但通常来说,测序文件也会对应一些metadata。比如通过ENA 下载测序数据,就可以选择需要的信息:
这个snakemake workflow 主要包括:mapping, sort >> index >> call variants
Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。
Snakemake是一款流行的生物信息学工作流管理系统,由Johannes Köster及其团队开发。它旨在降低复杂数据分析的复杂性,使生物信息学工作流的创建和执行变得更加容易和可重复。Snakemake的设计灵感来自于Makefile,但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的,使用Python语言进行工作流的定义,这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。
snakemake由不同的rule组成,每一个rule执行一个任务,通过不同的rule串联完成流程,snakemake还支持断点重启。
我自己一直在寻求可以将不同的工作流串接的方式。之前尝试了nextflow,但发现语法让我头疼。无奈发现了基于python 框架的snakemake,如释重负,立马学一下。
如bwa 等软件,我们可以分配多线程以提高任务的执行速度的。同样,我们可以把线程的信息配置在规则中:
到目前为止,我们已经完成了所有工作,并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行!但是也可能很耗时,并且更容易出错。接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!有做ngs实战整理的,也有做临床数据挖掘算法工具介绍的。前面分享了:Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告,今天也是一个类似的流程介绍:
科学研究的过程可重复性可以说是一件不言而喻的事情:如果你提出一观点或发现一个现象,在别人那里完全重复不出来,谁知道是不是臆想呢?但是有时候重复人家的研究结论又会显得不可理喻:分析的环境,软件的版本,试剂的保质期,甚至是历史条件都会成为不可重复的原因。然而,我们仍然做着这样的努力,至少我们看到数据科学家在做着这样的努力。
The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. Workflows are described via a human readable, Python based language. They can be seamlessly scaled to server, cluster, grid and cloud environments, without the need to modify the workflow definition. Finally, Snakemake workflows can entail a description of required software, which will be automatically deployed to any execution environment.
我们都知道生物信息学(Bioinfomatics)包含两个部分:bio和informatics,即利用生物数据通过计算机学或统计学或数学的方法发现这些数据背后所具有的生物学意义。而随着高通量测序技术的不断发展,各种组学大数据正形成井喷的局面,我们越来越多地将目光聚焦在怎么才能准确、高效、低耗利用好这些数据。好在时至今日,已经有很多科学家开发了非常多优秀的算法及软件,很多时候我们要做的是怎么将这些软件串联起来并构建成生信分析流程,而这项技能通常是各大公司考核应聘者的项目之一。
首先我们来看数组重塑,所谓的重塑本质上就是改变数组的shape。在保证数组当中所有元素不变的前提下,变更数组形状的操作。比如常用的操作主要有两个,一个是转置,另外一个是reshape。
数字游民第三波有你吗 https://mp.weixin.qq.com/s/q864LQvsOOmd9nUyxk939w
营销,就是吸引消费者关注进而使用商家提供的产品或服务的种种手段。某种意义上来说,你能看到的广告、分享、打折、赠送,这些都算是一种营销。
这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图,整个流程是用Snakemake写的,这个图片也是Snakemake生成的。然后就被jimmy大佬点名了,受宠若惊,所以就有了本文。我是2016年从转录组学习小分队开始正式接触生信技能树,并走上了生信工程师的道路,我被jimmy大佬无私奉献的精神所折服,借此机会表示对jimmy大佬和生信技能树由衷的感谢!如果你也想从转录组开启你的生物信息学学习之旅,不妨考虑一下生信技能树的爆款入门:生信爆款入门-全球听(买一得五)(第4期),你的生物信息学入门课!
注意: 这里要把生成的文件{1,2,3}_add_a.txt写出来, 命令才可以运行.
✅作者简介:人工智能专业本科在读,喜欢计算机与编程,写博客记录自己的学习历程。 🍎个人主页:小嗷犬的博客 🍊个人信条:为天地立心,为生民立命,为往圣继绝学,为万世开太平。 🥭本文内容:Python 分支结构 ---- Python 分支结构 1.语句和代码块 2.条件表达式 3.分支结构 3.1 单分支结构:if语句 3.2 else 语句 3.3 多分支结构:elif子句 3.4 三元表达式: if/else ---- 1.语句和代码块 程序是由语句和表达式构成的。 还有一些语句不仅
各位大神,大家好,相约周三。我们又见面了。 众所周知,三元表达式在代码量上比if…else语句更简洁一些。但是博主在可读性上更加偏向于if…else语句。三元表达式不仅在js中使用,在很多后台程序语言,比如java、php中都有使用,不过在js中对于三元表达式的要求貌似要松很多。废话不多说。下面一起看看三元表达式。
平时工作中,主要任务是改代码,然后才是写代码,很多代码可以复用,很多分析可以批量进行。今天介绍一下在Linux下批量执行代码的方法。复杂的可以用snakemake编写定义规则,简单的用shell直接写就可以。
这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据, 格式是FASTQ的文件, 然后经过下面两步处理:
抽象语法树是编译过程中的一个中间产物,一般简单了解一下就行了。但我们可以把 Go 语言的整个 parser 和 ast 包直接拿来用,在一些场景下有很大的威力。
没想到大家对于实战类的热情很高,已经有好几个小伙伴催更了。所以马不停蹄地写了这篇,我们继续来带大家用Python做一些简单的项目,带领大家实际练习,最终熟练掌握这门语言。
python中有个很酷的效果,一行代码实现一个爱心字符,虽说是一行代码,但是理解起来还是比较难的,括号太多,并且使用了python的一些快捷小技巧。比如三元表达式,列表生成式,字符串拼接以及一个心形曲线公式:(x2+y2-1)3-x2y3=0。
https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/snakemake-chap.html
此文章部分内容和思维导图来源于唐老狮相关Lua课程,通过Vistual Studio Code语法测试,如有问题,请在以下留言
if-else语句非常常用,但在进行一些简单逻辑判断的时候,会显得有些不太简洁。特别是在初始化的时候,比如我们有一个变量,某种情况下赋值成a,另外的情况下赋值成b。
本章目录: 一、三元表达式、列表推导式、生成器表达式 二、递归调用和二分法 三、匿名函数 四、内置函数 ================================
该字段存取表达用于选择从记录中的值或将投射一个记录或表一个具有更少的字段或列,分别。
我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步.
属实刺激,刚入职不久就遇到这种史诗级的线上 Bug,首页直接崩溃,陈年老代码爆雷,不管落到最后的底层原因是什么,我感觉主要还是上下游的链路太过复杂,治理难度比较大,牵一发而动全身。 知识回顾 三目运算
对于表中所列值以外的其他值组合,将"Expression.Error"引发带有原因代码的错误。以下各节介绍了每种组合。
高阶部分篇篇都是干货,建议大家不要错过任何一节内容,最好关注我,方便看到每次的文章推送。
在上篇博客中,我们简单地学习了一下Lua的基本语法。其实在Lua中有一个还有一个叫元表的概念,不得不着重地探讨一下。元表在实际地开发中,也是会被极大程度地所使用到。本篇博客,就让我们从Lua查找表元素的过程,来探讨学习一下Lua中的元表。
一般我们使用三个指标来度量一个关联规则,这三个指标分别是:支持度、置信度和提升度。
之前看过 《大规模分布式存储系统:原理解析与架构实战》 ,这个系统设计还是挺有意思的,里面提及了Google的一整套系统都有论文,而且现在已经进化到下一代支持分布式跨行事务的关系型数据库系统了。所以一直很想抽时间看看Google的那套去中心化并且可以平行扩容的分布式系统和数据库的论文。之前一些计划中的我自己的项目的优化项都差不多完成了,这段时间就陆陆续续的看完了这三篇Paper,可怜我的渣渣英语,所以看得比较慢。
前些日子用python基于prometheus开发了一个vsphere volume卷监控的exporter,于是跟vsphere的api(pyvmomi)接口打上了交道,开发的过程中你会发现pyvmomi的接口返回的对象好多列表类型的,当你取其中一个对象的时候可能需要进行多层的循环遍历。于是促使了我写这一篇文章,记录一下在使用python搬砖过程中的一些心得体会。如有错误,欢迎大家指正。
这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息,防止它们在我的脑袋里走丢了。
if语句是选取要执行的操作. 一、if语句 1、通用格式 形式是if测试,后面跟着一个或多个可选的elif(else if)测试,以及一个最终选用的else块。测试和else部分可以结合嵌套语句块,缩进列在行首下面。Python会执行第一个结算结果为真的代码块,或者如果所有测试都为假时,就执行else块。 if语句一般形式如下: if <test1>: <statements1> elif <test2>: <statements2> else: <stateme
Java三元表达式提供了一种基于条件的值选择机制,它允许开发者在一行代码中决定两个值中的哪一个应该被使用。这种表达式在某些情况下可以替代更为冗长的if-else语句,从而使代码更加简洁。
然后就可以看我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片(450K或者850K)数据处理 》
转载于:https://www.cnblogs.com/shengguorui/p/11149593.html
一个程序中,各个代码之间的执行顺序对于程序结果是会造成影响的。就拿下面简单的例子来说,假如我们拿先使用 num 这个变量然后再定义和先定义变量再使用相比。先使用再定义会报错 undefined,而定义再使用就没有问题。也就是说,代码的先后顺序会对我们的程序结果造成直接影响。
上一篇我们用了一定的篇幅介绍了javascript的基础,本篇我们详细介绍一下javascript的语法点,本节分别介绍if语句、switch语句、三元表达式。
在一个程序执行的过程中,各条代码的执行顺序对程序的结果是有直接影响的。很多时候我们要通过控制代码 的执行顺序来实现我们要完成的功能。 简单理解:流程控制就是来控制我们的代码按照什么结构顺序来执行 流程控制主要有三种结构,分别是顺序结构、分支结构和循环结构,这三种结构代表三种代码执行的顺序。
目录 条件与分支概述: 单分支demo:(ASCII码中11是男) 双分支demo: 多分支demo: if/else三元表达式:(xxx if x else yyy) 条件与分支概述: 条件分支是计算机编程领域中的一个重要组成部分,不论哪种编程语言都存在分支机构。 通俗的来说就是满足某种条件的时候去干某事,而不满足的时候干另外一件事。 在代码里面来说就是,满足 if 关键字后面的条件时就执行 if 下面的代码块,不满足就执行 else 下面的代码。 在Python中使用空白(空格/制表符-Tab)来标识
条件表达式就是if表达式,if表达式可以根据给定的条件是否满足,根据条件的结果(真或假)决定执行对应的操作。scala条件表达式的语法和Java一样。
这里rule all的作用还是没有搞明白,看有的文档说是最终保留的文件 ,我这里rule all 只写了了最终的html和json,但是最终的结果里是有过滤后的fastq文件的
本篇作为scala快速入门系列的第六篇博客,为大家带来的是条件表达式的相关内容。
现在面试的时候经常会考几个 python 基础的代码题,从答题者的解答代码就很容易看出一个人的代码水平。 一般笔试考代码题,主要是考察应聘者的代码是解决的这一个问题,还是这一类的问题?
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