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如何使用TCGAbiolinks下载TCGA数据整理

引言 一般来讲,我们想要使用TCGA数据,大概有三种方法,一是直接从GDC官网或官方下载工具gdc-client下载文件后自行处理,二是使用数据库如UCSC Xena或Firehouse,三是使用TCGAbiolinks...TCGAbiolinks 包是从TCGA数据库官网接口下载数据的R包。它的一些函数能够轻松地帮我们下载数据和整理数据格式。其实就是broad研究所的firehose命令行工具的R包装!...可见 GDCprepare 函数需要强大的内存和硬盘空间, 我的本地电脑是做不到的, 因此继续使用老方案进行数据处理. 目前为止, 通过 TCGAbiolinks 进行数据下载的目的已经圆满达到....这时, shelfEnvironment 函数可以帮助我们检查创建文件夹,使得数据可以正常读取或写入。 表达谱数据处理 清空环境, 读取MANIFEST信息, 特别是需要样本名和文件夹名. # !...:批量下载数据新版TCGA数据 - mdnice 墨滴 TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照 GitHub - sandy9707/obgetDEGs TCGA样本命名规则

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mybatis学习|下载导入mybatis源码到idea

这里有小伙伴陪你一起学 用idea拉取源码 小刀fork了一份mybatis的源码,同时写补充一些注释进去 https://github.com/weixiaodexiaoxiaodao/mybatis-3 可以选择先下载下来再导入...,或者直接用idea下载,两种方法都是可以的 ?...导入之后,我们可以看到这是一个基于maven的工程,可以用平常导入maven工程的方法去导入 ?...binding: 做Mapper的绑定工作,绑定mapper接口和代理类 builder: 通过xml,注解等构造mybatis的配置 cache: 配置mybatis的缓存 datasource:数据源...语句都是在session内执行的 Transaction: 事务的处理,可以看到是真实是处理是通过connection调用jdbc来处理的 type:做一些类型的映射,声明等等之类的, 为上面的模块提供基础数据

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如何快速导入数据

前言: 日常学习和工作中,经常会遇到导数据的需求。比如数据迁移、数据恢复、新建从库等,这些操作可能都会涉及大量数据导入。...有时候导入进度慢,电脑风扇狂转真的很让人崩溃,其实有些小技巧是可以让导入更快速的,本篇文章笔者会谈一谈如何快速的导入数据。...注:本篇文章只讨论如何快速导入由逻辑备份产生的SQL脚本,其他文件形式暂不讨论。...总结: 本篇文章主要介绍快速导入数据的方法,可能还有其他方法快速导入数据,比如load data或者写程序多线程插入。本文中介绍的方法只适合手动导入SQL脚本,下面总结下本文中提到的方法。...其实还有一些其他方案,比如先不创建索引,插入数据后再执行添加索引操作;或者先将表改为MyISAM或MEMORY引擎,导入完成后再改为InnoDB引擎。不过这两种方法实施起来较为麻烦且不知效果如何

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Discourse 如何下载备份恢复本地数据

单击下载按钮。需要注意的是,当你下载后,系统将会发送一个链接到你的邮箱地址中。你可以使用邮箱地址中收到的链接进行数据下载下载链接单击邮件中收到的下载链接地址进行下载。...下载的文件为一个 tar.gz 文件,你需要解压后才可以用。...这个文件就是你的所有数据库备份了。...如果你本地数据库已经存在的话,需要清空本地存在的数据库才能进行恢复。备份恢复的过程需要恢复所有的数据和表结构。恢复程序没有办法在已有的数据结构上进行恢复,并且进行增量恢复。...检查表数据检查表数据,确定一些表数据已经恢复到当前。时间戳通常来说是比较好的校验方式。https://www.isharkfly.com/t/discourse/14963

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程序员小sister的烦恼_快速上手大数据ETL神器Kettle(xls导入mysql)

引言 文章传送门: 程序员小姐姐的烦恼 数据抽取的需求 准备工作 找到小姐姐的Excel文件 构建Kettle数据流图 配置Kettle数据流图中的组件 保存启动执行Kettle转换 确认执行结果 到这里...,她刚大学毕业,项目经理安排她这样一项工作: 项目经理想要让她将这些数据导入到MySQL中来。...5.在弹出菜单中,点击「Sheet1」工作簿,点击 「>」 按钮移动到右边。...确认执行结果 Kettle是否已经帮助我们将Excel中的数据抽取装载到MySQL呢?我们需要到MySQL中看一看,t_user表中是否有数据呢。...总结 以上便是快速上手大数据ETL神器Kettle(xls导入mysql),数据及软件可以私信我获得~ 愿你读过之后有自己的收获,如果有收获不妨一键三连一下~

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mysql怎么批量导入数据_oracle如何批量导入大量数据

1、确定需要导入数据的表名称以及字段,然后在新建的Excel表中,按照表字段正确排序;(注:(Excel文件的名称最好和数据库的名称一致,sheet表的名字最好和表名称一致,方便需要导入多张表数据时一一对应...)) 2、在Excel表中,正确填写需要导入数据,一行数据对应着数据库表中的一行记录;(注:各个字段的格式要求需要和数据库中的限制一样,避免出现差错) 3、收集好需要导入数据后,点击保存。...(注:导入的时候,Excel文件处于打开状态) 4、选中需要导入数据数据库表,右键选择导入向导; 5、选择符合的导入文件选项,此处选择.xlsx格式的Excel文件,然后点击下一步; 6、正确选择需要导入的...) 11、点击开始按钮; 12、可以看到已经正确导入Excel数据。...、可以尝试将.xlsx的文件另存为.xls的文件,然后再试一下(记得更改导入文件选项为.xls)。

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程序员小姐姐的烦恼_快速上手大数据ETL神器Kettle(xls导入mysql)

文章目录 引言 文章传送门: 程序员小姐姐的烦恼 数据抽取的需求 准备工作 找到小姐姐的Excel文件 构建Kettle数据流图 配置Kettle数据流图中的组件 保存启动执行Kettle转换 确认执行结果...项目经理想要让她将这些数据导入到MySQL中来。 小花刚来,急得团团转,不知所措,机会来了。...5.在弹出菜单中,点击「Sheet1」工作簿,点击 「>」 按钮移动到右边。 ?...确认执行结果 Kettle是否已经帮助我们将Excel中的数据抽取装载到MySQL呢?我们需要到MySQL中看一看,t_user表中是否有数据呢。...总结 以上便是快速上手大数据ETL神器Kettle(xls导入mysql),数据及软件可以私信我获得~ 愿你读过之后有自己的收获,如果有收获不妨一键三连一下~

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es从线上库导出数据导入开发环境

于是,只能采用从线上es库导出文件,然后在开发环境原样搭建这么一个es库导入的办法。 了解到线上es库,版本是5.4.3,准备在开发环境恢复的那个索引的数据量大概是有20来个g。...我们是使用elasticdump来进行数据导入导出的,数据量小的时候用这个还是可以,但20 来个g这种,导入的过程还是有一些坑的,当时一开始没加一些参数,搞了一晚上都没弄完,后面研究了下,速度才快了,所以简单记录下...pretty" 后台运行: 后台运行记录pid到pid file: ....v' esdump导入数据 elasticsearch-dump安装 https://github.com/elasticsearch-dump/elasticsearch-dump 这个是用js写的...根据导出语句写导入语句即可: 注意,数据量大的时候,下面语句比较慢,看完全文再操作。

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Python导入数值型Excel数据生成矩阵操作

因为程序是为了实现对纯数值型Excel文档进行导入生成矩阵,因此有必要对第五列文本值进行删除处理。 Import_Data ?...,自动加上.0转化为浮点型的解决 环境:python3+selenium 背景:从excel里面读取2列数据:用户名,密码;用户名 = admin,密码 = 111111 ?...程序执行时,报错了,打印获取到的数据:[{‘username’: ‘admin’, ‘password’: 111111.0}];报错如图: ?...解决方法: excel中需要把数据列设置成 文本 格式保存,看到表格中左上角有绿色小三角基本就ok了。再运行成功。 ?...以上这篇Python导入数值型Excel数据生成矩阵操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考。

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