说到流程图大家应该都很熟悉，那么我们今天介绍流程图的一个分支桑基图（Sankeydiagram）。...它的闻名是因为1898年MatthewHenry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。...桑基图作为一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...在这个包中他不叫桑基图而是叫冲击图（Alluvial Plots），同时也是ggplot2的一个扩展，所以也离不开ggplot2的载入。...最后我们再看下这个专业绘制桑基图的riverplot，它绘制桑基图其实并没有前面两个包的灵活性，但是却比前两个包更加丰富，增加了新的功能就是可以将桑基图叠加在一个图里面。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近VIP交流群中有朋友询问一张桑基图的画法，目前在R中绘制桑基图的包主要使用「ggsankey」来实现，但是此图由于是交互式因此可见是由「networkD3」包绘制而成...，下面就来通过一个小案例介绍如何使用「networkD3」包来绘制一个交互式的桑基图。...❞ 加载R包 library(tidyverse) install.packages("networkD3") library(networkD3) 导入数据 refresults <- read.csv...node.x, target = node.y, value = vote) 创建链接数据 links <- results[, c("source", "target", "value")] 绘制交互式桑基图
左边的和中间的我们称为偏差图，右侧的称为金字塔图。 可以看到三张图之间都有一些相同点。那么这三张图我们可以用于展示什么样的数据呢，举个例子，比如我们想要展示转录组数据。...那么最后一张图呢？可以像上述描述的展示多组转录组数据上调或者下调。那也可以展示富集聚类的结果。如某个功能中显著改变和不改变的基因等。 那么上述的图应该怎么做呢？...怎么做金字塔图 1）需要什么格式的数据 #获取数据 dat 中为了能够在x轴正负半轴分别现实所以Male为负数，Female的值为正数。...2）如何作图 金字塔图 library(ggplot2) library(RColorBrewer) ggplot(dat,aes(x=Stage,y=Users))+ geom_bar(stat
什么是桑基图(Sankey diagram) 先来给大家展示几张桑基图的图片，帮助大家迅速对桑基图建立一个直观的概念。 ? 浮夸的桑基图：水利循环系统 ?...文献里的桑基图：展示了克罗恩病患者的菌群变化 图片来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/772483v1.full 在Wiki的介绍中，讲桑基图描述为“是一种流程图...不过实际上桑基图可以展示很多方面的内容，包括一些动态的变化比如移民情况，还可以展示数据的具体来源等等。...虽然此类图在文章中出现的频率不高，但是有时候，尤其是在做纯生信或者生信内容占比较大的文章时，我们需要使用多样的可视化方式，不能总是使用箱型图、柱状图等，此时，不妨考虑一下桑基图。...怎么做桑基图 偷个懒，我们这次就完全基于下述链接的代码来作图：Sankey作图[1]用networkD3包中的sankeyNetwork功能进行绘图。
p=9101 本文将描述如何在R中创建自定义Sankey图。我将首先解释Sankey图的基础，然后提供自动创建和手动控制的布局的示例。 Sankey图的元素 Sankey图是一种可视化数据流的方式。...Sankey图由三组元素组成： 节点， 链接和确定其位置的指令。 首先，有节点。在下面的示例中，方框表示四个节点。 这些链接具有 与之关联的值，该值由链接的厚度表示。...在示例中，连接节点A和节点B的第一条链接的宽度是连接A和C的第二条链接的宽度的一半。此外，从B到D的链接再次变大，最大的链接是从C到D。...使用R nodes = data.frame("name" = c("Node A", # Node 0... ...如果要修改此示例，则只需修改节点（此示例中的第3至6行）和链接（第8至11行）即可。 使用自动布局的Sankey图
使用 sankeywheel 绘制 介绍桑基图画法的教程当然首先要介绍我自己写的 R 包啦，我有一个 sankeywheel 包可以用来绘制桑基图，其实我在 探索微信好友数据 的那个教程里面已经介绍过了这个...用过 sankeywheel 包的同学都知道这个包还有另外一个功能，就是它也可以绘制和弦图。...是绘制桑基图还是和弦图是有 type 参数决定的，type 参数的默认值是 "dependencywheel"，也就是说默认绘制的就是和弦图，之所以这样设置，是因为我觉得这个单词不好写： sankeywheel...city, gender) 然后就可以绘制一幅基于 ggplot2 的桑基图了： ggplot(pg, aes( axis1 = prov, axis2 = gender, axis3 = city...使用 echarts4r 绘制 这个也蛮好用的： library(echarts4r) df_count df_count %>% e_charts(width = "100%", height =
，问下图如何实现 image.png 论文中没有提供数据和代码，我们简单构造一个示例数据，然后代码自己写 这个图可以用桑基图的画法来做，之前的推文介绍了两个桑基图的做法 今天的推文介绍一下gggenomes...这个R包，这个是用来做基因组共线性的图的，但是共线性和桑基图看起来效果是一样的，所以桑基图也可以用这个来做 github主页 https://github.com/thackl/gggenomes 安装代码...devtools::install_github("thackl/gggenomes") 安装过程会更新很多R包，会遇到一些报错，自己搜索报错提示信息应该能够解决 首先是一个简单的小例子 示例数据...genes = df)+ geom_gene() gggenomes(genes = df)+ geom_gene(shape=0,aes(fill=group)) image.png 添加两个图之间的阴影...geom_gene(shape=0,aes(fill=group),size=5)+ theme(legend.position = "none") image.png 接下来是模仿论文中的那个图
https://github.com/malballinger/BallingerMack_NYBZase_2022 今天的推文我们重复一下论文中的Figure3C image.png 这里桑基图实现是借助...R包 ggalluvial 帮助文档 https://cran.r-project.org/web/packages/ggalluvial/vignettes/ggalluvial.html#:~:text...或者直接通过命令查看help(package="ggalluvial") 首先是自己构造数据的一个简单例子 library(ggalluvial) as.data.frame(Titanic) dat01...second"), expand = expansion(mult = c(0,0)))+ theme_void() image.png 加载需要用到的R...包 library(tidyverse) library(readr) library(ggplot2) library(ggalluvial) library(latex2exp) 论文中的数据和图
什么是桑基图 桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，比较适用于用户流量等数据的可视化分析。...因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。 用一个故事来介绍一下桑基图： ?...桑基图怎么看 线条的走向 粗细的变化 节点间的比较 绘制属于自己的桑基图 在单细胞数据分析中有一个关键的步骤FindClusters（分群，以启发样本中可能有的细胞类型数量），但是这个目前用的方法是非监督聚类...不过，借助R方便地看出某一分群下，每个群的细胞数量： > table(pbmc_small@meta.data$RNA_snn_res.1.6) 0 1 10 11 2 3 4 5 6...有了这个桑基图的框架，其实很多我们想在这个图上展示的metadata信息就变得容易了，比如我们可以看一下某一细胞类型流向或者样本的流向，只需要在metadata中加上一列即可。
YbtOJ 884「线性基」连通的图 题目链接：YbtOJ #884 小 A 有一张 n 个点，n+k-1 条边的无向连通图。...他想知道有多少种方案删去图中若干条边（包括一条边都不删），满足剩下的图依然连通。 由于方案数可能很大，你只需输出答案对 998244353 取模的结果。...发现一张图不连通，充要于 **删去的边集中存在一个子集异或和为 0**。 要判断加入一个数后是否存在子集异或和为 0，只要判断能否插入线性基即可。...（不能说明线性基内若干数异或和与它相同，则异或上它之后就得到了 0） 现在我们求出了每条边的权值，由于这里同种权值的边并没有区分，且不可能同时加入（显然两个相同权值异或为 0），我们可以直接用桶存下每种权值的边数...].Add(v[x])) S+=1LL*C[v[x]]*dfs(x+1,nw+1)%p,S%=p;return S;} int main(){ freopen("connected.in","r"
从这个 桑基图 (Sankey)可视化中可以明显看出，从England迁移到Wales的居民多于从Scotland或Northern Ireland迁移的居民。 什么是桑基图？...桑基图可用于表示能量、金钱、成本的流动，以及任何具有流动概念的事物。 米纳尔关于拿破仑入侵俄罗斯的经典图表可能是桑基图表最著名的例子。...这种使用桑基图的可视化非常有效地显示了法国军队在前往俄罗斯和返回的途中是如何进步（或减少？）的。 本文中，我们使用 python 的 plotly 绘制桑基图。 如何绘制桑基图？...本文使用 2021 年奥运会数据集绘制桑基图。该数据集包含有关奖牌总数的详细信息——国家、奖牌总数以及金牌、银牌和铜牌的单项总数。我们通过绘制一个桑基图来了解一个国家赢得的金牌、银牌和铜牌数。...代码如何映射到桑基图 添加有意义的悬停标签 我们都知道plotly绘图是交互的，我们可以将鼠标悬停在节点和链接上以获取更多信息。 带有默认悬停标签的桑基图 当将鼠标悬停在图上，将会显示详细信息。
最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的...month.abb[1:12]) + scale_y_continuous(breaks=c(seq(0,8,2))) + coord_polar() + # 使用极坐标系 # 使用cowplot包中的
加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs Season 3")) 数据可视化 ggplot(df, aes(x = Episode_order)) + # 为y轴的值添加文本注释...为间隔添加水平线 geom_hline(yintercept = seq(0, 50, by = 10), colour = "grey70", linewidth = 0.3) + # 添加柱状图，...geom_col(aes(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，...表示RK的计数 geom_col(aes(y = F_count_RK, fill = as.factor(Season)), show.legend = FALSE) + # 添加富文本
Sankey Diagram, 也叫做桑基图，是一种展示数据流的可视化方式，一张典型的桑基图示例如下 这张图展示的是不同国家之间的人口流动，可以看到图中包含了如下几个因素 1. node, 即节点，常用矩形方块和文字注释来表示...综上，桑基图的输入数据就是一个网络，其可视化的重点在于展示数据的线性流动，需要注意的是，桑基图中只有节点的概念，没有层级的概念，就是说我们只需要输入两两节点之间的连线关系，而桑基图可视化工具会自动计算节点的位置...，一个更加扩展性的桑基图展示如下 这个特性也是桑基图与冲击图alluvial plot最大的不同，在冲击图中，不同层级的节点是我们手动指定的，一个典型的冲击图示例如下 结合前面的解释可以看到，桑基图和冲击图可视化的源数据都是相同的...明白了桑基图展示的信息之后，我们来研究下实现桑基图的工具和方法。...sankey 但是这个需要javascript的编程基础， 为了方便R语言的用户，有人开发了NetworkD3这个R包，可以在R中实现使用d3.js来绘图，基础用法如下 > library(networkD3
genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02742-7 s13059-022-02742-7.pdf 论文中没有提供作图数据和代码，但是桑基图的作图数据相对比较简单...我们可以自己来构造数据 今天的推文主要内容是重复一下论文中的Figure1D桑基图 image.png 昨天的推文介绍的也是绘制桑基图，但是是借助的现成R包ggalluvial,暂时不知道用这个R包来做各个部分的比例如何调整...桑基图可以简单理解成两个柱子，然后柱子之间有连线，柱子可以借用ggplot2的geom_rect()函数来做,连线可以借助ggforce的geom_diagonal_wide()来做，但是相对比较繁琐，...annotate(geom = "text",x=2.1,y=1, label="Un-aligned",hjust=0, size=5) -> p2 p2 采用拼图的形式将图例和主图组合到一起...unicode,比如这里的两个上下三角，具体有哪些形状可以选可以参考下面这个图片 image.png 但是遇到一个问题是导出pdf以后形状显示不出来，暂时不知道啥原因 image.png 制作封面图
韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。...=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图 下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图 我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个...fill = rainbow(setnum), #控制圆圈中的数字 cex = 0.3, #字体大小 #fontface = "bold", #粗体 #fontfamily...R的UpSetR包来画Upset plot，如下
面积图是一种基于折线图的图形，可以通过图中的面积来表示数据的大小情况，比如下面两种都是面积图： ? ?...wiki 下面是堆积面积图 (stacked area plot) 的在R中的简单实现，主要是用geom_area画出面积： set.seed(1492) Sector <- rep(c("S01","...gis.stackexchange.com/questions/163143/why-is-my-stacked-area-graph-in-ggplot2-returned-as-stacked-lines http://r-statistics.co.../Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html http://t-redactyl.io/blog/2015/12/creating-plots-in-r-using-ggplot2
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...metacoder后的结果，其对代码做了简化；下面来通过一个案例来介绍「metacoder」包 ❞ 载入metacoder包 library(metacoder) 解析分类数据 obj <- parse_tax_data...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图
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