对数据集进行分组并对各组应用一个函数，这是数据分析工作的重要环节。在将数据集准备好之后，通常的任务就是计算分组统计或生成透视表。pandas提供了一个高效的groupby功能，它使你能以一种自然的方式对数据集进行切片、切块、摘要等操作。
「英文标题：Single-cell spatial reconstruction reveals global division of labor in the mammalian liver」
肝脏是一种多倍体器官，由具有一个或两个细胞核的肝细胞组成，每个细胞核含有2,4,8或更多单倍体染色体组。
在过去，小脑以其在运动功能中的关键作用而闻名。然而，越来越多的研究结果强调了小脑在认知功能和神经发育中的重要性。利用4862名被试的7240次神经成像扫描，我们描述并提供了儿童和青少年（年龄范围：6-17岁）的小脑发育模型，6-17岁是大脑发育和神经精神疾病发作的重要时期。除了传统上使用的小脑解剖分割外，我们还基于最近提出的功能分割生成生长模型。在这两种研究中，我们都发现了一个前后生长梯度，反映了与年龄相关的潜在行为和功能的改善，这类似于大脑成熟模式，并为直接相关的小脑-皮质发育轨迹提供了证据。最后，我们说明了目前的方法如何可以用于检测临床样本中的小脑异常。
grep、sed、awk被称为文本处理三剑客。对于纯文本来说，没有这三个工具干不了的事情，并且效率也不低。今天给大家介绍一下其中的grep。
学习R会慢慢的发现，数据的前期准备通常会花费很多的时间，从最基础的开始学，后面逐渐使用更便利的工具（R包）解决实际的问题。
作者 | June Tao Ching 编译 | VK 来源 | Towards Data Science
在许多应用程序中，数据可能分布在许多文件或数据库中，或者以不便于分析的形式排列。本章重点介绍帮助组合、连接和重新排列数据的工具。
guide函数作为scale_类函数中的一个内函数，通常配合比例尺函数一起使用，但是由于取其内含有众多的参数，因此在比例尺中使用则会显得代码比较臃肿，因此小编比较推荐单独使用guides函数来进行图例自定义。
这是一个六边形热图可视化程序，主要用到的知识RColorBrewer，fields,也就是R中的可视化绘图库。
grep 日常 Linux 运维过程中，最多的就是对 Linux 文件进行处理，grep（global search regular expression (RE) and print out the line）作为一款非常方便且强大的文本搜索工具，其能使用正则表达式搜索文本，并把匹配的行打印出来，其使用对象为 Linux 系统的所有用户，使得我们日常操作更加方便简单。 为什么要用grep 在 Linux 系统中一切皆文件，我们日常的工作就是与文件打交道，能够运用 grep 这款文件搜索工具，可以大大提高我
前面我们已经讲过logistic模型的校准曲线的画法，这次我们学习生存资料的校准曲线画法。
最近着手准备使用R-ggpot2进行图表绘制，当然，Python可视化图表绘制也不能落下，所以，后面的推文我尽量会推出两种教程
描述: 不管对于那一门编程语言,字符串类型都是及其重要的,所以在学习编程语言后会发现近40%左右都与字符串有关,特别是PHP当然在Linux中的shell脚本开发也同样存在;所以下面主要是字符串搜索命令采用正则匹配的命令,都是在shell编程中比较常用的;
今天是pandas数据处理专题的第六篇文章，我们来聊聊DataFrame的排序与汇总运算。
此图例指南是legend()中可用文档的扩展 - 请在继续阅读本指南之前确保你熟悉该文档（见篇尾）的内容。
上述处理的都是向量数据，而matplot()、matpoints() 和 matlines()都是处理矩阵形式数据的。
由于基础图表绘制系列推文还在加紧准备中，所以这期推文还是对一些感兴趣的图表进行绘制，这期涉及空间图表绘制，主要涉及知识点如下：
大家好，我是架构君，一个会写代码吟诗的架构师。今天说一说pandas | DataFrame中的排序与汇总方法,希望能够帮助大家进步!!!
其实我很早就想试着用R进行此类图表的绘制了，但由于强大的Arcgis和绘图进度等原因，导致迟迟没有进行，这期就进行此类图表的绘制。注：图中散点的经纬度信息已从朋友那获知，但涉及具体数据则是虚构的。
https://stackoverflow.com/questions/45493163/ggplot-remove-na-factor-level-in-legend
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源。
R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节需要写大量代码，而且还要反复修改、预览，很是费时费力。
CNV类似，IGV也可以以热图的形式展示基因表达量的数据，要求表达量文件的格式为gct, 示意如下
gghalves可以通过ggplot2轻松地编写自己想要的一半一半（half-half plots）的图片。比如：在散点旁边显示箱线图、在小提琴图旁边显示点图。
在徐凌老师的 Nat Com 文章 Genome-resolved metagenomics reveals role of iron metabolism in drought-induced rhizosphere microbiome dynamics 中有这么一张补充图，介绍了本研究中涉及到的处理和取样的时间线。
今天我们来学习一下刘永鑫老师2019年发表在Nature Biotechnology上的文章NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice中的代码。
grep （global search regular expression(RE) and print out the line，全面搜索正则表达式并把行打印出来）是一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式搜索文本，并把匹配的行打印出来。用于过滤/搜索的特定字符。可使用正则表达式能配合多种命令使用，使用上十分灵活。
但是，准确的说，上面这种数据排布形式只是方便填写和阅读，并不能用于作为R语言的输入数据的排布形式。因此，我们需要按照计算机语言能够理解的思维方式重新整理数据。
grep（global search regular expression(RE) and print out the line，全面搜索正则表达式并把行打印出来）是一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式搜索文本，并把匹配的行打印出来。
泳道图可以展示不同患者在一定时间内接受不同治疗（或者处于不同时期）的情况，在肿瘤治疗领域的文献中很常见，但是竟然百度不到它的具体含义。。。
桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。
在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。 例如：
首先是在Python官网下载你计算机对应的Python软件，然后安装。安装过程基本都是傻瓜式，不做过多叙述，一路回车即可。
最近在做免疫浸润方面的分析，主要是重现5.6分文章《Classification of triple-negative breast cancers based on Immunogenomic profiling》的分析内容。其中有一张免疫分型的热图，非常的重要，通过该图（下图）可以发现，乳腺癌可以很好的分成3个免疫亚型。今天就教大家采用pheatmap 重现这张图。
条形图专用于离散变量和数值变量之间的可视化展现，其通过柱子的高低，直观地比较离散变量各水平之间的差异，它被广泛地应用于工业界和学术界。在R语言的ggplot2包中，读者可以借助于geom_bar函数轻松地绘制条形图。对于条形图大家对其的印象是什么呢？又见过哪些种类的条形图呢？在本篇文章我将带着各位网友说道说道有关条形图的哪些品种。
简介 Linux系统中grep命令是一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式搜索文本，并把匹 配的行打印出来。grep全称是Global Regular Expression Print，表示全局正则表达式版本，它的使用权限是所有用户。 grep的工作方式是这样的，它在一个或多个文件中搜索字符串模板。如果模板包括空格，则必须被引用，模板后的所有字符串被看作文件名。搜索的结果被送到标准输出，不影响原文件内容。 grep可用于shell脚本，因为grep通过返回一个状态值来说明搜索的状态，如果模板搜索成功，则
compareGroups包可以通过分组变量来创建单变量分析结果的基线特征表，在创建出表格后可以导出各种格式用于报告。
在劳动经济学领域，收入和工资的研究为从性别歧视到高等教育等问题提供了见解。在本文中，我们将分析横断面工资数据，以期在实践中使用贝叶斯方法，如BIC和贝叶斯模型来构建工资的预测模型。
当我们想同时展示两种数据，如销售量（千/月）和增长率（百分比）的变化情况，由于两组数据的数量级差别非常大，如果在一个y轴上展示则较小数量级的一组几乎无波动变化，此时可以绘制双坐标轴的图形，设置两个y轴，每个y轴都有自己的刻度范围，数据的波动就更加一目了然啦！
Wordpress 5.5开始官方内置了站点地图，那么WordPress 5.5的内置网站地图怎么使用呢？我不想使用它该怎么操作呢？下面一起来看看官方文档的解释。注：如果不需要，建议禁用此功能。
1.plot函数 plot(x,y,xlim=c(0,100),ylim=c(0.4,1), type="o",lwd=2,col=2,pch=24,cex=1.5, yaxs="i",xa
❝本节来介绍一个修改文本颜色的绘图案例，在实际数据分析的过程中某些情况下我们需要为轴文本和图例文本来添加不同的颜色，但是由于在ggplot2中无默认的参数来实现这一功能，在此小编使用另一种巧妙的方法来实现这一需求，整个过程仅参考。希望对各位观众老爷能有所帮助。
作者文笔比较水，还请见谅。 以下内容还将使用视频动态漫画表现，剪辑完将会贴出链接。 小说剧情为剧情需要，过渡到知识点，部分篇幅可能没有技术知识点还望谅解。 由于没有经费支持，所以画出来的东西是我自己用代码慢慢画的，质量不好效果也不好，还望见谅。
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