我使用了edgeR中的函数DGEList来获取count和sample对象。现在我想从count中删除一个基因列表。n=(n-1) if (n==nrow(counts)) { }}
我希望它能像在矩阵上正常工作一样工作，即similar.The代码仍然在运行，而在矩阵上工作的那个已经完成了很长时间。我必须以不同的方式操作它吗？
浏览 3提问于2019-08-13得票数 0
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然而，我遇到了问题，因为我不能标记我的初始重新计数矩阵的行，因为它考虑到了基因ID。 我尝试简单地使用Gene创建一个新列，但是这会将矩阵更改为数据帧，并阻止我使用DGEList。seqdata是我的data.frame，其中包含来自分析的所有基因信息，第1列是基因ID名称，第15到24列是载体，其中包含10个样本中每个基因的读取计数信息。我从这个data.frame生成了一个名为readcounts_g的矩阵，它只包含每个基因的读取计数，但我正在尝试分配行名，在行名中
浏览 63提问于2020-01-03得票数 0
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规范样本间的深度覆盖
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这是一个公开的问题，目的是为基因组中的每个位置(对应于"CpG“位点)定义不同样本的状态。这个问题的原因是，可用的工具定义了CpG窗口的状态，而不是单个CpGs。data <- "chr start end depth depth1 depth2 depth3 depth4 depth5 depth6chr1 3274 3274 3 50 25 5
浏览 3提问于2015-11-24得票数 1
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我如何知道函数(X)以及由此产生色散图的函数的坐标( edgeR包)？library (edgeR)
group <- c(1, 2, 2, 2, 2, 2, 2) #groups of each sample)
根据edgeR包，我可以使用以下方法估计数据集的分散性：
y$common.dispers
浏览 2提问于2015-12-06得票数 0
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在测序和比对参考基因组之后，我将原始计数合并，得到如下所示的数据： T0 DJ21 DJ24 DJ29 DJ32 Rec2 Rec6为此，我使用以下脚本：dge <- DGEList(df_merge)# DGEList object created from the count data
dge2 <- calcNormFactor
浏览 12提问于2022-06-02得票数 0
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好的，在烫伤过程中，我们可以很容易地使用矩阵api来处理矩阵，也可以这样做： .read但是，我如何将矩阵从格式转换成那种格式，就像我们通常编写的那样？1 2 35 6 71 1 11 3 32 2 4
2 3 5
浏览 4提问于2013-11-16得票数 1
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我有一个矩阵(V)，如下所示[V1,] 37 15 NA[V3,] NA 37 56当将V1与自身进行比较时，计数为2，因为这两个数字是匹配的。当将V1与V2进行比较时，计数为0，因为没有匹配的数字。现在，每一行矩阵V都应该与其自身(V)匹配，以得到如下所示的计数矩阵[V1,] 2 0 1
[V2,]
浏览 4提问于2015-08-13得票数 1
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尽量避免收集
、、、
我发现，对于任何使用spark的人(在我使用Scala的例子中)，一个普遍的建议是避免任何将所有数据从执行程序获取到驱动程序的操作(收集、计数、求和等)。然而，当我尝试使用星火统计库时，我发现关联矩阵和ChiSquareTest方法期望数组或矩阵作为它们的参数，因此，如果我想使用这个函数，我就无法避免对数据进行收集(以及一些更多的操作，以使向量不属于行类型
浏览 3提问于2020-07-13得票数 2
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我还尝试使用cbind()创建一个包含N和QATSDD的矩阵，但仍然出现相同的错误。 ...I在某处读到weights参数可能是一个矩阵，但现在我非常怀疑这一点。有人能帮帮我吗？
浏览 160提问于2021-05-05得票数 0
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我在R中有以下代码：img是这样加载的：1 0 0 0.48046875 0.65234375 0.835937503 0 2 0.24609375 0.39453125 0.546875005 0 4 0.00000000 0.0781
浏览 4提问于2014-07-07得票数 0
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我有一个名为"predicted“的测试数据集，它是从随机正态分布中抽取100个自举样本后得出的。Predicted用整数数据填充(从0到20)。predicted_output <- as.matrix(tabulate(predicted, 我观察到与0相关联的所有计数都被从结果矩阵中排除我如何(或者我可以)扩充tabulate来提供一个矩阵，在我的例子中
浏览 1提问于2013-02-27得票数 0
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优化数组转置函数
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我们遇到的问题是如何优化下面的代码，让它运行得更快，不管它变得多么混乱。我们应该使用诸如利用缓存块和循环展开之类的东西。*ps++; }}我考虑过循环展开，但我不认为这会有帮助，因为我们不知道NxN矩阵是否具有质数维数缓存块不是很有用，因为无论如何，我们将线性地访问一个数组(1,2,3,4)，而另一个数组将以N为跳跃访问。虽然我们可以获得滥用缓存并更快地访问src块的函数，但将这些放入dst矩阵中仍然需要
浏览 2提问于2012-05-30得票数 8
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我现在有三个矩阵：
我现在该怎么做？我想计算出测试集的召回率和精确度。我看了一下matlab的朴素bayes函数，它应该很简单，但我不知道如何和从</
浏览 3提问于2014-12-19得票数 2
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我正在尝试获取一些二进制矩阵csv文件中0的数量(或计数)？是否有一种对多个csv文件同时执行此操作的有效方法？我已经使用此代码从设置的工作目录中读取了所有csv文件，但我不确定从哪里开始... matrices <- list.files(pattern="*.txt")
matrices <- lapply(
浏览 16提问于2019-10-12得票数 1
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从OpenCV文档中可以看出，复制矩阵是使用浅拷贝完成的，但是当更改其中一个副本时，复制就完成了。参数:m-指定的右侧矩阵.矩阵分配是O(1)操作，即不复制数据。相反，数据被共享，引用计数器(如果有的话)被递增。在分配新数据之前，通过Mat::release取消旧数据的引用。
expr指定的矩阵表达式对象。与第一种赋值操作形式相反，第二种形式可以重用已经分配的矩阵，如果它具有合适的大小和类型以适应矩阵表达式的结果。它
浏览 9提问于2011-06-20得票数 8
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确定ASM程序的FLOPS
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我们必须实现一个ASM程序来乘以坐标方案格式(COOS)和压缩行格式(CSR)中的稀疏矩阵。现在我们已经实现了所有这些算法，我们想知道与通常的矩阵乘法相比，它们的性能有多高。有没有关于如何测量/计算这个的建议？0x41CPU variant : 0x3CPU revision : 2
我们的第一个想法是现在实现一种FPO计数器，我们在每次浮点操作(算术操作以及比较和移动操作</em
浏览 3提问于2015-01-26得票数 10
我有一个矩阵， 4 5 6 10 11 12 7 8 9 1 2 3A_unique =
4 5 6
7
浏览 5提问于2017-10-17得票数 1
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使用稀疏矩阵与numpy数组
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我用Python创建了一些带有字计数的numpy数组:行是文档，列是单词X的计数。如果我有大量的零计数，人们建议在进一步处理这些数组时使用稀疏矩阵，例如在分类器中。然而，当向Scikit 中输入numpy数组与稀疏矩阵时，它似乎没有多大区别。所以我想知道三件事：
稀疏矩阵是大多数元素为零的矩阵。这是否是确定何时使用稀疏矩阵格式的适当方法--只要> 50 %的值为零？还是说以防万一才有意义呢？
稀疏矩阵对像我这样的任务
浏览 5提问于2016-05-01得票数 46
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我需要在几个14000×10000矩阵中存储单词共现计数。因为我知道矩阵是稀疏的，而且我没有足够的内存来将它们全部存储为密集矩阵，所以我将它们存储为scipy.sparse矩阵。我已经找到了最有效的方法来收集计数使用计数器对象。现在，我需要将计数从计数器对象转移到稀疏矩阵，但这需要太长时间。目前需要18小时左右的时间来填充矩阵。word_counters[wordlist1[wor
浏览 5提问于2014-04-01得票数 2
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