作业三 请分析以下分子（人源）参与了哪些信号通路，并在信号通路中用粉红色标记表达下调的分子，用黄色标记表达上调的分子，给出基因匹配最多的信号通路图。...搜出来一个相当长的列表，通路名后边的小括号内数字，就是该通路中含有我们查询的基因的数量。 按要求选择匹配最多的那个，点开就是我们需要的通路图了，匹配基因、上调下调一目了然。...作业四 根据所给的芯片结果数据，分析差异变化从大到小排列，前50个分子参与的信号通路，给出匹配度最高的信号通路图（要求用橙色orange标记上调基因，用青色cyan标记下调基因） 我们从生信公司拿到了芯片数据...把前50个贴到另一个表里，仅留EntrezGeneID和Regulation两列，根据要求将上调下调的分别赋予颜色。...：红色标记上调倍数[4, ∞)；粉红色标记上调倍数在(0, 4)；蓝色标记下调倍数(-∞, -4]；青色标记下调倍数在(-4, 0)。
封面来源于：Pixabay+易生信 火山图是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p value）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基因等）...所以关注火山图（其它类型图也是），先理解每个点是什么（点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，更准确的是看作者的描述），然后看横轴代表什么、纵轴代表什么，再看图例中展示的其他信息，如颜色...纵轴是-Log 10 (adjusted P-value)，点越靠图的顶部表示差异越显著。 点的大小和颜色也可以表示更多的属性，如下图中点的颜色标记其对应的基因是上调, 下调还是无差异。...用原始的fold change描述上调方便，描述下调不方便。绘制到图中时，上调占的空间多，下调占的空间少，展示起来不方便。所以一般会做Log 2转换。...整体来看，基因有上调就有下调，图整体是以X=0的垂线左右对称的。如果数据中大部分点都是上调或下调，成偏态分布时，需考虑标准化步骤没有处理好，或数据存在批次效应，导致数据存在系统偏差。
MCM利用fisher’s精确检验p-value作为基因集间的相似性得分。MCM网络包括输入的基因列表和富集的基因集信息。不同颜色区分基因集来源。...ClueGO根据Cohen’s kappa 统计学决定基因集的相似性。基因集使用迭代方法进行merge。Nodes，代表富集的基因集，根据聚类成员或可替代性冠以不同颜色，根据上调或下调的基因集的比例。...在一些特殊案例中的基因表达实验，感兴趣的状态是和本底控制表达比较，那么红色代表上调，蓝色代表下调。...GSEA，然后用来分析富集的上调或下调的GO基因sets。...这些基因家族的突变，和癌症联系在一起，一方面因为中和有毒物质的能力，或者因为激活有毒或其他内源物质的获得能力。然而，p450基因中没有一个基因显著上调或下调。
我相信大家在做传统的基因功能富集分析的时候肯定遇到这样的情况，一条富集到的通路中，既有上调的差异表达基因，也有下调的差异表达基因，那么这条通路总体是被抑制还是被激活呢？...那么这条通路中的基因表达水平在实验组相比于对照组究竟是上升了呢，还是下降了呢？ 在传统的富集分析时，我们其实根本不关心这些差异表达的基因究竟是上调还是下调。...这是因为传统的富集分析根本不考虑基因表达量的变化趋势，其算法的核心只关注这些差异表达基因的分布是否跟随机抽样得到的分布一致，即使在后续可视化时，我们在通路图上用不同颜色标记了上调和下调的基因，但是由于没有采用有效的统计学方法去分析这条通路中所有差异基因的总体变化趋势...有时甚至会出现自相矛盾的情况，上调的基因和下调的基因富集到相同的一条通路中，这时就很难解释结果了。...排序之后的基因列表其顶部可以看做是上调的差异基因，其底部是下调的差异基因。
<0.01以及|log2 Fold Change|≥1筛选的差异基因，该列中“up”为上调，“down”为下调，“none”为非差异基因。...第一种类型是将基因按上调、下调或不显著类型着色，便于从图中辨认差异基因。我们使用ggplot2的方法绘制差异基因散点图。...#绘制散点图，显著上、下调基因以不同颜色区分 library(ggplot2) ggplot(express, aes(x = control, y = treat)) + geom_point(aes...treat组和control组相比，上调基因以红色表示，下调基因以绿色表示。图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。 在该图中，我们可以很轻松地观察差异基因整体分布状态和数量比较的信息。...和上图不同点在于，此时基因按显著性p值着色，从不显著>显著展示以蓝色>红色渐变，就获得了一种梯度信息。
在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？...或者更直观点说，这条通路下的基因表达水平在实验处理后是上升了呢，还是下降了呢? 在这里我说下自己的观点，在传统的富集分析时，我们只需要一个差异基因的列表，根本不关心这个差异基因究竟是上调还是下调。...这是因为，传统的富集分析根本不需要考虑基因表达量的变化趋势，其算法的核心只关注这些差异基因的分布是否和随机抽样得到的分布一致，即使后期在可视化时，我们在通路图上用不同颜色标记了上下调的基因，但是由于没有采用有效的统计学手段去分析这条通路下所有差异基因的总体变化趋势...想象一下，上调基因和下调基因分开富集，然后富集到了同一条通路，这怎么解释？所以在我看来，传统的富集分析只能定位到功能，这些差异基因与哪些功能相关，而不能回答一开始的这个问题。...排序之后的基因列表其顶部可以看做是上调的差异基因，其底部是下调的差异基因。
火山图是散点图的一种展现形式。以实验组和对照组转录组数据为例，一张完美的火山图，通常由几个部分组成，显著上调差异表达基因，显著下调差异表达基因。...一般来说，x轴为实验组基因表达量比上对照组基因表达量的倍数差异，而y轴则为实验组比对照组之后的p值或者校正后的p值。火山图上，一个点代表一个基因，而颜色则代表他们是显著上调还是显著下调。...然后我们使用添加了上调和下调基因的数据重新绘制火山图。在ggpubr中，使用color参数，可以指定点的颜色。代码和画出来的图就是这样的啦： ? ?...比如修改点的大小size和更改差异表达基因的颜色palette。 ? ?...为了避免这样尴尬，我们为大家提供了一个进阶版的火山图。为数据增加新的一列Label，将上调和下调差异表达前十的基因绘制在火山图中。 ? ?
这种先上调后下调的变化规律就是一个特定的表达模式，符合某种特定模式的基因可能是参与相同的代谢通路，也可能是受到了相同分子的调控。...不同于传统的差异分析，基因表达模式聚类分析中更关键的是筛选感兴趣的表达模式，即表达量的变化规律，然后对给模式下的基因进行后续的功能富集分析。...Expression Daa Info 该软件支持读取芯片和NGS两种数据，通过Data File加载表达量文件，表达量文件的格式如下 ?...对于两个连续的时间点而言，STEM在判断变化趋势时不是简单的上调和下调两种，而是根据差异的倍数进行了细分，在上图中，根据差异的倍数可以划分出5个趋势，第一个为上调倍数2倍以上，第二个为上调倍数在1倍到2...Profile Gene Table可以看到该profiel下具体的基因列表和转换后的表达量，示意如下 ?
转录组和代谢组是生物学研究中常用的两种高通量技术。转录组主要用于探究不同处理下基因的表达变化，但是难以确定关键途径，也无法鉴定控制关键途径的结构。...最后，为了确定哪个基因介导 Slc2a6 敲低后乳酸水平的升高，作者利用Genecard 数据集中4750 个乳酸代谢相关基因与 Slc2a6 敲低后的 RNA-seq 数据中190 个显着下调基因进行...气泡图是一个五维图，即通过横纵坐标、气泡颜色渐变、形状、大小体现不同组学共同富集到的KEGG pathway。...横坐标代表基因差异倍数的log2值，小于1代表基因下调，大于1代表基因上调。纵坐标代表代谢物的差异倍数的log2值，小于1代表代谢物下调，大于1代表代谢物上调。...为了进一步探究基因水平上的变化，作者又进行了RNA-seq分析。转录组学重点是对显著上调表达的DEGs进行GO功能注释，结果发现了PDHB最为显著影响的细胞分解代谢过程。
TMA：组织微阵列，也称组织芯片，是将数十个甚至数百个不同的组织标本制成一张玻片，高通量检测不同组织中DNA、RNA和蛋白质等分子的变化情况。 1....2.2 h-prune调控肝癌进展的潜在机制 为了研究h-prune是否能促进肝癌的发生，通过对h-prune表达水平的高低组进行差异表达分析，发现了2006个上调基因和1972个下调基因。...h-prune-high组（参照h-prune-low组，图A）共检测到25个上调mirna和73个下调mirna。...为了研究h-prune表达低和高患者的DNA甲基化模式，利用WGCNA将甲基化基因聚类到不同的共甲基化模块中。在图C和D中描绘了网络和识别的模块。...为了寻找h-prune上调后甲基化的重要靶基因，这里将肿瘤抑制基因与h-prune-high患者中的青绿色模块和下调基因重叠。
检测了两组之间的差异基因，与 Ctrl 相比，IR 组共检测到142 个显著的 DEG，包含有 71 个上调基因和 71 个下调基因。...与 Ctrl 相比，ATM-KD 组共检测到410 个显著的 DEG，其中包括 162 个上调基因和 248 个下调基因。上调基因与核糖体相关，下调与抗生素代谢相关。...因此ATM 敲低可能导致核糖体相关基因的上调和抗生素代谢相关基因的下调。...在 ATM KD细胞中，数量为 214（包括 ATM-KD-IR 组中的 55 个上调基因和 159 个下调基因），而在野生型细胞中，数量为 337 （包括IR组168个上调基因和169个下调基因）。...个上调基因和 46 个下调基因），意味着 ATM KD严重削弱了 IR 诱导的基因表达。
其中代表性的计算方式有两种： 一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。...假设背景基因数目为t，背景基因中某一通路pathway中注释的基因有m个；上调基因有k个，上调基因中落于通路pathway的数目为q。...简单来讲就是比较q/k是否显著高于m/t，即上调基因中落在通路pathway的比例是否高于背景基因在这一通路的比例。...另一种方式是不硬筛选差异基因，而是对其根据表达量或与表型的相关度排序，然后判断对应的基因集是否倾向于落在有序列表的顶部或底部，从而判断基因集合对表型差异的影响和筛选有影响的基因子集。...但这个图中，点的大小有些太分散，颜色是绿色饱和度越高表示富集越显著，可能跟常规认知不同。
格子中的星号越多，格子的P值越小；左边的聚类树代表不同基因集在不同细胞亚群中表达模式的相似性；上方的条形图分别代表不同的细胞亚群，以及差异基因集在细胞亚群中是呈现上调还是下调趋势；你还可以把method...从'RRA"换成“ssgsea”，展示特定基因集富集分析方法中差异上调或差异下调的基因集； irGSEA.heatmap.plot <- irGSEA.heatmap(object = result.dge...点越大，P值越小；左边的聚类树代表不同基因集在不同细胞亚群中表达模式的相似性；上方的条形图分别代表不同的细胞亚群，以及差异基因集在目标细胞亚群中是呈现上调还是下调趋势；你还可以把method从'RRA"...，以及不同细胞亚群之间具有交集的差异基因集数目；左边不同颜色的条形图代表不同的细胞亚群；上方的条形图代表具有交集的差异基因集的数目；中间的气泡图单个点代表单个细胞亚群，多个点连线代表多个细胞亚群取交集....、下调和没有统计学差异的基因集数目；上方的条形代表每个亚群中不同方法中差异的基因数目，红色代表上调的差异基因集，蓝色代表下调的差异基因集；中间的柱形图代表每个亚群中不同方法中上调、下调和没有统计学意义的基因集的比例
- 知乎 (zhihu.com) 1.1 GSEA定义与基本原理： 定义： 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是一种计算方法，用来确定一组先验定义的基因集是否在两种生物状态之间显示出统计学上显著的...KEGG通路富集结果的上调通路。...： 第1部分是ES折线图，离垂直距离x=0轴最远的峰值便是基因集的ES值，峰出现在排序基因集的前端（ES值大于0）则说明通路上调，出现在后端（ES值小于0）则说明通路下调。...若竖线集中分布在基因排序列表的前端或后端，说明该基因集通路上调或下调；若竖线较均匀分布在基因排序列表中，则说明该基因集通路在比较的两个数据中无明显变化。...，x轴为富集通路的核心富集基因表达变化的log2倍，值为正值表示表达上调，值为负值表示表达下调。
创建基因本体的初衷是希望提供一个可具代表性的规范化的基因和基因产物特性的术语描绘或词义解释的工作平 台 。现在已包含数十个动物、植物、 微生物的数据库。...基因本体涉及的基因和基因产物词汇分为三大 类，涵盖生物学的三个方面: • 细胞组分(cellular component)(cc): 细胞的每个部分和细胞外环境。...一般规律 是，一个过程是由多个不 同的步骤组成。 ·通过将差异基因做 GO 富集分析，可以把基因按照不同的功能进行归类，达到对基因进行注释和分类的目的。...= 3) #结果图e goplot(ego_BP) # 用于展示通路-通路之间的联系(图g) 图片 图片 图片 2.KEGG pathway analysis---- #上调、下调、差异、所有基因 #...down','ENTREZID'] gene_diff = c(gene_up,gene_down) #（2）对上调/下调/所有差异基因进行富集分析 （包含存在即跳过if...) f2 = paste0
image.png 通常可以把这个文件导入到Cytoscape软件里进行可视化，但是我昨天试了一下，没有找到批量分组添加颜色的办法，比如这个30个基因是我转录组差异分析得到的结果，其中10个上调表达基因...，20个下调表达基因。...我想给上调基因添加红色，下调基因添加蓝色。我不知道Cytoscape是否可以实现，反正我现在还不知道怎么实现。...下面记录自己用R语言的ggraph包的实现过程 准备数据 基因列表文件 PPI_pra_example_gene_symbol.txt PPI分析结果文件 string_interactions.tsv...接下来试着添加基因名字并按照上调和下调添加颜色 library(ggraph) help(package="ggraph") library(igraph) nodes<-read.csv("../..
方法与结果：作者通过分析两种主要类型的HF，缺血性心肌病和扩张型心肌病患者的单细胞和bulk RNA 测序数据来鉴定关键细胞类型和新型生物标志物。...值得注意的是，DCM 和 ICM 中下调的基因显示出来自髓样细胞的标记基因的显着富集（见补充材料 1）。...在 DCM 中鉴定出显着差异表达的 275 个上调和 185 个下调基因 [图 3（a）]。在 ICM 中，163 和 105 个基因分别显着差异上调和下调 [图 3（a）]。...此外，在 DCM 和 ICM 的差异表达基因中，共有136个共有基因被鉴定为上调，其中92个为下调（图3（b））。这些基因与 DCM 和 ICM 引起的 HF 常见变化有关（见补充材料 2）。...分析显示，136个上调基因显著富集于炎症反应相关通路，如白细胞活化、淋巴细胞活化调节、免疫应答正调控、免疫效应反应调节、免疫效应过程、细胞因子产生的正调控、淋巴细胞和非淋巴细胞之间的免疫调节相互作用以及细胞因子介导的信号通路
e:计算每个病人样本的CNVcor上调和下调的基因个数，METcor上调和下调的个数。然后画出e的柱状图。（不同颜色代表上下调的基因）下面那个热图的意思就是说红色的上调的，蓝色的是下调的基因位点。...f:去寻找CNVcor上调和下调基因和METcor上调和下调的相关性。每个点代表着一个病人样本。横纵坐标代表这个病人的差异基因的个数，然后做了一个相关性分析。...基于这些发现，CNVcor和METcor基因的综合分析可以识别分子亚型，每个分子亚型具有与转录失调相关的基因组和表观基因组特征的不同组合，与不同的预后结果相关。】...（越靠中心说明了越重要） c:先对这两个基因集求一下交集，找到相同的差异的上调或者下调的基因。举个例子来说：CA9是iCl1/C1肿瘤中上调表达差异最大的基因。...Huh7细胞通过转染以BAP1 shrna，下调BAP1的表达，发现了包括CA9、KRT19、EPCAM、PROM1在内的stemness基因的显著上调表达。
异常磷酸化过程与肝细胞癌进展有关 TCGA 369例HCC+ GEO（GSE149614)中50个癌旁样本，在 HCC 组织中鉴定出 1,477 个上调基因和 720 个下调基因，发现上调的基因不仅富集在细胞分裂...下调基因与蛋白激酶 B 活性的激活和磷脂酰肌醇 3-激酶信号通路的正调控高度相关。 Cox 回归分析筛选出与预后最相关的前 500 个基因，其中 120 个和 13 个基因在癌组织中显著上调和下调。...再结合GO进行筛选，确定了 20 个与预后相关且与蛋白激酶活性和功能密切相关的 DEG，其中有 18 个磷酸化相关基因（PRGs）的表达水平在 HCC 样本中显著上调，2个下调。...此外，两个 HCC 下调基因（SLC11A1和ADRA2B）在 HCC 样本中显示出显著下调。这些基因的异常表达可能会导致 HCC 进展相关基因的磷酸化失调，从而促进肿瘤发生和肿瘤发展。...有丝分裂核分裂和 DNA 复制中富集，表明PRGs可能通过调节细胞周期相关基因如TOP2A、UBE2C和CENPN的表达来介导肿瘤干细胞的多种生物学过程。
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