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我有一个很大的fasta文件，但如果我知道序列的起始和结束碱基对坐标，我只需要提取其中的一部分。此外，它应该是在fasta格式的长度为60个bp的每个line.This是我的尝试，请让我知道如果看起来OK和任何建议，以改善它是受欢迎的。= open('full_chr.fa','r')
fw=open(&q
浏览 8提问于2016-08-31得票数 1
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我使用SoftBerry进行了基因预测，结果如下所示：>FGENESH:[mRNA] 1 12 exon (s) 4267 - 6782 1296 bp, chainMIRTALSRAAAIVAARTSAKLRPSLLARSPPSRLLHDGINANPVALQMINYAVSLARSQK等等:大量的输出我需要找出开始于start '>FGENESH:mRNA‘的<e
浏览 4提问于2014-10-23得票数 0
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这是我的第一个“我自己”脚本的一部分，所以欢迎对格式化、效率等方面的反馈！#!脚本将读取序列削减到14 bp，因为这是我最短的引物序列的长度。我将分享给其他失去的生物学家(我的解决方案是基于生物信息学论坛)。我将记录分隔符$/改为每次读取输入引物fasta (我总是将多行fasta转换为单行；有关多fasta的信
浏览 1提问于2021-06-23得票数 1
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我需要提取枯草芽孢杆菌的基因间序列。然后，我从枯草芽孢杆菌genbank文件中创建了一个GRanges对象，使用包"genbankr“提取基因间坐标。因此，在R中，我有："x“(用seqinr导入的完整DNA序列)和"
浏览 1提问于2017-06-02得票数 2
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>3对于每个fasta文件，我也有一个ID列表，我想用这些ID来提取特定的序列，创建一个2序列fasta，然后执行一些操作(对齐，计算距离)。列表：1cat file2.list1 我正在尝试循环列表中的每一行，以提取与特定id/行匹配的fasta
浏览 3提问于2017-02-20得票数 1
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TTTGCGAGCGCGAAGCGACGACGAGCAGCAGCGACTCTAGCTACTGID是连续的，这意味着我可以像这样提取所需的信息：
awk '{print 2*$1-1, 2*$1, $7, $8}&#x
浏览 2提问于2013-05-30得票数 3
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我正在使用Biopython打开一个大型的单项fasta文件(514兆碱基)，这样我就可以从特定的坐标中提取出DNA序列。返回序列是相当慢的，我只是想知道是否有更快的方法来执行这个我还没有弄清楚的任务。速度不是一两次点击的问题，但我迭代了145,000个坐标的列表，这将需要几天的时间:/from Bio import SeqIO
浏览 1提问于2013-06-10得票数 0
我有一个多fasta文件，我需要从其中提取100到200范围的基，包括它们的相应的头。我知道‘削减-c 100-200’可以做到这一点，而没有相应的标题。在Perl或bash中有什么方法可以做到吗？8YS68_00012_00035
seq id -ATCGATCGATCG这意味着，我想准确地提取每个序列的100到200之间
浏览 5提问于2013-05-13得票数 0
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我有这样一个fasta文件(myfasta.fasta)：ATTGCCGGTTTAATATTAATTGCCGGTTTAATAAA>aat.2.2ccc344.a>aat.2.2344.acc我还有一个文本文件my.txt，它包含与上面fasta文件中的序列相匹配
浏览 0提问于2018-10-18得票数 3
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我试图根据一个种群的PoolSeq文件(fasta格式)和一个保守区域重建一个基因序列。我想搜索与此序列匹配的文件，然后从该保守序列开始构建相邻区域。因此，我基本上需要一个Bash命令来搜索fasta文件中的序列段，并在每次读取时打印匹配的相邻区域。档案:一种种的二分卫个体的Fasta档案输出:所
浏览 5提问于2022-04-29得票数 0
我有一个文本文件(seq.fasta)，它包含如下序列PYLIDGSHKITQSNAILRYLARKHHLDGETEEERIRADIVENQVMDTRMQLIMLCYNPDFEKQKPEFLKTIPEKMKLYSEFLGKRPWFAGDKVTYVDFLAYDILDQYRMFEPKCLDAFPN我必须提取我尝试了以下代码：
impor
浏览 0提问于2011-09-08得票数 1
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我希望你一切顺利>contig1>contig2>contig3每个序列都有它的长度，我想确定大于9000的重叠群的数量(因此序列的长度大于9000 )
谢谢
浏览 1提问于2020-04-29得票数 1
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我有一个短序列的列表，我想获得它的坐标，或者换句话说，在与包含原始序列的fasta文件比较之后得到它的床文件。Fasta档案：CGTAGCGGCTGAGTGCGCGGATAGCGCGTA>PGH2有什么方法可以获得坐标吗？贝德工具帮不了什么忙。
浏览 1提问于2015-05-21得票数 0
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我找不到如何修复sed命令中的错误消息。我正在Windows 10上的Ubuntu上运行一个shell脚本(打开功能)。导致错误的行是：Prot.fasta文件是我从shell脚本生成的序列列表，每个序列如下所示：
>Emiliania_huxleyi_CCMP1516_tax280463_locID_jgi
浏览 0提问于2020-07-11得票数 1
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我想"bin“(分割成单独的文件)多fasta核苷酸序列文件(例如，Roche-454运行约500,000个读取平均读取长度为250bp)。我想要的垃圾桶基于GC内容的每一个阅读。结果输出将是8个多fasta文件：GC含量21-30%GC含量41-50%GC含量61-70%80% GC含量如果没有，有人可以建议如何根据GC内容对多fast
浏览 1提问于2010-12-15得票数 3
我的合作者在word文档中给了我一些DNA序列，我想将它们转换为一个文件中的一系列fasta序列。我已经把它做成了一个文本文件，我想使用正则表达式来提取基因名称和序列：use strict;
open(my $fasta_file, '>', $fasta_db
浏览 2提问于2013-05-28得票数 0
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我有fasta格式的序列，在序列的开头包含17bp的引物。而且引物有时会出现不匹配的情况。因此，我想删除序列的前17个字符，除了fasta头。序列如下所示：SEQUENCEFOLLOWSHERESEQUENCEFOLLOWSHERE
> name_name_number_etc
浏览 0提问于2009-11-03得票数 1
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有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都达到一定的长度，以便我可以将它们添加到多个序列比对中？类似于这里的答案，除了多个序列，没有文本文件，最后它都应该被合并到一个多序列比对中。最终目标是所有序列都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15提问于2019-12-01得票数 0
请问如何将File中第一列的所有值与File 2中的行文本匹配，以便复制文件1中所有对象ID的fasta序列？10.7964,50717,82654NODE_1008_length_27630_cov_17.7829,27630,1184
文件2 fasta.file
浏览 0提问于2018-10-11得票数 1
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避免在函数中重复加载文件
、、、
我正在尝试写一个带有函数的文件，用来获取fasta文件，(i)给出文件的概述，(ii)画一个序列长度分布的直方图。(sizes, bins=100, log=True, histtype='step',color='red')
pylab.title("%i seq with len: %i to %i bp(range)\nBin Max: %i seq around %i bp"%(len(size
浏览 32提问于2018-09-04得票数 0
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