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1
回答
为什么“
奇点
运行/执行”会自动绑定特定
的
某些目录?用例是什么?
我对
容器
很熟悉,但我对
奇点
很陌生,今晚我发现自己正在
奇点
容器
中
与一个失败
的
Python安装作斗争。事实证明,这是因为$HOME是在我不知情
的
情况下安装到我
的
容器
中
的
。我想我已经很喜欢Python
中
的
成语“显式比隐式”了。对我来说,自动挂载特定目录是意想不到
的
行为。 为什么
奇点
默认
安装$HOME、
浏览 1
提问于2021-04-25
得票数 2
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1
回答
奇点
容器
中
的
默认
路径
、
我是
容器
领域
的
新手,在学习了一些教程之后,我正在尝试启动和运行我自己
的
奇点
容器
。我
的
食谱如下: BootStrap: debootstrapMirrorURL: http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ %post我正在尝试弄清楚如何将下载
的
二进制文件添加到可执行文件
路径
。我原以为post部分
中
的
下载文件会
浏览 54
提问于2019-11-21
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1
回答
使用
容器
环境变量在奇异点绑定
路径
、
我有一个用应用程序构建
的
奇点
容器
。我使用singularity run --app myapp image.sif运行
容器
,因此在
容器
中
设置了环境变量SCIF_APPDATA=/scif/data/myapp。我想使用这个环境变量绑定一个
路径
。类似于:不幸
浏览 11
提问于2022-06-06
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1
回答
奇异
容器
在呈现.Rmd文件时使用主机库
、
、
我构建了一个基于r基映像
的
奇点
容器
,并安装了像Seurat这样
的
自定义库。我
的
.libPaths()第一条
路径
是"/usr/local/lib/R/site-library" --在
容器
中
它包含许多包,但是在主机系统
中
,它不包含任何包。我理解奇异性使用我
的
主机库而不是
容器
中
构建
的
库。我试图使用标
浏览 6
提问于2022-03-16
得票数 0
回答已采纳
1
回答
从dockerfile启动
奇点
容器
中
的
conda环境
、
、
、
我正在尝试从一个现有的docker镜像设置一个
奇点
容器
,在这个镜像
中
,一个名为"tensorflow“
的
conda环境在我运行
容器
时立即被激活。我在这个话题上找到了一些答案。不幸
的
是,在这篇文章
中
,他们只解释了如何在
默认
情况下设置
奇点
.def文件来激活conda环境。然而,我只想修改我现有的Dockerfile,然后从它构建一个
奇点
镜像。到目前为止,我尝试
的
是像这样设置Dockerfile
浏览 290
提问于2019-08-08
得票数 2
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2
回答
在它打开
的
奇点
容器
中
执行操作
的
bash脚本
、
、
我在终端
的
RedHat上使用了以下工作流: export PATH="$HOME/Downloads/gmsh-gi
浏览 1
提问于2018-06-26
得票数 3
回答已采纳
1
回答
在存储库
的
3.3版本
中
安装
奇点
容器
、
、
、
、
在ubuntu18.04上,我希望通过apt安装3.3或更高版本
中
的
容器
软件
奇点
。但是,ubuntu
的
默认
回购universe只在版本2.4
中
提供奇异性(作为包singularity-container)。有另一个回购为ubuntu18.04LTS,我可以添加安装
奇点
版本3.3或更高?
浏览 0
提问于2020-04-25
得票数 2
1
回答
在我不是管理员
的
系统上,是否可以从
容器
中
构建
容器
?
、
我想在本地构建
奇点
重写,而不是依赖
奇点
中心,浪费我有限
的
每日构建配额来修复愚蠢
的
语法错误。但是,我不是将要运行
容器
的
机器上
的
管理员。我想在
奇点
集线器上建立一个
容器
,其中我是一个管理员,可以建立其他
容器
。然而,我试图构建一个可以使用sudo和su
的
容器
,这让我觉得这是不可能
的
。有没有办法建立一个
容器
,我可以在其中构建
容器
,如果有,
浏览 10
提问于2019-09-04
得票数 0
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3
回答
在
奇点
容器
中
更改$HOME文件夹
、
请您提出以下建议: https://hub.docker.com/r/tobneu/slamdunk (根据docker图像,我已经为SLURM集群制作了一个
奇点
图像)我已经在堆栈溢出
中
搜索了答案,然而,我只找到了相反问题
的
答案,即将文件从
奇点</em
浏览 6
提问于2021-06-09
得票数 0
1
回答
在Visual代码中使用奇异
容器
作为python解释器
、
、
、
、
我正在通过VScode远程ssh连接到HPC环境,并希望直接在VScode
中
运行python代码以进行测试。我想将python解释器设置为一个奇异
容器
,它在执行时运行python。这是通过在
容器
的
.def文件
中
添加以下行来完成
的
: exec python 手动执行
容器
确实会按预期启动python会话。但是,在VScode中将python解释器
的
路径
设置为
容器
文件时不会发生任何事情。它一直在询
浏览 12
提问于2022-06-27
得票数 1
1
回答
在snakemake
中
如何在奇异
容器
中加载环境变量脚本
、
、
"tmp.txt" python --version >> tmp.txt当我以snakemake -c1 --use-singularity
的
形式运行它时,它会出现一个错误,因为
容器
中
没有
路径
中
的
python解释器。python: command not foundError in r
浏览 0
提问于2022-07-10
得票数 0
1
回答
仅在用户指定
的
代码运行时才存在
的
临时目录。
为了进行研究分析,我正在编写一个小型bash脚本,作为
奇点
的
前端。原因是我想在这个脚本中保存
奇点
所需
的
选项。例如,我希望工作目录出现在
容器
中
的
固定
路径
上,而不管实际
的
工作目录
路径
如何。
奇点
有--contain选项,但这要求我手动为
容器
定义一个临时目录。我用mktemp来做这个。脚本结束后,我使用trap删除该目录。但是,我担心会出现这样
的
情况,即trap &quo
浏览 0
提问于2020-03-05
得票数 3
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1
回答
Chroot vs
奇点
、
、
我刚开始使用
奇点
容器
。我发现没有使用cgroup。我们可以看到host
的
进程。我想知道它和chroot是一样
的
。我说
的
对吗?除了创建
容器
的
简单性之外,
奇点
还有什么优势?
浏览 0
提问于2017-07-18
得票数 1
2
回答
奇点
容器
中
的
文件所有权和权限
、
当我运行singularity exec foo.simg whoami时,我会从主机获取自己
的
用户名,这与Docker不同,在Docker
中
,我会获取root或
容器
指定
的
用户。如果我查看这个
奇点
容器
中
的
/etc/passwd,就会发现已经为我
的
主机用户ID在/etc/passwd
中
添加了一个条目。 如果我不知道运行程序
的
用户ID,如何创建可移植
的</
浏览 21
提问于2020-04-10
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1
回答
我可以创建一个其他人不能用root权限运行
的
Singularity
容器
吗?
我对
奇点
容器
的
细节还不是很有经验,我想知道系统上
的
管理员是否可以创建
奇点
容器
,让普通用户运行,但阻止他们以root权限运行?在我们
的
系统上,通常
的
做法是让用户构建他们自己
的
奇点
容器
,在其中他们是自己
的
城堡之王。现在我正在研究提供一些预定义
的
奇点
容器
的
可能性,这些
容器
由管理员配置,允许用户实例化
浏览 0
提问于2020-11-18
得票数 1
1
回答
如何在
奇点
容器
中使用cmdstan?
、
、
、
、
cmdstan
的
默认
安装位置是$HOME/.cmdstan。 在
奇点
容器
中
,我可以在其他地方安装cmdstan (例如,/opt/cmdstan)。问题是cmdstan有时需要在编译模型时使用写入权限,但是我在奇异
容器
中
没有/opt/cmdstan
的
权限。我应该在哪里安装cmdstan在一个
容器
,我应该如何解决这个许可问题,特别是当我使用HPC?
浏览 7
提问于2022-07-19
得票数 0
回答已采纳
1
回答
有没有办法在我的当前目录
中
打开带有文件
的
预构建
奇点
容器
?
、
、
、
我为远程集群
中
的
Tensorflow ML使用了一个预建
的
奇点
容器
。我使用下面的命令打开位于/cvmfs/unpacked.cern.ch/registry.hub.docker.com/fnallpc/
中
的
奇点
容器
singularity run --nv --bindunpacked.cern.ch/registry.hub.docker.com/fnallpc
浏览 6
提问于2021-06-01
得票数 0
1
回答
使用奇异
容器
运行带有标志
的
Dockerfile
、
关于通过运行Dockerfile
的
Docker运行高性能计算
的
书籍
的
示例:这将用户放入一个Docker
容器
中
,在该
容器
中
,可以从
容器
中
运行
的
代码示例填充了各种子目录。问题是大多数HPC集群不运行Docker;它们运行
的
是
奇点
/应用程序。 在
奇点</e
浏览 10
提问于2022-11-19
得票数 0
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1
回答
奇点
有没有类似Docker网络
的
东西?
、
在Docker
中
,我可以创建一个内网: docker network create my-net 在一个
容器
中
运行MySQL数据库: docker run -d --rm --name mysql-server--network my-net -e MYSQL_ROOT_PASSWORD=secret mysql/mysql-server:latest 并使用创建
的
网络在该数据库和我
的
应用程序之间进行通信:docker run -it --rm --network my-net my_app 所
浏览 25
提问于2021-04-12
得票数 1
回答已采纳
1
回答
提高运行
奇点
容器
时CPU使用
的
限制
、
、
我用python3开发了一些(复杂
的
)代码。当我在我
的
笔记本电脑上从shell (Ubuntu 18.04)运行它时,CPU使用率是550% (来自"top“命令)。当我从一个
奇点
容器
(基于Ubuntu 16.04)运行它时,CPU使用率是250%,并且执行时间增加了。我不明白为什么
奇点
不能使用更多
的
CPU。我阅读了关于
的
手册,但我
的
singularity.conf是一个
默认
文件,我也没有创建任何/sys/
浏览 2
提问于2020-06-04
得票数 2
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