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在Python中实现你自己的推荐系统

现今,推荐系统被用来个性化你在网上的体验,告诉你买什么,去哪里吃,甚至是你应该和谁做朋友。人们口味各异,但通常有迹可循。人们倾向于喜欢那些与他们所喜欢的东西类似的东西,并且他们倾向于与那些亲近的人有相似的口味。推荐系统试图捕捉这些模式,以助于预测你还会喜欢什么东西。电子商务、社交媒体、视频和在线新闻平台已经积极的部署了它们自己的推荐系统,以帮助它们的客户更有效的选择产品,从而实现双赢。 两种最普遍的推荐系统的类型是基于内容和协同过滤(CF)。协同过滤基于用户对产品的态度产生推荐,也就是说,它使用“人群的智慧

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Micapipe:一个用于多模态神经成像和连接组分析的管道

多模态磁共振成像(MRI)通过促进对大脑跨多尺度和活体大脑的微结构、几何结构、功能和连接组的分析,加速了人类神经科学。然而,多模态神经成像的丰富性和复杂性要求使用处理方法来整合跨模态的信息,并在不同的空间尺度上整合研究结果。在这里,我们提出了micapipe,一个开放的多模态MRI数据集的处理管道。基于符合bids的输入数据,micapipe可以生成i)来自扩散束造影的结构连接组,ii)来自静息态信号相关性的功能连接组,iii)量化皮层-皮层邻近性的测地线距离矩阵,以及iv)评估皮层髓鞘代理区域间相似性的微观结构轮廓协方差矩阵。上述矩阵可以在已建立的18个皮层包裹(100-1000个包裹)中自动生成,以及皮层下和小脑包裹,使研究人员能够轻松地在不同的空间尺度上复制发现。结果是在三个不同的表面空间上表示(native, conte69, fsaverage5)。处理后的输出可以在个体和组层面上进行质量控制。Micapipe在几个数据集上进行了测试,可以在https://github.com/MICA-MNI/micapipe上获得,使用说明记录在https://micapipe.readthedocs.io/,并可封装作为BIDS App http://bids-apps.neuroimaging.io/apps/。我们希望Micapipe将促进对人脑微结构、形态、功能、和连接组的稳健和整合研究。

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Greenplum 实时数据仓库实践(10)——集成机器学习库MADlib

MADlib是一个基于SQL的数据库内置的开源机器学习库,具有良好的并行度和可扩展性,有高度的预测精准度。MADlib最初由Pivotal公司与伯克利大学合作开发,提供了多种数据转换、数据探索、概率统计、数据挖掘和机器学习方法,使用它能够简易地对结构化数据进行分析和学习,以满足各行各业的应用需求。用户可以非常方便地将MADlib加载到数据库中,从而扩展数据库的分析功能。2015年7月MADlib成为Apache软件基金会的孵化器项目,经过两年的发展,于2017年8月毕业成为Apache顶级项目。最新的MADlib 1.18.0可以与PostgreSQL、Greenplum和HAWQ等数据库系统无缝集成。Greenplum MADlib扩展提供了在Greenplum数据库中进行机器学习和深度学习工作的能力。

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J Cheminform|使用具有自适应训练数据的GANs搜索新分子

今天给大家介绍的是美国橡树岭国家实验室的Andrew E. Blanchard等人于2021.2.23发表在Journal of Cheminformatics上的文章Using GANs with adaptive training data to search for new molecules。药物发现的过程涉及到对所有可能的化合物的空间进行搜索,生成对抗网络(GAN)为探索化学空间和优化已知化合物提供了一个有力工具。然而,训练GANs的标准方法可能导致模式崩溃,其中生成器主要产生与训练数据的一小部分密切相关的样本。相反,寻找新化合物需要超越原始数据的探索。在本文中,作者提出了一种训练GANS的方法,它促进增量探索,并利用遗传算法的概念限制模式崩溃的影响。在此方法中,来自生成器的有效样本被用来替换来自训练数据的样本。在替换过程中,作者考虑随机和引导选择以及重组。通过跟踪训练过程中产生的新化合物的数量,结果表明,对训练数据的更新大大优于传统的方法,增加了GANs在药物发现中的潜在应用。

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