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Linux基础 Day2

文本查看、操作、统计命令cat 查看文本文件的内容，输出到屏幕常见参数：-A ## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符-n ## 打印出所有行号，-b 参数仅打印非空白行行号其他：zcat：可以查看压缩的文本文件...tac：逆向查看head / tail -n ：查看文件的前/后 n 行，默认 10 行less less 参数 文件名常用参数：-N：显示行号-S：单行显示zless：查看压缩文件用“/keyword...-r：逆向排序-k：指定按哪一列排序-t：指定分隔符uniq：去除重复行 只能去除相邻的重复行!...fastafastqgff/gtffasta：一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式。...9 attributes属性，一个包含众多属性的列表，格式为“标签＝值”（tag=value），不同属性之间以分号相隔。gtf：基因注释文件 ，总共有 9 列。

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文本操作系列命令

5行 tail -f 断续查看命令的执行情况 less -SN 查看文件并单行显示，添加行号，q键退出查看 zcat less 不解压的情况下，查看压缩文件的内容 文本统计 wc wc 参数...文件名1 文件名2 文件名3 可统计多个文件 -l 统计行号 -w 统计字符串数 -c 统计总字节数 文本切割 cut 按指定分隔符提取 列 cut 参数 文件 -f 3 取出第...3列 -d '\t' 指定分隔符 默认制表符\t cat -A 显示为^I 正常显示的形式类似空格 cut能做的事情，awk都能做；awk能做的事情，cut不一定能做 文本排序 sort sort...md5值： md5sum 文件名 拿到传输文件后进行检测： md5sum -c 文件名 返回OK即为完整传输 文本搜索工具 -- grep 用于搜索具体的内容，并把匹配的行打印出来 （如果想显示行号...（空格或制表符）将文本分割成不同的字段，并分配给一个变量$1,$2,$3....

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Linux||常用命令（三）

举例 cut 文本切割 常见参数 -d 指定分隔符，默认为\t -f 输出哪几列 举例 对于下图的文件 less -N SRR10502964.sam | cut -f 1,3 # 输出文件中的第一列和第三列...t 按指定分隔符排序 举例 对于下图中的文件 cat blast.out | sort -k 3 | less # 对第三列进行排序 cat blast.out | sort -k 3 | less...# 对第三列进行排序 uniq 去除重复行 只能去除相邻的重复行，所以通常与sort一起用 常见参数 -c 在每列前显示该行重复出现的次数 -d 仅显示重复出现的列 -u 仅显示出现一次的列 举例 对于下图中的文件...[-s] [-d] [文件1] [文件2] 常见参数 -d 指定分隔符 -s 将列变为行 举例 对于以下文件1和文件2 直接paste和paste -s的区别 tr 替换或删除文件中的字符 tr...[参数] [第一字符集] [第二字符集] 常见参数 -c 反选设定字符 -d 删除指定字符 -s 删除连续重复的字符为指定的单个字符 字符集合 \NNN 八进制值的字符 NNN (1 to 3 为八进制值的字符

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Python与Excel协同应用初学者指南

为数据科学保存数据集最常用的扩展名是.csv和.txt（作为制表符分隔的文本文件），甚至是.xml。根据选择的保存选项，数据集的字段由制表符或逗号分隔，这将构成数据集的“字段分隔符”。...了解文件的扩展名很重要，因为加载Excel中存储的数据时，Python库需要明确知道它是逗号分隔的文件还是制表符分隔的文件。...正如在上面所看到的，可以使用read_csv读取.csv文件，还可以使用pandas的to_csv()方法将数据框架结果写回到逗号分隔的文件，如下所示： 图6 如果要以制表符分隔的方式保存输出，只需将...这将在提取单元格值方面提供很大的灵活性，而无需太多硬编码。让我们打印出第2列中包含值的行的值。如果那些特定的单元格是空的，那么只是获取None。...可以在下面看到它的工作原理： 图15 已经为在特定列中具有值的行检索了值，但是如果要打印文件的行而不只是关注一列，需要做什么？ 当然，可以使用另一个for循环。

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从零开始的异世界生信学习linux部分linux 基础---学习笔记-2

来自生信技能树 3 文本查看、操作、统计命令 图片 引自生信技能树 3.1 文件的多种看法 cat 将文件所有的内容输出到屏幕 tac cat倒过来看 head 查看文件头10行 tail 查看文件末尾...10行 less "少"看一点 more 3.1.1 cat 命令 cat： Concatenate 查看文本文件的内容，输出到屏幕 常见参数：-A ## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符； -n...图片 3.3.5 cut 命令 cut ：文本切割（以文本中的列进行分割） 常见参数： -d指定分隔符，默认为'/t'（tab键） -f 输出那几行 （字段 fields）（一定要写的参数，不写报错）...： -c ： 统计每个字符串连续出现的行数 uniq ：比较懒，只能去除相邻的重复行，因此记得要跟sort连用！...，不同的文件的md5值不同，一一对应 md5sum 命令显示文件的md5值 md5sum -c check 检查显示文件的md5值 图片 检查文件md5值的时候，需要先生成成一个特定格式的md5格式，然后检查

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Linux基础 03 文件查看、操作、统计命令

世界上最遥远的距离就是我在空格前，你在空格后呜呜呜呜~今天学习比较琐碎的文件查看、操作、统计的命令，一共11个！常记常新！...1 文件看看看看看1.1 cat——好奇害死猫查看文本文件的内容，输出到屏幕不要贸然打开一个大文件常见参数：-A 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符-n 打印出所有行号 -b 仅打印非空白行行号常见用法...：-l 统计行数-w 统计字符串数-c 统计字节数wc -l比较常用图片图片图片3 文件操作3.1 cut 文本切割常见参数：-d：指定分隔符，默认\t；-f 输出哪几列（字段fields）按列进行切割怎样定义一列...：以Tab键作为分隔符，首先找到第一个Tab键，第一个Tab键之前的为第一列；第一个Tab键和第二个Tab键之间的内容为第二列；以此类推。Tab键不属于任何一列。...依赖于sort存在的命令：uniq比较懒，只能去除相邻的重复行，因此要跟sort连用！

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生信人的自我修养：Linux 命令速查手册（全文引用）

-d ' ' -f 1 file # 剪切第1列，但以空格作为列与列之间的分隔符。...然后去除相邻的重复行，只保留一条记录 sort file | uniq # 去除相信的重复行，只保留一条记录，相当于： sort -u file # 利用sort, uniq取两个文件的交、并、补集...RS，行分隔符，默认是换行符 FS，列分隔符，默认是空格和制表符 ORS，输出行分隔符，默认为换行符 OFS，输出列分隔符，默认为空格 FILENAME，当前文件名 内置函数 字符串函数 sub()、...$(NF-1)}' file#打印倒数第二列 awk -F ';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入的文件以逗号;分隔列，打印第1列，第2列和最后一列...，并且打印时以制表符作为列的分隔符 number=10;awk -v n=$number '{print n}' file # number的值被传给了程序变量n awk '$2 > 100' file

3.9K40

生信人的自我修养：Linux 命令速查手册

-d ' ' -f 1 file # 剪切第1列，但以空格作为列与列之间的分隔符。...，然后去除相邻的重复行，只保留一条记录 sort file | uniq # 去除相信的重复行，只保留一条记录，相当于： sort -u file # 利用sort, uniq取两个文件的交、并、补集...RS，行分隔符，默认是换行符 FS，列分隔符，默认是空格和制表符 ORS，输出行分隔符，默认为换行符 OFS，输出列分隔符，默认为空格 FILENAME，当前文件名 内置函数 字符串函数 sub()、...$(NF-1)}' file#打印倒数第二列 awk -F ';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入的文件以逗号;分隔列，打印第1列，第2列和最后一列...，并且打印时以制表符作为列的分隔符 number=10;awk -v n=$number '{print n}' file # number的值被传给了程序变量n awk '$2 > 100' file

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生信马拉松 Day12 Linux-2笔记

内容一：文本查看，操作和统计head/tail，cat/tac，less/morewc，sort，uniqcut，paste，tr1、cat查看文本文件的内容，输出到屏幕会把全部文件都打印出来打开大文件有被刷屏的风险...-A 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符，可以使用看空格是空格还是tab键例如 $ 换行符，见于行末或文件末-n 显示行号-b 显示行号，但跳过空行是一个粗糙的向文件内写内容的工具cat >file.../tail看文件的前/末10行head -n 100 或head -100 +文件名 看前100行cat Data/example.fq | head -n 3|：管道符，类似R中的%>%，前面输出数据作为后面的输出...看多少行给多个文件的时候，会对每个文件计数，并告诉我们totalcat打开| wc 时，使用管道符就不显示文件名5、cut文本切割，类似R中的str_split-d 指定分隔符，默认tab键，即\t-f...指定分隔符-s 按行合并，相当于各个文件的t()之后再合并另一个常见用法 seq 20 | paste - -两个横线就是变两列，4个横线就是变4列，必须有空格9、tr字符替换tr '' '

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Linux_文件查看、操作、统计命令

Linux_文件查看、操作、统计命令 文件的6种看法 （1）head ：查看文件头10行 （2）tail：查看文件末尾10行 head / tail -n ：查看文件的前/后 n 行，默认 10 行 例如...：head -n 2 Data/example.fq （3）cat：查看文本文件的内容，将文件所有内容输出到屏幕 常见参数 -A ## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符 -n ## 打印出所有行号，...-b 参数仅打印非空白行行号 常见用法： cat #输入 cat > file1 #重定向，往file1文件里面输入内容，再按 ctrl+c 暂停任务，file是一个文件 cat file1...#写完后，打印file1文件中的内容 其他 zcat：可以查看压缩的文本文件 tac：逆向查看 cat Data/example.gtf | head -n 3 # | 管道符。...-t：指定分隔符 uniq：去除重复行 常见参数： -c：统计每个字符串连续出现的行数 uniq 比较”懒”，只能去除相邻的重复行 !

1.7K00

Linux学习笔记-Day11-12

+Z：暂停任务Ctrl+K：剪切光标位置到行尾的字符文本查看cat：Concatnate ##查看文本文件内容，打印到屏幕常见参数：-A ##打印所有内容，包括特殊字符，如制表符-n ##打印出所有行号...；-b ##仅打印非空白行行号常见用法：cat > file ##>：重定向，创建新的文件file并写入内容，Ctrl+C终止，会覆盖原有同名文件cat >> file ##>>：追加，在文件file后追加写入内容...： 排序常见参数：-n：从小到大进行排序-V：字符串中含有数值时，按数值升序排序-r：逆向排序-k：按指定的某列排序-t：指定分隔符uniq：去除重复行##只能去除相邻的重复行，记得和sort联用常见参数...：-c：统计每个字符串连续出现的次数paste：文本合并 ##只能做简单合并，默认按列合并常见参数：-d：指定分隔符-s：按行合并 ##先转置后上下连接常见用法：paste file1 file2 ##...10个字符（以行为单位，不足则停止）dd：剪切所在行10dd：剪切所在行及向下共10行yy：复制光标所在行10yy：复制所在行及向下共10行p/P：在当前行的下面/上面粘贴内容u：复原前一个操作（可连续撤销

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AWK处理日志入门

NF是个代表总列数的系统变量，所以$NF代表最后一列，还支持$(NF-1)来表示倒数第二列。 还支持列之间的运算，如$NF-$(NF-1)是最后两列的值相减。...输出的列间隔 print $1,$2 中间的','逗号，代表打印时第1与第2列之间使用默认分隔符号也就是空格，也可以用” ”来定义其他任意的字符： awk '{print $1 "\t" $2 " -...1.计算累计值和平均值 awk '{sum+=$NF} END {print sum, sum/NR}' 上例对每行输入内容进行最后一列的值的累计，而END后的语句，打印累计结果 和平均值，NR是系统变量代表总行数...awk 'BEGIN{print "Date\t\tTime\t\tCost”} {print $1 "\t"$2 "\t" $NF}’ access.log 上例表头用两个制表符分隔，内容则用一个制表符分隔...找出超时的数据集中发生的时间 第一段找出超时记录，第二段过滤掉时间戳里的微秒，然后按秒来合并，并统计该秒超时的次数。

2.5K40

Python的代码风格

如果你混合使用了制表符和空格，可将文件中所有的制表符转换为空格，大多数编辑器都提供了这样的功能。...5、空行要将程序的不同部分分开，可使用空行。你应该使用空行来组织程序文件，但也不能滥用。如果你有5行创建列表的代码，还有3行处理该列表的代码，那么用一个空行将这两部分隔开是合适的。...文档字符串良好的函数让其他程序员只需阅读该文档字符串中的描述就能够使用它：他们完全可以相信代码如描述的那样运行：只要知道函数的名称、需要的实参以及返回值的类型，就能再自己的程序中使用它。...，这样将更容易知道前一个函数在什么地方结束，下一个函数从什么地方开始。...在类中，可使用一个空行来分隔方法；而在模块中，可使用两个空行来分隔类。

1.4K10

shell脚本快速入门之-----正则三剑客之三awk用法大全！！！

awk的处理文本和数据的方 式是这样的，它逐行扫描文件，从第一行到最后一行，寻找匹配的特定模式的行，并在这些行上进行你想要的操作。...//输出每行的行号 awk -F: '{print NR,NF,$NF,"\t",$0}' /etc/passwd //依次打印行号，字段数，最后字段值，制表符，每行内容 awk -F: 'NR...，其中输出每行行号，字段4，5,6，并使用制表符分割字段 输出处理结果到文件 ①在命令代码块中直接输出 route -n|awk 'NR!...$1,$2,$3,$4,$5}' OFS='\t' helloworld.sh //输出前5个字段并使用制表符分隔输出 awk -F: '{print NR,$1,$2...,$3,$4,$5}' OFS='\t' helloworld.sh //制表符分隔输出前5个字段，并打印行号 应用2 awk -F'[:#]' '{print NF}' helloworld.sh

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Linux指令入门-文本处理

以下是底线命令模式中常用的快捷操作： 操作 命令 保存 :w 退出 :q 保存并退出 :wq（:wq!...按下ECS键回到命令模式，并输入底线命令:ce，使第一行诗居中。 ? 按下o键换行并进入输入模式，输入第二行诗。 ? 按下ECS键回到命令模式，并输入底线命令:ce，使第二行诗居中。 ?...参数说明： 参数 说明 -F fs 指定以fs作为输入行的分隔符，awk 命令默认分隔符为空格或制表符 -f file 读取awk脚本 -v val=val 在执行处理过程之前，设置一个变量var，并给其设置初始值为...val 内置变量： 变量 用途 FS 字段分隔符 $n 指定分隔的第n个字段，如$1、$3分别表示第1、第三列 $0 当前读入的整行文本内容 NF 记录当前处理行的字段个数（列数） NR 记录当前已读入的行数...命令格式：cut [参数] [文件]。 参数说明： 参数 说明 -b 以字节为单位进行分割 -c 以字符为单位进行分割 -d 自定义分隔符，默认为制表符 命令使用示例： 按字节进行切割。 ?

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【SAS Says】基础篇：读取数据（下）

2.15 用数据步读取分隔符文件（delimited files） 分隔符文件中，变量值之间会用一些特殊的字符隔开，比如逗号或制表符。DLM=和DSD选项可以让SAS容易的读取这些分隔符文件。...DSD DSD (Delimiter-Sensitive Data)有三个作用：忽略引号中数值的分隔符；自动将字符数据中的引号去掉；将两个相邻的分隔符当做缺失值来处理。...比如，读取一个制表符为分隔符、并且用两个制表符代表缺失值的数据文件，则要用下面的语句： INFILE ’file-specification’ DLM=’09’XDSD; CSV文件 CSV文件，Comma-separatedvalues...它会浏览你的文件以决定变量类型，并默认使用数据的第一行来分配变量名。Windows操作环境中可以导入excel、Lotus、dBase、和Access文件。...临时数据集 如下的程序创建并打印了一个名为DISTANCE的永久数据集： ?

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