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Nat. Commun. | 相互作用引导药物设计的三维分子生成框架

今天为大家介绍的是来自韩国科学技术院的一篇利用相互作用引导进行3D 分子生成的论文。深度生成模型具有加速药物设计的强大潜力。然而,由于数据有限,现有的生成模型常常面临泛化方面的挑战,导致设计创新性较差,并且与看不见的目标蛋白之间往往存在不利的相互作用。为了解决这些问题,作者提出了一种相互作用感知的 3D 分子生成框架,该框架能够在目标结合口袋内进行相互作用引导的药物设计。通过利用蛋白质-配体相互作用的通用模式作为先验知识,作者的模型可以利用有限的实验数据实现高度的通用性。通过分析生成的未见靶标配体的结合姿势稳定性、亲和力、几何图案、多样性和新颖性,对其性能进行了全面评估。此外,潜在突变选择性抑制剂的有效设计证明了提出的方法对基于结构的药物设计的适用性。

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事件相关功能磁共振波谱fMRS

质子磁共振波谱(MRS)是一种非侵入性脑成像技术,用于测量不同神经化学物质的浓度。“单体素”MRS数据通常在几分钟内采集,然后在时间上平均单个瞬态来测量神经化学物质的浓度。然而,这种方法对神经化学物质的快速时间动态不敏感,包括那些反映与感知、认知、运动控制和最终行为相关的神经计算功能变化的神经化学物质。这篇综述讨论了功能MRS (fMRS)的最新进展,现在能够获得神经化学物质的事件相关测量。事件相关fMRS将不同的实验条件呈现为一系列混合的试次。关键的是,这种方法允许以秒级的时间分辨率获得光谱。作者们提供了事件相关的任务设计,MRS序列的选择,分析管道以及事件相关fMRS数据适当解释的全面用户指南。研究者们通过检查用于量化GABA(大脑中的主要抑制性神经递质)动态变化的范式,提出了各种技术考量。总的来说,研究者提出,尽管还需要更多的数据,但事件相关fMRS可以用于测量神经化学物质的动态变化,其时间分辨率与支持人类认知和行为的计算相关。

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Nat. Commun. | 用于蛋白质设计的深度无监督语言模型ProtGPT2

本文介绍一篇拜罗伊特大学2022年7月发表在nature communications的《ProtGPT2 is a deep unsupervised language model for protein design》。蛋白质设计在自然环境和生物医学中发挥着重要作用,旨在为特定用途设计全新的蛋白质。受到近期Transformer架构在文本生成领域成功的启发,作者提出ProtGPT2,一种在蛋白质空间上训练的语言模型,用于生成遵循自然序列原则的全新蛋白质序列。ProtGPT2生成的蛋白质显示出天然氨基酸倾向,而无序预测表明,88%的ProtGPT2生成的蛋白质是球状的,与自然序列一致。蛋白质数据库中的敏感序列搜索表明,ProtGPT2序列与自然序列有着远亲关系,相似网络进一步证明,ProtGPT2是对蛋白质空间中未探索区域的采样。ProtGPT2生成的序列在探索蛋白质空间的未知区域时,保留了天然蛋白质的关键特征。

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传说中的贝叶斯统计到底有什么来头?

贝叶斯统计在机器学习中占有一个什么样的地位,它的原理以及实现过程又是如何的?本文对相关概念以及原理进行了介绍。 引言:在很多分析学者看来,贝叶斯统计仍然是难以理解的。受机器学习这股热潮的影响,我们中很多人都对统计学失去了信心。我们的关注焦点已经缩小到只探索机器学习了,难道不是吗? 机器学习难道真的是解决真实问题的唯一方法?在很多情况下,它并不能帮助我们解决问题,即便在这些问题中存在着大量数据。从最起码来说,你应该要懂得一定的统计学知识。这将让你能够着手复杂的数据分析问题,不管数据的大小。 在18世界70年代

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深度 | 传说中的贝叶斯统计到底有什么来头?

贝叶斯统计在机器学习中占有一个什么样的地位,它的原理以及实现过程又是如何的?本文对相关概念以及原理进行了介绍。 引言:在很多分析学者看来,贝叶斯统计仍然是难以理解的。受机器学习这股热潮的影响,我们中很多人都对统计学失去了信心。我们的关注焦点已经缩小到只探索机器学习了,难道不是吗? 机器学习难道真的是解决真实问题的唯一方法?在很多情况下,它并不能帮助我们解决问题,即便在这些问题中存在着大量数据。从最起码来说,你应该要懂得一定的统计学知识。这将让你能够着手复杂的数据分析问题,不管数据的大小。 在18世界70年代

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