阅读每篇论文的全文，然后提取信息并将其添加到条目中。...科学文献中的注释包括但不限于： 蛋白质和基因名称 功能 特定于酶的信息，例如催化活性，辅因子和催化残基 亚细胞定位 蛋白质相互作用 表达方式 重要域和站点的位置和角色 离子，底物和辅因子结合位点 通过自然遗传变异...阅读每篇论文的全文，然后提取信息并将其添加到条目中。...科学文献中的注释包括但不限于： 蛋白质和基因名称 功能 特定于酶的信息，例如催化活性，辅因子和催化残基 亚细胞定位 蛋白质相互作用 表达方式 重要域和站点的位置和角色...UniRef90和UniRef50分别代表每个簇由与最长序列分别具有至少90％或50％序列同一性的序列组成。
(c) 研究跨数据集的特定假设： 纬度:来自高纬度的数据集空间距离衰减更平缓，分类相似性比功能相似性更显著。...(a)研究地图，根据领域(FRE =淡水，TER =陆地，MAR =海洋)着色; (b)主要生物的数据集数目; (c)数据集在空间范围、研究站点数量、功能gamma多样性、分类gamma多样性(物种数量...对数-二项广义线性模型(GLM)提取每个数据集距离衰减的强度(r²)和速率(斜率)。 d为检验方法。...群落相似性(S)的取值范围介于0和1之间，对于群落对，通常计算为： 每个群落的独特特征之和/（群落间共有特征之和+每个群落的个独特特征之和） 在基于树的方法中，这些特征是边，可能有不同的长度，并被不同的物种共享...基于sorensen指数计算了物种的分学类和功能相似性: 在估计分类学相似性时，每个物种都是一个独特的实体，与其他物种没有共享的边，因此，树的所有边都具有相同的长度。
体外DNA的产生来源和持续状态可能因分类单元和物种的不同而不同，并可能影响eDNA检测的敏感性。...我们目前缺乏的是对水化学和其他环境参数如何影响特定水生环境中eDNA状态以及它们如何持续存在的认识。 目前的技术是从水中提取eDNA，并针对单一物种或整个物种群落使用一套引物和PCR。...但如果要寻求物种存在的更精细的时间分辨率，那么在环境中存在未知持续时间的跨状态整合可能会降低这种推断的准确性。 图2 (A) 鱼的eDNA随温度的变化而衰减。只包括海洋和淡水鱼的数据。...因此，需要额外的分析来消除观察到的信号衰减的原因(如PCR抑制vs .低效的跨状态提取)。 这些控制步骤以及何时将它们添加到工作流中还不存在。...如果eDNA状态可能影响正在进行的研究或管理的问题(如推断一个物种在何时何地出现)，那么所有样本应合并分析或独立分析。
此外，在年轻用户热衷的社交游戏如《光遇》和《奥比岛》中，关系链玩法也越来越成熟，玩家可以通过持续的投入时间和金钱成本来提升关系亲密度（数值），并解锁更多的资源和道具。...我们提取了QQ品牌的大眼睛，并且将这双大眼睛进行规范，并且运用在物种创作和新奇物种品牌应用之中。 同时，在物种的幼年时期，如果只是出现物种幼年形态，物种之间差异性较小。...2）形态复杂度：我们归纳了物种三个形态，比如在第二阶段出现四肢，在第三阶段可以添加对应道具，从简单到复杂，对形态复杂度进行梯度划分。...我们将物种的本身材质作为物种的基础款式之外，还在基础上设计产出了每个物种的特别款，供用户抽取收集。再最初的规划中，我们创新的设定了 金属，水晶，岩石，针织款等材质。...在项目最初灰度测试阶段，我们发现毛绒款收到用户青睐好评远超预期，于是在每个水果的设计中我们都保留了毛绒材质的物种。同时，我们也会根据物种形态适合给予物种不同材质，完成特别款的设计。
除了预测之外，作者还分析了BERT6mA的注意权重，以揭示BERT6mA模型如何提取与6mA预测的关键特征。...首先，通过去噪自动编码器从原始特征中提取药物、蛋白质、疾病和副作用的低维特征。然后构建一个跨药物、蛋白质、疾病和副作用节点的异构网络。...每个PerSpect属性被输入一个一维卷积神经网络（CNN），这些CNN网络在基于PerSpect的集成学习模型中被堆叠在一起。...在本文中，作者开发了一个名为ABC-Net的深度神经网络模型来直接预测图结构。基于分而治之的原则，作者提出将原子或键建模为中心的一个点。...这样就可以利用卷积神经网络（CNN）生成一系列图来识别这些点，并预测相关属性，如原子类型、原子电荷、键的类型和其他属性。
此外，它使用深度迁移学习策略来解决小样本量的问题。在两个不同的数据集上进行的基准实验表明与最先进的方法相比，DeepTorrent在所有六种测试物种的4mC站点预测都得到了最佳性能。...由于正和负候选样本包含许多具有高相似性的冗余样本，本文使用 CD-HIT程序删除序列标识截止值为0.7的冗余样本。...随后对于每个物种，构建额外的训练数据集和额外的独立测试数据集，并将其命名为Li_2020。...在第一个卷积层中，使用三个不同卷积核大小的卷积块从编码矩阵中并行地来提取特征。...此外，模型获得了所有六种物种的准确性和MCC方面的最佳表现。为了验证深洪流，本文进行了跨物种验证，并评估了不同方法的性能。
PER-SIMPER利用物种在不同站点之间的矩阵，在排列过程中生成三种不同的零模型： 通过约束行(生态位构建)、约束列(扩散构建)或两者都约束。...DNCI提供了一种方法来量化和比较跨数据集构建过程的强度。DNCI值正或负表明生态位或分散过程分别是群组构建的主要过程。指数的绝对值越高，代表占主导地位的构建过程的潜力越大。...跨数据集的高可比性，即使是那些在取样点和分类群数量上有很大差异的数据集。...站点之间的距离，以及更普遍的总体空间设置，都没有直接(而是通过矩阵结构间接)考虑，这可能会使结果的解释复杂化。 5....与使用众多环境变量作为预测因子(如VPA)的方法不同，DNCI不能单独显示哪些环境变量对跨站点的群落结构变化有贡献。
考虑系统发育和物种丰度的指数常用的是Rao的二次熵Q (Rao 1982): 其中dij为物种i与j之间的系统发育距离(以物种分化的年份、DNA碱基变化的数量或其他指标表示)。...因此，可以直接跨q阶进行比较，提取优势度和其他群落特征信息。 第三，文献中提出的关键多样性指数，包括广泛使用的Shannon熵和Gini-Simpson指数，可以通过简单的代数变换转换为Hill数。...在物种多样性中，所有物种在分类学上都是相同的，因此分类学上的实体是物种。每个物种都有一个统一的属性值，并根据其相对丰度进行加权。物种多样性衡量的是这些物种或实体的有效数量。 2....对于集合中的每个元素u，假设其属性值为vu，其权重或重要性度量为au(生物量、覆盖面积、相对或绝对丰度，或在一组样地中的发生频率，或任何其他度量)。为简便起见，将au称为元素u的丰度或重量。...这样我们就可以将Hill数的概念应用到这三种不同类型的实体的新集合中。提出的q阶属性多样性为新实体集合q阶的Hill数: 这被解释为实体的有效数量或属性值的有效总和，因为每个实体都有一个属性值。
左侧一般输入一个或多个基因 (若输入多个则每一行输入一个)，右边限制一个环境，可以是物种，也可以是某种疾病如lung cancer，或某个过程stem cell。...下面的选项还可以选择是否使用别名 (选择后我们输入的pou5f1就被转成了oct4, otf4等)，限定物种，限定相互作用的判断 (个人一般使用relaxed)。具体每个参数的含义详见后面解释。...搜索到的文献展示在左下角，可点击跳转到PubMed，右键删除某一项。 右侧展示的是挖掘出的调控网络，可以根据属性进行一些修饰、美化和查询。 ?...Concept Lexicon: 通常是物种相关的选项，对Use aliases的判断和搜索结果提取有效，但不用于限制查询结果。...对于每个包含搜索关键字的句子，都会来判断里面是都包含interaction lexicon收录的动词，如activate, enhance, cause等。这些关键词可以修改，有严格版和宽松版。
引言 在当今药物研发领域，准确评估药物在不同物种中的肝微粒体稳定性对于药物代谢和毒性评估至关重要。肝微粒体是肝细胞内质网膜上的小囊泡，承载着大部分药物代谢过程中的关键酶系统，如细胞色素P450酶。...这些模型可以快速准确地评估大量化合物的代谢稳定性，为药物设计和筛选提供重要参考。然而，现有的肝微粒体稳定性预测模型往往受限于单一物种或特定数据类型的依赖，同时缺乏跨物种比较和实际的模型解释。...研究者选择了SHAP方法对不同物种构建的部分模型进行了整体的解释分析，结果如图2所示。SHAP方法基于Shapley值理论，通过量化每个特征对整体预测的贡献，可以深入了解每个样本的预测结果。...除了解释每个物种对应的肝微粒体稳定性模型外，研究者还比较了多物种模型，用来表现物种间差异性对构建模型的影响。 图3....研究者进行分析发现，一些显著的转化规律包括了单原子转化和多原子片段转化，子结构算法提取的代表性肝微粒体稳定性亚结构有效补充了与先前模型解释不同的结构知识。
物种在连续时空单元上的发生概率 物种丰度 在连续的空间和时间单位上预测的个体数量 物种特征：沿着分类学多样性轴性状测量的种内变异 EBV名称 EBV含义 形态学 同一物种的有机体在物理特性上的变化...生理学 促进有机体适应和对环境作出反应的化学或物理功能 物候学 有机体季节性活动的存在、缺失、数量或持续时间 移动 与生物空间迁移有关的行为，如扩散和迁移路线 繁殖 来自父母的有性或无性生产的新个体生物...例:成熟年龄，后代数量，终生生殖量 群落组成：构成生态系统的生物丰度和多样性 EBV名称 EBV含义 群落丰度 生态群落中生物体的丰度 分类学/系统发育多样性 生态群落中生物的物种特征和/或系统发育位置的多样性...含义 初级生产力 能量主要通过光合作用转化为有机物的速率 生态系统物候学 在生态系统水平上观测到的循环过程的持续时间和强度，如植被活动、浮游植物藻华等 生态系统扰动 生态系统功能突然偏离其正常动态 生态系统结构...：生态系统单元的空间排列，由形成这些单元的生物共同定义 EBV名称 EBV含义 生物覆盖部分 生物覆盖面积的水平(或投影)部分，如植被、大型藻类或活的硬珊瑚 生态系统分布 离散生态系统单元的水平分布 生态系统垂直剖面
VThunter为研究界探索病毒受体的表达特征提供了一个用户友好的界面。 VThunter是什么？ 病毒性传染病是对人类和动物健康的一种毁灭性和持续性威胁。受体结合是病毒进入宿主细胞的关键步骤。...因此，识别病毒受体是了解这些病原体的潜在组织滋生或宿主范围的基础。 scRNA-seq技术的发展为识别各种组织和/或器官中的所有细胞类型，并以单细胞分辨率剖析基因表达景观开辟了新的途径。...为了填补这一空白，深圳华大生命科学研究院联合国内多家机构的科研团队共同开发了VThunter，促进动物病毒跨物种传播机制的研究。...后续开发团队还会持续扩展VThunter，包括搜集用户反馈；整理未来研究中产生的更全面的scRNA-seq数据集和病毒受体的最新成果，并及时纳入VThunter；手动整理并整合其他多组学数据集至VThunter...，如蛋白质组学、与动物病毒感染和传播相关的代谢数据等...
目前已经开发了几种模型来预测DNA序列中的基因表达或染色质谱，如Xpresso、DeepSEA、Basset、 Enformer和AI-TAC。...为了获得高质量的细胞，作者设置了一个更高的截止值，以生成一个数据集，其中斑马鱼和果蝇平均每个细胞大约有1000个基因，蚯蚓平均每个细胞大约有400个基因。...然后使用伪细胞算法制作伪体细胞计数矩阵或基于马尔可夫亲和力的细胞图插补 (MAGIC)，以插补缺失的基因表达。 为了检验细胞类型的跨物种相似性，对八个转录组数据集进行了成对SAMap分析。...图2 八个物种的跨物种分析 为了评估脊椎动物和无脊椎动物在调控水平上的调控保守性和细胞类型差异，作者计算了每个物种的TF特异性得分(图3a-h)。...然后，作者基于特征映射和TF-MoDISco方法从每个第一层卷积滤波器中提取深度学习的基序，并发现这两种方法给出了一致的结果。作者还计算了序列基序的细胞类型特异性，并使用影响评分进行量化。
尽管个体中的所有细胞均含有相同的基因序列，但是每个细胞的命运和功能却因其独特的时空背景而千差万别。如此精密的生命过程是由复杂的基因表达调控系统所控制。...首个1.2亿细胞量+1.3亿参数的跨物种生命基础大模型 目前，全世界范围内在单一物种上已获得的单细胞转录组数据规模仅为千万级别，难以充分支撑用于解析复杂生命过程的生命基础大模型训练。...为实现针对生命过程的高分辨率刻画，GeneCompass首次将基因编号和表达量进行双重编码，从而能够有效、灵敏地提取基因之间的关联关系。...这使GeneCompass对各种特定条件，如细胞类型和扰动状态的基因-基因相互作用提供更加精准分析。...增加跨物种数据规模可提升模型性能 多任务性能优势展现基础大模型强大泛化能力 作为迄今为止最大规模的、具有知识嵌入的跨物种预训练生命基础大模型，GeneCompass可实现多个跨物种下游任务的迁移学习，并在细胞类型注释
角度来说，具有保守结构域（某个或多个）的序列，即为某个基因家族的序列（可能同时要不具有另外的某个结构域） 目录 1 基因家族成员的鉴定 确定研究的基因家族 家族成员的基本特征确定（参考已有物种）...基因家族成员的来源分析 不同物种之间的共线性分析 共线性分析结果可视化 ---- 内容 A 基因家族成员的鉴定 1目标物种序列和注释信息的下载或准备（genome的fasta格式和gff3或gtf...，基于基因结构注释信息，从基因组中提取出所有基因的CDS序列 ?...image.png fasta文件每个名称后面有+号，简化 ?...image.png 按Query_def删除重复项，保留的都是第一个hit，也就是最匹配的hit。
灵活性：用户可以通过命令行界面或网页界面使用VEP，使其适应不同的工作流程和需求。 兼容性：VEP 支持多种基因组版本，包括人类、小鼠、斑马鱼等多种物种，便于跨物种比较研究。...集成其它数据库：VEP 可以集成来自其他数据库的信息，如dbSNP、ClinVar等，为变异提供更全面的生物学背景。...插件系统：VEP 提供了一个插件系统，允许用户或开发者添加新的功能或注释来源，以满足特定的研究需求。...#在非脊椎动物运行，需要额外添加一些参数 --genomes # 选项是为了指示VEP连接到正确的数据库服务器，这个服务器专门存储非脊椎物种的基因组数据。.../indexed_vep_cache/ 对于VEP没有预先提供注释文件的物种或者是新的、特定的基因组组装版本、用户需要在注释过程中使用经过定制的基因组特征或注释等情况下，用户可以自己提供GFF或GTF文件以及相应的基因组序列
利用这些实验系统，研究人员正在重新思考如下的一般生态问题: 周围的群落或物理环境(如营养物质、空间结构)如何影响两个物种之间的相互作用? 实验应该在什么样的空间尺度上进行?...在两物种群落中添加第三种生物表明1)两两相互作用的强度可以被影响,2)这些交互作用可以被修改形成一个多方向的关系，3)环境变化间接改变细菌的行为或物种丰度。...下一个问题是，其他因素，如氧、代谢产物浓度，或广泛的环境参数，如土壤群落中的降水/湿度，是否可以很容易地作为群落组成和物种间相互作用的可预测参数。...在一个系统中仅仅增加一个物种或改变环境(如氧气)可能会显著改变群落的空间结构，这可能是适应新开发的生态位的结果。...image.png 用于推断细菌相互作用的网络分析方法。根据分析，(A)一种或(B)多种类型的节点可能合并(如细菌、代谢物、基因等)。边表示每个节点之间的相关关系。
/）所有蛋白序列 -n：下载NCBI NR数据库并提取属于细菌、古菌和病毒的蛋白质序列 -e：下载NCBI NR数据库并提取属于细菌、古菌、病毒以及真菌、真核微生物的蛋白质序列 -m：下载海洋宏基因组网站...，但是并不包含物种名称，可以为注释结果添加各层级的物种名称： nohup addTaxonNames -i clean.reads.kaiju.nr.out -t nodes.dmp -n names.dmp...MetaPhIAn的基本处理思想为首先将已知数据库的序列信息进行分析，最终形成每个物种独特的marker，然后将测序数据跟marker进行blast比对，确定物种类别，最终根据每个物种比对上的reads...：程序运行所使用的核数，默认为4 --stat_q：用于截断或缩尾统计的分位数 --stat：将markers丰度转换为系统发育分支丰度的统计方法，有以下几种（默认为tavg_g）： avg_g：全部marker...merge_metaphlan_tables.py可以将不同样品的物种谱融合在一起，方便后续的比较分析，多个文件空格分隔，或使用通配符，如下所示： merge_metaphlan_tables.py 1061
页面左上角就可看到【物种选择】，图标很直观，so cure。...：与数据源相关联的PubMed条目生成的（第一作者-最后作者-发表年份），或者只是数据源的名称 这是关于可选数据集的说明，大家有兴趣可探讨下哈 共同表达：基因表达数据。...http://pages.genemania.org/help/#Network_data_sources 何为权重？？？...权重是指某一因素或指标相对于某一事物的重要程度，其不同于一般的比重，体现的不仅仅是某一因素或指标所占的百分比，强调的是因素或指标的相对重要程度，倾向于贡献度或重要性。...（忽略通路上基因的分布，有些具有共线性） **Equal by data type:**所有网络类别的权重均相等，权重也均匀分布在每个类别中的网络之间 一般系统默认权重方法：自动选择的权重方法（默认值）
（“B”），而 H1 具有祖先状态（“A”），如外群样本所定义。...忽略重复突变，只有当基因组的某些部分具有不遵循“物种树”的谱系，而是将 H2 与 H3 或 H1 与 H3 分组时，才能产生两种 SNP 模式。...更好的选择是使用每个位点的等位基因频率来量化谱系偏向 ABBA 或 BABA 模式的程度。这实际上相当于使用每个位点的所有可能的四个单倍体基因组组来计算 ABBA 和 BABA SNP。...nrow(freq_table) head(freq_table) 请注意，前两列给出了支架的名称（即染色体）和每个位点在染色体上的位置。其余列是不同亚种的等位基因频率，如上图所示。...我们还提供每个站点的频率以及将用于从给定块中排除所有站点的块索引。
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