一、测序数据比对 高通量测序数据分析一共有测序数据分析主要有两条路径：一条是进行基因组拼接，得到基因组序列；另一条则是不经过拼接，直接与参考序列进行比对。...因此，测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上，得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...将全部比对数据除以基因组总长即可计算平均覆盖深度，例如基因组大小为 1M，全部比对上的碱基为 100M，则平均覆盖度为 100X。该值可以用来衡量测序数据覆盖情况。...如果是测序数据与参考序列进行比对则是找突变，与自身数据比对，则是进行纠错。 2.10 微生物鉴定 得到测序数据之后，可以不进行拼接，直接与物种分类数据库进行比对，用于鉴定微生物。...三、短序列比对 最早的高通量测序数据读长都比较短，所以测序数据的比对，直接就称为短序列比对。随着三代长读长测序的兴起，目前有越来越多的长读长测序数据。
因为是全量数据，因此我们这边要做数据比对（注： 用户username是唯一），如果同步过来的数据，我们这边没有，就要做插入操作，如果我们这边已经有，就要做更新操作。...本文就来聊聊当数据量相对大时，如何进行对比比对逻辑因用户username是唯一的，因此我们可以利用用户username来进行比对匹配比对实现1、方案一：两层嵌套循环比对即： 将接口的全量数据和我们数据库的全量数据进行循环比对示例...，比对数据等了大概20分钟后，直接OOM2、方案二：使用布隆过滤器即： 比对开始前，先将我们这边的数据压入布隆过滤器，然后通过布隆过滤器来判定接口数据示例 @Override public void...，比对耗时1秒左右3、方案三：使用list + map比对即：比对开始前，先将我们这边数据存放到map中，map的key为username，value为用户数据，然后遍历接口数据，进行比对示例 @Override...，比对耗时350毫秒左右总结这三种方案，两层循环效率是最低，而且随着数据量增大会有OOM的风险。
·1.参考基因组准备·2.比对：Hisat2 Salmon1.参考基因组准备参考基因组数据库常用参考基因组数据库Ensembl:www.ensembl.org #用得最多数据库完善有基因对应的IDNCBI...Hisat2，Subjunc·基因比对：1建索引 2比对参考基因组 3sam转bamHisat2图片----1.构建索引# 进入参考基因组目录cd $HOME/database/GRCh38.105...# 进入比对文件夹cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2## 单个样本比对，步骤分解index=/home/t_rna/database...-o SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sam##----depth统计测序深度# 得到的结果中，一共有3列以指标分隔符分隔的数据...）10个样本 转录组估算使用空间：一个样本1.5G大小 *101、质控：cleandata 1.5GG*102、比对： sam 13G10 2（膨胀），bam 2G*10共约 410G简单粗暴 转录组数据多大
生信技能树学习笔记 subread 官网：http://subread.sourceforge.net/ 构建索引： subjunc：subread-buildindex 5款流行比对工具大比拼：https...运行结果 sam/bam应用 5.1 统计比对结果 # 单个样本samtools flagstat -@ 3 SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam...SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sorted.bam.bai ##----flagstat统计比对结果...Hisat_aln.sorted.bam SRR1039510.Hisat_aln.sam ##----depth统计测序深度# 得到的结果中，一共有3列以指标分隔符分隔的数据...reads，flag值的理解# (0x100) 代表着多比对情况，所以直接用samtools view -f 0x100可以提取 multiple比对的 情况
ChIPseq reads 比对在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组对齐，以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。...由于 ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对，我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。图片2....比对4.1. Rsubread我们可以使用 Rsubread 包将 FASTQ 格式的原始序列数据与 mm10 基因组序列的新 FASTA 文件进行比对。...具体来说，我们将使用 align 函数，因为它利用了 subread 基因组比对算法。...mainChrs.fa", bt2Index = file.path("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.mainChrs"))然后我们可以使用 bowtie2() 函数对齐我们的 FASTQ 数据
STAR是一款RNA_seq数据专用的比对软件，比对速度非常快，最大的优势是灵敏度高，GATK推荐采用STAR比对，然后进行下游的SNP分析。...单端数据比对的基本用法如下 STAR \ --runThreadN 20 \ --genomeDir hg19_STAR_db \ --readFilesIn reads.fq \ --sjdbGTFfile...hg19.gtf \ --sjdbOverhang 149 \ --outFileNamePrefix sampleA \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate 双端数据比对的基本用法如下...，STAR官方更推荐使用2-pass比对模式，即比对两次，有以下两种方式 multi-sample 2-pass 第一次比对和上述的用法一致，比对完之后，每个样本会产生一个intron的区间文件SJ.out.tab...per-sample 2-pass 对于单个样本，在比对时直接添加--twopassMode Basic参数，软件会自动进行两次比对，将第一次比对的SJ.out.tab加入到索引，然后重新比对。
ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组对齐，以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。...由于 ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对，我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2....比对 4.1. Rsubread 我们可以使用 Rsubread 包将 FASTQ 格式的原始序列数据与 mm10 基因组序列的新 FASTA 文件进行比对。...具体来说，我们将使用 align 函数，因为它利用了 subread 基因组比对算法。...", bt2Index = file.path("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.mainChrs")) 然后我们可以使用 bowtie2() 函数对齐我们的 FASTQ 数据
最近在倒腾一些表格数据，遇到这么个问题：先前下载了一批数据，等再次更新下载时，数目却变少了，我需要快速定位到缺失的条目并探究原因。...如图，左侧 10 条数据是先前下载的，右侧少了 1 条（数据是随便编的）： ? ?...Python 操作 因为对 Excel 的函数操作不太熟，第一时间我是用 Python 来比对数据的：选取两份表格中的 id 列，分别复制到两份 txt 文档中，转化为 Python 读取 txt 文档数据...首先随便选定两个表格中的同列数据，放到一个表格中： ? ?...“少了”是自定义的提示信息，得到的结果与之前 Python 得出的 "5" 对应的数据是一致的。 ? 问题不大，也挺简单，琢磨琢磨也挺有意思的。
这个专题分享点日常运维中用到的Python脚本 在做数据库迁移后，我们可能需要知道我们的表，索引，存储过程等对象是否迁移成功 这时可以用如下脚本来进行检查 ---- 环境准备 操作系统: Windows
生产上，有个需要从MySQL异构复制数据到PG中的需求。...目前测试环境异构数据复制已经跑起来了，但是还需要做下二者间的数据校验。...configs.mysql_user, passwd=configs.mysql_pass, ) mysql_cursor = mydb.cursor() # 获取当前最小 最大的id，用于后续的循环比对...stop_id = stop_id + configs.step stop_time = time.time() time_dur = stop_time - start_time print(f"比对...运行效果 走公网流量情况下，9k记录，在不同step下的耗时比对： step = 100 18.5s step = 500 5s step = 1000 3.7s step = 2000
生信技能树学习笔记 比对过程： • 1.建索引 • 2.比对参考基因组 • 3.sam转bam 用到的软件——Hisat2 Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。...多个样本比对 这里需要用到管道符|串联 比对参考基因组 和 sam转bam两个步骤 这里的2代表下面这个程序中输出的过程，并将其重定向到样本对应的log文件中 关注点： • 总比对率：一般都能在80%以上...multiqc -o ./ SRR*log 结果 可视化结果 比对率过低可能 1.细菌污染 2.核糖体RNA 3.比对文件物种错误 比对结果文件：sam/bam格式 SAM(The Sequence...B源自binary) sam/bam头部 sam/bam主体区 比对结果部分（alignment section） 1.每一行表示一个read的比对信息。...Report），其以参考序列为基础，使用数字加字母表示比对结果，比如3S6M1P1I4M，前三个碱基被剪切去除了，然后6个比对上了，然后打开了一个缺口，有一个碱基插入，最后是4个比对上了，是按照顺序的
不支持的数据类型：blob、long、longraw、byta。 执行跨平台比较时数据类型布尔值的限制。...待比较的表必须有主键（没有主键会在比对的时候被自动跳过，日志中提示 Table xx has no Primary Key, skipping reconciliation） 如果target的行比...create database db1;\c db1;然后在db1里创建一些表，并写入测试数据。...:$JAVA_HOME/jre/lib/rt.jar:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jarexport PATH=$JAVA_HOME/bin:$...其它：如果在执行完pgcompare后，数据库里面又增加或者减少了表，则需要重新执行 下面的操作：0、清空pgcompare下面的各个表（清掉后便于查看最新数据，不清的话则需要根据compare_dt时间戳来判断是哪一次执行的比对操作
ChaissonLab/LRA 安装直接使用conda conda install -c bioconda lra 参考序列构建索引 lra index -ONT pome_mt_potential.fa 比对
诸如表存储什么数据，列上使用的数据类型，选择什么样的存储引擎等等。本文主要介绍针对表上列使用三种不同的数据类型来进行对比，以观察选择不同数据类型时，对于性能造成的影响。...---+ | Leshami | http://blog.csdn.net/leshami | +---------+------------------------------+ 二、基于无索引情形比对...image.png 二、基于索引情形比对 下面为过滤条件列mobile添加索引列，观察性能表现 CREATE INDEX uk_mobile ON tb_char(mobile); CREATE...，基于索引查询的时间，三者相当 image.png 三、基于索引列分组聚合情形比对 为了更好比对性能，下面基于索引列进行分组以及聚合运算，可以看出依旧是bigint数据类型性能最佳 image.png...四、最终比对结果及结论 最终完整结果图： image.png 结论： 1）满足需求的前提使用更小长度的数据类型(更少磁盘占用，I/O，CPU，memory开销) 2）整型优先原则，使用简单数据类型
日常工作有时候需要比对不同MySQL或者其他数据源的差异情况，如果是主从环境可是用percona-toolkit工具包，如果是非主从环境的数据比对，就需要我们自行写脚本实现。...data_diff用于比对mysql和mysql/pg/es之间的数据差异，mysql2mysql和mysql2pg需要确保二者的列的顺序是一致的，mysql2es二者的列顺序无所谓。...说明mysql2mysql 用于源端和目标端都是MySQL的数据比对场景。mysql2pg 用于源端是MySQL，目标端是PG的数据比对场景。...mysql2es 用于源端是MySQL，目标端是ES的数据比对场景。它会将差异的es id输出到redis queue中。...elasticsearch==7.13.1pip3 install mysql-connector-python==8.0.31pip3 install redis==3.5.3性能step为1000时，每秒大约可以比对
最近在看java8新特性时看到了stream，其中看到了stream支持串行与并行两种操作，本着实事求是的精神cosmo在实现环境验证了这两种操作的实际效率。...System.out.println("耗时总计" + (end - begin) + "ms"); } cosmo 分别测试了1Million和10Million（100Million,OOM了就不放出来了） 数据量...cosmo猜测是因为在数据规模较小、单次操作花费较小时，串行操作直接计算，而并行操作需先对数据分片后多线程处理。...end = System.currentTimeMillis(); System.out.println("耗时总计" + (end - begin) + "ms"); } 数据量
在关系型 数据库 建表期间，我们需要考虑很多很多的事项。诸如表存储什么数据，列上使用的数据类型，选择什么样的存储引擎等等。...本文主要介绍针对表上列使用三种不同的数据类型来进行对比，以观察选择不同数据类型时，对于性能造成的影响。 一、建表时需要考虑的事项 作用： 存储什么数据？ 结构： 包含什么列，需要约束吗？...存储： 每一列使用什么数据类型？需要索引吗？ 引擎： 使用什么存储引擎呢？ 数据筛选： 哪些列被频繁用作过滤条件？增删改查频率?...---+ | Leshami | http://blog.csdn.net/leshami | +---------+------------------------------+ 二、基于无索引情形比对...，三者相当 三、基于索引列分组聚合情形比对 为了更好比对性能，下面基于索引列进行分组以及聚合运算，可以看出依旧是bigint数据类型性能最佳 四、最终比对结果及结论 最终完整结果图： 结论： 1）
| JiekeXu 来源 |公众号 JiekeXu DBA之路（ID: JiekeXu_IT） 如需转载请联系授权 大家好，我是 JiekeXu,很高兴又和大家见面了,今天和大家一起来学习 OGG|数据迁移后比对一致性...有的时候，我们利用 OGG，DSG，DataX 或者其他数据迁移同步工具将数据从 11g 迁移到 19c 时，有极小极小的可能会导致源端和目标端两边的数据不一致，比如少个索引，少个约束啥的，需要进一步比对数据一致性...的 DBLInk 技术，同时连接到一个库下进行 count 查询比对行数不一样的表，下面来一起看看具体的细节，有五种方法供参考。...where owner in ('PROD_CC','PROD_OP','PROD_CB','CUWB','OUS','CC_GMP') order by owner; commit; 4、使用下面的命令比对数据是否一致...主要步骤如下： 先填写两个库的连接信息 选择要比对的用户及对象类型，例如表 然后点击完成，静静地等待比较结果，比较耗时。
序列比对和序列特征分析总目录 多序列比对的软件很多，具体可参考https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/ 另外还有http://www.bioinformatics.utep.edu...BIMER/tools/msa.html https://www.expasy.org/genomics/sequence_alignment 工具很多，以下为推荐的在线版本工具： - DNA多序列比对...- 蛋白质多序列比对推荐 Clustal Omega....image.png Alignment进行比对：Alignment--Do complete alignment，结果如下 ?
注意，这其中有自身比对的问题。...: 参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对。...优点是非常精确 缺点是运行时间长，不适合数据量庞大的序列数据库搜索 ---- 3 目前大多数数据库搜索工具中使用的算法：BLAST算法(Basic local alignment search tool...注意：动态规划和BLAST适用于不同比对情况。...前者适合较少量序列间比对，BLAST适合从一组大量序列中搜索与查询相似的序列 BLAST总体比对算法的思想是：首先通过完全匹配来查找序列，然后通过允许有误匹配的方式来扩展比对区域。
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