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如何随机选择vcf文件中的变异位点

现在做群体基因组的论文大部分会公开自己论文分析中的变异检测结果,通常是vcf文件,我们自己可以把vcf文件下载下来试着复现论文中的内容,有时候vcf文件过大,每一步处理起来都会花费比较长的时间。...有时候就想把这个vcf文件缩小,随机选择一部分。 查了一下,没有找到现成的工具或者脚本。尝试自己写脚本,没有思路。...试着在通义千问上问了一下python的实现方法(通义千问我个人用起来还挺好用的,也是免费的,推荐大家可以试一下。自己想写正则表达式每次问都能给出正确的答案)。...这个函数随机生成一个小于1的数,如果我们想要随机取vcf文件中的10%,就设置random.random()的行就是所有的行的10%左右。...运行 python randomSelectRowsFromVCF.py tiny.vcf tiny.out.vcf 1 123 四个位置参数分别是 输入文件 输出文件 随机选取的比例(0-100)

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如何使用Python选择性地删除文件夹中的文件?

问题1 问题描述:在一个文件夹中,有着普通文件以及文件夹,那么我们如何做到删除全部文件夹而不删除文件呢? 如下图所示,我们想要删除test文件夹中的所有文件夹,而保留其他文件: ?...Version 1 看到这个问题的第一刻,我想到的是文件夹没有后缀名,其他文件有后缀名,而拥有后缀名则意味着文件名称里面会有.的存在,我们就可以利用这个差别,来区分两者,进而实现问题描述中的功能。...我们可以看到,test文件夹中的文件已经全部删除。 ? Version 2.0 但是,后来仔细一想,上面这种方法却存在一个非常大的问题,如果普通文件是没有后缀名,也就是文件名称中不存在....接着,我又发现了文件夹和普通文件的另外一个区别,也就是文件夹是可以使用os.chdir("file_name")这个命令的,而普通文件则显然不行,会出现异常。...问题2 问题描述:我们如何做到删除一个文件夹中的空白文件夹,而不删除其他文件呢? ? 可以看出,问题2是问题1的进阶版本,只需要在问题1的代码基础上,增加一个判断文件夹是否空白的语句即可。

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    面试官:如何停止 JavaScript 中的 forEach 循环?

    JavaScript 中的 forEach 循环吗?...在回答这个问题时,我的回答导致面试官突然结束了面试。 我对结果感到沮丧,问面试官:“为什么?实际上可以停止 JavaScript 中的 forEach 循环吗?”...在面试官回答之前,我花了一些时间解释我对为什么我们不能直接停止 JavaScript 中的 forEach 循环的理解。 我的答案正确吗? 小伙伴们,下面的代码会输出什么数字呢?...的 3 种方法 你太棒了,但我想告诉你,我们至少有 3 种方法可以在 JavaScript 中停止 forEach。...请用for或some 我对面试官说:“哦,也许你是对的,你设法在 JavaScript 中停止了 forEach,但我认为你的老板会解雇你,因为这是一个非常糟糕的代码片段。

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    如何形象地解释 JavaScript 中 map、foreach、reduce 间的区别?

    foreach 就是你按顺序一个一个跟他们做点什么,具体做什么,随便: people.forEach(function (dude) { dude.pickUpSoap(); }); map 就是你手里拿一个盒子...结束的时候你获得了一个新的数组,里面是大家的钱包,钱包的顺序和人的顺序一一对应。...你一个个钱包数过去的时候,里面钱少于 100 块的不要(留在原来的盒子里),多于 100 块的丢到一个新的盒子里。...这样结束的时候你又有了一个新的数组,里面是所有钱多于 100 块的钱包: var fatWallets = wallets.filter(function (wallet) { return wallet.money...,所以这里 filter 的例子是和代码有些出入的(原来的盒子里的钱包减少了),但为了形象说明,大家理解就好。

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    Java8 Lambda 表达式中的 forEach 如何提前终止?

    而在Java8中的forEach()中,"break"或"continue"是不被允许使用的,而return的意思也不是原来return代表的含义了。...当然是return啦; java8的forEach()和JavaScript的forEach()用法是何其的相似 Java不是万能的,不要再吐槽它垃圾了。...# 解决方案 方案一:使用原始的foreach循环 使用过eclipse的老铁们应该知道,当我们输入:foreach,再按快捷键:Alt+/,就会出现foreach的代码提示。...如上图所示,这种格式的for循环才是真正意义上的foreach循环。 在idea中输入,按照上述操作是不会有任何代码提示的,那如何才能在idea中,调出来呢? for循环可以提前终止。...方式一:break 方式二:return(不推荐使用) 方案二:抛出异常 我们知道,要想结束一个方法的执行,正常的逻辑是:使用return; 但是,在实际运行中,往往有很多不突发情况导致代码提前终止

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    Java8 Lambda 表达式中的 forEach 如何提前终止?

    而在Java8中的forEach()中,"break"或"continue"是不被允许使用的,而return的意思也不是原来return代表的含义了。...当然是return啦; java8的forEach()和JavaScript的forEach()用法是何其的相似,感兴趣的可以去了解下(在文末)。 Java不是万能的,不要再吐槽它垃圾了。...解决方案 方案一:使用原始的foreach循环 使用过eclipse的老铁们应该知道,当我们输入:foreach,再按快捷键:Alt+/,就会出现foreach的代码提示。...如上图所示,这种格式的for循环才是真正意义上的foreach循环。 在idea中输入,按照上述操作是不会有任何代码提示的,那如何才能在idea中,调出来呢? for循环可以提前终止。...方式一:break 方式二:return(不推荐使用) 方案二:抛出异常 我们知道,要想结束一个方法的执行,正常的逻辑是:使用return; 但是,在实际运行中,往往有很多不突发情况导致代码提前终止

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    激活函数其实并不简单:最新的激活函数如何选择?

    但是这些新发现中的大多数从来没有成为默认的首选方法,有时是因为它们没有最初希望的那么好,有时只是因为它们最终在新进展的洪流中崩溃了。 我最近浏览了一些有关于激活函数的相对较新的论文。...顾名思义,它是 ELU 的缩放版本,在下面的公式中选择了两个缩放常数,例如在 TensorFlow 和 Pytorch 实现中。 SELU 函数有一个特殊的属性。...你可能已经注意到GELU也具有所有这些性质,我们稍后将讨论的最后一次激活函数也是这样。看来这就是激活研究的发展方向。 Mish Mish 激活是迄今为止讨论中的最新的发现。...如果网络的体系结构阻止自归一化,那么 ELU 可能是比 SELU 更好的选择。如果速度很重要,Leaky ReLU 将是比慢很多的 ELU 更好的选择。但是,这本书中没有讨论最近提出的激活。...基于这一点和我的其他经验,我会在选择激活函数时建议以下主观决策树,假设架构的其余部分是固定的。

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    如何选择Elastic Stack中的Alert和Watcher

    Kibana 与 Elasticsearch中的警报功能警报是Elastic Stack的一个重要组成部分。你可以使用存储在Elasticsearch中的数据,在满足特定条件时触发警报。...图片在日志应用程序的背景下创建的警报规则(conditions和actions)是指来自各个日志相关索引中包含的日志数据。...何时使用 Alert 或 Watcher大多数情况下,我们优先选择Kibana Alert,特别是当你需要告警的场景与以下场景之一吻合时,请选择开箱即用的Kibana Alert,会让你事半功倍:APM...Failed transaction rate threshold 当服务中的事务错误率超过定义的阈值时告警。Latency threshold 当服务中特定事务类型的延迟超过定义的阈值时告警。...Watcher允许你根据你可以在Elasticsearch查询DSL中编写的任何查询和聚合来创建规则。

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    如何恢复Linux中的误删文件

    当我们使用窗口管理器来删除文件时,我们仅仅只是将文件从某个目录移动到了另一个目录中(回收站)。...所以最好的方法就是当你意识到你误删了某一份文件时,就立刻开始进行文件恢复工作。你等的时间越久,成功恢复误删文件的可能性也就越低。 如何恢复Linux平台下的误删文件?...PhotoRec-【点击阅读原文下载工具】 PhotoRec 是一款用于恢复硬盘和光盘中丢失的视频、文档、压缩包等文件的数据恢复工具。除此之外,它还可以从数码相机的SD存储卡中恢复丢失的图片。...通常情况下,在进行文件恢复工作的时候,我们要先将文件系统重新挂载,然后给它分配只读权限。完成之后,再将恢复的文件写入另外一个文件系统中,这样可以避免原始数据所在的存储区域被覆盖。...使用extundelete来恢复文件的操作步骤非常的简单,我们只需要选择相应的文件系统,然后运行下面这条命令即可: extundelete /dev/sda1 --restore-all 总结 数据恢复是一项非常复杂的工作

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    Java Unit 测试中如何获得 resources 中的文件

    假定我们有一个文件位于:src/test/resources/data/azure_storage.json 目录中。...azure_storage.json 为数据文件,我们希望将这个文件中的内容读取到测试类中。...在数据初始化的时候,我们使用下面的代码: InputStream inputStream = loader.getResourceAsStream(fileName); 先将资源文件中数据读取为 InputStream...,这个时候你的数据已经在内存中了,我们在上面的代码中使用代码 FileUtils.copyInputStreamToFile 来将内存中的数据写到一个临时目录中,然后你就可以对文件进行操作了。...使用这样的配置好处就是在测试的时候,因为不同的人使用的系统是不同的,不同的测试文件路径会导致没有办法进行路径的同步。

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    如何管控清单文件中的权限

    优点: 编译打包时自动解析,并且可以很清晰的提示开发人员 缺点: 由于配置权限闭源在插件内,无法查看当前有哪些权限不符合要求,只有编译失败时才会有提示 方案二 将插件中配置的权限输出一个临时清单文件,并将该清单文件通过...sourceSet.manifest 引入参与编译,利用资源合并规则将敏感权限自动删除,如何配置删除元素可以查看官方文档的 remove[1] 规则 优点: 可以通过临时文件来查看哪些权限是敏感权限,...哪些权限会保留,哪些权限会被移除 缺点: 当组件模块申明的敏感权限被主工程的清单文件合并删除时无法提示,只能运行时才会表现出想申请的权限在权限设置里不存在 两种方案都能实现权限管控效果,主要看大家自己的选择...,本文简要讲下 方案二 的实现 实现 1、获取主模块的清单文件,并将清单文件中的权限声明移除,避免小伙伴在主模块的清单文件中声明敏感权限运行项目 //1、获取 main 下的清单文件,如果找不到,则手动指定清单文件...,并将权限添加进 manifest 节点 getPermission().forEach { childrenNode.add(0, Node(null, it)) } // 将权限写入临时清单文件

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    如何删除 git 仓库中的 .idea 文件?

    有时候新创建应用还没有添加 .gitignore 文件或者 .gitignore 内容设置的不正确,就导致 .idea 文件目录上传到了仓库(也可能是其他文件)。...可以使用以下方式删除仓库中的 .idea 文件。 1....删除项目重新 push(不推荐) 仓库里面的应用删除掉 本地应用中的 .git 文件删除掉 先添加 .gitignore 文件,然后 push 代码到仓库 这种方式比较适合在最开始的时候,如果有了很多...2. git 删除本地暂存区文件 修改 .gitignore 文件内容,添加 .idea 删除本地暂存区中的 .idea 文件 git rm --cached -r .idea 推到远端 git commit...-m 'delete .idea' git push 很多时候,只修改了 .gitignore,但是没有删除本地缓存中的 .idea 文件,总是觉得这个文件目录怎么每次都带上去,其实就是这个原因。

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    【译】如何使用文件标志修改 macOS 中的文件行为

    可以使用文件标志(flags)来限制文件被修改的方式。...在 macOS 上查看已设置的标志 在终端中,您可以使用 ls 命令来查看任何已设置的标志。...这将在 Finder GUI 和 ls 命令中隐藏该项。 译注:除上述选项外,还有 arch, archived 用于设置存档标志(仅超级用户)。完整选项列表可见 man chflags。...在最流行的 Linux 平台上,您将使用 chattr 和 lsattr 来更改和查看“属性”,这也是文件标志在大多数其他 Unix 系统中的体现。...“字母 ‘acdeijstuADST’ 选择文件的新属性:追加(a),压缩(c),不转储(d),扩展格式(e),不可变(i),数据日志(j),安全删除(s),不合并尾部(t),不可删除(u),不更新访问时间

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    如何屏蔽侧边栏最新评论中博主的回复

    博主需要经常和访客互动,博主的回复也作为一条评论在最新评论处显示,这样一来,如果博主如果一次回复好几条评论留言,那么在最新评论的地方显示的都是自己的评论,这样不太好。...于是博主想把博主自己的最新评论显示屏蔽掉。    ...那么怎么在最新评论那里屏蔽掉博主自己的回复评论呢,其实很简单,就是通过检测邮箱或者用户名,如果是博主的邮箱或者用户名,则不显示在最新评论处即可,方法如下:     找到根目录“include/lib”目录下的...cache.php缓存函数文件,大概在211行左右,找到: $query = $this->db->query("SELECT * FROM " ....如果你还有更多的小号,中间重复 AND mail!='你的邮箱' 即可。如果修改后无任何变化的话,请到后台数据中更新缓存即可。

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