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适合于多类分类的深度学习结构
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我有以下数据gene_1 100.33 10.2 ... 90.23 great....M大~30K行我的问题是，什么样的深度学习结构适合学习和测试上述数据。
在一天结束时，用户将给出一个基因表达载体。gene_1 989
浏览 6提问于2016-04-27得票数 15
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我需要在python中从Sqlite数据库创建一个大数组。它的大小是1000_000_000*1000_000_000，每一项都是1或0。实际上，我的计算机不能在RAM中存储这么大量的信息。也许将这些向量存储在数据库中，或者有一些类似需求的框架？如果我能够做到这一点，那么我需要构建集群，使用这种信息大小，这个问题仍然让我感到害怕。提前感谢/
浏览 1提问于2016-04-27得票数 1
我正在尝试从RNAseq结果摘要文件中提取几个基因集的数据： ? 示例基因列表： ? 我正在使用Excel首先突出显示重复的基因，对摘要文件进行排序，然后复制所需的数据。这是耗时的，Excel在排序时总是“冻结”，特别是对于大的基因列表。 我想知道R能不能做得更好。如果R可以是一个更好的解决方案，有人能提供代码吗？
浏览 24提问于2020-06-12得票数 0
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我的R应用程序从大的txt文件中读取输入数据。它不会一次读取整个文件。用户指定基因的名称(一次3个或4个)，根据用户输入，应用程序转到适当的行并读取数据。文件格式: 32,000行(每行一个基因，前两列包含基因名称等信息) 35,000列数字数据(十进制数)。我使用read.table (文件名，skip=10,000 )等转到正确的行，然后读取35,000列数据。然后，我对第二个基因，第三个基因(最多4个基
浏览 1提问于2013-06-28得票数 2
我正在处理一个大的数据集，对某个基因进行多个观察，在不同的日期和不同的表达水平上。我想把所有的“表达式”列值之和到
我试着做了一个for循环，但是我对R相对来说还是比较新的，并且
浏览 1提问于2022-05-12得票数 0
我有一只熊猫数据，行代表一个标识符，列代表一个基因名。有些基因名称被复制，因此有多个同名的列，但是每一行只有一个基因的结果。
我想用相同的基因名称“合并”这些列，在任何相同的列中保留任何结果。我可以使用.loc()提取某一特定基因的所有列，并可能为所提取的数据找到解决方案，但数据集非常大，而且我有点头脑发热，试图同时完成所有列。
浏览 1提问于2021-02-15得票数 0
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我目前正在处理如下生物数据： public String getChromosome(); publicSet<String> getGenes();(变异体在基因组中的位置可能与某些基因重叠)。我已经写了一些
此外，返回的
浏览 0提问于2017-10-11得票数 0
我有一个有以下基因的个体：然后，我应用以下高斯突变：toolbox.mutate(genes)[9, 4, 301, 2, 24, 9, -65, -60]
我这个突变的问题是，这个个体的高斯统计量似乎是用所有的基因来决定的，而不是对大多数基因的每个gene.
浏览 1提问于2018-11-09得票数 1
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我有一个数据集，它是一个大的字符向量(1,024,459个元素)，由基因ID组成。allres)>allres[1:10] 每个基因ID被重复的次数是在RNA
浏览 4提问于2014-12-22得票数 2
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我在我们的队列中找到了一张大桌子，上面有CNV的基因组坐标：chr1:146458850-148003653国际人类细胞遗传学命名系统，cnv大小，基因组区域基因的/amount名称，OMIM基因的数量和OMIM描述：chr1:146458850
浏览 23提问于2018-08-19得票数 0
关于使用split函数按factor对数据进行分组，我有一个问题。
我有一个由snps和基因两栏组成的数据框架。Snps是一个因子，gene是一个字符向量。我想根据snp因子对基因进行分组，这样我就可以看到一个映射到每个snp的基因列表。一些snps可能定位于多个基因，例如rs10000226映射到基因345274和基因5783，并且基因发生多次。为了做到这一点，我使用拆分函数来列出每个snp映射到的基因列表。df.
浏览 4提问于2015-04-27得票数 5
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我正在使用一个全基因组关联研究数据集，p值从1E-30到1。我有一个R数据框架“数据”，其中包括p值的变量"p“。我需要执行p值的基因组校正，这是我使用以下代码所做的：在第二行的命令中，我使用qchisq函数将p值转换为z分数，p值&
浏览 2提问于2014-06-16得票数 0
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因此，我正在MySQL中建立一个数据库，其中包含大约20,000个表，其中每个基因的表都有一个列，列出文献中发现的该基因的可选名称(同义词)，而且通常情况下，这些同义词没有逻辑，它们的存在纯粹是出于历史原因首先，是否有更好的方法来使用更少的表来设置这个数据库？
问题是每个基因都有一个可变的可选名称，所以我不能用每一行对应一个基因和一组列来做一个大表。即使每个基因都有相同数量的可供选择的名称，任何特定的列基本上都是毫无意义的，因为，例如，第1列中的同义词
浏览 2提问于2017-02-22得票数 2
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以下是背景：这个命令只用于从一大串基因中提取线粒体基因。这来自Seurat教程，可以在这里找到：我正在努力提高我的理解，这样我就可以修改这个命令，通过它们的名字中的字符来提取其他的基因。
谢谢你的帮忙
浏览 2提问于2017-02-17得票数 1
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我有一个gds文件，描述了与参考基因组相关的许多个体的SNP变体。我在R中使用了SeqVarTools包中的hwe()函数，这为我提供了每个变体的参考等位基因频率。我想要获得次要等位基因频率，但我不知道如何处理这个问题，因为许多软件包需要将数据转换为模糊的矩阵分类，这对进一步的分析没有用处。我的主要问题是:在给定参考等位基因频率的情况下，如何获得次要等位基因频率？ 下面是一个小例子来帮助可视化我的问题。我的数据集非常大，有超过30,000个变量，所以f
浏览 24提问于2019-09-26得票数 1
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我正在分析一个大的R基因表达数据集，有100个样本和50.000个基因。
我已经对样本间的模式做了一些非常有用的PCA预测。现在，我想对数据做一些预测，最大限度地扩大我对样本的标签之间的差异。
浏览 1提问于2015-03-18得票数 1
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我有一个非常大的数据集，我想将其从基因型转换为编码格式。基因型应表示如下：A B -> 0我曾使用awk考虑过这一点，但我似乎找不到一种可行的解决方案，可以读取两列并输出单个代码来代替基因型。
浏览 0提问于2014-04-07得票数 1
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我有一个文本文件，下面显示了文件内容的示例：
1234一个新的同源结构域编码基因与一个大的CpG岛有关，该岛被肌营养不良不稳定(CTG)n重复序列所打断。肌营养不良(DM)与蛋白激酶编码基因DMPK的( CTG )n三核苷酸重复扩增有关，该基因位于19q13染色体上。3.这种基因在病人组织中表达的特征，迄今产生了关于DMPK mRNA稳态水平的变化和在存在扩张时的最终DMPK蛋白水平的相互矛盾的数据。19号染色体的DM区基因丰富，重复扩增可能导致附近多个转录单元功能障碍
浏览 0提问于2013-11-07得票数 0
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我有一个带有时间序列数据的DataFrame，如下所示：gene number TP1 TP2 TP3 TP4 TP5 TP6
gene1对于每一行(基因)，我希望识别TP值达到其值比时间序列中的最小值大4倍的水平，并附加条件，即该标识的TP必须在最小TP之后。因此，对于基因2，我感兴趣的是TP3，而不是TP1 (它比TP2的最小值大4倍)，因为在这个系列中，TP1比最小TP2更早。我的数据在一个数字数组中。
浏览 5提问于2015-02-13得票数 2
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我想比较一小组基因组kmers (核苷酸串)和一个非常大的kmers列表来测试成员资格。由于该算法是针对大型真核生物基因组而设计的，因此大列表可以达到GB范围内的范围。根据我所见过的类似问题，我不应该将大列表转换为一组，因为这会花费太多的内存。我一直使用较小的列表作为集合，但它并没有为我节省明显的时间。最后，一旦脚本完成，它将被设计为运行在通常用于大型基因组算法的大型内存机器上。
谢谢
浏览 7提问于2014-02-14得票数 2
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