因此怎样妥当地处理缺失值是一个持续活跃的领域，贡献出众多巧妙的方法，在不浪费信息和不破坏原始数据分布上试图寻得一个平衡点，在R中用于处理缺失值的包有很多，本文将对最为广泛被使用的mice和VIM包中常用的功能进行介绍...中的matshow，VIM包中的matrixplot将数据框或矩阵中数据的缺失及数值分布以色彩的形式展现出来，下面是利用matrixplot对R中自带的airquality数据集进行可视化的效果： rm...: 因为mice中绝大部分方法是用拟合的方式以含缺失值变量之外的其他变量为自变量，缺失值为因变量构建回归或分类模型，以达到预测插补的目的，而参数predictorMatrix则用于控制在对每一个含缺失值变量的插补过程中作为自变量的有哪些其他变量..."" "" "" "" 　　可以看到对应缺失变量Ozone和Solar.R的插补拟合方法为pmm，下面我们把它们改成CART决策树回归： #将变量Ozone的插补方法从pmm

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    【机器学习】在【R语言】中的应用：结合【PostgreSQL数据库】的【金融行业信用评分模型】构建

    本文将详细介绍如何使用R语言结合PostgreSQL数据库，基于公开数据集构建一个信用评分模型。...1.数据库和数据集的选择 本次分析将使用Kaggle上的德国信用数据集（German Credit Data），并将其存储在PostgreSQL数据库中。...安装PostgreSQL：PostgreSQL是一个强大的开源关系型数据库管理系统，可以方便地处理大规模数据。 安装R和RStudio：R是本次分析的主要编程语言，RStudio作为集成开发环境。...常用的正则化方法包括L1正则化（Lasso）和L2正则化（Ridge）。 具体方法： 1.L1正则化（Lasso）： 在损失函数中加入权重绝对值的和。...通过收集更多的历史数据或生成合成数据，可以提高模型的泛化能力。 具体方法： 1..收集更多数据： 扩展数据来源，获取更多历史数据或跨区域数据。

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    【R语言在最优化中的应用】用Rdonlp2 包求解光滑的非线性规划

    由于约束条件的放宽，非线性规划问题可以更接近于现实生活中的种种问题，同时，求解难度也提高了很多。...()等函数可以完美地解决，并且它们的使用方法相当简单。...鉴于该包为默认安装包，大多数人比较熟悉，下面着重探讨专门解决非线性优化的 Rdonlp2 包的用法。 R中，Rdonlp2包是一个非常强大的包，可以方便快速地解决光滑的非线性规划问题。...)，这方法同样适合于下面要说的非线性约束条件的控制。...name字符变量，如果不是默认值，则会在程序运行时在工作目录生成两个以 name 为主文件名，后缀分别为 pro、mes 的文件，其中 name.pro 文件为优化问题运行结果，name.mes文件为警告及其它信息

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    c语言random函数在vc,C++ 中随机函数random函数的使用方法

    大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 C++ 中随机函数random函数的使用方法 一、random函数不是ANSI C标准，不能在gcc,vc等编译器下编译通过。...随机数生成器总是以相同的种子开始，所以形成的伪随机数列也相同，失去了随机意义。(但这样便于程序调试) 2、C++中另一函数srand()，可以指定不同的数(无符号整数变元)为种子。...3、 比较理想的是用变化的数，比如时间来作为随机数生成器的种子。 time的值每时每刻都不同。所以种子不同，所以，产生的随机数也不同。...通常rand()产生的随机数在每次运行的时候都是与上一次相同的，这是有意这样设计的，是为了便于程序的调试。...三、按要求设置概率 比如要设置一个10%的概率问题，我们可以采取rand()函数来实现，在if条件句判断里，用rand()得到的值%一个设定的值，再与另一个值做“==”运算。

    5.7K20

    【推荐阅读--R语言在最优化中的应用】用Rglpk包解决线性规划与整数规划 ​

    R中，有很多包可以解决该问题，推荐 Rglpk包 (Theussl and Hornik, 2008)，该包提供了到GLPK (GNU Linear Programming Kit) 的高级接口，不仅可以方便快速地解决大型的线性规划...，即模型中的向量C，mat为约束矩阵，即模型中的矩阵A，dir 为约束矩阵 A 右边的符(取""或 ">=")，rhs 为约束向量，即模型中的向量 b，types 为变量类型...max为逻辑参数，当其为 TRUE 时，求目标函数的最大值，为 FALSE 时 (默认)求目标函数的最小值。bounds 为 x 的额外约束，由模型 (1) 中向量l和u控制。...R代码及运行结果如下: > obj<-c(3,1,3) > mat<-matrix(c(-1,0,1,2,4,-3,1,-3,2),nrow=3) > dir<-rep("<=",3) > rhsR在解决线性规划、整数规划、混合整数规划问题时，仅仅需要将模型转换为求解函数所需要的格式即可，并且几乎所有的约束都直接用矩阵、向量来表示，不必像LINGO 那样需要键入 X1、X2 之类的字符

    4.6K30

    2015 Bossie评选：最佳开源大数据工具

    早期版本仅仅支持R语言，3.0版本开始支持Python和Java语言，同时它也可以作为Spark在后端的执行引擎。...使用H2O的最佳方式是把它作为R环境的一个大内存扩展，R环境并不直接作用于大的数据集，而是通过扩展通讯协议例如REST API与H2O集群通讯，H2O来处理大量的数据工作。...几个有用的R扩展包，如ddply已经被打包，允许你在处理大规模数据集时，打破本地机器上内存容量的限制。你可以在EC2上运行H2O，或者Hadoop集群/YARN集群，或者Docker容器。...Flink Flink的核心是一个事件流数据流引擎。虽然表面上类似Spark，实际上Flink是采用不同的内存中处理方法的。首先，Flink从设计开始就作为一个流处理器。...这样，你可以轻易地将其作为一个iframe集成到你的网站。 Zeppelin还不成熟。我想把一个演示，但找不到一个简单的方法来禁用“Shell”作为一个执行选项（在其他事情）。

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    经典收藏丨数据科学家&大数据技术人员工具包

    早期版本仅仅支持R语言，3.0版本开始支持Python和Java语言，同时它也可以作为Spark在后端的执行引擎。...Flink Flink的核心是一个事件流数据流引擎。虽然表面上类似Spark，实际上Flink是采用不同的内存中处理方法的。首先，Flink从设计开始就作为一个流处理器。...这样，你可以轻易地将其作为一个iframe集成到你的网站。Zeppelin还不成熟。我想把一个演示，但找不到一个简单的方法来禁用“Shell”作为一个执行选项（在其他事情）。...它主要是由C语言和FORTRAN语言编写的，并且很多模块都是由R编写的，这是一款针对编程语言和软件环境进行统计计算和制图的免费软件。R语言被广泛应用于数据挖掘，以及开发统计软件和数据分析中。...针对传统分析软件的扩展性差以及Hadoop的分析功能薄弱的弱势，研究人员致力于将R语言和Hadoop的集成。

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