正文 R/Bioconductor简介 5.1 安装R包 ? 5.1.1 CRAN Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。...除了成功构建和安装之外，上传软件包的要求很少，因此文档和支持文件通常都很少，并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。...CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库： install.packages("devtools") require("devtools") ?...无法保证上传到github的软件包可以安装。可以使用上面安装的“devtools”软件包直接从github下载和安装R软件包。...5.1.3 Bioconductor Bioconductor是专门用于生物分析的R包装库。它对上传有最严格的要求，包括在每个平台上安装，以及完整的文档和一个教程（称为插图），解释如何使用包。
R到3.5因为引入了Bioconductor version: Release (3.8)，是一个破天荒地的改变，所以低版本的R必须更新到3.5以上！...-*' # apt-get remove 会删除软件包而保留软件的配置文件r # apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件 #然后更新Ubuntu源文件 ## 这里，不同Ubuntu...="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos options()$BioC_mirror # https://bioconductor.org...安装我们的主角-3大R包 从代码的角度来看，很简单： options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn...://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html R包安装失败通常是linux的库文件缺失 自行搜索安装必备的系统库文件 sudo
mirror for users in China r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"; # CRAN的镜像地址...安装包技巧 判断式安装 我们可以利用requireNamespace 函数判断包是否安装在R 中，如果有则返回T，利用判断，看是否执行安装命令： # 安装biocmanager（bioconductor...上的软件包 if (!..." # 包含数据集的bioconductor软件包 接着，通过apply 函数读取向量中的包名，并进行判断，如果在installed.packages() 不存在，则在available.packages...() 的已知CRAN 的包中安装；如果不在CRAN 中，则从BiocManager 上下载： lapply( bioPackages, function( bioPackage ){
一、如何选择合适的 R 包 1.1通过 R TaskView 查找需要的软件包，根据大类查找。.../CRAN/ https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ Bioconductor 镜像： https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc...() #加载 R 包 library(vcd) require(vcd) #升级软件包 update.packages() #删除扩展包，从磁盘中移除 remove.packages("vcd") #取消加载...但是注意不能将 windows 系统安装的迁移到Linux 下。该方法也不是万无一失，比如 R 包需要系统一些配置，缺少了还是无法运行。...6.2 获取名字重新安装 获取要迁移的 R 包名字列表，在一台设备上使用循环逐个安装。但是该方法无法处理Bioconductor 或者 github 上安装的包。
首先需要设置好Rstudio的镜像： #设置镜像 options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") options(BioC_mirror="https...://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") options(repos='http://cran.rstudio.com/') 1....来自CRAN的包 可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/） CRAN_R包 install.packages("ggplot2"...来自Bioconductor的包 bioconductor（http://bioconductor.org/）是生物信息学相关的社区 Bioconductor 安装Biocondutor里面的R包的时候需要先导入...来自github的包 有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核 我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法
R包的两大分发位置是CRAN和bioconductor，CRAN的R包是本文讨论的重点，bioconductor包的版本依赖比较严格，因此本文暂不分析bioconductor包的旧版本安装。...如何寻找旧版本的CRAN R包 CRAN是The Comprehensive R Archive Network，它是分发各版本R及R包的地方。...install.packages会自动从CRAN下载ROCR包的最新源码，并执行编译安装。...此外，它也支持其他自定义的操作： 网址安装 同样是从网络上安装，但是是指定的R包的网址而不是包名，比如： 在ROCR包主页上的Package source处找到右侧的链接，右击 -> 复制链接地址，拿到...R包而不是源码R包，如果安装时有报错这些信息，可以添加参数type='source'，也就是说从url或者本地安装一个R源码包的最稳健形式是： install.packages("R包url/R包文件路径
演示如何配置单细胞数据处理环境。...-*' # apt-get remove 会删除软件包而保留软件的配置文件r # apt-get purge 会同时清除软件包和软件的配置文件 #然后更新Ubuntu源文件 ## 这里，不同Ubuntu...安装旧版seurat的依赖包 如何知道旧版seurat的依赖包呢？...="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos options()$BioC_mirror # https://bioconductor.org...pkgs='hdf5r' BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F) 最后成功安装旧版seurat packageurl <- "https://cran.r-project.org
写在前面： 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源，为了博人眼球，而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。...---- 文章目录如下： 查看已经安装了和可以安装哪些R包 如何安装旧版本的包 如何切换镜像以及为什么要切换 4种常见的R包安装方式 说明： 该文首发于我的个人博客以及生信技能树论坛，请点击文末的阅读原文前往查看详细资料..., repos=NULL, type="source") #我这里安装它的1.0.1版本，而不是最新版！...你可以check一下每个镜像的包是不是一致的： dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib...命令行版本安装 如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下： sudo su - -c \ "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com
文章目录如下： 查看已经安装了和可以安装哪些R包 如何安装旧版本的包 如何切换镜像以及为什么要切换 4种常见的R包安装方式 说明： 该文首发于我的个人博客以及生信技能树论坛，请点击文末的阅读原文前往查看详细资料...如何安装旧版本的包 既然你点进来看，肯定是有需求。 一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是默认安装最新版的。..., repos=NULL, type="source")#我这里安装它的1.0.1版本，而不是最新版！...你可以check一下每个镜像的包是不是一致的： dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib...命令行版本安装 如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下： sudo su - -c \"R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com
2.R包的来源 CRAN（ Comprehensive R Archive Network） CRAN是世界各地的ftp和Web服务器网络，为R存储相同的，最新的代码和文档版本，是R包的主要‘仓’，如果是专业相关...（计算生物学和生物信息学），还需要关注Bioconductor； ####安装 install.packages('ggplot2') ####升级 update.packages('ggplot2')...####卸载 remove.packages('ggplot2') bioconductor 基于R语言的生物信息软件包，主要用于生物数据的注释、分析、统计以及可视化，开源且不断更新； https:/.../www.bioconductor.org/ if (!...(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi")) ####查看现今已安装的bioconductor中的包，会询问是否需要对包进行更新 BiocManager::install
安装 R 语言非常简单，你可以从 Comprehensive R Archive Network（CRAN，https://cran.r-project.org/） 下载基于 Linux、 Mac 和...如果你正在找特定包和相关文档，可以试试 Rdocumentation（http://www.rdocumentation.org/），在这里可以非常方便地搜索到 CRAN，github 和 bioconductor...步骤 5：数据分析工作流程 一旦了解了 R 语言的语法、软件包生态系统以及获得帮助的方式，就可以开始关注 R 语言如何在数据分析工作中解决日常任务。...容易的是你可以把各种数据格式导入到 R 语言中，但难的是不同的类型往往需要不同的方法： Flat files：您可以从预先安装的 utils 包导入带有 read.table() 和 read.csv...看了这么多，你是不是已经开始准备动手写软件包了？玩得开心咯！
R 语言一直在不断升级，自 1993 年问世以来已经发布了好几个不同的版本，我们可以从 Comprehensive R Archive Network（CRAN，https://cran.r-project.org...CRAN 存储了 R 最新版本的代码和文档的服务器 (https://cran.r-project.org/) 生物信息学领域的 Bioconductor 平台，它提供的R包主要为基因组数据分析和注释工具...安装 CRAN 上的程序包 这里举的例子是三个有名的神包。...tidyverse",dependencies = TRUE) # 安装一系列，并安装所有依赖的程序包 安装 Bioconductor 上的程序包 这里的例子是大名鼎鼎的 ggtree 包，一个功能强大的系统发育树可视化及注释...R 语言软件包。
Bioconductor/R 相匹配的，而并非是最新的版本。...CRAN 和 Bioconductor 所有的包！...用 install.packages 来安装 CRAN 和 Bioconductor 所有的包，你要做的很简单，在 ~/.Rprofile 里加入以下两行内容。...:2) 第一行，使用国内的镜像，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge...安装体积比较大的 R 包 安装 CRAN 或者 Bioconductor 中一些体积比较大的 R 包，如果网络不太好，经常可能会出现包下载不完（Timeout of 60 seconds was reached
例如：二叉树，堆，图，等，是非线性表，是因为，在非线性表中，数据之间并不是简单的前后关系。 数组是如何随机访问数组元素？ 数组是如何实现根据下标随机访问数组元素的吗？...同数组插入的原理类似 数组如何提高效率？...将多次删除操作中集中在一起执行，可以先记录已经删除的数据，但是不进行数据迁移，而仅仅是记录，当发现没有更多空间存储时，再执行真正的删除操作，这样减少数据搬移次数节省耗时。...为什么数组要从 0 开始编号，而不是1？ 从偏移角度理解a[0] 0为偏移量，如果从1计数，会多出K-1。增加cpu负担。...为什么循环要写成 for(inti=0;i<3;i++)而不是 for(inti=0;i<=2;i++)。
Bioconductor 2、基础操作 2.1 设置镜像 提高下载安装包的速度。...options()$BioC_mirror 2.2 安装R包 安装源自CRAN的包：install.packages()基础函数 install.packages("BiocManager")...安装源自Bioconductor的包：BiocManager::install()；其中BiocManager是管理下载Bioconductor包的包，::表示引用该包的函数，install()就是下载包的函数...BiocManager::install("SingleCellExperiment") 所以安装包之前的第一步就是要判断该包来自CRAN库还是Bioconductor 2.3 获取帮助文档 方式1：...方式3：CRAN/Bioconductor的官网里的该包出处。其中如作者所说，Bioconductor对开发包人员所提供的帮助文档有更严格的要求 ?
以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...](http://cran.us.r-project.org)")除了联网安装R包外，R还提供本地下载压缩包安装模式。...install.packages("local/packagename.tar.gz", repos=NULL, type="source")高效方式一随着时间流逝，安装的R包也越来越多，如何快捷分辨出未安装过的...<- function(packages=packages_CRAN , type="CRAN"){ #packages=packages_CRAN #type="CRAN" #..., type="CRAN")InstallPackageFun(packages=packages_biocond , type="bioconductor")高效方式二除了上面这种大规模安装未安装过的
这篇文章，我们将讨论如何一劳永逸。...比如： #设置R包默认安装镜像： options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) #以清华大学镜像为例...#设置bioconductor的默认安装源： options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") #以清华大学镜像为例...No.2 多镜像配置 如果担心R包和bioconductor一个镜像不够，可以配备多个网址。...地址c")) 这样，安装R包的时候，系统会自动按照从左往右（地址1→地址2→地址3）的优先级从镜像中搜索R包，直到寻着合适的R包或者所有皆未找到报错退出为止。
其中参数包括实际参数、形式参数 图片 2、新建函数的函数：使用function函数来建立新的函数 图片 当一个代码需要复制粘贴3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里...3、在哪可以找R包： （1）官方网站CRAN网站下载，使用“install.packages（）”函数来安装 （2）Bioconductor网站下载，主要是生物生信相关的...()来安装。...4、如何安装 安装如上 安装后需加载才能使用，加载的函数“library()”，“require()” 一次安装，每次打开新的窗口时（重启Rstudio)都需要加载。...5、如何实现快速下载 如果官网速度慢，请使用镜像网站 图片 图片 官方网站CRAN网站的镜像使用方法1，Bioconductor网站的镜像使用方法2，方法2也适用CRAN 三、安装R包会遇到问题
为了完成特定的分析功能，需要用相应的包实现2.2 伪问题：学一个R包要多久按需学习，按需查询目的不是学会某个具体的R包，而是学习使用思路2.3 R包都在哪里（1）CRAN网站，R的官网，可以通过install.packages.../idmap1')2.4 不知道从哪里来的包？...——primaryCRAN repository进行修改，大机构一般都比较稳定，如果选择自己学校再用校园网可能会非常快但这只是CRAN的修改方法，修改后访问bioconductor的地址不会变方法2：用代码修改...，试图安装更高版本的包，不用管情况2：package not available原因1：包名写错原因2：安装命令使用错误，用cran安装非cran的包原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少）...中文用户名引发，需要修改环境变量（控制面板——高级系统设置——环境变量），具体的我没太看懂，遇到的人自己搜搜吧2.9 如何获取帮助（1）快速查看函数帮助文档 ?
bioconductor/packages/3.16/bioc", BioCann = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages.../CRAN", BioCsoft = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.16/bioc", BioCann..."https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.16/workflows" ) pak安装R包 使用pak管理R包，可以从Bioconductor...、CRAN、Github、本地、URL安装R包，解决了R包安装需要多个不同R包去安装的问题。...除了本地安装使用local_install函数，其他几种安装方式都是用pkg_install函数 install.packages("pak") using(pak) CRAN pak::pkg_install
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