我的系统发展史来自一份出版物，是BEAST的共识树，众所周知，BEAST引入了非正分支长度。我已经检查了"-“和"0”的系统发展史，它应该揭示非正的分支长度，并发现了一个零长度的分支，我将其更改为0.0000001。然而，这似乎并没有解决我的问题。是否有一个功能来检查给定的系统发展史，例如检查这样的分支长度并改变它们，检查单例，等等。树是完全分叉的，所以我不需要
浏览 76提问于2019-11-15得票数 0
在发展史上对此很好奇...带有数组索引的方括号({0}、{1}等)是如何成为字符串格式的标准的？
有什么特别的意义吗，或者是80年代有人在半空中挑出的东西？
浏览 1提问于2010-10-14得票数 4
我正在尝试创建一个系统发展史，其中我编码的分支长度是用颜色而不是长度表示的。所以我希望分支长度相等。下面是我的代码：我的理解是，use.edge.length = FALSE应该使分支长度相等，如果我使用p
浏览 2提问于2018-06-22得票数 2
我想在存储为multiPhylo对象的多个系统发展史中运行相同的函数。sum(tree$edge.length)谢谢
丹
浏览 23提问于2018-01-04得票数 1
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特性起源/开发 |- Commit 1 |- Commit 3 (New Commit)Develop |- Commit 2 |- Merged pullrequest #1 from user/branch/name
2&3在发展史上出现
浏览 0提问于2020-01-13得票数 0
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我有一个csv文件，其中包含数百个物种的物种名称，顺序与它们在我的系统发展史中的$tip.labels中出现的顺序相同。我想用新的物种名称替换这些物种名称，使其与从$tip.labels输出的原始物种名称的顺序相同。我想保留我的树状拓扑，只是想用新的分类法名称更新我的系统树。$tip.labels的输出：old_species_name_1
浏览 25提问于2019-08-19得票数 1
我正在浏览维基百科上的Unix和类Unix系统的发展史，其中一个操作系统的名字对我来说很突出: OpenServer。从图片上看，上海合作组织的OpenServer是完全封闭的；那么，如果操作系统是专有的，并且不包含开源代码，为什么SCO OpenServer在其名称中有" open“这个词呢？我怀疑这是因为最初的Unics操作系统有一个混合/共享的许可证，但当专有的Xenix也出现在OpenServer之前时，这似乎是一个相当遥远
浏览 0提问于2013-05-07得票数 4
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我正在使用一个unix shell脚本，它可以构建基因组，然后创建一个系统发展史。根据您使用的基因组组装器，最终输出(系统发生图)可能会发生变化。我希望比较使用不同基因组组装器的效果。我已经开发了一些指标来比较它们，但我需要帮助组织它们，以便我可以运行有用的分析。我想将我的数据按列导入excel中。这是我用来输出数据的脚本：read SIZEOFDATASET
ec
浏览 3提问于2015-02-26得票数 3
作为一个在过去几年中至少三次更改名称(以及域名)的公司的员工，使用com.company.product.function等命名空间来命名我们的java代码的做法意味着频繁的重构(或者只是生活在看起来奇怪的但是，我们现在也发布了WSDL服务，并且它们也是以类似的方式命名的。这里，域/公司更改的影响要严重得多，因为我们不能心血来潮地更改名称空间。
对我们的服务的命名空间有什么建议？
浏览 1提问于2011-09-22得票数 1
我做TDD，并且在组织我的单元测试方面相当松散。我倾向于从一个表示下一个故事或功能块的文件开始，然后编写所有的单元测试来使其工作。当然，如果我要引入一个新类，我通常会为该类创建一个单独的单元测试模块或文件，但我不会将测试本身组织到任何更高级别的结构中。结果是我写代码很快，我相信我的实际程序结构相当好，但单元测试本身是“混乱”的。特别是，它们的结构倾向于概括发展过程的发展史。有时，我认为自己在用代码中的懒惰来换取测试中的</em
浏览 0提问于2008-09-30得票数 25
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我有一个数据集，其中为R中的另一列(称为索引列)的每个值列出了多个物种。我需要为每个列值提取或修剪系统发展史(从系统学中)，然后计算索引列的每个值的系统发育距离。我的数据集中有许多索引值，因此手动执行此操作是不切实际的。1我已经使用brranching包从phylomatic下载了一棵全局树(针对数据集中的所有物种)。我可以设置一个循环或函数来修剪每个索引类别中物种的系统发育，并计算PD，或者我可以设置一
浏览 19提问于2019-11-08得票数 0
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