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沙龙
1
回答
有没有办法让苏拉不过滤掉感兴趣的
基因
?
r
、
seurat
我试图确定某些
基因
在Seurat上的表达,但我认为Seurat正在筛选出这些
基因
。是否有办法调整参数以获得我所提供的集群中感兴趣的
基因
?谢谢。
浏览 12
提问于2022-08-12
得票数 -1
1
回答
根据一列中的唯一值比较多个
数据
帧,并在R中的多个
数据
帧中查找第二列中的重叠值
r
、
dataframe
、
compare
、
intersection
、
overlap
我有几个
数据
帧(最多12个),其中有多个列,显示了
基因
随时间的变化(例如5个时间点)以及其他
基因
如何与这种变化相关(即,其他
基因
也以与
数据
中其他
基因
相关的方式下降或上升)。该分析一次提取每个
基因
,使用该
基因
作为参考,并针对每个单独的
基因
进行测试,以查看这些
基因
随时间的变化模式是否与第一个参考
基因
相关。这对每个单独的
基因
都是重复的。因此,以一个
数据
帧为例,结果如下所
浏览 16
提问于2019-01-27
得票数 0
1
回答
寻找重复词
r
、
dataframe
、
count
、
distinct
我有一个有几个不同列的
数据
框架。我想知道:DS_struct <- list( `14520
浏览 6
提问于2022-03-31
得票数 1
1
回答
遍历大列表,找到与
基因
最匹配的同源物
r
、
bioinformatics
我有一个很大的
基因
列表,我想查找同源
基因
。 我还有一个很大的
数据
框架,里面有潜在的同源
数据
。此Dataframe的第十列继承了一个数字,用于描述管件。数字越大越好。我正在尝试遍历这个庞大的
基因
列表。 对于列表中的每个独特
基因
,我希望选择最适合的同源
基因
。 输出应该是每个
基因
一行的
数据
帧,描述最适合的同源
基因
。
浏览 13
提问于2019-06-11
得票数 0
1
回答
如何使用Cytoscape分析“一对多”
数据
值
cytoscape
、
network-analysis
例如,每个
基因
通常被指定为“节点”,其“边”对应于与其他
基因
的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的
数据
值。在一个简单的“一对一”比较中,您可能有一个包含10个
基因
及其表达值的列表,这样每个
基因
的属性将是1)
基因
的名称和2)表达值。看起来很清楚Cytoscape将如何使用这些类型的
数据
来构建交互网络。但是,对于每个
基因
(节点),我有多个
数据
值,例如对于
基因
X,我将拥有指示
基因</e
浏览 1
提问于2020-06-02
得票数 1
1
回答
我们如何有效地压缩DNA字符串?
c++
、
algorithm
、
compression
、
dna-sequence
、
lossless-compression
DNA字符串可以是由5个字母(A、T、G、C、N)的任意组合组成的任意长度。
浏览 43
提问于2018-08-15
得票数 5
1
回答
在R中使用pamr时,“1:ncol中的错误(
数据
$x):长度为0的参数”
r
我通过使用pamr和tring来做微阵列的预测分析来处理
数据
。我在这个包中尝试了一个例子,它运行得很好,如下所示。mydata$x , threshold=1) 但是,当我运行这些代码来处理我的
数据
时shishi.txt",sep="\t",header=T) Error in 1:ncol(data$x) : argument of leng
浏览 7
提问于2018-01-07
得票数 1
1
回答
Python Sqlalchemy mysql“无法添加或更新子行:外键约束失败”
python
、
mysql
、
sqlalchemy
我正在尝试使用sqlalchemy和mysql创建一个简单的关系
数据
库。我不确定我做错了什么,尽管我认为这可能与我向表中添加行的方式有关。我的模型在下面,下面是创建所有条目的代码。
浏览 1
提问于2014-03-12
得票数 1
1
回答
如何使用Biopython的distancematrix函数?
python
、
biopython
我想用计算
数据
集上的距离矩阵(使用遗传距离函数),但我似乎一直有错误,通常告诉我排名不是2。我不确定它作为输入需要什么,因为文档从来没有说过,也没有在线的例子。假设我读到了一些排列的
基因
序列:AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL
浏览 5
提问于2016-10-07
得票数 1
2
回答
在R中优化文件读取
r
、
file-io
、
read.table
我的R应用程序从大的txt文件中读取输入
数据
。它不会一次读取整个文件。用户指定
基因
的名称(一次3个或4个),根据用户输入,应用程序转到适当的行并读取
数据
。文件格式: 32,000行(每行一个
基因
,前两列包含
基因
名称等信息) 35,000列数字
数据
(十进制数)。我使用read.table (文件名,skip=10,000 )等转到正确的行,然后读取35,000列
数据
。然后,我对第二个
基因
,第三个
基因
(最多4个
基因
)再次
浏览 1
提问于2013-06-28
得票数 2
1
回答
R中基于grep
基因
表的新变量编码
r
我对r有一个问题,这是我真实
数据
集的快照:我想要创建一个变量,该变量从我所拥有的
基因
列表中指示是否至少有一个
基因
存在于我的
数据
集的D列中(如果它是there=1,如果是not=0)。一个让我感兴趣的
基因
列表的-an例子:
基因
<-c(“Gene1~c_2_ 我的
数据
集中的D列匹配一个变量,该变量指示每个个体中存在的
基因
(每一行中有一组
基因
,由,分隔)。在我真实的
数据
集中,D列中的
基因
浏览 3
提问于2016-01-28
得票数 0
回答已采纳
1
回答
无法迭代从表格
数据
加载的pandas
数据
帧
python
、
pandas
、
dataframe
、
scanpy
我可以使用将表格
数据
加载到DataFrame中,但是我不知道如何遍历它来访问选定的行/列。Gene_symbol Cancer--Cell_1 Cancer--Cell_10 Cancer--Cell_100A2MP1例如,我如何选择两个
基因
行并获得所有列及其相应值?如果我只想要某些列呢?
浏览 5
提问于2018-01-19
得票数 0
回答已采纳
2
回答
您是否可以使用rowSums为通常具有“1”值的行进行选择,但如果所有列的值都为“1”,则可以排除行吗?
r
我有一个包含30个细菌(列)和他们所拥有的
基因
(行)的
数据
框架。如果细菌缺乏该
基因
,
数据
帧中的值为,而当细菌有该
基因
时,值为1。我想知道哪些
基因
是常见的,但在30种细菌和很少被发现的
基因
之间仍然存在差异。cleansymbols3是我的
数据
框架,我想创建一个新的
数据
框架,commonsymbols只包含在至少20个细菌中发现的
基因
,而不是所有细菌。下面这一行选择了在20种或更多细菌中常见的
基因
,但是
浏览 5
提问于2022-10-26
得票数 0
回答已采纳
2
回答
我从哪里下载
基因
表达
数据
?
download
、
bioinformatics
、
genome
我想下载由微阵列实验产生的
基因
表达
数据
。我对这个主题了解不多,但据我所知,行通常对应于
基因
,列通常对应于样本。理想情况下,我希望得到一个
基因
表达
数据
矩阵。我一直在互联网上搜索,虽然看起来有很多地方可以下载这样的
数据
,但当我真正下载
数据
时,我并不了解
基因
表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载
基因
表达
数据
?
浏览 0
提问于2012-03-23
得票数 7
回答已采纳
1
回答
是否有一种方法可以使用R和ifelse函数将
基因
之间的多态性分组到两个
基因
类别中?
r
、
if-statement
、
categorization
我有两个
数据
集。一个是显示每个
基因
的核苷酸位置的
基因
列表。Position Upper Position Gene 2 5000 6000 SNP 1 3000 NA我已经使用了R中的ifelse函数将我的多态
数据
集排序到它们各
浏览 9
提问于2020-07-06
得票数 0
1
回答
从两个具有相等nrow值和行名的scRNA-seq
数据
帧中删除使用full_join生成的
数据
帧中的NAs
r
、
dataframe
、
join
、
na
、
pheatmap
我一直在处理一个Log2
数据
帧,它看起来像这样: library(dplyr) "AACS"), class = "data.frame") Small window of data 这已经根据
基因
/
基因</
浏览 20
提问于2019-03-23
得票数 0
2
回答
子集
数据
帧中不唯一的所有行(基于向量/列) ..或删除唯一行
r
、
dataframe
、
subset
、
unique
我有一个包含许多
基因
的
数据
框架(列是“
基因
”)。有些
基因
出现了不止一次。我想要对
数据
帧进行子集,其中我只有多次出现的
基因
。换句话说,我想删除关于"gene“列的唯一行。
浏览 0
提问于2021-05-05
得票数 1
1
回答
在R中引导两个
数据
集
r
我有两个
数据
格式如下: X <- data.frame(matrix(rnorm(2000), nrow=10)) 其中行代表
基因
,列代表
基因
型。对于每一轮的引导(n=1000),应随机选择
基因
型而不替换此
数据
集(X),并形成两组
数据
集(X'应有5种
基因
型,Y'应有5种
基因
型)。基本上,最后我将拥有1000个这样的
数据
集-- X'和Y',它们将包含来自完整表达式<em
浏览 2
提问于2013-09-20
得票数 0
回答已采纳
2
回答
如何对TSV文件中的列进行双列过滤
text-processing
、
awk
、
grep
、
bioinformatics
我正在处理一个包含数十亿行
数据
的列表。📷 正如您所看到的,在第四列(
基因
列)中有
基因
的名称,但并非所有行都有“
基因
名称”。我需要从第四栏得到完整的“
基因
名”列表。
浏览 0
提问于2020-03-10
得票数 -1
1
回答
R-我们能否从一个列中创建一个值列表,该列偶尔会在一个行中列出多个值?
r
、
data-manipulation
我有一个df,它包含了很多
基因
和关于这些
基因
的信息。我通常会做些什么来获得我想要的
基因
列表然而,在这种情况下,一些行包含由";“分隔开的多个
基因
。有可能把这些
基因
拔出来吗?
浏览 3
提问于2022-11-14
得票数 0
回答已采纳
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