Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。除了成功构建和安装之外,上传软件包的要求很少,因此文档和支持文件通常都很少,并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库:
但有时候,我们可能需要通过biocmanager 安装包,就无法通过R studio 来修改了。
恰好看到了无法在线下载安装GitHub包?其实答案就隐藏在报错里面,正好之前也遇到了相似的报错,然后就整理一下笔记分享给大家叭!
通常来说,很多R包的安装对R版本是有要求的,比如BiocManager需要 R (≥ 3.5.0),但是并不需要最新版R语言。
说实话,自从之前好好学习了一下入门的R以后,一直没有用过R,很多东西都忘了,还是需要靠做笔记方便日后查阅。
http://www.ituring.com.cn/article/273090
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
R 语言的一大优势就是有各种各样的扩展包,所谓 R 扩展包,就是将数据处理的算法通过 R函数来实现,再加上测试数据,说明文档整合在一起,就是 R 的扩展包。在使用 R 的过程中,肯定需要使用到 R 的包,因此,需要掌握 R 包的管理,包括包的查找,安装,加载,升级,取消加载,删除,查看帮助文档等等操作。
因为一些网络素材引用不规范,我们的这个笔记被网络吞掉了一次。很多朋友在公众号后台催更,还好鲍志炜抽空抢救回来了,不负大家的等待。
在很多场合这两者都可以混用,比如要用管道的形式结合很多命令进行处理的时候,在最开始使用cat或者less没有区别(如果文件非常大的话,cat的处理速度会比less稍微快一些)。其次是cat没法控制输出的数量,会把文件从头到尾给你打印一遍。而less却可以自由翻动,less的单行显示和打印行号的功能相对于cat都要好用一些。
如果你平常会用到Ubuntu、conda、R语言、Python、Julia, 那你肯定为安装各种包、库、软件而烦恼过!
R是一种流行的开源编程语言,专门用于统计计算和图形。它被统计学家广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R的优势之一是允许用户创作和提交自己的包,因此它具有高度且易于扩展的特点。众所周知,R社区非常活跃,并且因为不断为特定研究领域添加用户生成的统计软件包而着称,这使得R适用于许多研究领域。
本文特约作者为 DataCamp 的联合创始人 Martijn Theuwissen 。更多 R 语言资源请访问这里(http://t.cn/R9Uo2po) ,各种 R 语言源代码也在其中。 这里(http://t.cn/RZ0nGo0)还有一份数据科学备忘清单,能让你从零开始学习数据科学,包括 R 语言。 如果你没有编程经验,或者是对点击式的统计软件更熟悉(而非真正的编程语言), R 语言学起来还是有点难度的。本文的学习方法更适合 R 语言小白,不过老司机们也可以从中获得 R 语言的最新动态。 本文的
这里首推华为云:https://www.huaweicloud.com/pricing.html#/ecs
前言1. 报错内容2. 解决方案3. 安装R包模板3.1 镜像设置3.2 下载方式设置3.3 安装R包4. 永久保存镜像设置后记
提高下载安装包的速度。如下分别为bioconductor与CRAN选择了清华的镜像源
第一步:安装R语言及Rstudio 首先根据操作系统来安装R语言软件 最好是安装最新版 Download R for Windows from CRAN Download R for macOS from CRAN Download R for Linux from CRAN Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it. 这个很容易,就跟下载QQ
生信技能树-数据挖掘课程笔记 函数与参数 #查看函数使用方法 ?rep() 函数的帮助文档: 函数分为形式参数和实际参数 形式参数由函数作者指定,使用者输入实际参数时可省略实际参数 函数的自定义 #自
说实话,自从之前好好学习了一下入门的R以后,一直没有用过R,很多东西都忘了,还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。
按下键盘Insert键进入vi的编辑模式,然后我们就可以输入代码配置默认环境变量了。比如:
Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的,正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时,它们的效果最佳。
1写在前面 本期介绍一下R语言基础部分,R包的安装。🧐 大家肯定都觉得很简单,但往往简单的东西会有不一样的解决方案。 来See~ See~ 吧!😘 2基础安装 我们最常使用的就是install.packages()函数,来安装CRAN上的R包。 我们可以选择将单个包作为变量传输进入,也可以通过向量的形式进行多个R包的安装。 2.1 安装单个R包 install.packages("tidyverse") install.packages("ggstatsplot") install.packages("gg
写在前面: 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源,为了博人眼球,而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。 当然了,R包本来就是免费的,你只是不会下载而已,所以重新发下这篇优秀的文章,教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包,一定要在写文章的时候引用,尊重别人的劳动。 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决
写在前面: 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中,我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。学习R语言必然会安装各种各样的包,很多人在这一步就遇到了困难, 刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误,比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等, 这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决方案。 当然,你不一定现在就会遇到,但是如果你遇到了,请记住
您可以在任何可以安装R和Java的计算机上使用纯R脚本和标准SQL访问Elasticsearch数据。您可以使用适用于Elasticsearch的CData JDBC驱动程序和RJDBC软件包来处理R中的远程Elasticsearch数据。通过使用CData驱动程序,您可以利用为经过行业验证的标准编写的驱动程序来访问流行的开源数据R语言。本文介绍如何使用驱动程序对Elasticsearch执行SQL查询,并通过调用标准R函数可视化Elasticsearch数据。
但它的前提是你安装过独立的包,有基础知识,才有可能hold住这个批量安装包的代码,这两天就碰到学生使用上面的简化代码失败了。
R语言在使用 install.packages() 安装package的时候,默认会在官方的源(https://cran.rstudio.com/)搜索R包,然后下载到你的电脑或者服务器上。但是官方的源并不在中国,下载速度往往会受到很大的限制,因此当我们安装好R之后,第一步就应该是把R的安装源修改为国内的源(也称镜像,Mirror)。
using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数,因此每次打开R就能使用。
默认参数是函数作者预先设置的,使用函数时不是所有参数都需要使用者指定,没指定的都使用默认值;
R:为什么选择我?而不是其他高级语言,比如Python,Java,C,C++....那么多编程语言?
有奖转发活动 回复“抽奖”参与《2015年数据分析/数据挖掘工具大调查》有奖活动。 何品言翻译,广东科技学院大学生,喜欢R语言和数据科学。王陆勤审核,从事数据挖掘工作,专注机器学习研究与应用。英文链接
参见:https://cloud.tencent.com/developer/article/1728636
作者:NSS 翻译:杨金鸿 术语校对:韩海畴 全文校对:林亦霖 本文约3000字,建议阅读7分钟。 本文为带大家了解R语言以及分段式的步骤教程! 人们学习R语言时普遍存在缺乏系统学习方法的问题。学习者不知道从哪开始,如何进行,选择什么学习资源。虽然网络上有许多不错的免费学习资源,然而它们多过了头,反而会让人挑花了眼。 为了构建R语言学习方法,我们在Vidhya和DataCamp中选一组综合资源,帮您从头学习R语言。这套学习方法对于数据科学或R语言的初学者会很有用;如果读者是R语言的老用户,则会由本文了解
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
现在R语言的版本是R4.2.1,这里介绍一下安装最新版的GAPIT如何安装,以及如何运行示例数据,运行处结果。安装前建议,第一电脑用户名需要是英文的,如果是中文的建议新建一个英文的用户名再安装,第二安装最新版的R4.2.1以及Rtoools软件(这个软件单独安装不是R包)。后面我列举了常见的安装错误以及解决方案。
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下,一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。
Shiny是一个R包,允许用户将R代码转换为交互式网页。Shiny server是RStudio提供的服务器,可用于托管和管理Web上的Shiny应用程序。除了托管Shiny应用程序,Shiny Server还可以托管交互式R降价文档。Shiny Server既有免费的开源版本,也有付费专业版,包含更多功能。
1990年,伊丽莎白·牛顿在斯坦福大学通过研究一个简单的游戏获得了心理学博士学位。在这个游戏中,她把参与者分为两种角色:“敲击者”和“听众”。敲击者拿到一张25首名曲的单子,包括《祝你生日快乐》这种旋律简单的歌曲。每位敲击者挑选一首,把节奏敲给听众听(通过敲桌子)。听众的任务是根据敲击的节奏猜出歌曲。
大家把电脑配置一下,参考视频 https://www.bilibili.com/video/av80872684 根据这个做准备工作
mean(), list(), sample(),这些function 都来自于某package中。这些函数以及它们的package 都作为基础的包默认安装在了R中。(安装R 就会默认安装它们)
function()是创造函数的函数,括号里是形式参数,有默认值就写上,例如这里的m=2
下载地址为:https://cran.r-project.org 进入链接,如下图所示,在页面顶部提供了三个下载链接,分别对应三种操作系统:Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。
计算机语言的学习并不困难,关键是一定要由浅入深的实际操作练习。也许最开始的比较简单,学习者一带而过没有实际操作,之后的进一步学习很可能会陷入不知所云的困境,实际操作所带来的感觉是无法替代的,其价值也是非常重要的。
比如最近有小伙伴问到了popsicleR这个包,它还在GitHub上面,官网是:https://github.com/bicciatolab/popsicleR
安装后每次使用都要先加载,也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量no*
devtools::install_github("用户名/包名称") 注意一定要知道用户名
长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 本期视频,学会R语言,方便你我他~~~ 为什么需要学习R语言呢? 可能是想画一个热图 或
虽然在09. R studio/R 工具指南(八:R 的版本控制) 我们提到过,有不同的R 的版本,并且可以通过一定的操作,在不同的系统下进行R 版本的无缝切换。
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